马士英独掌大权以后，第一件事就是极力举荐其死党阮大铖。
弘光政权建立伊始，史可法、高弘图、姜日广、张慎言等一批名臣，四处招纳贤士，“引海内人望”，以图重振国威，东山再起。马士英也在四处为自己网罗“人才”，其中最重要的就是要把阮大铖网罗在自己名下。
马士英心里十分明白，阮大铖作为阉党成员，名声很臭，要想保举他，就得师出有名。幸好阮大铖肚里还有点货色。他自幼读过一些兵书，对兵法略知一二。马士英便抓住这一点大肆吹捧阮大铖知兵善战，提出要让他出任兵部侍郎。
马士英心里也十分清楚，举荐阮大铖最大的障碍是东林党官员。果然，马士英刚把问题提出来，便立即遭到许多大臣的强烈反对。
首先站出来反对的是右都御史张慎言。他说，阮大铖虽然熟读兵书，但从未有过实际作战经验，让他出任兵部要职，恐会导致像纸上谈兵的赵括那样的后果。马士英听后，恨得咬牙切齿。由于张慎言名望不及史可法、高弘图、姜日广等人，马士英正好揪住了东林党联盟的薄弱环节。他纠合刘孔昭、汤国祚、赵之龙等人围攻张慎言。他们重翻以前的党争老案，并与所谓的“顺案”(顺是李自成农民军政权的国号)强行联系起来，歪曲事实，罗织了种种罪名，使得张慎言百口莫辩，难以招架，只好被迫离职。
同时，马士英指使阮大铖四出游说，大造舆论，积极地进行配合。阮大铖在当年结识的达官贵人中大放厥词，极力渲染当年东林党官员危害郑贵妃、祸及福王的所谓种种“劣迹”，并为逆案中的太监翻案。那些一直处于舆论谴责压力下而难以出人头地的宫廷太监，见有人为自己说话，一下子把阮大铖奉若神明，交口称赞他才德兼备，当委以重任。这帮人成天萦绕皇帝左右，对皇帝的影响就可想而知了。
对于马、阮的猖狂进攻，姜日广、吕大器及刘宗周等东林党官员给予了坚决的反击，一致认定阮大铖是“逆案巨魁”，不可加以任用。左都御史反对尤为激烈。他说：“阮大铖是谋杀魏大中的主使者。其才能即使可用，但心术不正，恐怕会祸及朝政。阮大铖的进退，确实关系到江左兴亡，乞望勿用阮大铖。”并摘下朝冠托于手中，表示如用大铖，则辞官罢归。
马士英没想到东林党官员反对态度如此强硬和坚决，一时不知如何是好。双方遂出现僵持局面。事情久拖不决，对马士英是很不利的。他一下子又想起了高弘图。高弘图曾经因与东林党政见不一，诋毁过东林党。马士英于是携带大量钱银财物，前往拜访，企图拉拢他。马士英假惺惺地说：“现在国难方殷，正是用人际，不能因小节问题埋没了人才……”马士英话未说完，高弘图就迎头给浇了一瓢冷水：“逆案是先帝钦定的，任何人都不能擅自改变。”
马士英黔驴技穷，遂铤而走险。他背着皇帝，私自撰拟圣旨，矫招赐阮大铖“冠带陛见”。阮大铖于是得以亲自面见皇帝。他抛出一套早已炮制好的所谓“守江策”，提出联络、控扼、进攻、接应等一整套攻防策略，这对于岌岌可危的弘光政权来说无疑具有很大吸引力。因此一开始，便引起了弘光帝的浓厚兴趣。接着阮大铖鼓动他那三寸不烂之舌，陈三要、两合、十四隙，虽为书生之见，但其口若悬河，宏论滔滔，颇合皇帝胃口。弘光帝高兴得连连击掌叫好，于是当即命人起草诏书，授阮大铖江防兵部尚书，后又很快擢升其为兵部侍郎。
阮大铖出任兵部侍郎，犹如一石击起千重浪，举朝为之哗然。许多官员纷纷告退。吕大器、姜日广先后辞官罢归。马士英则乘机安插心腹，填补空缺。他听从阮大铖计谋，全部起用了逆案官员，甚至对死者也给予赠恤。这样阉党势力再度得势，使得朝政更为腐败黑暗。
经过阮大铖事件的折腾，东林党元气大损，其活动渐趋沉寂。而马士英、阮大铖已紧密地勾结在一起，正策划着一场更大的阴谋。
弘光元年(公元1645年)冬，南京发生了一桩离奇的案件，即大悲案。大悲姓朱，安徽怀宁人，出家为僧。他来到南京，到处散布耸人听闻的谣言，一会儿自称是亲王，一会儿又说潞王贤明，弘光帝应当让位，弄得满城风雨，议论纷然。大悲案牵扯到弘光帝朱由崧，显然是一个很敏感的政治案件。马、阮便借此案大作文章，“欲假以诛东林及素所不合者”，妄图把东林党和其他清流人士一网打尽。他们捏造了所谓十八个罗汉，五十三个参目，对照早已编制好的所谓“蝗蝻录”(即指东林党为“蝗”，复社为“蝻”)黑名单，写上史可法、高弘图、姜日广等人姓名，一起藏在大悲衣袖中，诬陷此案系东林党人指使。由于构陷过于露骨，未能得逞。但其狼子之心，已昭然若揭。
扫尽南钱，填塞马口
江南地区自三国以来，经过历代劳动人民的开发，到了明代已发展成为土地肥沃、物产富庶的经济中心，成为明朝的主要赋税供给区。早在宋代，大词家柳永就极口称赞江南的繁华和富庶。他描绘道：“烟柳亘桥，风帘翠幕，参差十万人家”、“市列珠玑，户盈罗绮，竞豪奢”。他还写到了江南如画的风景，升平的生活：“有三秋桂子，十里荷花，羌管弄晴，菱歌泛夜，嬉嬉钓叟莲娃……千骑拥高牙，乘醉听箫鼓。”升平安乐、美丽如画的江南到了晚明则被马士英一伙的搜刮聚敛弄成了一座萧条凄凉的人间地狱。
江南的水陆交通很发达，马士英就把贪婪的目光投向了江南的水上航运业。他在长江各处遍设关卡，并由太监亲自坐镇，对过往船只课以重税，每只船所征税额高达200-300两银子。
当时，江南百姓盼望朝廷能够厉兵秣马，重整旗鼓，收复京师。马士英便利用人们的这种普遍心情，打着“兴复”、“助饷”旗号，到各地去搜括钱财。他不但巧立名目进行搜括，还大幅度提高盐、酒等日常生活必需品的税额，以致卖一斤老酒就得征一文钱。这些钱财丝毫未用作军饷，反而源源不断流入马士英私囊。上梁不正下梁歪，其部属搜括之能与马士英比亦有过之而无不及。就拿御史彭遇飕来说吧，他在李自成攻陷北京后避乱南渡，阿附于马士英。他受马士英委派，刚到杭州上任，便带着打手光天化日之下公开抢夺市民钱财。“上有天堂，下有苏杭”。杭州在当时是江南最富庶、最繁华的地方。彭遇飕的强盗行为使得杭州市民关门闭户，不敢轻易进行贸易，市场呈现萧条景象。
彭遇飕自己招募了一支10万人的军队。这么庞大的队伍却从来没有从朝廷那儿领受过任何军需粮饷。有位巡抚感到很奇怪，于是问他军饷从哪儿来。彭遇飕大言不惭地说：“靠搜括民财就可以筹办。”这位巡抚大人惊愕不已，半天才回过神来，遂将此事报告给马士英。马士英听后，哈哈大笑：“看来你是多心了。现在是非常时期，必须有非常手段，可以根据情况灵活处理嘛。”马士英不但未给予其惩罚，反而认为彭遇飕有治理边防的才能，派他到淮扬一带去做巡抚了。