歌德对大学生活完全丧失了信心，他给在故乡的朋友写的信中，以诗的形式描述了自己幻灭的心情：
欲翱翔天际但羽翼已失，
我切身地感受到，
要假神之赐，
永远无法得到翅膀。
曾经我以为自己可以凌驾青云，
但至此雄心已烟消雾散。
叱咤风云的英雄，
显赫的名声令我觉悟，
荣耀得来不易；
有感于此，我向往崇高的飞翔，
如同老鹰憧憬太阳，
怀着鲲鹏之志。
但现实中我却如垃圾堆中的虫儿，
扭曲、蠕动着努力往上爬，
更高、再高，
绷紧的神经战栗不安，
终究虫儿还只是虫儿。
一阵旋风把垃圾与虫儿一道卷高，
虫儿自信地以为自己是老鹰，
惊喜得泫然欲涕，
风止了，垃圾飘落地面，
虫儿随之坠落，
一如往昔在地面蠕动。
在这段松散冗慢、浮躁不安的时期里，歌德很幸运地得到了一些良师益友的引导和帮助。一位宫廷顾问官教会了歌德更重视诗的题材以及文字处理方面的简洁。还有一位被歌德形容为“世界罕见奇人”的朋友，他成功地安慰了歌德的不安与焦躁，引导歌德培养正确的生活趣味。他也是第一个对歌德的诗作展开评论的人，对于歌德早期一些带有启蒙主义风格的诗，他认可的并不多。当时与歌德特别亲密的是莱比锡的一位艺术家，从他那儿，歌德学到了铜版画和铜版雕刻术，同时他也向歌德灌输了古典主义的艺术观。
莱比锡的大学生活给歌德的另一个收获是他的爱情。这是歌德一生中第一次真正的恋爱。1766年，歌德在每天吃午饭的那家饭馆，认识了温柔漂亮的少女安娜。安娜风姿绰约，聪明灵活而且温柔爽朗。她和歌德几乎天天见面，殷勤地为歌德准备午饭，甚至晚上还带酒菜来给歌德享用。没过多久，他们就双双坠入爱河，之后的日子充满了甜蜜。
歌德在写给朋友的信中曾经提道：“我爱上了一个既没有地位又没有财产的姑娘，同时我也感受到了真正的爱情所带来的快乐。”
这段爱情持续了将近两年，到1768年的春季，有一次，歌德抱病去探望安娜，却意外地发现她正在和别的男人谈话。嫉妒之火越烧越旺，煎熬着歌德。于是，这段恋情宣告结束。
现存的歌德剧作中最早的小品《恋人的情绪》就由此而产生。
安娜在1770年嫁给了一位受人尊敬的博士，他日后成了莱比锡市的副市长。
在将近三年的莱比锡留学生活中，歌德的心境由希望到失望，再恢复对生活的信心，正当这段留学生活功德圆满，接近尾声时，一向身体不甚硬朗的歌德病倒了。1768年7月，歌德开始咯血，这场病痛一度危及到歌德的生命。8月，他返回法兰克福休养。
我于1768年8月，离开莱比锡，坐出租马车回法兰克福，同行者有二三位熟人。故乡一步步地接近，更唤起了我离乡时，抱着何种期待与希望起程的记忆。而此刻，我竟像一艘触礁的船，身心俱碎地回来，这种意念沉沉地击中我的心。”（《我的生平诗与真》）
歌德在家乡养病期间，接触了母亲的很多教养良好、信仰虔笃的女性朋友。其中有一位小姐，她中等身材，有点清瘦，为人诚实，态度亲切自然，熟知社会上和宫廷中的礼仪。她永远不失明朗沉静，认为生病是无常生命的必然情形，应以最大的耐心来忍受。
她用她自己的方式来解释我的不安焦躁、努力、摸索、寻求、思念以及动摇，率直地告诉我她的信念，并下断语：“这都是因为你不愿和神和解的结果。”其实，我从幼年时起就认为自己与神之间是和谐的，我还由种种经验中得到神负欠我较多的印象，因此厚颜地认定我才是有理由赦免神的。同时还觉得，我的自许乃是基于无可比拟的善良意志，所以神应该助长我这种意志才是。不用说，我常因这个观点和她争论，不过这种争论都是在非常亲切的气氛下进行的。最后，她总是认定我是个该在各方面得到原谅的年轻笨小子。（《我的生平诗与真》）
这期间，这位小姐的感化培养了歌德泛神论式的宗教感情。此外，他还受到一位年轻医生的影响，这位年轻医生不仅治疗歌德肉体上的病痛，还对他精神上的恢复有很大的贡献。在他的引导下，歌德潜心研读泛神论思想家的著作，并和自己读到的一些宗教著作加以比较。
长时间的静养和阅读，使歌德对自然科学产生了浓厚的兴趣。
健康已稍恢复，加上时令也好起来，我又能回到楼上房间起居，于是马上弄了个小小的设备。我准备了有热砂槽的小火炉，并很快地就学会制作蒸发混合物的容器。在那儿，大宇宙与小宇宙以神秘而不可思议的方式被处理。尤其是靠鲜为人知的方式制造中性盐，是我热衷而乐此不疲的一件事。（《我的生平诗与真》）。
1769年，在歌德写给莱比锡一位朋友的信中，我们可以看出他对时代的看法及对自然界日益浓厚的兴趣：
哦！我亲爱的朋友，光就是真理，但太阳并非真理，夜里它是黑暗的、死寂的、违反真理的。美是什么呢？不是黑暗，也非强光，美是幽幽柔和的光线，是存在于真理与非真理间，而涵盖双重意义的；美的世界暧昧难明，即便是哲学家也会误入此迷宫。
……
谈到我目前的生活，我将一切献给了哲学，我隐居而将自己孤立起来。圆规、纸、笔、墨水以及两册书就是我全部的工具，用最简朴的方法去认识真理，结果比在图书馆中钻研的人成就更大。既是伟大的学者又是哲学家的人凤毛麟角，因为人们总是埋首于书本，而忽略了大自然这本包罗万象的大书，事实上，真理就藏在一切朴实的事物中。
赫尔德的影响
1770年春，歌德21岁，他的病休养了一年半终于痊愈。病愈后，他再次离开故乡，前往斯特拉斯堡大学，继续其在莱比锡未完成的学业。在歌德的一生中，再也没有比这段时间收获更丰富的时期了。
歌德到达斯特拉斯堡的当天，就被城中哥特式的圣堂所征服。当时的多数人都将哥特式建筑批评得一文不值，而歌德却是少数欣赏者之一。后来歌德在一部作品中曾盛赞此圣堂，他这样描写他对圣堂的第一印象：
我站在圣堂前面，被一种无可言喻的敬畏感震慑住，庄严宏伟，顶天立地的印象充满我的心，但这伟大的整体却是由数以千计的小部分所构成。我尽情地享受这动人的印象，却无法更进一步地去认识它、了解它。为了体会这承袭于造物者，充塞于天地间的喜乐，并把握上一代的人表现于建筑物的伟大精神，我屡次来到这神圣的殿宇前面，在一天中任何有光线的时间，从各个不同的角度、不同的距离，观察再观察。面对着同胞们高贵的作品，除了赞美外，却不能有更进一步的作为，这对我的内心来说，是一种莫大的痛苦。在薄暮微弱的光线中，这由无数个体构成的伟大建筑物，以凌空之姿，巍峨耸立在我的灵魂面前，我尽情地让心灵浸润于这不断涌现的喜悦中。夕阳余晖照进我因凝视而疲惫不堪的眼晴里，这一代巨匠伟大的灵感，变成一种启示，静静地展现在我面前。
在领略过这个城市美丽的风光之后，歌德开始努力钻研各种学问。
由于兴趣使然，他放下了父亲希望他学习的法律学，转而认真地研读医学、史学、哲学、神学与自然科学。当时他在备忘录中记下了已经读过或计划将来要研读的书，这其中广泛地包括苏格拉底、柏拉图、亚里士多德、托马斯·莫尔等人的著作。