公元前479年，孔子73岁。他的健康情况已经一天不如一天，经常卧病在床。
自从颜回死后，子贡是孔门中最得意的弟子。他在季孙氏手下做事，曾出使吴国。因为孔子身体不好，子贡便经常抽空来照料他。有一次，子贡又来探望孔子，远远便看见孔子正拄着拐杖，站在门口像在等什么人。孔子一见子贡来到，就对他说：“子贡，我非常想念你啊，你好像很久没来看望我了。”接着，孔子叹息着唱出一首歌，歌词的大意是：
泰山就要崩颓了，
梁柱快要折断了，
哲人要像草木那样枯萎了！
孔子唱完后，泪流满面。
子贡知道，孔子丧妻丧子，又失去了两个很钟爱的弟子，心里十分悲伤。他听到孔子唱出如此忧伤的歌，不免有种不祥的预感。老师的病势沉重，恐将不久于人世。子贡身为弟子，虽然心急如焚，非常悲恸，但不敢在老师面前露出哀伤的表情，免得老师更加伤感，于是只好强颜欢笑，把孔子扶了进去。
这时候，孔子又对子贡说：“天下无道，由来已久。我走遍各国，却没有人采用我的主张。我已老迈衰颓，无能为力了！我昨晚做了一个梦。梦见夏朝人的棺木在东阶上，周朝人的棺木在西阶上，殷朝人的棺木在正厅的两根大柱之间，而我则被放在两柱间受人祭奠。你知道，我的先祖是殷人，想必我是没有多久可活了。”
子贡再也抑制不住，虽不敢放声痛哭，却也是泪如雨下，不能自已。他勉强安慰着说道：“夫子之道，是圣人大道，就算现在没有人肯采用，也一定会流传后世，被奉为经典的。这种梦境，怎么能当真呢？夫子虽然年老，可是精力还没有衰退，哪能抛下我们这些弟子呢？”
七天之后，孔子在众弟子的环伺下，永辞这乱离之世，享年73岁。
鲁哀公接到报告后，心里感觉十分对不起孔子，一时之间，感慨万分，特意亲笔写了一篇悼文，并颁布天下。这在古代被称为“颁赐诔辞”。悼文的大意是说，上天不可怜我，让这位老先生多活几年以辅助我完成中兴大业。如今撇下我一个人在位，孤独无依地承受一切。唉，我的尼父（指孔子），今后谁还能帮助我，我将向谁去请教啊！
哀公的这篇悼文可以称得上是情真意切、言辞感人，但孔子的弟子们并不买账。
子贡看了这篇悼文后，表现得非常愤慨。他说：“夫子在世的时候，鲁君不能任用他；现在夫子去世了，鲁君却颁赐诔辞来大加赞扬，还有什么用呢？何况，这悼文里言辞多不实，不合于礼。‘余一人’乃是天子的自称，他怎么可以僭越？他根本就不遵守本分。”
子贡同情孔子生时不能见用于世，因此对鲁哀公的行为很愤慨，并加以抨击，我们是可以理解的。但从史书的记载来看，国君是不会轻易颁赐诔辞的，孔子之前只有周公死时，成王颁赐诔辞的唯一例子。鲁哀公这一次，倒确实是出于一番敬慕之情。子贡很可能是误会他了。
孔子去世以后，弟子们经过一番商量，最后并没有把他葬在孔家的祖坟，而是选择曲阜北郊的泅水边作为墓地。
孔子平日待弟子们如同亲生子侄，所以弟子们也就不约而同地效仿对待父亲的礼节，准备为孔子服丧三年。他们在墓旁搭建草庐，在那里日日追念老师。
三年期满后，还有很多弟子不愿离去，又留住了一段时间，子贡便是其中之一。后来，墓地附近又搬来不少人家，形成了一个村落，取名为孔里。
弟子们在守丧期间，将孔子平时教导他们的话，仔细地讨论辨正，然后一一记录下来，这就是留传后世的《论语》。
《论语》集孔子一生言行实录和儒家学说之精华。从敦品为学、立身行道、处世接物，到治国平天下，凡此诸道，可谓包举无遗。说它是集中国文化之大成者，似乎也不为过。日本人对孔子很是敬仰、崇拜，日本很多地方都建有孔庙，日本人对《论语》也推崇备至。西方各国现在对孔子的学说也非常重视，研究孔子学说的学者日见增多。弘扬传统文化的孔子学院也遍布世界各地。
司马迁在《史记·孔子世家》中曾赞叹说：“《诗经》里有这样的话：巍峨的高山令人仰望，宽阔的大路令人遵循。尽管我不能达到那种境界，然而内心还是非常向往。我阅读孔子的书籍，可以想见到他的为人。我也曾到过鲁地，观看孔子的宗庙厅堂、车辆服装、礼乐器物，儒生们按时在孔子故居演习礼仪，这些都使我流连忘返。天下有很多君王和贤人，生前荣耀一时，死后也就一了百了。只有孔子，他虽然是个平民，却名声流传了十几代，学者们都很尊崇他。上到天子王侯，下到平民百姓，中原地区凡是讲习六艺的，都要以孔子的学说为标准来判断是非。孔子可以说是至高无上的圣人了！”
孔子的学说到汉武帝“罢黜百家，独尊儒术”时兴盛起来，开始成为封建社会的统治思想，延绵千年不绝。
在唐朝开元二十七年，即公元739年，玄宗李隆基曾追封孔子为“文宣王”，弟子们也都有追赠。宋仁宗至和二年，即公元1055年，改“文宣”为“衍圣”。不光是中原地区的汉民族对孔子崇敬有加，当时的少数民族政权也对孔子进行了追封。如公元1146年3月，西夏仁宗颁布诏令：“尊孔子为文宣帝，令州郡悉立庙祀，殿庭宏敞，并如帝制。”元朝大德十一年，即公元1307年，成宗又加谥为“大成至圣文宣王”。明朝世宗嘉靖九年，即公元1530年，改尊为“至圣先师”。清朝顺治二年，即公元1645年，尊为“大成至圣文宣先师”。1935年，民国政府尊为“大成至圣先师”。