想不到贝多芬的琴技进步神速，有人开始说他是天才了。为了抚养两个弟弟和照顾爱喝酒的父亲，贝多芬的生活过得不轻松。不过，人们对贝多芬的赞美与鼓励很温暖，使贝多芬觉得自己是幸福的。
1789年5月14日，贝多芬入波恩大学就读。他深受教授欧洛吉奥·施内德的影响，从教授那了解了当时启蒙运动和法国大革命的思想。贝多芬后来的作品中反映出这种影响，特别是《费德里奥》里解放政治囚徒的情节。
师从海顿
1792年11月，贝多芬离开波恩再度前往维也纳，求教于名作曲家海顿。两年前，海顿到伦敦巡回演出归途经过波恩。当时波恩的音乐界，在喜爱音乐的弗兰兹的支持下，显得非常活跃，剧院不停地演出歌剧。海顿所以会来波恩就是这个原因。
海顿在波恩逗留了几天，他听了贝多芬的作品后，称赞说：“真棒！真棒！”并拍着贝多芬的肩膀说：“你的名字我早已听说过，的确，你是可以雕琢的宝石。但是宝石在波恩只会被埋没，来维也纳吧。如果你有这个打算，我会尽力帮助你。”
贝多芬是在做梦吗？曾经对莫扎特影响巨大的海顿居然邀他去维也纳呢！贝多芬马上告诉华尔斯坦因伯爵，并想听取他意见如何。他很赞成地说：“不需要考虑，立刻去维也纳认真地学习，把你的才华表现给全世界的人看。”
“谢谢您，伯爵。”贝多芬向伯爵握手致谢。
以前的恩师奈弗先生也热心地劝贝多芬去维也纳。现在，这个愿望终于要实现了。然而，贝多芬心里挂念的是将要和勃罗宁—家人别离。勃罗宁夫人是很高兴贝多芬去维也纳的，埃莱奥诺却不跟贝多芬见面。她现在已经长得亭亭玉立，他们彼此相爱着，却为了一点小事产生了些误会。
贝多芬很想见见她，和她说声珍重再见，可是去了几次，埃莱奥诺的房门总是紧闭着。有一天，贝多芬突然接到一个小包裹，里面是埃莱奥诺亲手编织的漂亮领带，贝多芬激动得全身发抖，并立刻回了封信：
没想到你会送给我这么漂亮的领带。我收到这样的礼物，本应该高兴才对，不知怎么竟觉得有些伤感，因为我不知道你在心里还惦记着我。你和你妈妈的恩情，我一生都不会忘记。
为了谢谢你的礼物，我回赠一首变奏曲和一首小提琴协奏曲，不久你要去不来梅旅行，小小的礼物希望能解你的旅愁，让你能偶尔想起我。
永远尊敬你的人
写了这封信后，贝多芬的情绪平稳了许多。贝多芬以平静的心情来思考他与埃莱奥诺之间的事。他们的爱情包含了许多复杂的感情。因为贝多芬没有姐妹，在贝多芬心底总在寻找一个姐姐或妹妹。不错，贝多芬对埃莱奥诺掺杂有一分兄弟姐妹的爱；但是有时候他们又像是恋人，他们也是好朋友。他们之所以会分手大概就是感情过于复杂。信写完后贝多芬的心情整个轻松下来，什么顾虑也没有了。
两个弟弟也不用担心，大弟卡斯帕学音乐；小弟约翰在宫廷药局里做事。最让贝多芬挂心的是父亲，不过贝多芬的薪俸，宫廷仍会像以前一样支付，所以生活是不会有困难的。贝多芬想，总算可以轻松地离开波恩了。
出发的当天早上，贝多芬心中充满了感伤。波恩的生活如此困苦，离开时竟涌上一种凄凉的感觉；亡母的慈颜浮现在眼前；美丽而壮阔的莱因河——一切都不得不远离了。贝多芬轻轻地擦去面颊上的泪水，向送他远行的人挥了挥手。
“再见了！妈妈。”“再见了！埃莱奥诺。”贝多芬轻声低唤，贝多芬离开了那美丽难忘的波恩。
贝多芬决定去维也纳，华尔斯坦因伯爵在纪念册上这样写着：“想承受莫扎特的精神，就要接受海顿的教诲。”
贝多芬满怀希望来到维也纳，在偏僻的地方租了一间小阁楼，每天从那儿到海顿先生家练琴，但是，没过几天，贝多芬的希望就整个破灭了。在波恩时，对贝多芬倍加赞赏的海顿先生，对贝多芬的教学态度好似对一个初学音乐的学生，他由最基础的对位法教起，教法很草率，好像不太起劲似的；授业进度缓慢，练习课题又不指导，贝多芬非常失望和生气。
贝多芬悄悄地去找作曲家申克先生，贝多芬对他说：“我在海顿先生那里学习音乐，由于学习进度缓慢的关系，所以想跟您学。”刚开始申克先生不大热心，后来大概意识到贝多芬既然是大音乐家海顿先生的弟子，应该很有才华才对。
“弹一曲看看。”说着，申克先生带贝多芬到钢琴前。
弹完后，申克先生说：“好，我会好好地教你。”
“谢谢您！不过有一件事想麻烦您。”
“什么事？”
“我来您这儿学习的事情，请您不要告诉海顿先生，他是个顽固的人，知道后一定会很生气。
“好，我知道了。”申克先生答应了贝多芬的要求。
就这样贝多芬一边在海顿先生那里学，一边又拜申克先生为师。但是，贝多芬后来才晓得海顿先生并非贝多芬所想的那样——年老而略带顽固。贝多芬作好的练习课题，他没用心地看，并不是轻视贝多芬的才能，而是他忙碌的缘故。他肯定贝多芬的才华，也明了贝多芬的才干，只是贝多芬自己不晓得罢了。
海顿先生是位好好先生，他从不怀疑别人，贝多芬在申克先生处学音乐的事，他完全不知道。贝多芬常对申克先生提起海顿先生的事。
“他是位好好先生，还是过于迷糊呢？他根本不知道我来您这里。”贝多芬说。
“大概学生太多了吧。”
一天，海顿对贝多芬说想收他为正式学生，但贝多芬拒绝了他；同时贝多芬还表明要以自己的方法学，不当他的正式学生。
申克先生听后，先是吃惊，转而脸上明显露出“贝多芬你未免太自大了吧”的表情。贝多芬没有理会这表情，继续说道：
“您知道海顿先生怎么说？”
“哦，不晓得。”
“他说：‘噢，好个蒙古大帝啊！’”
“蒙古大帝？”申克先生奇怪地问道。
“他的意思大概是说勇猛又倔犟。”
海顿先生与贝多芬的关系就是如此。贝多芬只好以自己的方法努力学琴。当时海顿先生计划去英国巡回演出，准备带贝多芬去，因为不明他的意图，贝多芬想都没想就拒绝了。
1793年7月，贝多芬完成一首作品，是以莫扎特《费加罗的婚礼》的一部分为主题的钢琴与小提琴十二变奏曲。
贝多芬在这首曲子里动了点手脚。这是针对一些维也纳音乐家庭中，有些人为了提高自己的声誉，会做出令人厌恶的事而来的。有一天晚上，贝多芬在一家沙龙（上流女士在自家客厅举行的社交聚会）演奏自作即兴曲。有人把那首曲子记下来，然后在别的公开场合竟说是自己谱的曲。
这种事贝多芬经常遇到，所以打算以这首曲子来报复。贝多芬在那首曲子后加上很难演奏的部分。除非对音乐有高深造诣，否则是很难表演的。虽说有些恶作剧的成分，但是出版后的作品贝多芬仍很满意。
这部曲贝多芬决定赠送给埃莱奥诺·勃罗宁，并且写了一封信连乐谱一起寄给她。
来维也纳已近一年了，你的倩影不时在我脑海中浮现。亲爱的埃莱奥诺，真想穿件你亲手织的毛衣，那将令我欣喜若狂，这个唐突的愿望你会答应吗？你能谅解吗？呵！无论什么，只要是你亲手做的东西我都喜欢。而且，这也是我心里的小小虚荣，因为这是我可爱故乡波恩的一位美丽姑娘送给我的礼物。
虽然这首曲子可能难了一些，但是不要怕，我相信你可以弹奏得很好。
出入上流社会
1794年1月，海顿先生出发到英国。贝多芬认真地跟音乐理论大师阿尔布雷希茨贝格先生学习对位法。不过，贝多芬对自己的作品有个要求，就是不要让它完全束缚在对位法的规则里。著名的萨列里也为贝多芬非正式地上过声乐课，阿罗伊斯·弗斯特则教贝多芬四重奏。贝多芬在维也纳不但学习到当时最先进的音乐理论，而且亲身体验了前辈的音乐实践。在此期间，他创作了许多曲子。
初到维也纳的两年，贝多芬非常拮据，他甚至为了省钱而住地下室，他不多的钱几乎全部花在了服装、乐器和社交方面。不知从什么时候起，贝多芬的作品竟成为维也纳上流社会的话题。
“贝多芬是个天才，听过他即兴演奏的人都说他的音乐独特，有一种强烈的粗犷感，这你知道吗？”
“你知道格林克怎么说吗？他听了贝多芬的钢琴曲之后，对他的学生说‘他不是人，他是想燃烧我们的恶魔，否则，他怎么能演奏出如此出色的即兴曲。’”
“如果格林克先生这么说的话，那贝多芬一定是天才，有机会我们真该去听一听。”