母亲病逝
1778年6月，安娜的身体坏到了极点，当时的医疗条件很有限，想要痊愈几乎是痴人说梦。7月3日，她在一次大量放血之后，永远离开了人间，享年五十七岁。母亲从生病到去世，莫扎特一直随侍在侧。第二天，她被葬在巴黎，哀悼者有莫扎特和他的一位小号手朋友。
母亲的去世使莫扎特第一次感受到深切的悲哀，葬礼那天晚上他接连发出两封信，其中的感情相互矛盾却也相互补充。
第一封信是给他父亲和姐姐的，开头这样说：“亲爱的母亲病得很重……”他并没有如实告诉父亲和姐姐，母亲已经去世的消息，这种隐瞒我们可以理解。接着，莫扎特为了安慰父亲和姐姐关于母亲病重的悲伤和担忧，把这封信转成了闲谈式的愉快的风格，详细地描绘了他的《巴黎交响曲》的演出和他在歌剧方面的机会等。
第二封写给他在萨尔斯堡的朋友，莫扎特请他把真实的情况告诉父亲和姐姐，他写道：“这是我有生以来最悲哀的一天。母亲病危时，我向上帝只乞求两件事：让她走得安详一些，以及在她走后，给我力量和勇气。”
几天之后，不知道是不是上帝听到了莫扎特的祈祷，他恢复了工作，为他的《巴黎交响曲》重新写了一个较为快乐的慢乐章，并且作了一首新交响曲。
这时，利奥波德已经知道了妻子去世的消息，他写信来询问莫扎特。莫扎特的回信里说，母亲临终时“极为安详而美好”，他感觉到“在那一刻，母亲似乎变得很快乐。现在，她也确实比我们快乐得多。我曾在那一刻有过希望和她一同离开世界的想法”。
利奥波德对妻子的去世自然十分悲伤，他在信中开头说：“我的眼泪几乎使我无法下笔。”但是，他认为这在某种程度上是上帝的安排，任何人都无法改变，只能承受。莫扎特那种想要和母亲一起离世的念头才是他此时最在乎的，他不能容忍自己费尽心血培养的精品就这样打碎，他在信的末尾提醒儿子：“无论如何不要失去你现有的任何东西。”
其实，莫扎特的想法是母亲去世时的过度悲伤造成的，不过是一瞬间的念头。他还是希望活着的，因为他还有更多的乐曲要写，还有更多的爱等着他去体验。月底的时候，莫扎特拟订了一项计划，要把阿蕾西亚接到巴黎来。
莫扎特在他母亲去世后所写的音乐中有一首小提琴与钢琴奏鸣曲（K.304）。这首曲子僵硬而贫乏、紧张而冷酷，几乎不是莫扎特该有的风格。音乐与记忆之间的关系复杂而微妙，有时候身为听众的我们并不能完全理解作者的意图，或许这首曲子正表达了他当时绝望的心情。
另一首作品是他的第八号钢琴奏鸣曲（K.310），用低调写成，风格严肃而悲伤，正像莫扎特的大多数钢琴独奏音乐一样，这首奏鸣曲是准备给莫扎特在音乐会中使用和业余音乐爱好者在家中弹奏的。
钢琴起初只是一种家用乐器，它能在音乐会上以明星的姿态出现，并且此后很多年一直占据音乐会使用乐器的主导地位，莫扎特的作曲和演奏功不可没。
同一时间，他还写了第十一号钢琴奏鸣曲（K.331），这首曲子跟前两者不同，是明朗而愉快的，用所谓的土耳其轮旋曲作结尾，有点像他稍早时候的小提琴协奏曲。
与肖邦和李斯特相比较，莫扎特的钢琴曲在技巧上就显得相对简单了，因此它们常被用来教初学者。但是要想将莫扎特的作品弹奏得很完美，却也不容易。这些作品有着清晰的五线谱和简单的结构，演奏时即便有一丁点错误，或者遗漏了一个并不起眼的音符，都特别容易被察觉，所以敷衍了事是不可能的。正如一位钢琴家所评论的那样，莫扎特的钢琴曲“对儿童太容易，对成人又太难”。简单中蕴涵着复杂，这是关于莫扎特的许多矛盾词汇中的一个。
从巴黎一位朋友那里，利奥波德听到了关于他的儿子为什么没有成功的评论：“他太信任别人，太不好动，太容易被人利用，对可能使他发财的各种方法太不热心。要想在这里令人印象深刻，才华是一方面，还要精明、有进取心、胆子大。我认为莫扎特在音乐方面的才能有目前一半就够了，但是狡猾算计的本领要增加一倍。”
写这段话的人和利奥波德似乎都没有意识到，莫扎特已经得到一笔真正的财富，那就是他那些无人能比的优美作品，它们能够向离1778年的巴黎更远的人们直接展现他的才华，使他的生命永垂不朽。
利奥波德认为莫扎特该回萨尔斯堡了，他一连写了几封信，企图劝说莫扎特回来。各种说服的方法都用上了，包括表示在萨尔斯堡有一个新的职位在等着他。
返回萨尔斯堡
莫扎特虽然遵从了父亲的意思离开巴黎，但是他并没有一路马不停蹄地直接赶回萨尔斯堡。9月，莫扎特从巴黎出发，一路上常常停下来为音乐会演奏，11月抵达曼海姆，他仍然希望能在德国歌剧院里找到工作，但是没有如愿。这一时期的曼海姆发生了一些重大的改变，宫廷和其中的乐器都已迁移到慕尼黑。阿蕾西亚在与莫扎特分开之后，受聘为歌手，也去了那里。莫扎特立即前往慕尼黑。
当莫扎特出现在阿蕾西亚家中时，阿蕾西亚并没有表现出情人久别重逢该有的兴奋和欢愉，她抛弃了莫扎特。当时她的事业正在顺利地展开，心中有着比结婚更大的事要做，那就是成为一位成功的音乐家，举办巡回演出。
多年以后，阿蕾西亚追忆莫扎特的时候，还谈到了这次拒绝。她说，自己当时对莫扎特的伟大天才一无所知，只看到“一个前途坎坷郁郁不得志的小人物”。
莫扎特的反应有些矛盾，他曾坐在钢琴前弹奏一首流行歌曲，其中有一句歌词是：“我将高高兴兴地离开那个不要我的女孩。”
可是，利奥波德的一位朋友写信告诉他说，莫扎特因遭到抛弃而萎靡不振，他希望利奥波德对莫扎特的态度能尽量温和，因为“他的整个快乐和欣喜都集中在他父亲和姐姐的身上。除了他们，世界上的任何人和物对他都毫无意义。”
由此可见，莫扎特的个性和他的音乐一样，欢乐和悲哀同时同地并肩存在。
1779年1月，莫扎特回到萨尔斯堡，担任宫廷的风琴手之职。
他回来后的前两首作品，一喜一悲，风格十分对立。它们都是使用两种独奏乐器的协奏曲。双钢琴协奏曲（K.365）是为他和南妮尔写的，具有愉快的吸引力；而小提琴与中提琴协奏曲（K.364）则显露出深沉的忧郁和深情，而且充满痛苦。
这期间，他继续写一些节日性的户外音乐，在贵族们要求的纯粹的娱乐中渐渐加入严肃的感觉。在他的第九号小夜曲（K.320）中，他加入了一种马车喇叭，这是马车夫用来宣布抵达目的地时用的喇叭。
莫扎特还为一幅圣母玛利亚画像的加冕写了一首弥撒曲，但是这首《加冕弥撒曲》（K.317）听起来却有歌剧的味道，风格很像后来《费加罗的婚礼》中令人难以忘怀的爱情曲调。