第四编抗告
第五编再审
第六编非常上诉
第七编简易程事
第八编执行
第九编附带民事诉讼
从上面的结构罗列上，可以看到改变最大的是总则编，在总则编中，篇章的逻辑结构更趋向合理化。
1935年《刑事诉讼法》的主要内容：
1.诉讼原则
（1）在刑事惩罚的原则上，采取的是职权原则。首先，依照这一原则，检察官对罪犯的侦查、公诉负有职务意义上的责任，是不可推卸的。它不仅表现在对罪犯的主动控诉上，还表现在对自诉案件撤诉的干预上。而在被害人自诉的案件中，检察官有义务协助自诉。这样，职权主义的控诉原则便得以全面具体的体现。其次，在审判上亦是职权主义的。依据诉讼法规定，法院负责审判，代表国家依其职权对于控诉予以审判。因此，从控诉到审判都全面地体现着惩罚犯罪中的职权主义原则。
（2）审判独立原则的有关问题。审判独立首先是民国时期资产阶级革命者所一贯倡导的司法原则。南京政府后期，审判独立原则已经在实际中被废弃，修正后的《法院组织法》将司法党化、革命化作为规定写进了《法院组织法》。从这一时期立法形式上看，国民党中央政治会议，具有立法决定权，法律、法令要经过中央政治会议的通过方可公布施行。在司法上，《法院组织法》对人员的任用以明确条件限制，使党化、革命化作为资格条件和法院建设的目标。再有，一些案件的审理是在特定的审判机关内进行的，如反革命罪、危害民国罪、妨害秩序罪、危害国家罪等等，都由国民党中央委员会会议之特别的刑事审判予以判决，这样的审判庭就是由党员组成，执行党的决议，因此，司法党化已走向了极端，进而与1947年《中华民国宪法》的规定“法官须超党派外，根据法律独立审判，不受任何干涉”相去甚远。因此，中华民国司法史上，南京国民政府时期的审判独立并没有完全意义上存在过。
（3）审判公开原则。审判公开原则在《法院组织法》中明确地规定，但是，这种公开，在前面我们已做了论述，它不是完全意义上的公开，而是有条件的，有妨碍社会秩序和善良风俗的案件，是不公开审理的。在1939年的《刑事诉讼法》中，并未对审判公开作任何文字上的规定，而只是在《刑事诉讼法》的第二百八十二条中规定：“调查证据完毕后，应命依左列次序就事实及法律辩论之，一检察官，二被告，三辩护人”，“已辩论者得再为辩论审判长亦得命再行辩论”。这样的规定，只是对辩论公开的具体规定，但是客观上来看，南京国民政府的前期，其案件的审理是部分公开的，到了后期，由于政治局势的变化，审判公开只是原则上的规定而已。
（4）辩护制度。辩护制度在这一时期至少在法律规定上有了进一步的发展，对辩护也做了专门的法律规定，如第二十七条规定：“被告于起诉后得随时选任辩护人。”对辩护律师的选任也做了规定，第二十七条第二款规定：“被告之法定代理人配偶、直系或三系等内旁系血亲或家长，家属得独立为被告选任辩护人。”第二十九条规定：“辩护人应选任律师充之，但非律师经审判长许可亦得选任为辩护人。”然而推动了辩护制度向前发展的应当首推“公设辩护人”的设定。《刑事诉讼法》第三十一条规定：“最轻本刑为五年以上有期徒刑或高等法院管辖第一审之案件，未经选任辩护人者，审判长应指定公设辩护人为其辩护，其他案件认为有必要者亦同”，“前项案件选任辩护人于审判期日无正当理由而不到庭者，审判长得指定公设辩护人”。这样，辩护人公设便有法律依据，仅仅就其本条所规定的内容来看，客观上还是保护了一部分应当雇请律师而无财力雇请律师的人的合法权益的。从这样的意义上来讲，这一条款的制定，亦是推进刑事诉讼民主化的一个标志。这仅仅是就法律条文来谈，至于实际的司法状况，则应在专门调查的基础上才能得出合乎实际的结论。
（5）审理不间断的原则。《刑事诉讼法》第二百八十五条规定：“审判期日应由参与之推事始终出庭，如有更易者，应更新审判程序。”这种原则的规定，从实质上看，完全是为了保障审判的顺利进行，只要推事并未更换，审判程序就应流水般持续下去。而对于推事的更换，以法律规定的形式规定更新审判程序，从另一侧面上来说，也是保障不间断审判的重要组成部分。审判推事的更换，相应地更换程序，其目的同样是为了保障审判在更改后的程序上得以继续进行。因此，1939年的《刑事诉讼法》是确认着审判程序不得间断的原则的。
（6）一事不再理原则。一事不再理实质上是确认法律判决的权威性的保障原则。同一事实，经多处判决，其执行势必产生异议，该法的第二百三十一条规定：“同一案件，曾经判决确定者，应为不起诉处分。”第二百九十四条进一步规定：“案件虽经判决确定者，应谕知免诉之判决。”如果同一案件重复起诉，该法则规定：“已经提起公诉或自诉之案件，在同一法院重行起诉者，应谕知不受理之判决。”
（7）不告不理原则的确定。不告不理原则，早在罗马法中就已出现，近代的资产阶级对此理论予以了“人权”保护方面的发展，在刑事立法上，提出了任何人不经法定程序的起诉，不得判刑的原则性主张。因此，从其基本的含义来看，是具有民主性的。南京国民政府的《刑事诉讼法》对此也做了规定，如“起诉之效力不及于检察官所指被告以外之”，“法院不得就未经起诉之犯罪审判”。这些规定，都是这原则的体现。但是，南京国民政府时期，由于特种法庭存在和特务组织的遍布，出入人罪、未告未审经行枪决的亦是屡见不鲜，因此高高举起这些民主原则的旗帜而又去恣意地践踏的正是南京国民政府自己。
（8）诉讼直接原则。这一原则只是对一般的刑事案件而言，一般的刑事案件法官必须亲自接触案件的真实材料，审理证据，听取辩论，据以裁判。1939年《刑事诉讼法》第二百六十七条规定“在讯问被告后审判长应调查证据”等等，使诉讼在法官的直接审理下进行。但是特种案件，尤其是涉及共产党人的案件往往是不经审理径行杀害的。
（9）有利被告的原则的确定。有利被告的原则原本也是资产阶级的刑事诉讼原则，1935年《刑事诉讼法》亦加以搬抄，做了同样的规定，如该法在二百九十三条中规定：“不能证明被告犯罪，应谕知无罪之判断。”以有利于被告为出发点，不能证明犯罪就只能做无罪之判决，从原则和法律条文上讲是有利于被告人的权利保障的，但从实质上看，其审判实践中并没有遵从这样的原则，尤其在政治性犯罪上，则更将此原则抛弃到九霄之外。
从总的方面上来看，1939年《刑事诉讼法》的原则在立法上是有一定的民主性和进步性的，然而，在一些特别的诉讼法规存在的情况下，其民主性与进步性则显得有些残缺不全，而南京国民政府的司法实务则将这些残缺不全的民主性和进步性亦毫不留情地吞噬掉，剩下的只是一张血淋淋的大口。
2.刑事诉讼管辖
1935年《刑事诉讼法》的诉讼管辖的规定，可以说是全方位的，它不仅做了职能、审判、地区管辖的规定，而且做了专门管辖的规定。
（1）职能管辖。在刑事诉讼的职能管辖上，从《刑事诉讼法》的规定来看，检察官具有至高无上的权力，这种权力总体上来说分为三个方面：首先，检察官具有自行侦查权，它可以亲自侦查案件，这种侦查是不受案件的性质限制的；其次，检察官对口负责案件的起诉任务，这种公诉，只有检察官可以行使，其他人无权行使；再次，检察官在职能上具有指挥警察、宪兵进行侦查，在警察长官，宪兵长官和宪警充任司法警察长官及司法警察时，俱应听从检察官之指挥。可见检察官对警察的控制与指挥是绝对的。而法院则只负责公诉与自诉案件的审理工作。
1935年《刑事诉讼法》的职能管辖虽然是明确的，但是，这种明确的分工却是不科学或不合理的，它无法回避的是审判前期阶段职权滥用，也不能产生一定的制约效应。因此，这种职能管辖进步意义是贫乏的。
（2）审判管辖。审判管辖是依据法律规定对审判权限的划分。由于1935年《刑事诉讼法》是在《法院组织法》颁布后公布的，这时的法院已由四级而调整为三级，即最高、高级和地方人民法院，不同级别的法院，在案件审理的权限上亦是不同的。依据1935年《刑事诉讼法》第四条规定“地方法院于刑事案件有第一审管辖权”，因此，在审判管辖上，地方法院受理的只是一审刑事案件和非诉案件，这样的一审案件，法律另有规定的要除外。高等法院的审判管辖权是不服地方第一审判决而上诉的刑事案件和不服地方法院的裁定而抗告的案件。同时，该法的第四条还规定下列案件的第一审管辖权属于高等法院：内乱罪；外患罪；妨害国交罪。最高法院依法管辖不服高等法院第一审判决或第二审判决而上诉的刑事案件，及不服高等法院的裁定而抗告的案件和非常的上诉案件。
（3）地区管辖。《刑事诉讼法》第五条规定：“案件由犯罪地或被告之住所、居所或所在地法院管辖。”地区管辖的划分，从规定上看是根据犯罪地和被告之住所或居所地为标准，明确地规定了由犯罪地或居所住地管辖。