《春秋左氏传》是章太炎早年用力最勤的一部著作。诂经精舍时代撰述的《春秋左传读》，与康有为的公羊学观点论战时所写的《春秋左传读叙录》、《驳箴膏肓评》，都是他研治的成果。《春秋左氏疑义答问》共五卷，这部著作的特色是所谓“专论大义”，即专门探索《春秋》与《左传》的观点、理论、主张。在这部著作中，关于《春秋》与《左传》的编纂问题，章太炎提出了与前不同的见解。他否认“孔子作《春秋》”这一旧说，认为《春秋》系孔子据《鲁史》删定而成，也是“述而不作”。《春秋》详于鲁而疏于其他邦国，对于鲁国弑君事件又多隐讳，都是因为《鲁史》原来如此。《左传》与《春秋》的区别，就在于它不仅依据《鲁史》，而且综合了百国与诸官府的记录。“及孔子观周，具见百国与诸官府之所记载，甚翔实矣，然犹弗敢窜易者，鲁非周室，身非天王左右之史，不得取鲁史而遽定之，使同于王室之史也。是故存其旧文于经，而付其实事于丘明以为传。”“章氏丛书续编”本。尽管孔子是否曾与左丘明同观百国宝书还有争论，但《春秋》与《左传》所依据的原始资料广狭有别，对许多具体事件叙述有差异，这些论断却有相当大的说服力。《春秋左氏疑义答问》对于孔子为什么修《春秋》以及《春秋》等史书究竟有什么社会价值等问题也提出了与前相异的见解。孔子为什么修《春秋》？章太炎断然否认“为褒贬而作”这一传统解释，也不承认康有为所鼓吹的托古改制、为百世制法那一套说法。他认为，孔子身当“四夷交侵，诸夏失统”之世，深知“欲存国性，独赖史书”；面临“王纲绝纽，乱政亟行”的严重局面，一心“禀时王之新命，采桓、文之伯制，同列国之贯利，见行事之善败，明祸福之征兆”，以“施于乱世”，这两者，方才是推动孔子躬为采集史记，加以删革，以使之可以行远的原因所在。孟子说过，《春秋》成而乱臣贼子惧，前人多解释为孔子或褒或贬，用“正名”警戒了那些“乱臣贼子”。章太炎认为，这一解释过于勉强。事实是古人作史，大多为了供君上作为巩固其统治的借鉴。史著提供了丰富的历史经验，“后之为上者因是以知所儆，则乱贼自无所借手，何为而不惧乎？”对于历代研究《春秋》及《左传》者，章太炎早年较多肯定贾逵、服虔等人而对杜预则多所指责，这时则转而以杜预为唯一可取者，反映了他晚年重新笃信古文经学。
《尚书》，章太炎往昔“未甚研精”，原因在于他认为“六经之道同归，独《尚书》最残缺难理”，前人解说，大多为皮傅，强行疏释，会劳而无功。后来，他的弟子吴承仕根据敦煌发现的《尧典释文》，参照日本所藏《尚书》古本，对《尚书》做了专门研究，使他受到很大启发。1922年12月，洛阳发现用古文、篆、隶三体刻石的石经残碑，上面一部分为《尚书》，一部分为《春秋》，“古文、篆、隶几千八百字”，“凡《说文》所未录，《经典释文》所阙者，于是乎可考”，为此，他撰写了《新出三体石经考》。三体石经的发现，引起了他对《尚书》浓厚的兴趣。他这时所撰定的《太史公古文尚书说》和《古文尚书拾遗》，力图依据上述这些新发现的资料，对《尚书》中许多众说纷纭、莫衷一是的词语提出自己的训释。他称自己的这两部著作“虽发露头角，于所不知，盖阙如也”，目的仅在于以此书给吴承仕作“执鞭前跸”，让吴承仕“有以恢之”。
这些著作，学术上都相当严谨，但也确有相当浓厚的“中华民国遗民”的“遗民”气息。《春秋左氏疑义答问》卷一首条就说：“《春秋》果垂法万世，抑无用于今邪？按：君臣之与长属，名号少殊，典礼有隆杀焉尔，之纲之纪，亦何差池？作乱犯上之诛，于今仍未替也。……如戎狄不称人，所以分北异族；以地叛必书，所以严为国防，王人必尊于诸侯，列国不得相役属，诱执有诛，失地示贬，并为时务为要。其余推极成败，表箸贤佞，经传具有其文。斯之法戒，百代同之，安得至今而废哉？”人们从这里不难闻见阵阵封建臭味。章太炎自述：“拙著《春秋疑义答问》……此等书，在今人观之，不曰封建思想，则曰已陈之刍狗尔。仆亦岂敢云经世大业哉？王荆公废《春秋》，孙莘老及苏氏兄弟犹保存之，仆亦犹孙、苏之志耳。”他又说：“仆老不及见河清，惟有惇诲学人，保国学于一线而已。”之所以将晚年可贵的岁月消磨于此，系因为他对“河清”已不抱希望，致力民族文化与历史，是为了未来中华民族尚可据以复兴。然而，从对于《春秋》、《左传》及《尚书》的研治经历，他还是看到了自己的思想与学业并未穷尽真理，而是与其他人一样，也有着许多不足之处。所以，他觉悟到：“学问之道，当以愚自处，不可自以为智。偶有所得，似为智矣，犹须自视若愚。古人谓：既学矣，患其不习也；既习矣，患其不博也；既博矣，患其不精也。此古人进学之方也。大氐治学之士，当如童蒙，务于所学熟读背诵，愚三次，智三次，学乃有成。”这当是他自己一生治学的经验总结。
研寻宋明理学家“治心之术”，借以释愤，是章太炎这一时期治学的又一重要内容。早先，他对宋明理学一直不愿问津，对王阳明尤多非议。《訄书》修订本第十篇题为《王学》，便责难“王守仁之立义至单”而又“无组织经纬”，“守仁以良知自贵，不务诵习”，而实际上是因袭旧说、缀辑故言，其学术“数传而后，用者徒以济诈，其言则只益缦简粗粗”。1906年，他在《民报》第九号发表的《遣王氏》，再一次认定“守仁之学至浅薄”，“其学既卑，其功又不足邵”。其后，随着他自己“真如”哲学体系逐步完成，他对王学的态度逐步有了变化。在《检论》卷四《议王》篇中，他反对以王学从政治国，而肯定了王学“敢直其身，敢行其意”的主观奋斗精神。所谓“敢直其身，敢行其意”，具体地说，就是：“夫群众所公是者，己未必厌也；精神之动，心术之流，有时犯众。人有所公惎，诚志悃款，欲制而不已者，虽骞于太古，违于礼俗，诛绝于《春秋》者，行之无悔焉。”1917年4月，章太炎在上海发起成立“亚洲古学会”时，特别致函吴承仕，说：“仆近欲起学会，大致仍主王学，而为王学更进一步。”为什么呢？他解释说：“今之所患，在人格堕落，心术苟偷。直授大乘，所说多在禅智二门，虽云广集万善，然其语殊简也。孔、老、庄生，应世之言颇广，然平淡者难以激发，高远者仍须以佛法疏证，恐今时未足应机。故今先举阳明以为权说，下者本与万善不违，而激发稍易，上者转进其说，乃入华梵圣道之门。”与《议王》篇相较，章太炎这时除去继续肯定了王学的主观战斗精神外，还较多地肯定了王阳明的主观唯心主义哲学，将这一哲学看做达于他的“真如”哲学的一个阶梯。1924年秋，他在为《王文成公全书》所写的题词及后序中，重申了这些观点。
章太炎前后对于王学评价的不同，从一个侧面反映了章太炎自身前后思想的变化。前期，他对王学基本否定，表现出他敢于正视现实，对于实际进行着的革命斗争，对于未来充满了信心，勇于依据实践的发展提高与修正自己的思想与认识。后来，他对王学转为基本肯定，则表现了他同现实世界之间已经出现了隔阂，他对于实际斗争及发展前景已经产生了深刻的怀疑，但是，他又没有足够的勇气与足够的力量修正自己的思想去适应现实世界的变化，而总幻想着依靠主观奋斗精神可以使自己的设想、方案演化为客观的现实。
******新军阀统治建立以后，章太炎自居为“中华民国遗民”，对于宋明理学的研治与评介同先前两个时期相比，又自具特色。他对现实世界和正在进行着的政治、军事等等斗争，包括中国共产党领导下的武装斗争，新军阀内部的斗争，都已漠然置之。无论是对于国家政局的发展，还是对于五花八门的救国方案与建国纲领，他都不再抱有希望与信心。这一时期，他重新披阅宋明理学家们的著作，就他先前所很少关注的心性、理气问题发一点议论，用理学家言为自己的哲学思想体系做诠释与印证，又用自己的哲学对理学家言进行批评与做出新解，但不是要给现实世界提供一个新的武器，他的重点还是放在整理历史文化遗产，使自己的愤怒得以平息，使心绪得以从苦恼中解脱。
章太炎是背负着传统思想、传统文化的重担走向社会、走向革命的。经过将近三分之一世纪的左冲右突，他疲乏了。他曾经向传统提出过挑战，曾经同旧文化英勇地搏击过，然而，现在他失去了现实土壤的支持，因袭的重担便反转来压倒了他。他重新皈依于封建的旧思想、旧文化，从中寻求慰藉与安身立命之所，以至于宣称：“文王、孔子之教，使人与禽兽殊绝，是泛行之术也。……逮今世衰道微，邪说暴行所在蜂起，然则所以拯起之者，亦何高论哉？弟使人与禽兽殊绝耳。入则孝，出则弟，谨而信，泛爱众，而亲仁，行有余力，则以学文，可谓弟子矣；见利思义，见危授命，久要不忘平生之言，可谓成人矣；行己有耻，使于四方，不辱君命，可谓士矣。此三者足以敦薄俗，立懦夫，于今救世之急，未有过于是者也。恢之以子路之行，博之以十五儒，义稍广矣；语之以致良知，论稍精矣；自是而上，随其资性，上规闵、冉，下希明道、白沙，则视其人之所为也。”文王、孔子之教，子路之行，王阳明致良知之语，统统都成了济世良药；孔子的弟子闵子骞、冉伯牛，程朱理学的肇始者程颢，明代“活孟子”陈献章，被树立为世人的楷模；章太炎确乎“身衣学术的华衮，粹然成为儒宗”。
然而，时局的发展，很快就又使得这位老人不忍心也不甘心以“中华民国遗民”和“宁静的学者”终其生。时局的最大变动，就是日本帝国主义发动“九一八”事变，******严令东北军“绝对不抵抗”，致使日本侵略军只用了三个多月时间，就侵占了我国辽宁、吉林、黑龙江三省；接着，日军又发动了“一·二八”事变，悍然进攻上海，上海人民与驻上海的国民党第十九路军，不顾******的意愿，奋起抗战。这些事件，使章太炎受到了震动。
“九一八”事变后，仅仅一周时间，辽东与吉林千里江山便沦于日寇铁蹄蹂躏之下。眼看自己所手创的“中华民国”将灭亡于日本侵略者之手，章太炎似乎已经宁静的心再也不能继续宁静下去了。然而，他还继续保持了一段时间缄默。他说：“东事之起，仆无一言，以为有此总司令，此副司令，欲奉、吉之不失，不能也。东人睥睨辽东三十余年，经无数曲折，始下毒手。彼岂不欲骤得之哉？因伺衅而动耳。欲使此畏葸怠玩者起而与东人争，虽敝口瘏舌，焉能见听？所以默无一言也。”总司令，指的是******；副总司令，指的是时任全国陆海空军副总司令兼东北边防司令长官的张学良。他保持缄默，是因为深知******等当政者“畏葸怠玩”，难以指望。他保持缄默，还有另一个原因，即当时在广东另立“国民政府”的汪精卫等人借机在反蒋，而章太炎则认为，“校论宁、粤两方，宁方则秦会之，粤方则石敬瑭也”，去秦求石，“其愚缪亦太甚”；但支持******抗战，他又“逆计其人，爱国家不如爱自身，爱自身之人格尤不如爱自身之性命”；“拥蒋非本心所愿，倒蒋非事势所宜，促蒋出兵，必不见听，是以默尔而息也”。
缄默未能保持多久。以爱国学生为先锋，各地迅速掀起了抗日救亡热潮。他们发出了“打倒卖国政府”的怒吼。1931年12月15日，******在国民党内部各派相互倾轧中宣布下野，但继任者同样在侵略者的凶焰面前屈膝退让。1932年1月2日，日军占领锦州，中国军队全部撤到关内，东北三省全部沦丧。章太炎忍无可忍，终于又一次拍案而起。1月13日，他与马相伯、张一麐、李根源、沈钧儒、章士钊、黄炎培等联名发表通电，痛斥国民党当局“守土大军，不战先撤，全国将领，猜贰自私，所谓中央政府，更若有若无”，要求国民党各派首领“立集首都，负起国防责任，联合全民总动员，收复失地，以延国命”，不然，即“应即日归政全民，召集国民会议，产生救国政府，俾全民共同奋斗”。1月19日，他又与张一麐、沈钧儒、李根源等联名通电，高度赞扬东北义勇军奋起抗战的壮烈行动，强调“国家兴亡之事，政府可恃则恃之，不可恃则人民自任之”，要求“全国智勇之士，共起图之”。