不久，法国和奥地利的和约破裂。拿破仑充满征服全欧洲的野心，他的军队在乌鲁木战役大胜，趁势一举攻打维也纳。11月3日，维也纳被占领。在战乱中贝多芬差一点迷失了自己，后来发现自己的献身工作仍然是音乐，所以继《英雄交响曲》之后，贝多芬准备尽全力完成歌剧《费黛里奥》。《费黛里奥》是他写的唯一一部歌剧，并非他不关心歌剧，只是一直没找到好的剧本。
《费黛里奥》是法国剧作家布依的著作。内容是说18世纪西班牙一座城堡里，囚禁着一位叫弗洛雷斯坦的贵族。他被他的政敌，也就是典狱长皮查洛非法囚禁。弗洛雷斯坦的妻子蕾奥诺拉为了救丈夫，女扮男装以“费黛里奥”这个名字，混进服侍典狱长的仆人中，想等机会救丈夫。
比查洛阴谋将弗洛雷斯坦处死，就叫蕾奥诺拉挖洞穴，洞穴挖好后，当比查洛拿起短刀想杀弗洛雷斯坦时，蕾奥诺拉拿着枪出现了。同时，大臣费南多也前来解救，比查洛的阴谋终于暴露出来。
《费黛里奥》惨遭失利
《英雄交响曲》演出时，受到很多的批评，只有弗鲁茨南多公爵认为是好作品。歌剧《费黛里奥》的演出，情况更是惨不忍睹。座位空空，观众竟然故意喧哗或任意走动……这对一个用全部精力来编曲的音乐家而言，真是一种莫大的侮辱。贝多芬为了《费黛里奥》呕心沥血，结果竟落得如此不堪。
有的听众说：“歌剧太长了，剪短一些吧。”
“旋律过于平淡，没有高潮迭起的场面。”
“太沉闷了，放轻松一点就好。”
大家议论纷纷。可是要是听他们的话，贝多芬的《费黛里奥》就会变成变成大家的《费黛里奥》了，那他自己的风格那里去了呢？最后，连歌手也抱怨难唱。
贝多芬忍无可忍地说：“你们自己作你们的《费黛里奥》吧。我是绝不会改稿的，要这么做还不如把它撕掉好过一点。”当时的情况下，贝多芬真想把乐谱撕掉。但是，后来心情渐渐平静下来，才发现需要修改的地方确实很多。
观众少并不能代表作品不好。音乐之都维也纳现在已成了战火燃烧之地，许多爱好音乐的人士大都已避乱而离开了维也纳，在这个时候开音乐会当然不会成功。想到这里，贝多芬地心情也就舒畅多了。“好！你们等着瞧吧。有一天我会使《费黛里奥》更完美，让全世界的人对我刮目相看。”
维也纳变成了惹贝多芬讨厌的都市。熟悉的人、认识的朋友都离开了，满街望去全是法国兵，贝多芬也想离开维也纳，到平静的地方去工作，随便哪里都可以。他很想去英国，因为海顿先生曾到英国巡回演奏相当成功；可是现在他没有能力随心所欲了，顶多是到恬静的乡下作曲而已。
贝多芬常常到乡下作曲，一方面治疗耳疾和肠胃病。可是到处都是法军，他们一听说是贝多芬，就请求他演奏；而他总是拒绝，这么一来乡下也别想住了。
1806年5月，弗朗兹·奥佩尔斯道夫伯爵邀请贝多芬到匈牙利马鲁顿巴萨的庄园度假。为了改写歌剧《费黛里奥》与完成《第四交响曲》，他去了。在那里他有一段长期安静的日子。弗朗兹是贝多芬多年的好朋友，他的姐姐特蕾莎是贝多芬的学生，他们两人打心底欢迎贝多芬去。他们说：“在这里没有人会来打扰你，你安心地静养，工作吧。”
最感欣慰的是他们绝口不提朱丽叶塔的事。他们都知道贝多芬和朱丽叶塔的恋情、曾送《月光曲》给她、他们分离后的颓丧等等……他们姐弟不提朱丽叶塔，是怕贝多芬回忆起往事。
“不要客气，住在这里吧！这里很宁静，景色也很美，对你的工作很有帮助的。”特蕾莎说。
“《费黛里奥》的事我也听说了，改好一些，让他们看看你卓越的才华。”
“谢谢你，我一定会的。”贝多芬用爽朗欢乐的心情回答特蕾莎。
真感激两姐弟诚意的款待，贝多芬每天都过得很欢乐。早上贝多芬带着笔记本出庄园，走进笼罩在朝雾氤氲的树林中，刚出巢的小鸟，快乐地在林中盘桓，他的耳朵虽然听不到小鸟的啼鸣，但以心灵来聆听更觉欢乐。耳疾是加重了，但来到这里，他就忘记了它。
贝多芬边走边在笔记本上写下不断浮现出来的旋律。回到庄园，弗朗兹和特蕾莎都在等着他吃饭。在这里贝多芬不用担心什么，凡是他无法听清楚的，他们都会大声地说。
一个星期日的晚上，他们吃过晚餐聚集在客厅里。那一天，奥佩尔斯道夫家的牧师来访，弗朗兹的母亲也在。窗外初夏的风阵阵地吹进来。
贝多芬坐在钢琴前，先是平放着手指在琴键上来回拨弄，慢慢地弹起巴赫的曲子。歌词是：“若愿以心相赠，无妨悄悄相传，两情脉脉，勿为人知。”
此时，弗朗兹正出神地凝视着窗外的树木，他母亲与牧师则坐在沙发上打盹。贝多芬手放在键盘上，眼睛望着特蕾莎，她眼睛连眨也不眨地直视着他。贝多芬看着她的眼睛，直觉地知道她喜欢上了自己。第二天早晨，他们在院子里相遇，5月的阳光照在含露的草坪上。他们俩面对面地站立着，特蕾莎的脸微微地羞红。
“我很幸福，特蕾莎。以前我只知捡石子，而没看见路上鲜艳的花朵。我真是个糊涂的人。”
贝多芬说鲜艳的花朵，当然是指特蕾莎。特蕾莎没有开口，只是温柔地微笑。相爱的两个人，不久就在弗朗兹的祝福下订婚了。
贝多芬并不是打算一辈子不结婚组织家庭，只是他一直没有遇到合适的对象。
但是他从没想过自己是天才，也不认为谁都会爱上自己。他几次付出真情，结果都被辜负了。
现在，在奥佩尔斯道夫伯爵的庄园里，贝多芬遇到一位永远爱他的人。得到特蕾莎的爱，对贝多芬的工作很有帮助，不久他便完成《第四交响曲》，并将《费黛里奥》改写完毕。
马鲁顿巴萨庄园的平静生活，以及特蕾莎的爱情，使一切全改变了。回到维也纳贝多芬又开始工作。有了爱情的滋润，他不再为小事发脾气，待人接物也变得有礼貌。为了表示对弗朗兹的感激，贝多芬送给他当时出版的《热情奏鸣曲》。这部作品是从他尊敬的莎士比亚《暴风雨》一剧中感悟得来的，他自己觉得相当完美。
1807年到1808年间，贝多芬完成了《命运交响曲》与《田园交响曲》。《命运交响曲》通过痛苦、烦恼表现欢乐，是在《英雄交响曲》完成后，耗费4年时间才完成。而《田园交响曲》是1807年夏天开始创作，在海利根施塔德时完成的。
听力下降以后，大自然成了贝多芬的朋友，当他被美丽的大自然拥抱时，心就会平静下来，并对生命充满了喜悦。《田园交响曲》是表现大自然的恬静、田园生活的欢乐。这两部乐曲都赠给罗伯克维兹公爵，并于1808年12月作了首次演奏。
埋首于音乐工作中，特蕾莎的肖像时常鼓励着贝多芬，那是他们分离时她送给贝多芬的。上面题着字：“给罕见的天才、伟大的艺术家、善良的人，T·B。”T·B是特蕾莎名字的缩写。
当工作不顺利时，当贝多芬陷于深深的绝望中时，这幅肖像总给贝多芬无限的安慰与勇气。贝多芬经常写信给特蕾莎，她也回给他热情的信；虽然二人相隔很远，却一直保存他们的爱情。
但是好景不长，这种深挚的情爱未能持久。1810年，他们分手了。为什么呢？没有明确的理由。也许，贫苦的生活、耳聋的困扰不容易被接受吧！也许是两人的身份差异太大！贝多芬也对两人的将来有种不安感，他常想着自己能给她幸福吗？他们的爱情会维持永恒吗？
两人虽然分手了，但两人的感情却丝毫没有没变，一直到生命的最后一刻，他们的爱情依然存在着。
贝多芬为他心中的爱人写了几封信：
我的天使，我的一切，我的……虽然是命运，为什么这极度的悲哀需要向某个人诉说呢？我们的爱能否继续存在？不至于被牺牲，也不会减少，你能完全属于我、而我也能完全属于你吗？天啊！没有你我将怎样生活呢？
昨天早晨四点，进入爱情乐园的我，就开始用一种不能避免的情绪来想你。爱情是万事万物，爱情是真诚；只有拥有你的爱，我才能够活着。我的心是充实的，要对你说的话太多了，我是多么的欢乐呀！写下我真挚的爱给我的一切。
你忠实的路德维希
夜晚。
仅仅此刻我才知道，我的信应该早些儿投递，因为只有星期一和星期四这两天，信才可寄至你处。亲爱的，我随时都与你在一起。我对自己说，也对你说。
直到星期六，还接不到我第一封信时，你一定会伤心地哭了。别哭！我是多么不愿见到你伤心！祝你晚安，我也要入睡了。天啊！我们的爱是如此的近，而又如此的远！
爱你的路德维希
我还在床上，未睁开双眼，就想到了你。啊！我不朽的爱人！我们能一起生活吗？还是不得已地分离呢？是哪一条路啊！告诉我，我能走的路是哪一条？你是我唯一所爱的人哪！上帝啊！为什么我们这样相爱还要分离？究竟是什么命运使我们分开？
你的爱使我同时成为最幸福和最不幸的人。以我的年龄来说，目前我需要一种安定而有秩序的生活，而我们能憧憬这样的生活吗？我的天使，我刚刚才晓得邮车每天都有，我祈盼这封信能早点到你手里。
爱我吧！今天、明天、无数天。我的生命、我的一切——别了！请继续爱我吧。
你爱的路德维希
这三封令人感动的信，是人们在贝多芬死后，整理其遗物时发现到的。贝多芬将它们放在谁也不知道的秘密抽屉里，和《海利根施塔德遗书》一起珍惜地收藏着。这些信只有月、日，没有年，也没有收信人；人们总争论着到底是在何时写给何人。
贝多芬还谱写一首甜蜜的钢琴曲《给爱丽丝》，据说也是为特蕾莎而作的。