年底的时候，海顿来向莫扎特道别，说他要动身前往伦敦寻求名声和财富，并且劝莫扎特与他同行。莫扎特拒绝了，原因是他的身体状况实在太差，常会感到疲乏，而且康丝坦兹又在怀孕，不适于旅行。
当海顿离去后，莫扎特痛哭失声，他相信自己永远不会再见到这位不断赞美、欣赏他的好友了！
转眼到了1791年，这是莫扎特在人世间的最后一年。一位听众说，这一年莫扎特写的每一部作品都别有特色，因为这是最后一年。
莫扎特已经很多年没有举行专场音乐会了。3月间，他在一次慈善音乐会中演奏。之后，打算举办一场公开音乐会。为了这次的演出，莫扎特写了他最后一首钢琴协奏曲——第二十七号（K.595）。这首曲子与他稍早一点的作品比起来，声音更为紧凑、简单，更具有他个人的风格。
这首曲子之后被形容成具有“接近衰老”的特质，但是莫扎特当年依然年轻，依然像所有那个时代的年轻人一样喜欢一些笑话和胡扯的故事，不论他的音乐如何充满了听天由命的意味，它却从没有失去历久弥新的新鲜感，生命的确以另外一种形式在继续。
莫扎特的忧郁在这个时候减轻了很多，因为他的一位朋友拿来一份新歌剧的委托书。这位朋友是个演员，他叫斯勘奈德，他当时已经接收了市郊的一家比较大的剧院，经常举行一些哑剧、闹剧和各种杂耍的演出。
斯勘奈德也是一名共济会会员，曾经写过一个故事，很有些混乱不清的感觉。其中一部分是神话，一部分是低级的滑稽剧，还有一部分是严肃的哲学理论和政治隐喻。他希望莫扎特为它配上音乐。莫扎特则决定将它改写成真正的歌剧，用适当的音乐体裁将各部分合并在一起。它将使用德文演唱，并有很多对白，这会吸引一些与贵族那些势利眼观众完全不同的平民欣赏者。
只要一有工作，莫扎特的心情便又愉快起来，虽然疾病、金钱这些令人烦恼的问题一刻也没有离开过他。
他的工作曾不止一次被打断。6月间，康丝坦兹再次前往郊区的矿泉疗养，莫扎特曾去探望她，并且作了一首小的教堂音乐（K.618），这首作品有着清晰的超脱尘俗的声音，很像他之前写的共济会音乐。后来一位评论家曾写道：“这首音乐具有超脱尘世的特质，人们无法想象它是来自人类的，除非这个人已面临毁灭。”
7月间，莫扎特写信给妻子说：“我无法形容我的感觉——一种使我受到极度伤害的空虚感，一种永远无法满足的渴望感。”
康丝坦兹在月底回到家中，莫扎特的第六个孩子——法兰兹平安诞生，而且顺利地活了下来。他后来继承父亲的衣钵，成为钢琴家和作曲家，自称是小莫扎特，他的音乐当然不可能表现出他父亲的天才。就像他的哥哥卡尔一样，他靠父亲的遗产过着相对富足的生活，到1844年去世时也没有结婚。
《安魂弥撒曲》
在莫扎特的这部歌剧快要完成时，又来了一项新的委托。一位穿灰色衣服的高大陌生人来到莫扎特家，委托他写一首《安魂弥撒曲》，酬劳相当高，而且可以先付一半，但是有一个条件：这首《安魂弥撒曲》必须一直保密，也不能向任何人说起委托人。莫扎特同意了。
他立即开始工作，这种委托是他之前从来没有碰到过的，神秘的委托人、慷慨的交付方式，都使他吃惊。他在发烧和疲乏的状态下，曾经想过那个陌生人就是来宣布他即将死亡的传信人，他正在为自己写《安魂弥撒曲》。
事实上，这个神秘人物是瓦赛格伯爵的管家。瓦赛格是一名业余的音乐家，他也像当时的很多贵族那样，出钱请有名的作曲家作曲，然后署上自己的名字对外发表。当时，伯爵夫人刚刚去世，他希望用一首《安魂弥撒曲》来表示对她的悼念。本来，这是一件十分庄严且充满真挚情感的事情，瓦赛格却丝毫不介意用这样一种冒充欺骗的行为来完成它。
这期间，第三项委托也来了。利奥波德二世获得了波希米亚国王的头衔，将在9月前往布拉格加冕。他给了莫扎特一个剧本，要他配乐写成一部严肃的歌剧，这种形式自从《依多曼尼奥》之后莫扎特就再也没有用过。
虽然对这种陈旧的歌剧结构毫无兴趣，而且也不愿旅行，但是莫扎特无法拒绝。8月底，莫扎特和康丝坦兹，以及他的一个学生福兰兹·苏斯迈尔动身前往布拉格。那个灰衣陌生人在他出发前曾来找他，问他那首《安魂弥撒曲》写得怎样了。
这部歌剧预定两星期后上演，所以莫扎特的时间非常紧，他坐上马车就开始写，在旅馆里则写到深夜，排演前的几小时里才写完最后几笔。
这是莫扎特和他的学生合作完成的作品，苏斯迈尔写了其中的宣叙调，莫扎特则完成里面的抒情调和合唱。
这部歌剧叫做《台塔斯的仁慈》（K.621），它有些呆板、正式，不像莫扎特晚期的其他歌剧那样具有心理渗透力。但这部歌剧里却包含着一些特别浪漫的气氛，其中有半音阶的旋律、丰富而刺激感官的曲谱，以及一段奇妙的合唱。它的内容主要是描述了罗马丘比特神殿的火灾、暴动和谋杀。它不算成功，利奥波德二世的皇后将它贬得一文不值。但是，后来其中的一些可爱的曲调和道德宣扬上的主旋律，使它成为莫扎特在19世纪大半时间里最受欢迎的歌剧。
《魔笛》
9月间，歌剧《魔笛》（K.620）完成。莫扎特曾亲自指挥首次公演。《魔笛》讲述了这样一个故事：埃及王子塔米诺被巨蛇追赶，后来被夜女王的宫女所救。夜女王拿出女儿帕米娜的肖像给王子看，王子一见倾心，心中燃起了爱情的火焰。夜女王告诉王子，她女儿被坏人萨拉斯特罗抢走了，希望王子去救她，并允诺只要王子救回帕米娜，就将女儿嫁给他。王子同意了，夜女王赠给王子一支能解脱困境的魔笛，随后王子就起程了。事实上，萨拉斯特罗是智慧的主宰、“光明之国”的领袖，夜女王的丈夫死前把法力无边的太阳宝镜交给了他，又把女儿帕米娜交给他来教导，因此夜女王十分不满。夜女王企图借助塔米诺的力量摧毁光明神殿，夺回女儿。王子塔米诺经受了种种考验，识破了夜女王的阴谋，终于和帕米娜结为夫妻。
莫扎特的音乐中富有人们所能想象到的一切变化。《魔笛》里，夜女王唱的是冷冰冰的花腔，比在意大利歌剧中所能找到的任何花腔的变化都要多。塔米诺唱的是流行曲调和华尔兹。萨拉斯特罗和他的部下们唱的是共济会风格的音乐，丰富、深沉而感人。萧伯纳对这部歌剧的评价很高，称它是“从上帝口中唱出来的音乐”。
这部歌剧的第二幕中，当夜女王强迫她的女儿去杀萨拉斯特罗时，音乐的变化和对比更为强烈。这首“复仇抒情调”用快速、强烈、冷淡而惊人的声音跳上跳下，达到了歌剧最高的音符。紧接着，萨拉斯特罗唱出和平与宽恕，他的抒情调“在这些神圣的会堂里”是缓慢、柔和、热情而舒适的，逐渐降到男低音范围内最低的音符。
《魔笛》是一个杰作。斯勘奈德饰演塔米诺，康丝坦兹的大姐饰演夜女王。观众们不断地喝彩，但是莫扎特却更为感谢他所说的“无声的喝彩”。
《魔笛》的初次演出，就为斯勘奈德赚了一笔财富。同月，莫扎特完成了他最后一首管弦乐，这是一首竖笛协奏曲（K.622）。它那令人心碎的慢乐章极具表现性，似乎不是竖笛，而是一个声音在低唱。
康丝坦兹这时发现莫扎特病得更重。她劝他安静休养，但他坚持要将《安魂弥撒曲》写完。有些时候他还能工作，有些日子虽想工作但却无法拿起笔来。
他感到好像是中了毒，用今天的医学观点来看，他很有可能是患了尿毒症。这之后，欧洲大陆上不断流传着一个谣言，说他的敌手萨列瑞曾对他下毒。实际上，萨列瑞虽然一直嫉妒莫扎特的才华，但他曾是《魔笛》的座上宾，而且对这部歌剧大为赞扬。可是不管怎么样，这个谣言流传至今，后来俄国诗人普希金还根据这个故事写过一首诗。
萨列瑞在1825年去世，他在生命的最后几年里已经精神错乱，但仍不断地否认曾对莫扎特下毒。
当莫扎特觉得健康状况略为好转时，他会到上演《魔笛》的剧院去看看，每次看到观众爆满时总是觉得快乐而欣慰。
身体不舒服时，莫扎特就虚弱而痛苦地躺在床上。他看着表，唱着《魔笛》中的音乐，往往与剧院中正在上演的进度不差分毫。
11月初，莫扎特稍微好转，他为共济会写了一首短的清唱剧，结尾的歌词是：“弟兄们，请把你们的手握在一起。”中旬，他亲自指挥这首清唱剧的演出，这是他最后一次的公开露面。
莫扎特利用所有能够利用的时间写他的《安魂弥撒曲》，有时候实在不能执笔，就改用口述，然后由苏斯迈尔完成书面的记录。月底的时候，《安魂弥撒曲》（K.626）终于完成。
曲中有一个部分来源于亨德尔的《弥赛亚》，而且其中有些地方听起来不是很好。但是它最好的部分，比如“悲惨曲”，那些情绪上的强烈，表现了莫扎特此时的心情。
1963年11月，莫扎特的《安魂弥撒曲》曾在美国总统约翰·肯尼迪的葬礼上演奏，并由卫星传送到世界各处。
英年早逝
1791年12月4日晚，莫扎特的家人和朋友们为莫扎特演唱这首《安魂弥撒曲》，他已经病得无法在钢琴上弹奏它了。
当他们唱到“悲惨曲”时，莫扎特开始呜咽起来，很快地就神志模糊，全身僵硬了。他们赶紧派人请来一位牧师。由于牧师不认识这位作曲家，所以很勉强地前来为他主持临终的仪式。
第二天凌晨大约一点钟，莫扎特在距离他三十六岁生日还差一个月零二十二天的时候离开了人间。
尽管有人作过很多研究，但他的真正死因始终未能确定。有一段时期，人们说他是精力消耗殆尽，但据现代科学推测，可能是因为尿毒症或是急性关节风湿症，也有可能是两种病的并发。
康丝坦兹受不住打击崩溃了，由斯维登代办一切葬礼。殡葬采用最便宜的一种形式，只不过勉强保有一点尊严而已。莫扎特被和另外二十具尸体合葬在一座没有标识的公墓中，举行了简单的丧葬仪式。这样做除了为节省金钱外，也是为了避免莫扎特生前讨厌的虚饰和迷信。
教堂里只有三个送丧者：斯维登、苏斯迈尔，以及被世人传说下毒害死了莫扎特的萨列瑞。他们都没有送遗体前往公墓，据说是因为当时的天气不太好。
与莫扎特这样凄清的葬礼形成鲜明对比的是三十六年后贝多芬的葬礼，当时有两万名维也纳人跟随在贝多芬的遗体后面，一直送他到最后安息的地方。
莫扎特去世以后，他的音乐几乎立即受到全世界的注意，其实这些早在他活着的时候就应该受到关注。莫扎特的遗孀康丝坦兹举办了一连串的莫扎特作品音乐会，以筹措她自己和两个孩子的生活费。莫扎特死后还留下三千元银币的债务，相当于他两年的薪水加上三部歌剧的报酬，不过这笔债很快就还清了。死亡提高了莫扎特的名声和他的音乐在金钱上的价值，提高的程度几乎无法衡量。
1798年，欧洲最著名的音乐出版公司宣布出版莫扎特的全部作品。以前，尽管利奥波德和莫扎特多次要求，但这家公司始终拒绝出版他的任何作品。
康丝坦兹的运气似乎也好转了，她认识了一位丹麦外交官，他叫乔治·范·尼森，对莫扎特音乐的爱好使他们结合在一起。1809年，他们结婚。之后夫妇二人在哥本哈根停留了一段时间，最后定居在萨尔斯堡。在这之前，丧夫寡居的南妮尔也搬到了这座城市，以教授钢琴为生。可是姑嫂二人并没有什么来往。南妮尔在1829年去世，享年七十八岁。康丝坦兹则于1842年七十九岁时去世。
1828年，关于莫扎特的第一本传记出版，他的作者正是康丝坦兹后来的丈夫尼森。
到19世纪，莫扎特的歌剧以及他的音乐，受到了广泛的认同和喜爱。首先是在音乐家之间，后来扩展到一般大众。他的音乐总是能给人不同寻常的力量，后来的一位作曲家临终时说：“不朽的莫扎特，多亏了你，我才能在走完这一生以前，深深受到震撼，也才能在离开人世以前，深刻地觉得自己曾经爱过人。”
1861年，维也纳市在一个可能是莫扎特坟墓的地方竖立了一块纪念碑。那是一根维多利亚时代式样的柱子，形状不算好看，边上有一位哭泣的天使。