“自证分”与“证自证分”究竟是怎么一回事呢？章太炎本人曾有过疏解。他写道：“人心有相分、见分、自证分、证自证分。前二易知，后二难验。今举一例验之。如素所知见，或往时尝已起此志愿，久渐忘之，展转误思，而当时即知其误；猝然念得，而当时即知其不误。此猝然念得者，不依见闻，不依书史，即自证分也；此当时知其不误者，亦不依见闻，不依书史，即证自证分也。”所谓“不依见闻，不依书史”，和《庄子·知北游》中所说的超越见、闻、言的“以不知知之”相同，实际上就是凭借本能、直觉、灵感。尽管“猝然念得”亦有过去“素所知见”与“往时尝已起此志愿”为其潜在的基础，但是，对于本体“真如”的把握，不是通过对凭借感觉和思维而获得的全部知识高度的概括与抽象，而是通过所谓“猝然念得”，这个事实本身，就说明了章太炎以“真如”为可知，同康德以“自在之物”为不可知，实际上并无原则性的分歧。因为康德一面宣称“自在之物”属于不可认识的彼岸世界；另一方面，仍然确信无疑地承认它的客观存在，承认它是现象界万事万物同一性的依据，是感性材料与感性经验的来源，章太炎的所谓“可知”，也并未逾越这个范围。
康德之后，究竟怎样理解康德所说的“自在之物”，一直是一个不断引发激烈争论的重要问题。康德的许多后继者把“自在之物”看做康德哲学的一个赘疣，或康德哲学中一个无足轻重的部分，而将它加以抛弃。费希特、叔本华以及在日本哲学讲坛上影响甚大的惠特曼，便都是如此。而承认在人们的意识之外有某种“自在之物”，正是康德哲学中所包含的主要唯物主义成分。章太炎一反费希特、叔本华、惠特曼等人的论调，给康德坚持“自在之物”的存在以很高评价，并对自己所坚持的“真如”做了类似于“自在之物”的解释，表明这一时期章太炎并没有完全背弃自己先前的唯物主义宇宙论。他的企图是在先前的基础上提高一步。他说过：“蠕生者之察万物，得其相，无由得其体。……有文教者得其体矣，太上有唯识论，其次有唯物论。识者，以自证而知；物者，以触、受而知。皆有现量，故可就成也。”他又说过：“凡非自证及直觉、感觉所得者，皆是意识织妄所成。故不能真知唯识者，宁持唯物。”章太炎以“真如”为客观实在，为万物之源和万物之本，并以“真如”只能凭借“自证”而知，与康德坚持“自在之物”的存在一样，确实都不是以唯物主义宇宙观为敌，而是希望借此避免旧唯物论执著于一隅的缺陷，为现象界万事万物的同一性寻求客观实在的依据。章太炎虽口说“太上有唯识论”，但就他对“真如”所做的解释及对康德“自在之物”所做的评价而言，与唯识法相宗本来的观点显然并非一回事。可以说，章太炎在这里正继承与恢复了康德哲学中的唯物主义因素，并用以对唯识法相哲学进行了某些改造。
但是，章太炎与康德一样，并没有将唯物主义因素坚持到底。康德哲学以二元论为其主要特征，在思维与存在、意识与物质、精神与自然之间画了一条鸿沟。章太炎企图填补这道鸿沟，然而，他完全不懂得人类的社会实践，即人类改造世界的真正现实的客观活动的作用，他所求助的，是唯识法相哲学在意识与眼、耳、鼻、舌、身五识之外设置的第八识“阿赖耶识”和第七识“末那识”，这就使他不能不在许多方面重蹈康德的覆辙。
章太炎是怎样借助所谓“阿赖耶识”和“末那识”来填补思维与存在之间鸿沟的呢？
他说，阿赖耶，又作阿罗耶、阿黎耶、阿陀那，“玄奘译义为藏识。校其名相，亦可言‘处’，亦可言‘臧’，当此土‘区宇’之义。”阿陀那，则“译义为持”。为“处”，为“臧”，为“持”，就是指其中蕴藉和潜藏有全部“种子”。“阿赖耶识，无始时来，有种种界，如蜀黍聚。即此种种界中，有十二范畴相，有色空相，有三世相。乃至六识种子，皆在阿赖耶中。”在阿赖耶识中，蕴藏着时间、空间、十二范畴和各种事物的“种子”以及眼、耳、鼻、舌、身、意六识的“种子”，它们像蜀黍的颗粒团团聚集在一起那样，“无始时来”就存在着。这可以说是“阿赖耶识”的第一个特征。
章太炎继而说，阿赖耶识也分为能见分和所见分两个部分，然而，“赖耶惟以自识见分缘自识中一切种子以为相分”，它的“能见分”所见的只是自身所蕴藏的诸“种子”。正因为如此，“其心不必现行，而其境可以常在”，就是说，阿赖耶的能见分即使未曾活动，但由它所蕴藉的诸种子构成的境象依然不受丝毫影响地存在着。同时，阿赖耶尽管也包含有能见分与所见分，但它自身却不能像意识那样形成有关所见相的各种观点。“赖耶虽缘色空、自他、内外、能所、体用、一异、有无、生灭、断常、来去、因果以为其境，而此数者，各有自相，未尝更互相属，其缘此自相者，亦惟缘此自相种子，而无现行色空、自他、内外、能所、体用、一异、有无、生灭、断常、来去、因果等想。”这就是说，阿赖耶识中各类种子自身都不直接地表现为观念形态，阿赖耶识的“能见分”分别以各类不同的“种子”为自己的“所见相”，也同样不会产生相应的观念。这也恰好说明，“阿赖耶识”并非观念性的东西。这可以说是章太炎的“阿赖耶识”的第二个特征。
章太炎所说的“阿赖耶识”，还有一个重要特征，这就是“阿赖耶识恒转如瀑流”，它处在永久的运动和变化之中。章太炎认为，正是由于阿赖耶识的运动，方才会产生六尘、六根、六识等“诸法”。“《易》曰：‘大哉乾元，万物资始。’乾元者何？动是也。诸法因动而见，故曰资始。”阿赖耶识自身的运动，为什么会导致六尘、六根、六法的产生呢？章太炎答称：“群动本无所宗。”“群动冥生，非有为之元本者。”“迷一法界，乃成六识、六根、六尘。”“万法因迷而起。”。“佛典言十二缘生，第一支为无明，第八支为爱。无明发业，爱欲润生，由是一切法生，流注不绝。”此处“冥生”、“因迷而起”、“无明发业”，意思完全相同，指六尘、六根、六识的产生，完全是“阿赖耶识”自在自为的运动，其间没有任何理性或意识在支配。所以，他又说：“万物之生，皆其自化，则无作者。不觉故动，则非自然。”
从这些特征可以看出，“真如”作为万物本体，只是一至为单纯的“客观实在”，而“阿赖耶识”作为“真如”的显现物，则具有了丰满的内容，它实际上成了包含有全部现实世界景象的活动着的实体，它代表着游离于人类意识之外的全部客观世界。就这个方面而言，“阿赖耶识”较之康德的“自在之物”，包含有更多的唯物主义成分。然而，设置“阿赖耶识”，也依然未能填补思维与存在之间的鸿沟。
列宁说过：“认识的有限性（Endlichkeit）和主观性、对自在世界的否定是认识的最初的阶段、环节、开端、起头——认识的目的最初是主观的……”康德不懂得“认识的有限性和主观性、对自在世界的否定”仅仅是认识过程中的一个环节，而把它们绝对化，结果，便使认识的主观性与自在之物的客观实在性完全割裂开来。章太炎在这个问题上犯了与康德相类似的错误。
章太炎说：“凡起心时，皆是意识，而非阿赖耶识。”这就是说，认识活动纯属意识运动，阿赖耶识自身不会产生关于自己的任何观念。他认为，阿赖耶识中尽管包含有色空、自他、能所、体用、一异、有无、生灭、断常、来去、因果等等“种子”，但它自身却不会意识到这些区别的存在，只有在纯属主观的意识产生以后，方能产生有关这些区别的种种观念。“若色、若空、若自、若他、若内、若外、若能、若所、若体、若用、若一、若异、若有、若无、若生、若灭、若断、若常、若来、若去、若因、若果，离于意识，则不得有此差别。”在这里，观念完全成了主观的意识活动的产物。章太炎把观念世界与客观实在完全割裂开来，不承认观念正是客观实在的能动的反映，而将认识的主观性绝对化，便不可能不像康德一样陷入主观唯心主义与二元论的泥沼。由于将由观念所描绘的整个世界都看成了主观意识活动的产物，章太炎便根本不承认观念世界具有任何客观实在性，以至宣称：“宇宙本非实有，要待意想安立为有。”“世界本无，不待消灭而始为无。今之有器世间，为众生依止之所，本由众生眼翳见病所成，都非实有。”“是则众生既尽，世界必无毫毛圭撮之存。”只要不存在人的意识活动，经由观念而表现出来的世界景象、秩序，也就一概荡然无存。
章太炎将认识的主观性、有限性绝对化，否定了观念的东西在一定条件下所具有的客观实在性，否定了思维与存在、精神与物质的同一性。然而，既承认“寻法本际，法无本际，惟是一切种子随心所见” ，即承认了“诸法”或世界万象是各类种子在意识活动过程中的显现，那又怎么能说意识活动所产生的观念形态与作为客观实在的种子毫无关系呢？将观念形态的东西说成纯然主观的产物，从而彻底否定古往今来全部观念形态的真理性、神圣性，固然淋漓尽致，非常痛快，但是，章太炎自己就无法自圆其说。他又说：“寻生本际，生无本际，惟是无明业力引生相续。”将世界的全部运动归之于“无明业力引生相续”，从而彻底否定古往今来全部自然规律、社会秩序的永恒性与合理性，这也非常痛快，但是，他的“无明业力引生相续”，不正是又一种新的秩序么？章太炎对此也无法自圆其说。
既然全部观念形态及它们所表现的整个世界都是虚幻的、空无的或非实在的，那人们为什么却偏偏常常以为由观念所描绘的世界为真实存在的呢？章太炎说，这全是因为在阿赖耶识同眼、耳、鼻、舌、身、意六识之间，存在有一个中间环节，即末那识。
末那，译义为“意”。它之为“意”，与作为第六识意识本根的“意”并不相同。眼、耳、鼻、舌、身五识以色、声、香、味、触五尘为自己的认识对象，意识以“法尘”为自己的认识对象，而末那识则不然。“末那惟以自识见分缘阿赖耶以为相分，即此相分，便执为我，或执为法。” 末那识以阿赖耶识为自己的认识对象，并以阿赖耶识为自身或他物的本质，以此与阿赖耶识相联结。但是，末那识本身也不形成我、法等观念，它“虽执赖耶，以此为我，以此为法，而无现行我法等想”。执此阿赖耶识为本质而形成我、法等概念，仍然有待于意识的活动。末那识的作用还表现在它又是“意根”，是眼、耳、鼻、舌、身、意六识依存之所，以此而与六识相联结。正是通过末那识的中介、过渡和联结，阿赖耶识中的种子方才转化为意识中纯主观的观念，意识方才执持这些主观的观念所描绘的景象为实有，所以，它实际上代表“认识主体”。
就这样，章太炎自以为说明了客观实在的“真如”世界与主观虚幻的“观念”世界之间联系的中间环节。然而，他的基本立场，仍旧是坚持思维与存在之间的尖锐的甚至是近于绝对的对立。他对阿赖耶识所做的解释，使本体“真如”与纷繁复杂的现象世界不再相互脱节，但是，他拒不承认或者说根本没有意识到，本体的绝对的客观实在性正存在于诸种现象相对的客观实在性之中，他以诸种现象的相对性、暂时性、表面性而否定它们具有任何确定的、客观的内在本质，这样，他就不可能正确地认识本体与现象之间既矛盾又统一的辩证关系，也就不可能正确地解决使本体“真如”与现象世界相互脱节的问题。他对末那识所做的解释，使外部世界与意识活动通过这个认识主体而衔接起来，但是，他拒不承认或者说根本没有意识到，外部世界的客观性与实在性正表现在认识的主观性与有限性之中，这样，他就不可能正确地认识意识活动的主观性与外部世界的客观性既矛盾而又统一的辩证关系，也就不可能正确地解决思维与存在的同一性问题。结果，他自以为克服了康德的二元论倾向，事实上，却正在这个关键问题上重复了康德的二元论。
恩格斯说：“在法国发生政治革命的同时，德国发生了哲学革命。这个革命是由康德开始的。”康德曾把他自己的哲学成就称作在哲学中进行了一次哥白尼式的革命。康德看到，哥白尼曾经从所知觉的天体运动与能知觉的主体相互关系中解析所知觉的天体运动，说明了这些运动并非被知觉的事物本身所固有的，认识的主体人类在这中间往往起着决定性的作用。哥白尼正是这样推翻了太阳绕着地球旋转的传统观念，而在天文学史中树立了以太阳为天体运行中心的学说。康德从哥白尼的理论中得到启示，通过对于所知觉的外界与能知觉的主体相互关系的深入研究，发现认识的主体在通过认识形成什么样的知识体系中也同样起着决定性的作用。康德的二元论，在人类认识史上首次将理性提高到至高无上的地位。正如黑格尔所说：“康德哲学的观点首先是这样的：思维通过它的推理作用达到了自己认识自己本身为绝对的、具体的、自由的和至高无上的。思维认识到自己是一切的一切。除了思维的权威之外更无其他外在的权威；一切权威只有通过思维才有效准。”康德哲学为近代西方资产阶级“理性法庭”提供了理论依据，开创了哲学史上一个新的时代。