马歇尔是否要作出修改还不清楚，但在麦克阿瑟回到新几内亚几天后，马歇尔派作战处处长约翰·赫尔少将前往澳大利亚。赫尔希望更多了解有关麦克阿瑟解放菲律宾的计划。麦克阿瑟告诉赫尔应该绕过的是台湾，而不是吕宋。位于吕宋的空军和海军部队可以轻而易举地孤立台湾。没有必要攻占它。另一方面，他奚落了金提出的通过实行海军封锁削弱菲律宾的日本兵力的建议，麦克阿瑟认为，如果这种封锁能伤害谁的话，那伤害的也只能是菲律宾人，而不是日本人、他自己的目标则是切实可行的：在吕宋登陆30天后解放马尼拉。这是一个清晰而明确的誓言。
10月5日。麦克阿瑟终于获得了他自1942年春一直苦苦企求的那句话：他可以攻打吕宋。10月14日，他飞回莫尔兹比港，次日上午动身前往霍兰迪亚和莱特岛。
到1944年夏季之前，麦克阿瑟的每一步重大行动都是对空中力量的一次肯定。他已学会像其他地面指挥官一样合理利用空中兵力，他既了解航空兵的灵活性，也了解其脆弱性。他知道飞行员能做什么，不能做什么。他知道根据天气状况、飞机的种类和数量搭配、地面部队的紧急需求、空中战役的总体需求和敌军的行动，空战每日是怎么变化的。
莱特岛长115英里，北部和南部宽40英里，但中部只有15英里，很适合麦克阿瑟的部队登陆。那里的机场可停放肯尼的在林加延湾海岸线内飞行的战斗机，这些飞机将为吕宋的两栖进攻提供掩护。但是当肯尼仔细研究将在1944年夏投入使用的这4个机场时，他才发现他们在岛上的位置不利。这几个机场都位于莱特湾或莱特湾附近，而且靠东面，这是整个岛上天气最恶劣的地方，而进攻的时间正处于雨季。机场所在的地点又排水不畅。当初在那里建造机场出于商业考虑，它们足以容纳往返于当地首府塔克洛班的轻型飞机。它们或许能承受日本战斗机和其它比肯尼的P—38和P—47稍小的飞机的起降。如果不重建这些机场，它们是绝对不能停放他的轰炸机的。
肯尼坚持要在攻打莱特的计划中将攻占岛的西岸包括进去，这样可为他提供平坦的、排水良好的机场。麦克阿瑟表示同意，因为进攻莱特的最初计划就是从两例实施打击。在莱特湾东侧实施两栖进攻，与此同时，空降第11师在西侧空降，占领可用于建造机场的场地。但当进攻日期提前到10月20日时，上述方案便被放弃了。麦克阿瑟的工兵们告诉他，雨季到来时，很难在塔克洛班建造机场。麦克阿瑟早就知道这一点，实际上，在他们当中某些人还没有出生时他就知道这一点。他早在1903年就考察过塔克洛班海岸附近的地形，那时他也是一名陆军工兵。尽管如此，麦克阿瑟还是把他们的反对意见放到一边，要求他们于登陆5天后在塔克洛班建好一座5000英尺长能够停放一个战斗机群（约75架飞机）的临时机场，随后再建几个停放轰炸机、侦察机和更多战斗机群的机场。他指望在他们登陆的头3天由哈尔西用他的快速航母上的战斗机为他提供掩护，而凯西的工兵则竭力在泥泞中建造机场。700多艘舰船延西北航线向北进发，目标是菲律宾中部。
与这次进攻相比，1944年6月6目的横渡海峡的进攻只是一次摆渡战。这确实是一支无敌舰队，整个进攻舰队由20多艘航母。12艘战列舰和近100艘巡洋舰和驱逐舰及上千架飞机护航，掩护和输送着75万士兵，带着他们所有的装备和火炮穿越宽广无垠的海域到达敌人大后方的遥远的海岸作战。
10月20日黎明，战列舰和巡洋舰靠近了要登陆的海岸，并开始用他们的大口径火炮轰击。炮弹的轰鸣震撼着莱特湾的水面，震撼着寂静的清晨。
攻击部队由4个师组成：第1骑兵师和第24步兵师在塔克洛班机场附近登陆，这是这一天最重要的战术目标；其他两个师，即第7步兵师和第96步兵师，将在南边10英里处的杜拉格附近登陆，在那里有肯尼要占领并将赶修的3个简易机场。
上午10点，登陆部队的第一波上岸，他们在大部分地区几乎都没受到什么抵抗。日本部署在莱特岛上的部队约2000人，但他们知道他们建造的掩体经受不住太平洋舰队为制压海岸防御而进行的炮击。只有在有岩洞的地方如比亚克，他们才可能把岩洞加固并挖深，这样一来哪怕是直径16英寸、重达1吨的海军炮弹也很难摧毁它们，除非是刚好命中。但是莱特岛的海岸上几乎看不到任何岩洞。于是，日军将大部分防御部队撤到俯视海岸的山上，在那里他们能用迫击炮和机枪扫射登陆部队。
从10英里外的“纳什维尔”号巡洋舰的甲板上，很难看到岸上发生的事情。密集的炮火传来震耳欲聋的声响，头顶上有变幻莫测的火箭弹曳光，时而传来在低云层中穿过的海军战斗机的呼啸声，加上沿海岸线的浓烟和从下直伸向云间，带着火舌的浓黑烟柱，这一切都好像是这场战争的背景，而不是战争本身，麦克阿瑟沉静地观测着。
下午2点30分，登陆艇靠近海口沙洲，开始慢慢停靠在另外四艘已经靠岸的登陆艇旁，其中一艘登陆艇正起着火。在登陆舰停靠地的内陆上，海军的俯冲轰炸机正在向日军阵地进攻。舰上的舷梯降下，4名随军记者冲下舷梯，其中两人带着照相机，准备记录下这位将军重新踏上菲律宾国土的这一时刻。麦克阿瑟下船，他的属下、奥斯梅纳、肯尼和金凯德紧紧尾随其后上岸。在舷梯底部，海水没过了他的膝盖。
他的下巴向前伸着，显得气宇轩昂，他大步走了约50码才走上柔软的沙滩。当他的美国和菲律宾伙伴围上来时，他只简单地说了一句话：“我回来了。”这是一句简洁的、无可辩驳的事实，从他的嘴里平静地说出，好像是在随意地交谈。一会还要正式发表讲话。奥斯梅纳伸出手来与麦克阿瑟握手，以官方身份欢迎他回到菲律宾。
滩头阵地的报告表明，这将是战史上代价最小的重要登陆行动之一（最后的伤亡人数是49人死亡，192人受伤）。它与前不久在帕劳群岛的浴血战争截然不同，在那里尼米兹为攻占佩莱利乌岛伤亡1万人，而该岛却不再具有任何战略重要性。那天在莱特湾登陆的有5万多人，4500辆车辆和10.7万吨供应品。尽管这次登陆并不像麦克阿瑟在头一天晚上祈祷的那样是一次不流血的胜利，但他确实感到他的祈祷得到了一些回报。
在这个重要的一天里，麦克阿瑟将要完成的最后一件事是写公报。他写道：“在一场大规模两栖作战中，我们已经占领了菲律宾莱特岛的东岸，它离莫罗太600英里，离米尔恩湾2500英里，我们在16个月前就开始进攻米尔恩湾了……这次是总司令亲自指挥作战”。
第二天（10月23日）早晨，麦克阿瑟跟他的参谋们离开“纳什维尔”号巡洋舰，参加奥斯梅纳正式就任菲律宾共和国总统的仪式。就职仪式在塔克洛班的地区议会大厦前的台阶上进行。这座大厦和这个城镇一样，在战争中没有受到严重的损害。仪式结束后，麦克阿瑟向莱特的游击队长鲁珀托·坎列昂上校授予了服役优异十字勋章，奥斯梅纳任命坎列昂为莱特岛总督。
那天晚上回到“纳什维尔”号后，他听说哈尔西不告而撤出战场，去追击日军航母去了。一场大海战已经开始让莱特湾的水面不能平静。金凯德告诉麦克阿瑟说，日军的弹药好像快用光了，“纳什维尔”号应该到战场支援作战。
第二天晚上莱特湾上空开始回荡起枪炮声。漆黑的夜幕被桔红的火焰和眩目的白光撕破。海水在弹药的爆炸中颤抖。这时候，哈尔西的第3舰队以最大航速向北去追逐日军的航母，航母上共有29架飞机。哈尔西以30节的速度撤离战场，使从菲律宾中部水域到莱特湾的主要航线失去掩护。10月25日上午，当战争进入高潮时，金凯德坚持要麦克阿瑟离开“纳什维尔”号巡洋舰，以便让该舰投入战斗。麦克阿瑟不情愿地转移到另一艘舰“瓦萨奇”号上，克鲁格的第6集团军指挥所就设在这条船上。
从北部进入莱特湾的日本舰队部署成纵队，正好遭遇到美军6艘老式战列舰，其中5艘是从珍珠港的泥浆中打捞出来的。美军指挥它利用海军传统的T形交叉战术，集中这6艘老战列舰的火力一次对付一艘来袭的战列舰。日军舰队眼看着自己的几艘巡洋舰被炸后，剩下的调头逃跑，又遇上了美军潜艇跟踪。哈尔西在这场战争中也做出了贡献。
从南部进入莱特湾的日军舰队有5艘快速战列舰、9艘巡洋舰和14艘驱逐舰。夜间，他们有两艘战列舰已经被美军潜艇击沉，但现在这支舰队很有威慑力地压倒了莱特湾的16艘美军护航航母。他们的飞行员们没有受过攻击战列舰的训练，而飞机上的武器装备通常也是不用于海上作战的。尽管如此，它们还是云集在来袭日舰的上空，迫使他们采取规避措施，同时，金凯德的驱逐规则用鱼雷对日军战列舰和巡洋舰进行攻击。日军舰队的海军将军们经过数小时的忙乱行动后，精神已彻底崩溃了，只得撤出他们的舰队，而美军潜艇追踪其后。
日军联合舰队在莱特湾海战中损失3艘战列舰、4艘航母、6艘巡洋舰和14艘驱逐舰。然而10月25日，当日本海军的希望之光渐渐消退时，他们亮出了他们的杀手铜——神风特攻队。日本的9架自杀飞机在莱特湾上空盘旋，它们没有冲向金凯德的舰艇，而是跟这些护航航空母舰相撞，致使一艘航母沉没，三艘遭到严重损坏。
在随后的24小时中，日军摧毁了将近一半的P—38飞机。肯尼将战斗机群其余的飞机调来，但这些战斗机仍继续遭受打击。在一天时间内，这座小城和机场要被敌人轰炸十几次。晚上的空袭最密集，对麦克阿瑟的参谋部的一些参谋（如威洛比）来说，这是一次可怕的经历，但麦克阿瑟仍像往常一样没把这些空袭放在心上。
占领莱特的关键地点不是塔克洛班而是奥莫克，这是岛上最大的港口，位于西部海岸，离第6集团军进攻的地方30英里。为了到达奥莫克，克鲁格的战士们不得不边打边前进，翻越横亘在他们前方的山脉，并进入莱特岛。穿过莱特谷的稻田，还得翻过一座山进入奥莫克山谷中。到了那儿，他们还要再超过几座山峰，才能到达西北部的海岸平原。攻占奥莫克镇。在东京日军总部，日军参谋们越是仔细研究地图，就越确信为夺取莱特岛值得打一场大仗。地形对守军一方非常有利。
但在菲律宾的日军司令山下泰文将军却反驳说，尽管莱特有地形上的优势，但没有必要为它而战。山下曾因从美国手中夺取新加坡而名声大振。他个子不高，秃顶，肌肉发达，智慧过人；没有人会怀疑他的能力或他的好斗本性。在他看来，自从联合舰队在莱特湾战役中失败后，试图攻占莱特岛是完全没有意义的。尽管日军可以让美军为莱特付出很高的代价，美军还是不可避免地会夺取这里。他认为全力攻打吕宋而放弃莱特更有意义。
山下的想法是正确的，但是他仍没有说服日军总部，总部将增援力量送至奥莫克，决定让美国第6集团军在那些偏远的山上和山谷中打一场艰难而惨酷的战役。
尽管克鲁格的第6集团军在人力和火力上都占有强大的优势，但他们的挺进速度却不快。正如工兵军官所预言的那样，潮湿的季风已将山谷地区变成了一片浅湖。因为那年秋天，几十年来最恶劣的季风气候入侵菲律宾中部。必须调用登陆艇到莱特谷运送补给品和装备，而空军工兵在塔克洛班和杜拉格建造足够的机场的努力也几乎被完全破坏了。在适合飞行的天气里，日军与美军在空中势均力敌。实际上，美军并没有像原先预想的那样获得空中优势，第6集团军只得在无制空权的情况下继续进攻，直到10月中旬还没有拿下莱特岛。
麦克阿瑟刚刚使第77步兵师隶属于自己，这个师参加了6月份的关岛之战。麦克阿瑟告诉克鲁格如果第6集团军感到没有能力占领奥莫克，他将考虑让艾克尔伯格指挥莱特战役，而且第8集团军将利用第77师作前锋向奥莫克发起进攻。在这个关头，克鲁格妥协了，他要求再给他3个星期时间攻占莱特，并说第6集团军欢迎第77师加入，并打算用第77师在奥莫克登陆。
在珍珠港事件纪念日这天，第77步兵师在奥莫克南几英里处的海岸登陆，给了日军出其不意的打击，奥莫克城在3天后被攻克。这是一次完全成功的战斗，但美中不足的是：仍有4万多日军在莱特岛上作战，看来他们不会投降，日军仍占据着奥莫克山谷的绝大部分。克鲁格的形势岌岌可危，肯尼要建立空中优势还缺少机场跑道，而且这场该死的大雨还在不停地下着。
在莱特岛中部的缓慢推进，加上没有建成机场，使得原计划在吕宋的登陆时间推迟了，这使麦克阿瑟感到非常为难和懊恼。
12月18日，他被授予新设立的陆军五星上将军衔，受衔日期比马歇尔晚两天，比艾森豪威尔早两天。
当天他还发布了一份特别公告，宣布莱特岛已经光复，只剩下一些扫荡工作。他将这一任务交给了艾克尔伯格和第8集团军。克鲁格和第6集团军撤出。他们将去攻打吕宋。
5.收复马尼拉
在莱特岛战役中美军阵亡3500人，伤1．2万人。日军在保卫莱特岛的战斗中损失约5万多官兵，另外还有4万余人乘船前往莱特岛的途中因船只被美军的潜艇或飞机击沉而葬身海底。