护法运动，从一开始就有一个致命的弱点，这就是它不是把力量的基点置于民众之中，而是放在所谓“有力者”、“西南各省”，亦即以西南各省为主的一批地方军阀身上。章太炎来到广州不久，对此就有了痛切感受。当时，广东省省长朱庆澜拥护孙中山的“护法”主张，便被一心保住和扩大自己地盘的广东督军陈炳焜视做一大威胁，在陈炳焜逼迫下，朱不得不辞职出走。而陈炳焜则在桂系军阀首领陆荣廷的支持下，公然用北京政府推荐自己所属意的李耀汉为省长，用北京政府的任命来证实李耀汉任省长的合法性。他的理由是：北京政府中，段祺瑞的内阁是非法的，所以应当反对；而冯国璋代总统的地位则是合法的，所以应当承认。希望利用北洋军阀内部直系与皖系的矛盾，反段不反冯，用承认冯国璋代总统地位的办法来换取冯国璋对西南的承认，这是西南军阀几乎共同的态度。然而，一旦承认冯国璋的代总统地位，就无异承认了冯、段假手张勋推翻黎元洪为合法，这也就实际上否定了“护法”。针对这种倾向，章太炎强调，必须充分揭露冯国璋与段祺瑞同样的反动本质，根本否定冯的代总统地位的法律依据。为此，他劝告孙中山不要称“临时大总统”，“宜且称摄大元帅”，同时，一再声明，必须继续承认黎元洪的总统地位。在为孙中山起草的就任大元帅宣言中，他就特别突出了“元首之不可弃遗”以及“奉迎元首”的内容。他在宣言中写道：“黄陂为同建国之人，于义犹一体也。生命伤而手足折，何痛如之？艰难之际，不敢以谦让自洁，即于六年九月十日就职，冀二三君子同德协力，共赴大义。文虽衰老，犹当搴裳濡足为士卒先，与天下共击废总统者。”他自称这样做是为了“遥戴黎公以存国统，使人不能苟与贼和，且示无自尊意” ，可是，事实上，这丝毫也不能阻止西南军阀口头拥护“护法”主张，实际将《临时约法》和国会当成粉饰门面的工具，继续同北洋军阀特别是以冯国璋为首的直系军阀进行肮脏的政治交易。他阻止孙中山称临时大总统，反而以所谓“国统”或“法统”束缚了自己的手脚，因而“孙公虽貌从，情不顺也”。后来，孙中山便将宣言中最后一句“犹当搴裳濡足为士卒先，与天下共击废总统者”改成“犹当荷戈援柲为士卒先，与天下共击破坏共和者”。
为了取得西南军阀中的两大首领陆荣廷与唐继尧对军政府的支持，非常国会特地在大元帅下设两个元帅，于9月2日选举他们二人担任。可是，陆荣廷与唐继尧都不肯就职。为了说服唐继尧就职，对护法运动采取较为积极的态度，根据章太炎本人的动议，孙中山任命章为总代表，偕同赉送元帅证书印信去滇的五名国会议员离穗经越南转道去昆明，与唐共同“筹商时局”。
唐继尧，字蓂赓，云南会泽人。留学日本期间，加入同盟会，1911年10月30日，与蔡锷等在昆明发动起义，被任命为云南军政府军政、参谋两部次长，1912年3月率军推翻贵州军政府，自为贵州都督，1913年10月蔡锷入京后，继蔡为云南都督。1915年12月，与蔡锷一道发动护国战争，军务院在肇庆成立后，他被推举为抚军长。在护国战争中，他将自己所统率的军事力量扩大到八个军，成为西南地方最大的一支军事力量。凭借这样的实力，他雄心勃勃，便想以云南为基地，逐步向外扩张，称霸西南。他反对段祺瑞武力统一全国，建立段氏王朝，因此，他附和“护法”，认为孙中山建立军政府可以与他互为掎角，然而，他也不愿听命于孙中山，不愿与北洋军阀中冯国璋的直系翻脸，因此，在“护法”和担任军政府元帅这两个问题上，他又明显地表现了一种虚与委蛇的暧昧态度。1917年一二月间，章太炎曾分别为《再造共和唐会泽大事记》、《云南首义拥护共和始末记》这两本小册子作序，除去对唐继尧的功绩做了一番称颂赞许之外，还对唐继尧称霸西南的意向表示过支持。他写道：“中国土宇广漠，非一人所能独治。古者上士如孔明、茂弘诸公，不讳偏霸，不耻以一方主政，其后文化殷盛，赫然与三代比隆。余愿唐公勉之而已。”这当然使唐继尧很高兴，所以，唐早就邀请他赴滇做一番巡视。由于具有这么一段渊源，又有着军政府秘书长与全权代表的正式身份，章太炎到达昆明时，便受到了唐继尧分外热情的接待。唐“衣上将礼服，率佽飞军郊迎，执礼甚恭”，将章迎至昆明八邑会馆下榻，并每天将章接到军署欢宴，对于阳明之学等等，谈得十分起劲，独对于就任军政府元帅一职及讨伐冯、段之事，则缄口不提，或百般推诿。
章太炎是9月26日到达昆明的，直到10月初，唐继尧方才口头表示“决心北伐，于军政府事亦赞同一致，绝无异论”。章太炎非常高兴，立即电告孙中山。然而，一触及接受军政府元帅印证之事，唐继尧仍搪塞其词，不肯答应。对此，孙中山非常焦急，专电章太炎说：“外交承认关键，在视诸帅是否就职。先生望重海内，唐必能见听。除另电请即宣布就职外，务望速为劝驾。”经孙中山与章太炎再三敦促，唐继尧方才勉强“具礼受印证”，算是就了元帅之职，“然其文移号令，终自称滇黔靖国联军总司令，未肯称元帅也”。唐继尧之所以迟迟不肯宣誓就任军政府元帅之职，接受印证之后也不肯以元帅自称，归根到底，是因为他希望自成系统，同军政府保持相当距离，以便同北洋政府特别是冯国璋的直系势力讨价还价，进行交易。这番交涉，给章太炎上了一课，使他对西南地方军阀势力拥护“护法”的真情开始有了认识。
紧接着，围绕着实际的军事行动问题，章太炎根据孙中山的要求，同唐继尧进行了更为艰难的交涉。是时，段祺瑞派傅良佐督湘，用兵湖南；又派吴光新为长江上游总司令兼四川查办使，率兵入川；企图以此分别胁迫粤、桂与滇、黔。在湖南与四川，都爆发了激烈的战事。为了击退段祺瑞的军事进攻，从军事上给北洋军阀统治以有力的打击，10月9日，孙中山召集军事会议，议决立即致电陆荣廷与唐继尧，要求他们火速出兵北伐，会师武汉。然而，一心要做“西南王”的唐继尧，只对逐鹿四川有兴趣，对北伐并无诚意。7月，驻川的滇黔军队与川军第二师师长刘存厚为争夺四川的控制权而发生激战，唐继尧的“靖国军”，就是为了对付刘存厚，平定所谓“川乱”而组织起来的。7月20日，他曾发表过一个通电，说：“川省为义师必经之地，倘内乱未弭，则后顾多忧。故思惟北征，宜先靖蜀。”表明“靖国军”只是空名，“靖蜀军”方是实质。因此，尽管孙中山一再电促北伐，他却按兵不动。直到11月初，川事吃紧，滇黔军在川军打击下迭连败北，眼看将被驱逐出川，他方才着急起来，亲自率部离开昆明，驻节毕节，指挥滇军向四川挺进，并聘任章太炎为滇黔联军总参议，随营行动。对于唐继尧的自行其是，章太炎很不以为然。特别是川战进展缓慢，北伐遥遥无期，章太炎更为焦急。为了使唐继尧改弦更张，他一再向唐继尧进言，反复说明：“南北相恃，不得湖北，不能取均势。今桂军方援湖南，荆襄黎天才、石星川亦思独立，君必待破重庆，定成都，然后东下，则岁时淹久，事将中变。且川人怨云南深，未可猝下也。宜分兵自贵州出湘西，取辰、沅、常、澧为根本，北与江陵相望。黎、石一起，计时湘中亦已下矣，乃与桂军会师武汉。敌人震耸，形势在我，刘存厚亦焉能倔强也？” 但唐继尧并未被他的这些剖析所打动。12月4日，滇黔联军攻占重庆，不多天，唐继尧宜布建立滇、川、黔三省靖国联军，自任总司令。这时，孙中山一再电唐，要求他挥师顺流东下，出宜昌，赴武汉，章太炎也再三劝说唐继尧以滇黔军急速东出，除去当面劝谏外，还连续给唐写了十多封信，可是，唐“终托故不出”。
就在这时，南北停战与议和的声浪一日高似一日，给护法战争带来了更大的威胁。11月18日，鄂、赣、苏三督王占元、陈光远、李纯仰承冯国璋之意，与直督曹锟联名通电，主张南北停战撤兵，22日，冯国璋准段祺瑞辞去国务总理一职，公开了与段祺瑞武力解决相异的态度。西南方面，对于护法战争一直持消极态度的两广巡阅使陆荣廷首先响应，24日复电李纯，表示赞成停战，并要求冯国璋以明令颁布。28日，湘桂联军总司令谭浩明奉陆荣廷之命宣布停战。12月4日唐继尧在攻占重庆后，也电告李纯等，宣告已下令驻川滇黔联军停战。与此同时，皖系军阀在段祺瑞授意下，则坚持对西南用武，并加紧进行军事部署。面对这一局势，章太炎分外焦急。针对不少人对冯国璋所怀抱的幻想，早在11月7日，章太炎就发表了一则专门揭露冯国璋真面目的通电，指出冯国璋比之段祺瑞罪行并不稍轻，“近复伪设参议院，逮捕非常国会议员，骫法灭纪”，成为首恶，因此，联冯倒段，实属“不揣事理”。针对停战、和谈的喧闹，章太炎特别指出：“冯氏调和南北之说，此皆报章传述，政家诳言，按之事实违反，伪令具在，非可诬也。昔徐世昌阳言不附帝制，而实为助命首功，此袁系人物之故智则然。今之冯氏，岂异于彼？而诸君子信其荧惑，而不惜牺牲法律、屈抑名义以就之，无乃信虚言而忘实事，听浮说而乱大谋乎？”他披沥肝胆，谆谆告诫，可是，人们并未听从。1918年1月27日，湘桂联军攻占岳阳，章太炎急电湘桂联军总司令谭浩明，要他乘胜攻打武汉，一心与冯国璋谋和的岑春煊则令谭浩明不要进攻，结果，到了3月，北洋军锐师反扑，湘桂军一下子蹙地七八百里，不得不退守衡阳，军事上陷入了非常困境。与此同时，北方，段祺瑞重任国务总理；南方，则出现了一股改组军政府、以岑春煊取代孙中山的暗流。5月，护法军政府改为七总裁合议制，岑春煊任主席，孙中山被逼离开广州返回上海。事态的发展，使章太炎认识到，无论是陆荣廷，还是唐继尧，“惟欲割据三省，自固封殖”，而“鄂省非一家所能专有”，所以，都不愿会师武汉。他们所营求的，都只是一己私利，护法大局并不为他们所重。“是知人心不同，难与共济”。历史与现实使章太炎更痛切地感到护法这一口号自身就有严重缺陷，“盖鼓舞军心者，在顺从民意。国会本非民心所向，以法律为出师之名，响应自寡”。他终于又陷入了绝望。6月13日，在四川峨眉山受戒，宣言不再与闻世事，并动身离川东归。
经过旅途一番辗转，10月11日，章太炎归抵上海。沉默了五十天，12月2日，在上海《时报》发表了一封长信，历述自己为唐继尧等人参议而未为见听的经过，深刻揭露了陆荣廷、唐继尧等西南军阀所持者只不过是一种“部落主义”，“广西不过欲得湖南，云南不过欲得四川，借护法之虚名，以收蚕食鹰攫之实效”；他们忽而言战，忽而言和，“言和不过希恩泽，言战不过谋吓诈”，无非效法“里巷讼棍之所为”。因此，他断言：“西南与北方者，一丘之貉而已。”依靠西南军阀的力量发动一场护法战争以推翻北洋军阀统治的幻想，至此终于完全破灭。中国的出路究竟在哪里呢？章太炎和正在勃兴的新文化运动完全隔膜，长期在上层军阀中活动更使他与民众相脱离，他看不到希望之所在，所以，十分悲观地认为：“中土果有人材能戡除祸乱者，最近当待十年以后，非今日所敢望也。”
在辛亥革命、二次革命、护国战争、护法战争一次又一次遭到失败之后，这位已经渐渐离开了民众的旧民主主义革命家，濒临绝望的境地了。