其次，人文科学心理学研究要采取与人的特征相适应的研究方法，把人按照人来加以研究。人文科学的意义并不限于把人类作为研究对象。这显然是一个必需的传统，但仅此是不够的。同时还要求把人类（human being）当做人（human）来对待。以往的心理学也研究人，但是在这些心理学中，所研究的人不是真实的人，而是经过了处理的人或者概括化的、抽象的人。行为主义只关注人的行为，精神分析更多关注的是神经症患者以及他们的各种症状，认知科学以计算机模式研究人的认知过程。当然，这些也是心理学所要关注的对象，但是心理学要作为一门人文科学，必须回到人们的日常生活中，关注实实在在生活于世的“常人”。在他们看来，心理学所面对的“人”是活生生的现实生活中的人，是具有“意向性”的人，他与自己、他人、世界相互关联着的人，所以只有关注到他们生活于其中的世界，关注研究者与研究对象之间、研究对象与所处的情境之间的关系，才能实现对人的真实生活样态的揭示，并在此基础上建立严格的科学。
新一代人本心理学家一方面承认早期人本心理学家所取得的成就，使得“从鸽子和老鼠向人类的推断不再那么顺理成章，那些运用机械模式的研究也变得更慎重了”，另一方面批评他们在坚持心理学的人文科学取向上的不足，“没有把‘人’的概念与古代的人文传统和文艺复兴的人文传统联系起来，他们的概念是自然的、个体的和实用的，而不是社会的或历史的”。更重要的是，人本心理学并没有让这种对人的清晰的认识以理论的方式来指导其科学实践，因而当人本心理学在心理治疗方面取得成功并对我们的文化产生一些影响时，它没有形成研究传统和按照人本主义对科学的概念化。吉尔吉进一步指出，造成人本心理学危机的根源就是人本心理学并没有选择严格的人文科学研究框架。它仍然坚持把具体的人类个体置于心理学中，而没有考虑科学的相关背景，就像主流心理学一样把人放在自然科学框架下进行研究。因此，只有坚持人文科学心理学取向，按照人的实际生活样态，选择适合于人独特性的研究方式——质化研究方法，才能帮助人本心理学走出危机，才能真正完善人本心理学方法论。
新一代人本心理学家除了在理论上对科学主义方法论进行批判以及对早期人本心理学方法论在这一点上的不足进行反思以外，还把人文科学方法论思想落实到具体的实践研究。人本心理学各种研究方案都把人们日常生活的各种经验作为考察的主要对象。如现象学研究方案和学习描述研究方案在研究学习的时候并不是考察实验室条件下的学习，而是发生在平常生活中的学习，启发式研究方案对人的各种体验，如孤独、爱加以考察，体验研究方案也是关注人的焦虑、忌妒、愤怒等各种经验，解释学研究方案涉及道德行为、学习等多种日常生活现象的研究。在这些研究中，人本心理学家如实记录人的真实经验、感受与行为，揭示其中所蕴含的意义。人本心理学家认为，对人们这些实际的生活样态的研究才是心理学真正的意义和价值所在。
2.2.问题中心论的科学本质观
方法论是心理学保证自己实现科学承诺的工具。心理学在形成之初，极力希望摆脱哲学的“非科学”形象，成功的自然科学就成为它效仿的对象，自然科学的研究方法也成为它必然的选择。但是人不同于物的特征使得自然科学研究方法在实际的运用中造成了很大的困难，于是一些心理学家削足适履，满足自然科学的要求，另外一些心理学家掩耳盗铃，回避问题的存在。对于心理学中所存在的以方法决定研究问题的做法，从其一出现就有心理学家对此提出了批判。如早期的人本心理学家库克（Koch，S.）在1959年就指出，心理学是一个奇怪的学科，它不是根据要研究的问题确定研究的模式和程序，而是在心理学确定要研究的东西之前，它的研究方法和程序就已经存在。马斯洛、罗杰斯以及罗洛·梅等人对科学主义方法论以方法决定研究问题的做法也作了猛烈的批判，主张衡量科学与否的标准不在于科学的程序与方法，而是在于是否富有成效地解决了有价值的问题。方法只是手段，问题的解决才是科学的目的。认为方法中心论势必引导心理学走向一条危险的发展道路。他们在批判方法中心论的基础上，提出了方法与研究主题的整合的观点。主张方法要成为问题研究的一部分，是获得知识的方式，而不能成为保证一门学科科学性的技术。倡导所要解决的难题应该成为首要的问题，是难题的独特性来决定方法，而不是方法来限定问题，并主张当问题改变时，方法也随即变化。
与早期人本心理学家相比，新一代人本心理学家一方面从理论上进一步阐发早期人本心理学家的以问题为中心的思想，反思了早期人本心理学家的研究实践，另一方面把这一思想转变成他们切实的行动，落实到具体的研究实践中。他们进一步理清方法与问题之间的关系，并对那些仍然只关注方法的精致、忽视问题实质的现象进行了批判——包括对早期人本心理学家在这一问题上的摇摆不定现象进行了批判。如，波金霍恩把这种以方法决定研究对象的现象称为methodolatry，指出它有两种形式：要么拒绝或否定某种问题，因为方法不能回答这一问题，要么试图以相同的方法回答所有的问题。并指出，人本心理学家应该从对我们采用什么样的研究方法来考察和提炼对人类存在和行为的人本主义的理解上转移开来，因为决定我们是人本心理学家的不是我们对特殊方法的承诺，而是我们对人类存在方式的理解。吉尔吉指出，虽然早期人本心理学家从理论上阐述了以问题为中心的意义，但是即使是受人尊重的人本心理学创立者由于缺乏扎实的哲学功底，在方法的实践运用上仍然深受实证主义的影响，打上科学主义方法论烙印，在倡导人文科学研究方法上并不彻底。如，马斯洛对自我实现的人的研究成为人本心理学质化研究的一个典型范例。但是，马斯洛的这种研究并不是自觉的，并且对于自己研究的科学性深感不安。他告知读者，他的研究没有像常规研究那么很好的计划，甚至不是以社会发现开始的，它只是一个自我学习的方式，但是由于结果所具有的价值，“即使是在方法论上存在着不足”，仍然得以发表。他指出仅有现象学研究是不够的，必须从现象学的开端继续逼进到客观的、实验的、行为实验室方法，从一个较不可靠的开端上升到一个更可靠的知识水平。马斯洛的这种不安充分反映了他对自己所采用的方法的不自信——其实仍然是按照传统科学主义心理学标准来衡量的。罗杰斯的来访者中心治疗虽然在临床上取得了巨大的成就，一度成为心理治疗的主流，但是在科学研究中，他在早期还是坚持采用Q技术对人格和个性的改变进行量化分析。这在某种程度上是与其所倡导的方法决定问题的主张相悖的。杰拉德（Sidney Jourard）把更多的时间花在对“自我袒露”（self-disclosure）效果的测量上，而不是对自我袒露的实际的现象学理解上。太多的心理学研究都只是涉及对细枝末节现象的研究，并且习惯性地采用基于自然科学的量化的和实验研究方法。结果都陷入了“哲学自然主义”（philosophical naturalism）的陷阱中。沃兹也指出，一些人本心理学家主张运用基于实验的自然的、科学的方法来验证人本主义假设，这在认识论上远离倡导以人的方式对待人的人本主义传统。他们批判人本心理学杂志所刊登的文章与科学主义心理学杂志并无两样，即使从事的是质化研究，为了便于发表“也是参了水的”。因此，在方法上，（早期）人本主义革命只是部分地克服了自然科学的偏见。
人本心理学研究方案的倡导者坚持以问题为中心，体现在两个方面：首先，他们主张人的系统性、意义性、目的性以及模糊性等特征决定了心理学的研究只能以描述为基础，才能实现对人的内心深处的意义的揭示，假设、实验、推论、演绎等传统研究方法只能是一种辅助性方法；其次，在执行所倡导的质化研究方法过程中，研究者们都不主张按照固定的研究过程和模式来进行。如在启发式研究中，穆斯塔卡斯就指出，虽然他归纳出启发式研究的步骤，但是这些步骤只是说明了他的一个核心思想，目的并不是要培养学习科学规则和机械遵循的专家，而是在人们不断追问困扰和挑战人们自己存在的现象意义过程中，能对人们加以指导的人。每一个研究步骤都可以根据自己内心展开过程而加以改变，无需拘泥于固定的方法，也不要机械地遵循它们。其他的研究方案也都体现了类似的思想。
2.3.直觉主义的人本学
在逻辑与直觉这对范畴中，西方哲学主流往往把逻辑看做理性的标准，而把直觉看成非理性因素。在逻辑主义者看来，知识总是对我们显现为某种必然的联结，只要按照一定的逻辑进行分析，我们就能发现其中的联结，从而获得相关知识。启蒙运动以后，理性主义和逻辑在西方文化中取得长足的发展和惊人的成就，成为西方社会摆脱中世纪神学束缚的主要工具。科学主义心理学也将这种逻辑主义的知识论完全不加质疑地加以移植，并将它作为获得关于人类知识唯一有效和合法的途径。带有近代联想主义印记的意识心理学把思维看成是按照某种逻辑规律对材料进行联结的活动，认为只要找到意识的各种元素，按照一定逻辑对这些元素加以连接，就能揭示人的意识规律。行为主义则是把思维看成了按照某种规律而进行的外显行为，它们拒谈心理活动的独特存在状态，而是以可测量的外显行为和操作取代心理活动，研究思维，也无非就是研究这些可观察的行为方式的逻辑结构或者通过这些逻辑进行控制和操作。而在认知科学系统内，一种知识活动过程，就是一种按照一定逻辑规则的推理或计算过程，因而只要遵循一定的逻辑规则，这种推理和计算在计算机电路中进行还是在人脑中进行，效果一样，并没有根本的差异。无论是物还是人，只要是按照一定的逻辑规则获得的知识或真理，就具有客观性、绝对性、终极性、中立性、实证性、确定性、符合性、普遍性、一致性，就能发现隐藏其后的关系，揭示其运动变化的规律，最终实现对人类行为和心理的预测与控制。科学主义心理学对心理的解释并不是对心理活动之本质状态的描述，它实际上是站在反思的自然主义态度上看待人类心理的。它把人类心理理解为物的一种属性，而坚持一种心理物理学的立场。这种观点在把人理解为生理-心理统一体的基础上，往往以生理学法则说明心理现象，消解了人的独特性，遮蔽了的人的本真状态。
直觉主义者看到了逻辑对人的外部和内心生活世界的丰富性与独特性的消解，主张以直觉的体悟认识人自身。在他们看来，逻辑所追求的是关于人的客观性知识，是将人“物”化，或者“对象化”，直接摆在空间中进行观照和分析，消解了人的主观性，更割裂了人的本真状态。人的本真状态是一活生生的有机体，而对这种本真状态的真实理解只能通过“向内”的亲身体证和直觉体悟才能达成。
我国着名哲学家贺麟把直觉分为两类形式：一类是“向外观认”“向外透视”的直觉，另一类是“向内反省”的直觉。同一直觉方法可以向外观认，亦可以向内省察。直觉方法的一面，注重用理智的同情以观察外物，如自然、历史、书籍等。直觉方法的另一面，则注重向内反省体察，约略相当于柏格森（Henri Bergson）所谓同情理解自我。一方面是向内反省，一方面是向外透视。认识自己的本心或本性，则有资于反省式的直觉，认识外界的物理或物性，则有资于透视式直觉。王天成则将这两类直觉称为理智直觉和生存直觉，前者即是作为成知活动的直觉，目的是获得知识，后者则是人生的体验，目的在于意义。在格式塔心理学中就已经萌发了直觉的意义与价值，它主张心理现象并不是一系列心理元素作为部分的总和，它首先总是作为统一的整体（Gestalt）呈现出来的。Gestalt不是各种心理元素的集合，不是通过分析获得、而是通过“顿悟”直接把握的，这种顿悟就是一种直觉作用。但是在这里直觉仍然停留于知识论层面，不具有人本学意义。