富兰克林在伦敦的“家”，位于伦敦斯特兰德的克来门街7号。这里是宾夕法尼亚在伦敦的代理人查理先生在富兰克林父子抵达伦敦之前就帮他物色好的。房东是一位孀居的夫人，名叫玛格丽特·斯蒂文森，和女儿玛丽（家人称她“波莉”）生活在一起。
在伦敦生活这段期间，富兰克林是十分愉快的。他和儿子参观了许多地方，会见了多位朋友。期间富兰克林还研制了一种称为“玻璃琴”的乐器。那是他根据理查德·波克里奇1743年发明的“音杯”的原理研制而成的。富兰克林将这种乐器称为“阿莫尼卡”（玻璃琴）。
阿莫尼卡问世后，骤然流行于世，而且持续了很多年。富兰克林对此不无自豪。
1762年1月，富兰克林决定返回费城。由于英法正在交战，他得等待军舰护航。就在等待期间，牛津大学授予他民法博士学位。4月底他去了牛津大学。在30日举行的典礼上，富兰克林又被授予宾夕法尼亚在英王陛下朝中的代理人、皇家学会会员这一荣誉称呼。他的儿子威廉·富兰克林在同日被授予文学硕士学位。此后不久，威廉·富兰克林被任命为新泽西州州长。这项任命是乔治三世的国务大臣也是宠臣布特勋爵一手促成的，意在以此影响富兰克林对宾夕法尼亚的州长，当然还有业主的立场。
11月1日，回到费城的富兰克林受到热烈的欢迎。
在家里，从他踏进家门，和亲人短暂相见之后，家中便从早到晚挤满了前来看望他、庆贺他归来的朋友们。这使他感到欣慰。因为他在伦敦时曾听说朋友们不再忠实于他，这时看来，那不过是没有根据的传闻。
而他的乡人们已在一年一度的州议会选举中把他选入了议会，正如在他出使英格兰的五年中每年所做的那样。人们埋怨富兰克林不该那样悄悄地回到城里，不然的话，他们要派出500骑把他迎入城来。1763年2月19日，议会的议长代表议会发言，“为他特别为本省尽心尽力完成使命，也为他报效美利坚而做的大量而重要的工作”而向这位代理人致谢。
归美后，富兰克林把大部分时间用于处理邮政事务。当时，加拿大已在英国手中，纽约和蒙特利尔及魁北克之间必须建立某种通讯联系。富兰克林视察了从南部弗吉尼亚到东部新英格兰的地方邮政局。1763年4到5月，他在弗吉尼亚逗留了三四个星期，同他的新同事约翰·福克斯克罗夫特会晤。6月，他在纽约和那里的新州长卡德瓦拉德·科尔登及驻美英军总司令杰弗里·阿姆赫斯特晤谈。
1763年，一纸合约暂时终结了英法七年的战争，自然，北美的英法对抗也停止了。然而，它并没有带来北美印第安人和殖民者之间的和平。印第安人越来越清楚地看到殖民者的所为，预计到在军队退去后，接踵而至的必将是越来越多的移民，夺去他们的土地，剥夺他们在故土打猎的权利。因此，印第安人，包括一向同英国殖民者友好相处的“六族”印第安人都开始骚动不安起来。1763年夏季，在亲法的印第安人中爆发了一场被称为“旁提亚克阴谋”的大范围暴动。旁提亚克是渥太华族印第安人的首领。西部的印第安人向从底特律到皮特堡的长长的边境线上的英国人发起进攻。底特律和皮特堡的守军总算保住了这两处边防要塞，但是在5-6月期间，尼亚加拉以西的其他每处边防军队全都遭到突袭和屠杀。
其后，俄亥俄的各处堡垒也陷落了，像在数年前布雷多克的英军战败以后一样，一股一股的印第安作战人员蹂躏了东至坎伯兰县的宾夕法尼亚全境。一些边地的英国殖民者开始武装起来保卫自己的身家性命。在兰卡斯特县，一些帕克斯顿和多内戈尔城的苏格兰--爱尔兰籍移民组织起来，自称“帕克斯顿之子”，却将怒火发泄到和平居住在宾州境内安分守己的印第安人身上。一些这样的印第安人，如在莫拉维亚派教徒保护下的伯利恒附近的印第安人，已安全迁徙到费城。但在12月里，50多名“帕克斯顿之子”突然闯入兰卡斯特附近康内斯多哥族印第安人的和平村庄，杀死了全部村民。
11月起，州长约翰·潘两次发布公告悬赏捉拿这伙罪犯，可是毫无结果。
对“帕克斯顿之子”屠杀和平的印第安居民一事，宾州居民持有不同看法。边境各县一向认为州政府抛弃了自己，州府之人对边境安全既冷淡又自私，他们只好自己来处理边防。此时此刻他们则将这股宿怨用来同州府唱反调。如兰卡斯特人就支持或谅解这些杀戮，使得这伙嗜血的暴徒从团伙发展为数百人的军队，窜犯到费城，叫嚣要将莫拉维亚教派的印第安人斩尽杀绝，并口念圣经经文，以为他们残暴行径涂上几分正义的色彩；东部的长老会派教徒也倾向于赞同他们，宾夕法尼亚境内的印第安人眼看要大难临头。
这时富兰克林站了出来，他要扭转这种局面。他认为，无论“帕克斯顿之子”的动机是什么，它首先是彻头彻尾的暴行和残杀，而这就绝对是错误的。1764年1月，他用热烈的感情和动人的笔调写下了一文--《近来兰卡斯特县屠杀印第安人的实录》。
文章印成小册子发表之后，暴徒们凶险的面孔暴露出来。费城的大多数居民决心不让莫拉维亚教派的印第安人遭到屠杀，也不让城市被入侵。就在传闻暴徒即将到来的一片恐慌之中，头脑冷静的富兰克林组织了又一个协会，自己第一个报名，数百市民跟着加入，拿起了武器。
2月3日，州长召集议会，要求通过一项关于制止暴乱的议案，议案在当天就被审阅通过了。8日，议长和15名议员碰了头，又匆匆散会了。突然，有人报告说，有一些暴徒正杀气腾腾地向城市逼近。全城都紧张起来。当天夜里，州长亲自来到富兰克林家中，后面紧跟着他的参事会参事们，来向富兰克林求教。不久，暴徒们在另一处渡口过了河，叫叫嚷嚷地来到距费城14或15公里的日耳曼城。在那里，他们停下来了。富兰克林应州长的请求，只带了三个人出城来见他们。
出来之时，四人都抱着“宁为玉碎不为瓦全”的牺牲精神，一脸的无畏神色。富兰克林对闹事者仍晓之以理。他们心里是紧张的：如果暴徒坚持要进入费城，费城人民即将面临一场浴血厮杀。
万幸的是，一番唇舌之后，暴徒们转身后退了。外表一直镇定如常的富兰克林望着他们退去，松了一口气，和同伴们回城去了。
11日，暴徒们便散去了。
州长及其政府的庸懦无能在这次事件中显露无遗，他们越来越遭到人民的蔑视。州长等人则加深了对富兰克林的忌恨。外患既经消除，议会和州长即业主之间的矛盾再一次激化。这一次，业主在宾州的统治开始动摇。
暴乱平息以后，州议会通过了一项国民自卫队议案和拨款议案，但马上被州长约翰·宾否决了。其后，关于拨款的议案在议会和州长之间往返了一个月，仍不能达成一致。3月24日，议会将这一议案再次交给州长，并附上一张便条，那便条可能是富兰克林写的，措辞强烈并带有刺激性。同一天，议会决议休会，并决定上书英国国王，把宾夕法尼亚“转归他直接的保护和治理”。
在休会期间，富兰克林撰写并印刷了一本题为《关于我们公共事务目前形势的冷静思考》的小册子，在4月12日夜里散发到城里各处。在小册子里，他提出了这样的观点：所有的业主统治者并非比其他的统治者更坏，在业主统治下的所有人民也不比在其他统治者之下的人民处境更坏；既然争执由双方引起，那么双方都有责任，其原因不在于人类思想的邪恶和自私，而应该在于宪法，在于业主政府的性质本身。
这一小册子的发表在费城的政界引起了轩然大波。
当时，北美殖民地居民已对英国在殖民地的政策十分不满。1764年3月，英王的忠实朋友乔治·格兰维尔宣布了向殖民地征税和管理殖民地贸易的新法规，包括当时提出的印花税议案。富兰克林自己也因之改变了对乔治三世的看法，从原来坚信“他那使人民幸福的真挚愿望的美德和良知”变为发现殖民地人民的利益像“泥土在制陶者手中”一样握在英国当局手中。但他那根深蒂固的殖民地和宗主国是个整体的观念，使他看不清宗主国是在有意削弱殖民地的商业贸易和制造业以发展本国的工商业，殖民地和宗主国之间在经济利益上有着根本的矛盾和冲突，也没有发觉自己的思想已经落后于北美殖民地广大人民的愿望和要求，脱离了殖民地人民中正在升温的革命情况。
与他抱有同一想法的是年轻律师约瑟夫·加洛维。在富兰克林出使英国期间，加洛维多少代替了他在议会中的位置。此时，加洛维同富兰克林一样，相信乔治三世“只怀有为人民谋利益的愿望，他将委派一位州长，这位州长不受业主指示的制约，会自主地同议会一道，使健全的法律生效”。
站在他们对立面的反对派则以另一位年轻律师约翰·迪金森为首，他承认业主政府的不善，但认为没有充分的理由去以为内阁将委派比业主的州长更好的州长。
5月，议会召开了，议题是向英王请愿，要求英王直接统治宾夕法尼亚。这时，伊萨克·诺利斯辞去了他荣任十四年之久的议长之职，富兰克林当即被不记名投票选举通过继任这一职务（5月26日）。于是，富兰克林以议长的身份签署了他起草的请愿书。其后，他主持了5月会期中剩下的会议和9月的短期会议。10月1日的议会选举临近了。
在竞选中，迪金森将他在5月辩论中的讲话印成小册子，上有威廉·史密斯写的序言；加洛维则出版了他的小册子，富兰克林为他写了一篇长长的序言，主要是颂扬议会，抨击议会的敌人。但是，在人们画的漫画中，报纸的批评中，人们尖锐的指责中，富兰克林却成了主要的攻击目标。
费城的选举结果揭晓了，在近4千张选票中，加洛维以25票之差失败。但是在州议会中，加洛维一方仍保有多数，因而在新一届议会开会时，他们不仅决议向英王请愿，而且还于10月26日选举富兰克林为代理人，会同现任宾州代理人理查德·杰克森去完成这一艰难的使命。反对派举行游行反对这一选派。和在竞选中不同，这一次，富兰克林回应了。11月5日，他写了《评最近的一次抗议》一文，它的结尾是这样的：“现在我即将离开（也许是最后离开）这块我爱的国土了。在这里，我度过了我生命的最大部分…我祝愿我的朋友繁荣昌盛，我宽恕我的敌人。”
富兰克林由300位朋友骑马陪同到距费城21公里的切斯特搭船，从那里，加洛维和另两位朋友伴随富兰克林登船，一直送他到纽卡斯尔，才下船离去。
这次航行顺风顺水，1764年12月9日，富兰克林乘坐的船抵达怀特岛。富兰克林下船登岸，立即赶往克来门街的斯蒂文森家。他进了门，发现家中只有女佣一人。好一会儿过去，街门响了，玛格丽特·史蒂文森走了进来，她看见富兰克林如神兵天降出现在她眼前，高兴得任由手里的书掉在地上。