1951年10月1日，马连良因渴望早日返回内地，谢绝了台湾的约请，秘密乘车至罗湖经深圳到达广州，随即转往武汉与张君秋组成中南联谊京剧团演出，然后北返。1952年7月1日受到周恩来总理接见，他热爱祖国、热爱社会主义、毅然返回内地之举受到周恩来的赞扬。同年8月建立“马连良京剧团”。先在青岛演出，演期未满即返京主动参加第三届赴朝慰问团，在朝鲜演出《四进士》等剧。次年，归国即参加鞍山三大工程建成典礼的庆祝演出。返京后，参加慰问中国人民解放军的演出。
1955年，马连良京剧团与谭富英、裘盛戎之北京市京剧二团合成北京京剧团，马连良任团长，次年底，张君秋领衔之北京市京剧三团并入。此后，该团与中国京剧院合作排演《赤壁之战》，与谭富英、张君秋、裘盛戎等人合演《秦香莲》《赵氏孤儿》《青霞丹雪》《官渡之战》《海瑞罢官》《状元媒》。1961年赵燕侠领衔之燕鸣京剧团并入，他与赵燕侠合演《坐楼杀惜》。1962年兼任北京市戏剧专科学校校长。1963年赴港澳演出近三个月。1964年他以64岁高龄参演现代戏《杜鹃山》。次年排出《南方来信》，参加华北地区现代戏会演，又排出现代戏《年年有余》。“文化大革命”初，马连良遭受迫害，于1966年12月16日逝世。
马连良的演唱，以谭鑫培唱腔为基础，结合本身条件，吸取各家之长，大胆突破传统，发展自己的所长，创立与人不同的唱法。27岁后，他多次灌制唱片，剧目之多，发行量之大，为当时所少有。他的演唱，流利、舒畅、雄浑中见俏丽，深沉中显潇洒，奔放而不失精巧，粗豪又不乏细腻，他以独特的风格，为京剧开创一代新声，成为广大群众喜闻乐唱的马腔，丰富了京剧老生的唱腔艺术。《借东风》《甘露寺》《十道本》《春秋笔》《四进士》以及其它马派剧目的唱段，几乎被到处传唱，可见马派唱腔动人的艺术魅力。
马连良15岁变声后，侧重学习念工戏《审潘洪》《十道本》《胭脂褶》《盗宗卷》等，为其念白打下深厚功底。此后，马派代表性剧目多是唱念并重，甚或念重于唱。20岁时初演的《三字经》，自始至终全为念白，韵味悠然，念白如唱。在经常演出的剧目中，念白有时老辣，有时苍劲，有时是幽默风趣的声调，有时是忠告谏劝的语气，用以表达人物的不同性格和感情需要。他善于将念白处理得像唱一样具有强烈的艺术感染力，悦耳动听。马派念白和马派唱腔互为表里，彼此依托，统一于马派声腔艺术之中。
马连良早年除受叶、蔡、萧诸业师传授外，表演上还潜习做工老生贾洪林，在继承、发展传统的基础上，形成了马派的表演风格。他的表演，手、眼、身、步结合一体，准确严谨，凝重潇洒，将人物蕴涵的复杂感情，节奏鲜明地形之于外，形成独具艺术魅力的马派丰彩。
马氏早年即矢志京剧改革，重视一出戏中人物情节的完整性以及与时代要求的合拍。从1925年起，他将传统剧目《广泰庄》和三国戏《流言计》（即《雍凉关》接《骂王朗》）整理演出。1927年自行挑班演出，将《战北原》（又名《武乡侯》）、《范仲禹》二戏增添首尾整理演出。此后历年均有新排剧目推出，如《雪拥蓝关》《安居平五路》《天启传》（原名《南天门》）《苏武牧羊》（原名《万里缘》）全部《白蟒台》、全部《一捧雪》《胭脂宝褶》《串龙珠》《春秋笔》《十老安刘》，均系将传统剧目予以丰富情节，贯穿首尾，经过整理而成。
同时，也有不少经挖掘整理重新排演以及经常演出的剧目，如《磬河战》《秦琼发配》《渭水河》《火牛阵》《大红袍》《应天球》《许田射鹿》《要离刺庆忌》《摘缨会》《渑池会》《楚宫恨》《朱砂井》《清风亭》《龙凤呈祥》《打渔杀家》《八大锤》《群英会·借东风》《四进士》《九更天》《打严嵩》等，其中多数久经锤炼，成为马派代表性剧目。
马连良在其拿手剧目中，擅于分饰前后二个或三个角色，人物性格绝不雷同。20世纪50年代后，马连良演出的新编、改编的历史故事剧有：《将相和》《三顾茅庐》《赤壁之战》《赵氏孤儿》《青霞丹雪》《秦香莲》《官渡之战》《海瑞罢官》《状元媒》，还有现代戏《杜鹃山》《南方来信》《年年有余》。
马连良在科班时就重视演出服装的整洁。出科后，更不断有所改革。组成扶风社时，要求全体演员做到三白（护领白、水袖白、靴底白）。除此之外在其他许多方面亦加以改革。例如，黑绒罩面的纱帽，突出双龙的王帽，打破赭蓝二色、增添多种颜色的鸭尾巾，乔玄戴的香色素相纱，登坛借风的鹤氅，鲁肃的青绒官衣，蒯彻的黑色改良蟒，永乐皇帝的箭衣蟒，轻薄适度的髯口，甚至灰色的小腰包等，均依塑造人物的需要而设计。其它如圣旨、令箭、酒壶、文房四宝等道具，也都处处留意以使之既合理又美观。
20世纪30年代初期，他将旧式门帘台帐革新为后幕和边幕，以收简洁新颖之效。1936年新新戏院建立时，他亲自设计制成米黄色绸质后幕附侧幕四片，绣棕色汉代武梁祠石刻车马人图案，上挂帘幕，垂黄色丝穗，横悬小红灯五盏。另以同样图案的绸围，将乐队围起。戏院开幕时，观众反映强烈，赞美不已。这一设计，较前者更进一步，收到典雅、庄重、宁静、美观的效果。从此，此幕由他携带着赴各地演出，成为扶风社标志。20世纪30年代起，马连良对舞台上饮场、打扇、扔垫、换装等陈规陋习陆续予以剔除。
马连良严格要求一台无二戏，欢迎同台演员尽抒所长，以取得交互辉映，相得益彰的效果，他毕生坚持搭配整齐的艺术阵容，严谨严肃而认真的演出作风。包括音乐伴奏，一般配角，甚至龙套演员，都必须一丝不苟，向观众负责。
马连良对艺术学而不厌，虚怀若谷。出科再入科，对艺事渴求不已。他曾私淑前辈贾洪林；时常观摩名家演戏；挑班前后，不断求教于钱金福、王长林、王瑶卿；30岁时专程赴天津拜名家孙菊仙为师；39岁时向山西梆子老艺人张宝玺、高文翰学到《春秋笔》剧中的《灯棚换子》和《换官杀驿》。足见他为京剧艺术事业精益求精、不骄不满的胸襟。
他善于发现人才，乐于提携后进。无论是谁，只要具有才华，他都给予重视和鼓励，给予其展露才华的机会。20世纪50年代末，北京京剧团为培养接班人招收学员，作为剧团团长的马连良，亲自挑选新人。20世纪60年代初他任北京市戏剧专科学校校长，演出工作之外，还教授在校学生《白蟒台》、《审头刺汤》等戏。一生收徒很多，南北各地多有马派传人。较著名者有马长礼、张学津、冯志孝、梁益鸣等。
20世纪40年代，马连良曾在香港拍影片《借东风》《打渔杀家》《游龙戏凤》，20世纪50年代后又摄制了《群英会·借东风》《秦香莲》。
据说马先生十岁那年，忽患惊风的病症，马的父亲西园先生赶到科班，准备接儿子回家。班主叶春善先生不许，说：“孩子患病，科班有责，当由我们请医治病。再说把个孩子搬来搬去也不相宜。”马连良的两位老师萧长华，蔡荣贵也在旁劝说。马西园只好回家，不久儿子的病很快治愈。对此马连良是永志不忘的，且与富连成有着一种乳燕怀巢的感情。
马连良父亲原是个推车叫卖的小商贩，卖的都是北京风味的回民小吃，比如酱牛肉，黄面切糕。他干净整洁，一身平整的裤褂，腰扎白布围裙，脚上穿白色布袜和一双皂鞋。人们对其所卖吃食也放心。加之为人和蔼，公平交易，虽说是本小利微，却也能维持一家人的清苦生活。他有两个儿子，长子就是马连良。一家人住在西单辟柴胡同里的几间土坯房。父亲看出儿子将来必有出息，便对他说：“你要是好儿子，就长志气好好学戏。如果将来成个角儿，就能挣大钱。到那时候我也没旁的指望，只是指望你把咱家对门儿的那所状元府买过来。能办到这件事，也算你小子给咱家光宗耀祖了。”
马连良一句话没说，但把父亲的心愿牢牢记下。打这时候起他暗自使劲儿，终于练就一身过硬本领。出科不久即独自挑班，果然一举成名，红遍全国。后来他真的实现了父亲的心愿，买下了那所状元府。