区域开发是一项多目标、多因素、多部门的综合体系，随着区域开发与治理的深入，我国逐步开始重视区域发展的管理体制和组织机构的建设。以开发长江水利为例，最初设立了管理和规划整个流域的长江水利委员会，建设葛洲坝水电站时又成立了葛洲坝管理局。因长江三峡水利工程而组建的长江三峡建设委员会，是我国区域组织和管理模式的典范，真正实现了我国区域开发和治理的组织制度和管理模式的创新。但是，我国区域发展的管理体制和组织模式并不是通过立法形式创设和认可的，没有稳固的立法基础和制度安排，而是国家政策制定的产物。我国涉及对地方进行管理中央政府部门，几乎无一具有立法意义上的区域政策与规划资源。其中有许多涉及地方发展援助的部门，各有一定的资源，但无一专门协调区域行动的机构。最终的结果是“事事有人管（有好处的），事事无人管（有麻烦的）”、中央部门间冲突不断且将其延伸至地方，而且冲突解决无规可依。随着利益格局的调整，部门与区域冲突有加剧之势，这都呼唤有一个统一的区域管理机构。由于区域政策与规划是政府的工具，无论是其形成，还是贯彻与评估，都需要一定的机构来负责。从发达国家的实践来看，这类机构不论如何设置，都是立法的产物。显然，我国区域组织模式的形成还要通过法律的确认，区域开发和管理组织模式必须走法制之路。尤其是在我国区域开发和管理过程中，一些跨区域的基础设施和工程的建设，如青藏铁路、西气东输、西电东送、南水北调、黄河流域的治理与利用、长江流域的水源保护与开发和利用、长江上游的生态保护、西北沙漠的防沙治沙等，直接关系到我国区域开发和国家整体现代化的实现，又是区域开发过程中面临的重大现实问题。必须在区域开发的组织和管理模式上进行制度创新，设立负责区域开发的专门机构来实施跨区域的开发与治理，它应超越各区域利益本身，直接向中央政府负责，实现区域间的协作与联合，避免在各地方区域开发与治理中出现各自为政的现象。其基本职能应是：编制区域社会、经济、环境等方面的发展规划；提出区域经济发展的建议并报请中央立法机构审批；具体执行经过立法程序通过的政策、规划与其他规则，协调区域之间、区域与中央政府之间的关系；与财政、计划、金融等部门进行平衡协调，统一管理专门的区域基金并约束有关部门的区域资源的使用方向；具体负责区域划分工作，组织实施全国性跨区域重大项目，提供技术援助，组织研究重大区域问题，提出区域开发的立法建议等。
三、建立国家援助法治机制
国家援助是促进落后地区开发的基本手段，但如果对援助的对象、标准、目标和方式没有明确的法律规定，就容易导致援助的随意性和低效率，并引发权力腐败和地区间为争取援助的不正当竞争。因此，必须把国家对落后地区的援助纳入法治轨道。美国是通过法治机制来实现国家援助的典型。美国政府把援助欠发达地区经济发展置于严格的立法、执法和司法的过程中，联邦政府根据国会通过的有关法律，制定具体援助计划，审查批准援助项目的申请报告，拨付一定比例的款项给州政府，并定期审计资金的使用情况。州政府要制定如何使用援助资金的法规和会计制度，具体指导和监督援助计划的实施。落后地区要想获得援助，必须提出详细申请；在援助项目被批准后，受援地区有权要求有关部门提供使用援助资金的详细内容报告，同时必须接受联邦政府按照法律程序进行的监督和审计；一旦被发现有违法行为，则随时会被停止援助，当事人还要承担法律后果。各级政府的权责都是由法律明确规定的，必须严格依法办事，从而保证了援助项目落到实处。以阿巴拉契亚区域开发为例，根据《阿巴拉契亚区域发展法》，最初的联邦拨款为10亿美元，同时要求有关各州提供相应的配套资金，这使得用于阿巴拉契亚地区发展的联邦和州的资金的总量达到了15亿美元至19亿美元，联邦政府各种援助都强调依靠地方的投资建立新企业，增加就业机会，并要求受援助地区在接受援助之前，必须呈交一份综合的地区经济发展总体规划，并根据实际情况不断加以修改，否则联邦政府不予赠款或贷款。又如，意大利开发落后地区时，对有些风险大、回报慢的投资项目，经过中央政府和南方开发局协调，交给国家参与制企业（即国家出资金，实行私有企业体制）操作，并通过法律规定，国家参与制企业必须将其工业投资的40%和新建厂投资的60%投到南方，后来又分别提高到60%和80%。而其他的大量的风险小、回报快的开发项目，则鼓励和资助私人经营。这样一来，公、私大小企业相互依存，促进了南方经济的发展。
在我国，对落后地区的财政支付援助工作是一项政策性极强，又非常敏感的工作，这些工作做得好与不好，直接关系着贫困地区的发展。为了防止其中可能出现的项目立项不合理、资金浪费、贪污、挪用扶贫资金等现象，应借鉴美国、意大利等国运用法律手段规范援助工作这一做法，建立起规范的法治运作机制和监督机制，把实施对落后地区的援助工作纳入法治化轨道。一是以法律的形式明确中央和各级地方政府在区域发展中的责任，合理确定各自的负担比例，保证扶贫资金的投入。加快建立和完善财政转移支付制度，确保扶贫资金到位。二是对于扶贫项目的审批、扶贫资金的拨付和使用等关键环节，通过加强立法和监督，增加公开性和透明度，优化调整扶贫资金的使用、分配结构，减少项目决策失误和地区受益不均。依法建立健全扶贫项目的会计、审计制度，加强对项目的审计、监督，扩大审计面，加大上审下、交叉审的力度。三是建立公共投资和地方投资的监督和评估系统，要求被资助的企业定期向地方政府、地方政府每年向中央政府通报资金使用的情况，对贪污、挪用扶贫资金的单位和个人予以严惩，保证扶贫资金的及时足额到位和有效使用。建立激励机制，对各类扶贫资金的分配，既要考虑贫困状况，也必须与扶贫工作的绩效挂钩，改变干好干差同样分配扶贫资金的做法，努力提高扶贫资金使用效益。
四、培育区域经济增长极
增长极开发是区域经济开发的一个重要模式。增长极开发模式要求选择适宜的区域和地点培育增长极，根据当地资源、资金、外部环境和社会经济基础，确定适合本区域的主导产业及其发展规模，把培育城市增长极与乡村增长极结合起来。对增长极要集中投资，创造适宜的软环境，产生较高的投资效果。在区域经济发展过程中，经济增长主要依赖于主导产业群和有创新能力的企业，依赖于中心城市增长极的带动。这要求通过制度安排，吸引并促进生产要素流向规划中的地域空间，如区域经济增长中心、主导产业和有发展前景的创新企业等，促进重点区域加快发展，从而形成区域经济发展的增长极。通过增长中心的发展带动周围腹地的经济增长，并增加贫困人口的就业机会。美国在阿巴拉契亚地区的开发计划中明确规定，公共投资集中放在那些增长潜力较大和投资收益较高的地区。为此，开发委员会根据增长潜力的大小，确定了125个增长中心。这些增长中心一般由一个或多个社区组成，它们主要承担为周围腹地提供各种就业机会以及文化、社会和商务服务的功能。这些大小不同、功能各异的中心组成为不同层次区域服务的增长极分层结构，行使着人口迁移、商品流动、资本集聚的职能。增长极与周围地区相互作用，彼此促进，充分发挥着辐射带动作用。日本则通过实施一系列的中小城市综合开发计划，完善了日本的城镇体系，建立和培育了各种不同形式的经济增长极。冲绳振兴开发计划使札绳市成了该地区的经济增长极和地方中心城市；北海道综合开发计划使扎幌市成为该地区的增长极和中心城市。巴西利用法治来促进马瑙斯自由贸易区的建立和发展，在20世纪60～70年代，堪称用法治手段来培育经济增长极的全球典范。为了弥补政府财政投入的不足，1967年巴西政府公布了288号法令，在亚马逊首府玛瑙斯1万平方千米的地区建立玛瑙斯自由贸易区，以优惠的税收政策吸引国外的和内地的企业前往投资设厂。在自由贸易区设厂的私人企业10年内免交所得税，用于扩大再生产的进口商品免交进口税，从巴西其他地区进口的消费品和原材材料免交商品流通税等。同时设立亚马逊投资基金，从资金上扶植具有战略意义的项目。自由贸易区的建立，有力地促进了电子、摩托车等技术密集型产业的发展，并带动了配套企业和服务业的发展。经过几十年的开发，玛瑙斯的年产值近百亿美元，电子产品占全国市场的15%，彩电产量占全国市场的80%，钟表产量占25%。该区现已成为巴西主要的经济增长中心，成为亚马逊地区乃至全巴西制造业发展的主要辐射源和增长极。可见，通过法律制度安排和制度变迁，努力培育增长极，发挥其带动和极化效应，加快区域开发，是各国区域开发的共同做法和成功经验。法国的八个平衡大城市计划，意大利南区的巴里·塔兰托·布林迪工业综合体等都是采用这种办法。
从我国目前的国情看，实行全面推进的均衡发展战略是力所不及的，在区域开发决策中，主要实行非均衡协调发展。按照国家对区域开发的总体目标和地区特征，高度重视增长极的成长，选择作为增长极的地区产业优先、重点发展，再发挥这些地区、产业的扩散作用，带动其他地区的发展。通过法律制度规定的财政转移支付、财政资助、财政补贴等财政政策、金融政策和法制手段，鼓励资本、技术、信息、人才等生产要素流向有发展能力的企业、主导产业群、区域性中心城市，强化经济增长极的聚集效应和扩散带动效应，从而带动整个区域经济的发展。