在施韦泽研究管风琴的时候，曾对一位爱好音乐的糖果店主说：“近年来，管风琴的声音愈来愈差。”他赞同地说道：“不仅管风琴如此，糖果的制作也一样，现在的人好像早已忘记昔日糖果的味道。昔日制作糖果，必须用新鲜牛奶、牛油、乳酪、蛋、上等油脂、果汁与砂糖，任何一种材料都必须慎重选择，现在却只求外表美观，完全不考虑味道，成本虽然降低，可再不能称得上是真正的糖果。一点也没错，现在的管风琴也是如此。”
施韦泽倡导制作真正的管风琴，但只有少数人接受他的观点，大多数人仍然侧重于追求管风琴的外观而不求其实质，认为原来旧有的管风琴过于古老，外表美观的新管风琴才够气派。许多真正美好的管风琴都是因为外观破损，音量不够大，而被宣判死刑。施韦泽费尽口舌地劝告对方与其换架新的还不如修理旧的，并且不厌其烦地告诉他，应该如何去整修。这一类的信发出了几百封之多，他却从不感到厌倦。施韦泽不知道拯救了多少架旧式管风琴的命运。
斯特拉斯堡托玛斯教堂内所安置的管风琴，是由名匠吉尔巴曼制作的，也是在施韦泽的极力维护下才得以保留。日后，施韦泽决定前往非洲，常有朋友揶揄道：“你在非洲拯救老黑人，在欧洲也拯救了不少老管风琴。”
施韦泽研究管风琴，前后共30年之久，历尽不少艰辛。他认为这也算是为真理而奋斗，因此一直咬紧牙关，百拆不回。每逢礼拜日上午，教堂中传来优美的管风琴声，他会随着琴声回忆起当年的种种情景。
转行做医生
1905年10月13日，施韦泽回信给父母及好友们，表示自己将来想当医生，前往处于热带的非洲行医。为了达成这个愿望，在新学期开始时，他就决定就读医学院。由于医学院的功课繁重，难以兼顾舍监的工作，他向托玛斯教堂的宿舍主管提出辞呈。
就读医学院的计划，施韦泽很早就拟定了。那是1896年夏季，适逢圣灵降临节的假期，一个晴空无云的早晨，他返回京斯巴赫，睡醒后深深地感觉到自己是多么的幸福啊！突然间，他强烈地意识到，把幸福视为理所当然是不恰当的，他必须对幸福有所回报。
躺在床上，听着窗外小鸟的鸣叫，施韦泽静静地思考着。他终于下定决心，30岁以前以做学问和从事音乐为主，30岁以后将自己奉献给世界。
在学生时代，施韦泽曾参加由同宿舍学生所组成的救济活动团体，每星期都要去探访贫苦家庭并致送慰问金，回来后加以整理做成报告。经费是向斯特拉斯堡的市民募捐而来，市民就是他们幕后的支援者。
他们每年必须分两次去募集自己所需的金额，施韦泽的个性较为内向不善交际，这对他而言，真是一件苦差事，但是时间长了之后，也就渐渐能够适应。他发现募款不能采取勉强方式，必须有技巧，要委婉客气地说明本意使对方了解，因而产生同情，慷慨解囊。即使被回绝也不能生气，仍要笑脸致谢。
1904年秋季的一天，施韦泽发现托玛斯教堂的宿舍桌上，放着一本绿色封面的小册子，他对这本小册子相当熟悉，它是巴黎传教协会发行的月刊。突然有篇文章进入施韦泽的视线，是传教协会会长贝格尼尔所写。内容是报道非洲刚果殖民地的北部，有个叫加蓬的地方缺乏医护人员，以致无法进行传教工作。文章的最后一段是这样写的：“本教堂为了响应主的感召，征求‘主啊！我愿前行’的自愿人选。”读完这篇报道后，施韦泽虽然仍和往常一样做着自己的工作，但内心却已有了抉择。
几个月后，施韦泽度过了30岁生日，这一天，他整日都在计划着以后的事情，他前往非洲服务的意愿越来越坚定。关于他的计划，只有一位朋友知道，他准备到了巴黎，再写信告诉大家。当他们知道他决定远赴非洲时，都异口同声地责备他，劝他再好好考虑一下，他们认真地说道：“你的这种决定，简直是埋没自己的天才，你是否考虑到这一点？蛮荒未开化地区的工作，只需留给那些没有学问、没有艺术才能、甚至没有知识的人去做！”
视施韦泽如己出的维多也愤慨地骂他：“你这样做简直像是带着猎枪奔向战场的将军一样。”
有位贵妇对他说：“我认为你与其直接为黑人治病，不如以旅行演讲的方式去帮助他们！”
关于这个问题，施韦泽经常与所谓的基督徒辩论，结果他发现这些人虽然认为《圣经》上记载着耶稣说的“想着爱之路的人，必须抛弃从前所走的路”这句话很有道理，可是一旦当他们面临到实际问题时，却裹足不前，将耶稣的教育完全抛诸脑后。这一点，他始终无法理解。
在施韦泽的所有计划中，最令朋友感到不可思议的是：他前往非洲是当医生而不是传教士。更让他们惊讶的是，他到了30岁，才开始研究艰深的医学。施韦泽知道自己在做什么，这项工作比任何事都困难，每当他想到未来的遭遇，就会惴惴不安。他之所以作此决定，不是一时的冲动，而是经过深思熟虑的，所以他不再瞻前顾后，而是专注于现在。
根据非洲传教士的报道，可以想像的到，他准备前往的地区是目前最迫切需要医生的地方。在非洲，只要具备医学知识，无论做任何事都会畅行无阻，据传教士所办的杂志上报道，许多黑人都企望早日解脱肉体上的病痛，却苦于没有人帮助他们解脱。为了拯救这些不幸的人，施韦泽才决定学习医学，以便为他们服务。
苦攻医学
施韦泽前去拜访医学院院长，并向他说明来意，由于施韦泽神情木然，院长认为他脑子有问题，甚至建议他去看精神科的医生。后来经过多次努力，教授被他的诚心打动了。
当时，还有很多问题尚未解决。校方认为他是大学教授，不能同时兼备学生的身份，除非是以旁听的资格，否则不能到校听课，但是学校有规定，旁听生不能参加医生资格的鉴定考试。但施韦泽毫不泄气，四方奔走，最后终于获得有关方面的支持，校方提出的条件是，如果医学院教授肯发给旁听证，他就可以参加医生考试，许多医学院教授是他的同事，都对他网开一边，免费授课。从这一天开始，施韦泽开始了长达几年的艰苦学习。
施韦泽无法立刻辞掉神学教授以及牧师的工作，礼拜日仍和往常一样上神学课和讲道，同时还得学习医学方面的课程，而且他比以往更加努力地练习管风琴。
1905年，他们创立了“巴黎巴赫学会”，会长指定施韦泽担任管风琴演奏，因而鼓励他进一步学习，每逢冬季，他必须前往巴黎演奏。他的生活被工作全部填满，几乎找不到一丝空闲的时间，在圣尼古拉教堂讲道的底稿，绝大多数都是往返巴黎与斯特拉斯堡途中写完的。在研究医学以后的几个月中，他将有关管风琴制作的论文以及《耶稣生平研究史》的最后一章完成。
1909年5月13日，施韦泽参加医生预备考试。在学习中，他备感艰辛，无论怎么努力，终究还是比不上20岁左右的青年学生的记忆力。施韦泽平时就非常厌恶为考试而读书，他认为应该为学问而读书。考试的日子终于来临。他在同班同学的帮助下，加入“应考协会”，在那里他学到考试的窍门，以及如何作答。那一阵子，他身心均感疲惫，但幸运地通过了考试，这完全要归功于在“应考协会”里受到的指导。之后的课程以临床实验为主，比过去轻松得多。
施韦泽对药物学特别感兴趣。这门课是尤康教授执教的，他是研究毛地黄（治疗心脏病药物）的专家，与修米德·倍克教授共同研究毛地黄。提到修米德教授，施韦泽就会联想起一件事。1919年春，施韦泽有事路过斯特拉斯堡的诺得福车站，有一个被驱逐出境的德国人正好在这里搭车，当他俩四目相接的一瞬，施韦泽突然发现这人竟是他所敬爱的老教授。斯特拉斯堡在第一次世界大战后，由德国割让给法国，教授因此遭到驱逐。施韦泽情不自禁地大叫起来，教授也非常吃惊。他向教授说：“如果有需要我效劳的地方，请提出来，不用客气，我会尽力去做。”
老师郑重其事地指着一捆稿纸，满脸忧郁地对他说：“我没有什么事值得担心，唯有这包东西……它是有关毛地黄的最后一批论文。听说，我们的东西在上车前都要接受检查，我怕万一遇到麻烦而被没收，到时一切努力毁于一旦，因此我一直十分不安。”于是，施韦泽答应替教授保管这捆东西，等老师抵达巴顿后再寄过去。这些论文发表后不久，教授便与世长辞了。
施韦泽刚开始攻读医学时，生活很拮据，后来出版了德文版的《巴赫论》，加上演讲酬劳，生活才逐渐宽裕起来。
1910年10月，施韦泽参加国家医生考试。12月17日，施韦泽在马德鲁库教授那儿完成了最后的外科考试，他迈出医学院，漫无目的地游荡在冬日的夕阳里。只剩实习以及博士论文了，他总算松了一口气，终于结束了医学院的学生生涯。可是他又好像失去了真实感。“这不是梦境，这是千真万确的。”他不自觉地脱口而出，周围的人都投以好奇的目光，他毫不介意，继续漫步。
准备出发
施韦泽一边撰写博士论文，一边准备前往非洲。1912年春，他辞去大学教授和圣尼古拉教堂牧师的职位。一想到即将放弃长久以来的讲道与上课的工作，施韦泽的心头就会涌现一种难以言喻的寂寥感。在他前往非洲以前，都尽量避免路过托玛斯教堂和斯特拉斯堡大学附近以免触景伤情，他想或许今生不可能再重返此地了。
施韦泽与妻子返回京斯巴赫父亲的牧师公馆，共同度过去非洲前的这段时日。他的妻子是斯特拉斯堡历史学家的女儿海伦娜·布雷斯劳，他们在1912年6月18日结婚。尚未结婚以前，她就常常帮他誊稿，是他最好的助手。施韦泽必须在远行之前，将所有著作整理出来，多亏妻子的帮忙，才能够顺利完成。
1921年春，施韦泽前往巴黎，研究热带医学，顺便购置赴非洲所需的装备用具。在此以前，他的经验只局限于精神方面的工作，现在必须看目录写订单，为了买东西还得马不停蹄地在街上逛来逛去，甚至要连续好几天。回来后，还要查看交货单与账目，以及监督打包等琐事。一切都需要他亲自处理。
生活的日用品由妻子帮忙选购，有关医院所需要的器具、药品、纱布等由施韦泽亲自购买，花了不少时间才购置齐全。这些事非常繁琐，刚开始筹备需要费上一些精力，这是不可避免的，而且丝毫不能马虎。
如果想工作进行得顺利，必须拥有一笔充裕的资金做后盾。为了筹款，施韦泽常常奔走于朋友之间，由此而体验到这种毫无说服力的工作，是如何地难以获得他人的信赖，募款也相当困难。幸亏大部分朋友都能解囊相助，他们异口同声地说：“这是你经过深思熟虑而决定的计划，我们才愿意帮忙，如果换成别人，这种冒险工作我们是不会轻易慷慨相助的。”
施韦泽也曾遇到过令人尴尬的事，当对方知道他的来意后，口气立刻大变，以一副冷漠、藐视的态度拒绝他。虽然受到侮辱，但仍然有许多人关心和勉励施韦泽，使他在精神上鼓起勇气继续为达成目标而努力。
最令施韦泽感到兴奋的，是斯特拉斯堡大学德籍教授捐助了大量金钱，帮助他在法国殖民地建设医院。施韦泽的资金多半是由圣米克莱教区捐赠的，阿尔萨斯各教区有许多牧师是他的同学或学生，他们都鼎力相助。巴黎的巴赫协会也汇款过来。由于各方的鼎力协助，资金问题终于得以解决，那些家境富裕的朋友还告诉他，如果缺钱他们会再度帮助他。
资金有了着落之后，施韦泽立即和巴黎的传教士协会取得联系。施韦泽申请在奥戈维河沿岸的传教中心地兰巴雷内自费当医生。1874年，美籍传教士首先开始了在奥戈维河沿岸的传教工作。
加蓬后来成为法国殖民地，于1892年由巴黎传教士协会接替美国人传教，因为美国人无法实行法国政府所要求的——使用法语进行学校教育。施韦泽的申请，基于神学立场不同，遭到部分协会会员的反对，协会会长却全力支持他，最后他的申请终于获得通过。
1913年2月，施韦泽将所有行李安放在70个坚固的箱子中，送到波尔多，然后再回来准备随身的行李，他打算把随身备用的一部分纸币兑换成金币，却遭到妻子的反对。他向她解释说：“我们得考虑到一旦发生战争，无论走到那里，金币的价值不会变，纸币却不同，随时有贬值的可能，如果放在银行，有时会提不出来。”
不论是法国或德国，都不希望打仗，但是他们不能不预防万一！长久以来，施韦泽一直在研究德国与法国的关系，以便更深一层地了解。这两个国家为了保持和平，彼此都作出了最大的努力，他衷心希望他们能够永远和平。可是，整个欧洲的命运，并非全然取决于德、法两国之间的关系上。如今不论是德国还是法国，都在尽量的回收金币，再由政府发行纸币，他认为这是一个不祥的征兆。而且从1911年以后，两国官员领薪时全是纸币，再也看不到金币了。