1.明神宗调兵遣将
岛山大战失利之后，明军进入了一个多事之秋，坏消息接连不断。其中最令人痛心的是李如松殒身沙场。
第一次东征之后，李如松被明神宗冷落五六年之久。万历二十五年(1597)冬，辽东御倭总兵官董一元赴朝作战，朝中大臣推荐了好几位接任者，但明神宗念念不忘李如松，特旨起用。尽管大臣屡屡反对，但明神宗主意已定。次年正月初九，明神宗任命李如松为辽东总兵兼备倭总兵官。
辽东，九边之首，北京肩背，对防御蒙古、女真和拱卫北京具有重要的战略意义。辽东总兵兼备倭总兵官无疑是征倭的后备统帅。明神宗再次起复李如松，令其萌誓死以报之志。
四月，鞑靼进犯辽东，李如松率精骑五六千，轻敌冒进，被鞑靼数万兵诱至抚顺浑河太清堡，初六中伏身亡，副将以下参将、游击共五人，及千总、把总二十四人，士卒三千余人阵亡。
噩耗传来，明神宗如断一臂，不胜哀痛，加祭茔葬、谥忠烈，祭十九坛。
朝鲜人民缅怀李如松的光辉战绩，五月二十四日，国王李昖下令在平壤设
下祭堂，挂上李如松的遗像，让朝鲜人前去吊唁。明朝人见了遗像，遥想将军当年雄姿，无不咨嗟叹息。
十八世纪的朝鲜哲学家李德懋写下《碧蹄店》一诗，凭吊这位抗日名将：
天兵癸巳齿倭锋，铁马啼劳腻土浓。
未抵轻儇蝴蝶阵，临风痛哭李如松。
李如松的悲痛还没过，明神宗又听到心烦的消息：初八，水师统将陈璘的广东兵在山海关哗变。
但最让皇帝忧心的还是辽东，蒙古人和女真人正虎视眈眈。十三日，明神宗让尚在朝鲜征战的李如梅回到辽东，以代其兄。二十日，明神宗任命李如梅为辽东总兵兼备倭总兵官，董一元为御倭总兵官，兼任征倭中路军统帅。
当明神宗正为辽东、朝鲜忙得焦头烂额的时候，邢玠的奏报又使他沉浸于极度的悲痛之中。就在董一元被任命为中路军统帅的同一天，副总兵李宁遇袭阵亡①。这是两次东征期间明军阵亡的最高级别将领。
当时日本人疯狂侵掠居昌等地，李宁率骑兵两千，自安东城向居昌进军，遏制日军北上。这时李宁也犯了李如松式的错误，听到日本人从山阴来犯，只率领一百三十余人，长驱直入，在咸阳沙斤驿洞口与日本人遭遇。日本人在山丘背后埋下伏兵，将李宁诱至埋伏圈。结果李宁轻敌中伏，遂遭不测。亲兵把总李栾率家丁六百，前去援救，也仅以身免。消息传来，朝鲜上下震惊。
一个多月之间，两位总兵犯下同样的失误，这让明神宗意识到将帅的重要性。再加上杨镐革职而去，朝鲜将帅紧缺。明神宗不得不把精力集中在东征一事上。
六月初九，明神宗特令给事中徐观澜查勘东征军务，监督明军，紧接着旨令朝臣推选杨镐的继任者。在十三日的九卿科道会议上，产生了一份候选人名单。吏部两位：万世德与梅国桢；兵部三位：汪应蛟、李植、王见宾；风力科臣一位：侯庆远。最后由皇帝圣裁圈定了汪应蛟一人。四天后，汪应蛟升任经理朝鲜军务。
① 此次东征将领中有两个李宁，一个是副总兵李宁，一个是参将李宁。
汪应蛟，字潜夫，江西婺源人，擅长水利治理。
二十三日，正当这个农田水利学家整装待发时，一道圣旨又下来，改天津巡抚万世德接替杨镐，让汪应蛟去当天津巡抚。明神宗的反反复复，表明了他的极度焦虑。
万世德，号震泽，山西太原偏头关人。史称他在青海湟中治兵，多建功绩。万历二十五年(1597)九月十日，万世德担任抗倭的后方基地、兵工厂——天津的巡抚。治津期间，万世德开垦农田，增收赋税，巩固海防，有力地支援了朝鲜前线的抗日斗争。由于他在陆地防御、海上作战、后勤供给方面经验丰富，所以被明神宗重用。
经略邢玠也从岛山战役中吸取教训，认为明军此役战败，缺乏水师支持，李舜臣也没有应约赴战，让日本人横行大海，随意增援。而朝鲜水师虽然英勇善战，但仅两千余人，只能进行一些骚扰。要想彻底消灭日本水师，还需从明朝调去大量的战船和兵力。邢玠上了一道奏折，让明神宗作出了一个扭转第二次东征战局的英明决策——派遣水师入朝作战。
国内的增援部队源源不断赶往朝鲜，都督陈璘的广兵，邓子龙的浙、直兵，刘给廷的川兵。据杨镐开出的增援部队名单，连原先驻朝明军，一共八万七千四百八十人。其中水师部队六千一百八十人：福建游击许国威，领兵一千一百八十，总兵陈璘本营，领广东兵五千。
陈璘，字朝爵，号龙崖，广东翁源县龙田铺人。璘少怀大志，身材魁梧，膂力过人。《明史·陈璘传》称：“陈璘有谋略，善用兵。”陈璘二十一岁即奉命平乱，三十年间身经数百战，大战大胜，小战小捷，鲜有败绩。万历二十一年(1593)，明神宗命他统蓟、辽、保定、山东军，御倭海防。后封贡议起，改调协宗漳、潮，实任南澳岛副总兵。后被奏劾，复罢官归。陈璘是东征明军中作战经验最为丰富的将领之一，堪称明朝水师第一悍将。
许国威，号元真，福建晋江县人。能诗文，讲义气，与杨镐交情颇深。
邓子龙，字武桥，号大千，别号虎冠道人，江西丰城人，时年六十八岁。早年与刘给廷组成刘邓大军，在云南跟苗民、缅甸人交过手。据说邓公还是努尔哈赤的救命恩人。《啸亭杂录·卷八》中说：“东南建上神殿，南向，相传为祀明将邓子龙位。盖子龙与太祖有旧谊，故附祀之。”
水师部队的到达，使东征军的总数达到东征期间的最高峰。
但是，新科经理万世德却赖在国内，迟迟不肯去朝鲜赴任。杨镐又罢职回去，东征军群龙无首。经略邢玠不得不在七月下旬飞渡鸭绿江，八月初三赶回王京。从此之后，邢玠独自承担起抗倭大业的重任。
邢玠一到王京，马上进行兵力部署。岛山之战，杨镐并敌一向，结果顿兵挫锐于坚城之下，反为日本人所趁。于是，有人劝邢玠改变战法，朝鲜地理山水险阻，兵聚一处，难以成功，不如因地划分战区，任命统将，各自战守，必能全胜。
邢玠马上接受这一建议，对已经入朝的六万多明军重新整编，划为三路。又吸取岛山失利的教训，令陈璘的水师为独立一路，配合三路明军的陆路攻势：
东路军共二万四千人，由提督麻贵统辖。下有：
参将杨登山，骑兵一千。
指挥同知薛虎臣，步兵三千。
副总兵吴惟忠，步兵四千。
参将王国栋，骑兵二千。
游击陈蚕，步兵三千。
游击叶思忠，步兵二千。
游击陈寅，步兵三千。
游击颇贵，骑兵三千。
副总兵解生，骑兵二千。
游击彭信古，步兵一千。
中路军共一万三千五百人，由提督董一元统帅。下有：
游击途宽，步兵五百。
游击郝三聘，骑兵一千。
游击叶邦荣，浙江兵一千五百。
游击卢得功，骑兵三千。
游击茅国器，骑兵三千。
副总兵张榜，步兵四千五百。
西路军共一万三千六百人，由提督刘给廷统领。下有：
副总兵李芳春，骑兵二千。
游击牛伯英，骑兵六百。
游击蓝芳威，南兵三千。
参将李宁，骑兵二千五百。
副总兵吴广，狼土兵①五千五百。
水路共一万三千二百人，由提督陈璘统辖。下有：
游击许国威，步兵一千。
参将王元周，水兵二千。
把总李天常，水兵二千七百。
游击季金水，兵三千。
游击沈懋，水兵一千。
游击福日昇，水兵一千五百。
游击梁天胤，水兵二千。
明军总数共六万四千三百。
中路军统帅董一元，号小山，河北张家口宣化人，出身将门世家，多次率部与蒙古骑兵作战，屡立战功。
经过邢玠的重整之后，明军士气旺盛，斗志昂扬。于是，邢玠决定发动秋季攻势，把日本人彻底消灭干净。
2.关白之死
明军将大举南攻，而顺天将首当其冲。消息传来，顺天倭营乱成一团。岛山的惨烈战况历历在目，小西行长不战而栗，竭力主张退保釜山。
加藤嘉明独自奋勇：“还没有看见敌军战旗就逃去，不是大丈夫所为。诸位各走各的，我独行我志。”毛利秀元、加藤清正在蔚山商议后，派人告诉小
① 狼土兵：又称俍土兵。主要是湖广、广西两省壮族土司的地方武装，以及湘西土家族的土兵。俍土兵纪律严明，有自己独特的战术。在明朝抗击沿海倭寇的斗争中作出了巨大贡献。
西行长：“闻得主将要弃守顺天，我等认为加藤嘉明所说的似乎有理，还是让太阁亲自裁断。”
小西行长派人去名护屋。丰臣秀吉大怒，还没有见到一个明军就浑身发抖，于是严禁弃守顺天。当然，丰臣秀吉也不忘恩威并施，五月初三，嘉赏小西行长夺取釜山的首功，赐给宝剑、宝马，并许诺：“日后当加赐封邑。”
同时，丰臣秀吉针对邢玠的部署，吸取岛山的经验教训，确立固守为主的作战方针，着令各个倭营加强构筑阵地防御工事，以应对明军的秋季攻势。紧接着，小早川秀秋、宇喜多秀家、浅野长幸等部的七万四国兵，约七万人，撤回国休整，养精蓄锐，准备在明军攻势衰竭之后，予以猛烈的大反攻。
最后，补充四五千人给遭受灭绝打击的加藤清正，使其总兵力达到一万余人。
整编之后的侵朝日军仍有六万七千四百人，其中：
蔚山城：加藤清正一万人。
西生浦：黑田长政五千人。
竹岛、昌原：锅岛直茂、锅岛胜茂父子一万二千人。
巨济岛见乃梁城：宗义智部将柳川调信一部，数目不详。
固城：立花宗茂、久留米秀包、高桥统增①、筑紫广门等七千人。
泗川城：岛津义弘一万人。
南海城：宗义智一千人。
顺天城：小西行长(七千)、松浦镇信(三千)、有马晴信(二千)、大村喜前(一千)、五岛玄雅(七百)等一万三千七百人。
另外，水师七千九百人，由藤堂高虎指挥。
布置稳妥之后，丰臣秀吉疲惫不堪，这也许是二十年征讨生涯中的最后一次决策了。
自处死杀生关白——秀次那年(1595)十一月二十日起，丰臣秀吉突患重感冒，卧病不起。万历二十六年(1598)之后，死神开始一次又一次地向他招手。
① 高桥统增：立花宗茂(高桥统虎)之弟、筑紫广门的女婿。
西行长：“闻得主将要弃守顺天，我等认为加藤嘉明所说的似乎有理，还是让太阁亲自裁断。”
小西行长派人去名护屋。丰臣秀吉大怒，还没有见到一个明军就浑身发抖，于是严禁弃守顺天。当然，丰臣秀吉也不忘恩威并施，五月初三，嘉赏小西行长夺取釜山的首功，赐给宝剑、宝马，并许诺：“日后当加赐封邑。”
同时，丰臣秀吉针对邢玠的部署，吸取岛山的经验教训，确立固守为主的作战方针，着令各个倭营加强构筑阵地防御工事，以应对明军的秋季攻势。紧接着，小早川秀秋、宇喜多秀家、浅野长幸等部的七万四国兵，约七万人，撤回国休整，养精蓄锐，准备在明军攻势衰竭之后，予以猛烈的大反攻。
最后，补充四五千人给遭受灭绝打击的加藤清正，使其总兵力达到一万余人。
整编之后的侵朝日军仍有六万七千四百人，其中：
蔚山城：加藤清正一万人。
西生浦：黑田长政五千人。
竹岛、昌原：锅岛直茂、锅岛胜茂父子一万二千人。
巨济岛见乃梁城：宗义智部将柳川调信一部，数目不详。
固城：立花宗茂、久留米秀包、高桥统增①、筑紫广门等七千人。
泗川城：岛津义弘一万人。
南海城：宗义智一千人。
顺天城：小西行长(七千)、松浦镇信(三千)、有马晴信(二千)、大村喜前(一千)、五岛玄雅(七百)等一万三千七百人。
另外，水师七千九百人，由藤堂高虎指挥。
布置稳妥之后，丰臣秀吉疲惫不堪，这也许是二十年征讨生涯中的最后一次决策了。
自处死杀生关白——秀次那年(1595)十一月二十日起，丰臣秀吉突患重感冒，卧病不起。万历二十六年(1598)之后，死神开始一次又一次地向他招手。
① 高桥统增：立花宗茂(高桥统虎)之弟、筑紫广门的女婿。
人之将死，其言也善。丰臣秀吉对自己的侵朝行动懊恨不已，发出了“莫使十万兵士为外土枯骨”的忏悔。
以后几天，丰臣秀吉神志不清，一会儿看到秀赖幼稚纯真的脸庞，一会儿看到数万日军被明军四处追杀，一会儿又看到了北京那座金碧辉煌的皇城。
然而到了万历二十六年八月十八日的清晨，一切都停止了。丰臣秀吉在伏见城垂下了双手。他的死因，有多种说法，胃癌、脑梅毒、结核、痢疾，甚至脚气病等。但是，侵朝日军的不断惨败，无疑给丰臣秀吉虚弱的身躯最沉重的一击，加速了他的死亡。
丰臣秀吉死后两天的五大老会议，作出了从朝鲜撤兵的决定，同时遵照太阁遗言，秘不发丧。
丰臣秀吉的死亡，宣告了一个时代的结束。
岛山之战时，杨镐曾经亲笔书信一封劝诱丰臣秀吉：“汝已六十余岁，生命还有几多？子未满十龄，孤弱而不可恃。据闻各地之酋皆窥汝之隙，将出复仇报怨之举。”这句话道出了太阁心中最大的隐忧。尽管他处心积虑，确保身后丰臣氏不灭，但十七年之后，德川家康还是辜负了太阁的托孤之举，发兵攻下大阪城，年仅二十二岁的秀赖和生母茶茶匿藏在米仓里自杀。德川家康下令将丰臣家的男丁不分老幼，全部斩杀，秀赖之子国松丸也被搜出杀头。
当丰臣秀吉痛苦地试图摆脱与死神的纠缠时，日本人也在朝鲜试图作最后的挣扎。
七月初五，加藤清正给明军和朝鲜人，写了封恐吓书信：
……明年动大兵，征伐朝鲜。今年暂休息兵，而明年必欲伐之。然则鲜及辽之人民，悉可杀戮矣……
此时的日本已油尽灯枯，这个“贱岳七本枪”之一还在念念不忘侵入明朝境内，大肆杀戮。