为深入研究和谐南京建设的现状与存在问题，课题组通过建立和谐南京指标体系和制定和谐南京目标值，对和谐南京建设的进程进行了评估和研究。研究结果表明，目前和谐南京建设进程运行有序，成效显着。
首先，南京在构建和谐社会过程中，具有明显的优势。持续、健康、快速的经济发展，为构建和谐南京奠定物质基础；深厚的历史人文底蕴，为构建和谐南京提供精神支撑；丰富的科教人才资源，为构建和谐南京注入发展动力；民主法制的日益健全，为构建和谐南京提供政治保障；富民、安民工程的加快，为构建和谐南京夯实社会基础；精神文明建设的逐步推动，为构建和谐南京创造良好氛围；生态城市建设的大力推进，为构建和谐南京创建优美环境。其次，南京在构建和谐社会过程中，坚持物质文明、政治文明、精神文明的有机统一，“举发展旗、打特色牌”，围绕“富民强市：和谐南京建设的物质基础”；“扩大就业：和谐南京建设的根本路径”；“社会保障：和谐南京建设的重要支撑”；“社会安全：和谐南京建设的法制保障”；“社会公平：和谐南京建设的目标取向”等五大特色和谐品牌，统筹兼顾，重点推进。再次，南京市各区县、各行业、各部门、各单位立足本地实际，发掘资源优势，坚持改革创新，培育和打造城市和谐品牌。一批和谐区县、和谐行业、和谐部门、和谐单位、和谐社区不断涌现，正形成南京“众星拱月”、“星火燎原”的态势。第四，在构建和谐南京进程中，我们还存在一些困难和矛盾，正在影响构建和谐南京的进程。比如，居民收入与先进城市尚有一定差距，社会保障体系还不健全，社会风险因素较多，资源、生态、环境问题比较突出等等。
课题组结合问卷调查，对以下六个方面的状况进行了分析：
第一节富民强市：发展第一要务在问及对自身和对社会的看法时，54.4%的被调查者对自身目前的生活状态评价一般，29.1%认为比较满意。认为一般、不满意或很不满意的原因，主要体现在收入水平低和房价太高上。对于未来收入的提高，27.6%的被调查者认为比较有信心，42.5%的被调查者认为有一点信心；很有信心的占9%，没有信心的和完全没有信心的，分别占18.7%和2.2%。
这与南京人“小富即安”的文化心态有很大关系，南京文化兼容并蓄，居民稳重踏实，思想观念趋于保守，人们生活安逸舒适，不用走南闯北、异地谋生。相对北京、广州等大型城市而言，这种文化氛围熏陶下的人们，缺乏斗志，竞争精神欠缺；但另一方面，南京人的认同感也促进了城市凝聚力的提高，为建设“和谐南京”打下了良好的社会心理基础。
近年来，南京居民的收入增幅较快。2003年南京市城镇居民人均可支配收入首次超过万元，达到10195.56元，与上年相比增长了11.3%；2004年南京城市居民人均收入11602元，在江苏13个省辖市排名第四；2005年第一季度，南京市城镇居民人均可支配收入达4408.9元，同比增长达33.8%，增幅位列全省第一。但与省内及全国先进城市之间收入差距仍然较大。
第一，与省内城市相比。2004年，在江苏省13个省辖城市中，南京居民人均可支配收入居第四，苏锡常占据前三位，其城市居民人均可支配收入分别为14451元、13588元和12868元，分别比南京的11602元高出2849元、1986元、1266元。南京人均可支配收入增幅为13.8%，略高于全省平均水平13.2%，苏州、无锡的同比增幅则达到16.9%和16.7%。可见，南京的居民人均可支配收入与省内先进城市相比，无论是绝对数还是增幅都不具优势，且与它们拉开了一定差距。
第二，与长三角城市相比。2003年南京以人均可支配收入10196元在长三角15个城市中位列第11名，与位居第一的上海相差4672元，仅领先于我省的南通、扬州、镇江和泰州四市，以11.3%的增幅位居第八。2004年南京居民收入水平在长三角城市中仍排在倒数第五，但以13.8%的增幅位居第七，增幅有所加快。
第三，与全国副省级城市相比。在全国十五个副省级城市中，2003年南京城市居民人均可支配收入位居第七，排在深圳、广州、宁波、厦门、杭州和济南之后，绝对量仅相当于排名第一的深圳的40%不到；增幅排在第六位。在副省级城市中，南京与先进城市的差距很大，但与落后城市相比，优势并不明显。
一直以来，南京的城乡二元结构突出，城乡差距日益加大。如南京市域城市化水平高于全省平均水平20个百分点，而县域城市化水平却低于全省平均水平，镇域城市化水平更只有20%，大大低于全省平均水平。同时，城乡居民收入差距也呈继续拉大趋势。城镇居民人均可支配收入与农村居民人均每年纯收入之间的绝对差在1985年不足300元，1988年超过500元，1991年超过1000元，1993年超过2000元，1998年超过3000元，2000年超过4000元，2003年超过5000元，2004年超过6000元，可见两者之间的绝对差处于不断扩大的趋势。
南京市的城乡收入比在1984年仅为1.48：1(以农村居民收入为1)，差距较小；1991年时的城乡收入比达到2.29：1，1993年时的城乡收入比高达2.71：1，2004年为2.10：1。农村居民纯收入中要去掉生产性支出等，如果再考虑城市居民的各种福利性补贴，南京市城乡居民实际收入差距估计将进一步扩大到4：1左右。与全国同期数值相比，南京市的城乡收入比均低于全国数值，说明南京市的城乡收入差距比全国的城乡平均收入差距要稍小。城乡居民收入水平的差距直接导致其消费水平之间的差距，1993至2003年间，南京市城镇居民和农村居民消费水平的绝对差在21006787元之间波动，表明南京市城乡居民消费水平存在较大差异。
市民认为就业环境较好，并对自身就业技能的加强提出更高要求。在对就业环境进行评价时，26.8%认为较好；2.8%认为很好；58.7%的被调查者认为一般；有10%的市民认为较差或很差。据2004年《中国城市竞争力报告No.3》，2004年南京市综合就业机会在全国200个城市排名第4，仅次于上海、北京、杭州；在15个副省级城市及“长三角”16个城市中，南京位居第2，仅次于杭州；在江苏省内排名第1。从南京近年来就业工作的实际措施来看，2004年市委、市政府把就业再就业工作作为安民、富民的首要大事和“一把手”工程，加大工作力度，完善工作机制，创新工作方法，有效地扩大了就业和再就业，促进了全市经济社会协调稳定发展。
全市登记失业率控制在4.03%，比上年末下降了0.15个百分点。全市新增就业岗位12.27万个，净增就业人数7.32万人，帮扶1.27万名困难人员实现再就业，兴办服务型企业、劳动组织2672家，新增农村劳动力转移就业12万多人。新创充分就业保障社区235个，开展各类培训18.3万人次。市、区、街道85家公共职业介绍机构实现了信息联网和资源共享，为就业提供了便利。居民的就业态度日趋理性，一方面对自身的就业技能提出了更高要求，另一方面，社会的进步带动了人们对公正平等的迫切需求，对“就业政策透明度”要求的比例达到40%。
第三节社会保障：亟待逐步健全
市民对社会保险满意度一般，社会保险建设任重而道远。在对目前养老保险进行评价时，选择“满意”和“很满意”的分别为285人和17人，共占31.3%，56.8%的被调查者选择了“一般”；另有11.9%的被调查者选择了“不满意”和“很不满意”。被调查者中选择“一般”、“不满意”和“很不满意”的人数为764人。其中，35.1%的被调查者将最主要的原因归于“养老金标准较低”。此外，认为“不适用”和“覆盖面比较窄”的分别占25.4%和24.2%。
在对医疗保险工作进行评价方面，选择“一般”的为47.8%；选择“满意”和“很满意”的分别为1.4%和26%；选择“不满意”和“很不满意”的分别为20%和4.8%。在不满意最主要的原因中，选择“支付标准低”的占29.3%，位居第一，其他原因依次为“不适用”、“覆盖面不够宽”、“报销手续复杂”和“参加医保的门槛高”。可以看到，人们对三大险种的满意度属中流水平，社会保险建设仍需诸多改进。总体而言，市民针对三大保险集中反映的问题主要体现在三个方面：其一，支付标准低；其二，覆盖面不够宽；其三，不适用。
总体来说，经过多年的建设，南京市社会保障体系取得了长足的发展和明显的成效，但其中仍然存在不少问题，需要认真研究并加以解决。
1.社会保障差别较大。目前，南京城镇建立的五大社会保险项目基本完整并正常运行，但农村社会保障供给还很不足，特别是作为现代社会保障核心的社会保险事业还较为缺损，农民作为自雇者，没有失业、保险、生育保险，仅有的两个社会保险项目也有不完善的地方。目前农村社会养老保险参保人数仅占农村总人口的7%，由于过去缴费较少，积累额低，也难以起到养老保障的作用；2003年南京市才开始启动新型合作医疗，筹资额低，报销比率少，农民参保积极性也不高；同时，政府在农村社会救助、优抚安置和社会福利支出与市域相比也非常有限，还远远满足不了农村居民的迫切需要。同时，城镇不同群体之间保障待遇参差不齐。一是机关事业单位和企业职工的保障水平差距大。二是正规与非正规就业者的保障水平有差距。
2.社会保障水平不高。首先，社会保障总体水平与经济发展水平不相适应。近年来，南京市GDP以较大幅度稳定增长，社会保障支出的绝对额也在以较高的速度增长，但在经济总量大幅增长的背景下，社会保障总体水平提高不快。其次，主要险种的保障水平较低。社会保险是社会保障的重要组成部分，其中企业职工基本养老保险、基本医疗保险和失业保险三项险种的基金支出占社会保障支出总额的90%以上。以失业保险金为例，虽然2004年7月1日起发放标准再次上调，分三档，最高351元，最低268元，但与其他城市相比仍然偏低。如上海市为每人每月432元，广州市为每人每月408元，杭州市为每人每月364元。
3.社会保险基金增值能力不强。虽然南京市社会保险基金总体运行平稳，但基金支付压力仍然较大，特别是养老保险和医疗保险两项基金存在着支付风险。从养老保险来看，虽然从2003年开始，南京市一举扭转了自1997年以来连续六年当期收不抵支的局面，但到2004年底全市养老保险基金累计结余也只有6.89亿元。由于缴费额增长缓慢、难以实现基金全额度征缴等原因，相对于南京市庞大的离退休人员来说，这笔结余基金不足以支付2个月的养老金。
4.流动人口的社会保障缺失。南京市目前的流动人口已超过100万，其中大多数是进城务工的农民工。社会保障制度的城乡分割使没有城市户口的农民工不能享受城市的多种保障制度，但和城市其他群体相比，农民工恰恰面临更多的安全生产隐患、失业风险，且低收入根本无法承受大额的医疗费用。