顺治三年（1646）七月改甘肃卫军为屯丁。凉州戍军亦改为屯丁，免除军名，令屯田。
顺治五年（1648）初夏甘州回民米喇印及丁国栋率部抗清，攻占凉州。
顺治九年（1652）著名学者，藏传佛教领袖五世****阿旺罗桑嘉措晋京途经金强川，改嘉格让（意为强盗沟）为抓喜秀龙（意为吉祥富裕沟），赐天堂寺为扎西达尔吉琅（意为吉祥振兴洲）。
顺治十七年（1660）甘肃巡抚由甘州移驻凉州。
康熙十七年（1678）意大利传教士来凉州传播天主教。
康熙四十三年（1704）凉庄道武廷适在凉州创建成章书院，到乾隆十二年（1747）改为天梯书院。
康熙五十八年（1719）凉州卫考院被火烧。
雍正元年（1723）十月青海罗布藏丹津反清，庄浪藏族马尔素响应，清政府任川陕总督年羹尧为抚远大将军前往镇压。十一月年羹尧调兵4000，由凉州总兵杨尽信率领，前往庄浪围攻反清之藏兵，获胜。雍正二年（1724）春，年羹尧命奋威将军岳钟琪攻马尔素部，杀三千多，擒二千余。五月，庄浪藏民事平，清政府改庄浪卫为平番县，辖今天祝县乌鞘岭以南地区及永登县。
雍正二年（1724）撤凉州卫、镇番卫、永昌卫，分别设武威县、镇番县、永昌县，撤古浪守御千户所，置古浪县。在撤庄浪卫置平番县的同时，设庄浪厅。同时，设凉州府，辖武威、永昌、镇番（今民勤县）、古浪、平番（今永登县）五县及庄浪厅，府治武威。
是年凉州卫儒学改为凉州府儒学。
雍正四年（1726）在武威城北府门内（今武威行政公署住宅楼处）设武威县儒学。
雍正十二年（1734）四月清副都御史孙国玺查勘凉州屯田及渠工情况。
乾隆二年（1737）清旗兵驻防武威，同时在武威城东北约三华里处修建了满城（又名新城），做为旗兵营房。
乾隆四年（1739）古浪县城修文庙并设儒学署。
乾隆七年（1742）武威县正堂在城北永昌堡创建北溟书院。
乾隆十年（1745）凉州府欧阳永裿增修凉州府考院。
乾隆十四年（1749）武威人张王召美主修的《五凉考治六德集全志》修成付印。
嘉庆十五年（1810）武威著名学者张澍在大云寺发现了西夏碑，即《重修护国寺感应塔碑》。
道光五年（1825）镇番（今民勤）知县许协主修《镇番县志》付梓。
道光二十二年（1842）林则徐被遣戍新疆伊犁，途经武威，留住八天。
道光二十六年（1846）林则徐获释回归，奉命代署陕甘总督，处理祁连山与青海藏民骚乱，途经武威住一个多月。
道光三十年（1850）凉州创立蔚丰厚、协同庆、天成亨三家票庄。
同治元年（1862）陕西回民义军的反清斗争蔓延到甘肃，延续十年之久，凉州受害极大。
是年十月武威开始办团练。
同治三年（1864）二月古浪、永昌、山丹等地方官与乡绅组织团练，以抗陕西回民义军。
光绪元年（1875）甘肃兵备道成定康捐俸银1000两，购置民房在武威城西北隅石头滩创建雍凉书院。
光绪五年（1879）甘肃兵备道铁珊提倡“牧羊以兴实业，试种牛痘以惠婴孩”等科学新政。
光绪九年（1883）凉州知府陈才芳，教民栽桑养蚕。并调陕西汉中工人来凉州收茧纺织，传授养蚕缫丝技艺。
光绪十六年（1890）凉州电报子局成立。
光绪二十年（1894）武威举人丁春华改良农业，试种棉花。
光绪二十四年（1898）陕西秦腔名艺人李富贵来武威创建秦腔“富贵社”。
光绪三十二年（1906）武威李铭汉所撰《续通鉴纪事本末》刊印行世，全书110卷。
光绪三十四年（1908）八月二十七日乡民陆富基、齐振鹭领导数千农民拥进武威县城，要求减免税收。他们捣毁警岗，攻入县署，捣毁总警绅王佐才等人的房屋。官署派军警镇压。抗税斗争失败后，陆富基被杀，齐振鹭外逃。
宣统元年（1909）武威设官银钱局，为武威设银行之始。
宣统三年（1911）齐振鹭二次发动抗暴斗争失败，被杀于武威城内大什字。