另一方面，在西南地区，自然保护区的建立为生态旅游创造了条件。生态旅游是西南地区旅游业发展的必然趋势，而目前所存在的生态危机在很大程度上制约着旅游业的发展。仅仅靠镶嵌在遍体鳞伤背景之中的几个自然保护区，要发挥当地资源优势，在增加了保护区负担的同时，也使这些岌岌可危的保护区面临着被蚕食的危险。并且在人类所赖以生存和发展的土地蒙受水土流失和荒漠化所带来的巨大损失之时，其他产业的发展也有随之成为泡影的危险。
西南地区，即115万平方公里的长江上游流域范围内，各流域自然生态环境系统严重失衡。西南地区各河流各流域的水土流失造成了长江中下游地区江河湖泊的泥沙淤积量大增，减少了其防洪和调洪能力。20世纪50年代，西南地区的水土流失面积是29．95万平方公里，1985年发展到35．2万平方公里。并且，西南地区有各种崩塌、滑坡等严重重力侵蚀地区20余万处，泥石流沟4215条，年均受各种侵蚀的土壤总量达到15．68亿吨。由于泥沙的颗粒较粗，推移质所占的比例较大，能被远程输送的细粒物质较少，大多在各级支流和整个长江流域淤积，造成了巨大的损失，影响其自然生态环境状况。
以水土流失为主要表现形式的西南地区各大水系的自然生态环境的恶化所引发的各种洪涝灾害触目惊心。国家统计局的统计资料显示，1 950年～1995年，全国洪涝灾害受灾面积39321平方公里，成灾面积22477平方公里，由此产生了其他各种自然灾害的频繁发生，造成人民生命财产的巨大损失。西南地区因水土流失引发的自然生态环境危机所造成的自然灾害，尤以旱灾最为严重。其影响的面积广，造成的损失大，并且发生的频率也越来越高。20世纪90年代四川、贵州两省平均旱灾面积达297万公顷，成灾面积193万公顷，分别为80年代的178％和200％，为60年代的175％和240％，昔日的“天府之国”变得多灾多难。云南省昭通地区由于水土流失的范围和数量越来越大，已造成人畜饮水困难。1979年到1984年间，全区饮水困难人数由51．87万人增加到119．5万人，因旱灾造成粮食减产平均每年高达4250多万公斤。自然生态环境问题和其引发的相关问题日益突出。
西南水系的这种自然生态环境状况直接威胁着中下游各平原的安危，金沙江的下游是左右着我国经济命脉的各大城市，珠江的下游是我国的新型城市广州，澜沧江、怒江、红河是我国的几条主要跨国际河流，不论哪一个水系出问题，所造成的损失和影响都将是十分巨大的。
西南地区自然生态环境退化的主要表现形式，是由于森林植被的严重破坏和陡坡垦殖所引发的水土流失。华盛顿的某环保组织认为：人的活动——滥伐森林和开垦土地，是造成中国长江流域发生水灾的主要原因。
森林的水源涵养作用随着其大量的被砍伐而化为乌有，随之而来的是水土流失的不断加剧。西南地区水土流失的日趋严重与森林面积减少的一致性，正说明了对森林的大量砍伐是造成目前自然生态环境恶化的主要原因。历史上长江上游地区曾经是森林茂密的地方，50年代森林覆盖率还有30％～40％，经过几十年毁灭性的破坏，曾一度下降到10％左右，沿江两岸只有5％～7％，长江源头地区天然原始森林的破坏情况尤为突出。
由于西南地区的山地和丘陵区基岩石质坚硬、土层浅薄，风化成土十分缓慢。在陡坡种植之后，地表裸露，在雨量集中、雨水强大的条件下，不可避免地造成严重的水土流失，形成无法恢复的“石化”。据统计，贵州省的“石化”面积已达124万多公顷，占总土地面积的7％；广西的河池、百色两地区，“石化”面积已占总土地面积的30％以上。水土流失、土地“石化”成为西南地区自然生态环境恶化与危机的一个显著特点。
在西南各大水系的上游边远地区，至今还沿袭着古老的“刀耕火种”的耕作方式。刀耕火种，实际上就是开一片，种一片，丢一片。以云南省最大的原始森林区西双版纳为例，1950年，该地区总面积为198万多公顷，热带森林覆盖率为60％，但烧山、砍伐已使森林覆盖率下降到目前的28．7％，即从120万公顷缩小到34万多公顷。在过去的30多年里，大规模毁林已引起了自然生态环境条件的巨大变化，据报道，西双版纳的年降雨量已减少了100毫米～200毫米，损失了5亿立方米的蓄水能力。
西部地区的水土流失主要分布在黄土高原区和西南石山岩溶地区，以及长江上游地区。其中黄土高原地区水土流失问题最为严重，57万平方公里的土地上竟有不少于43万平方公里的水土流失面积，在其沟壑区侵蚀模数达5千吨／平方公里～1万吨／平方公里，少数地区竟达2万吨／平方公里～3万吨／平方公里；而坡陡、山高、谷深、河沟比降大、地表土层薄的西南石山岩溶区，每遇暴雨，就发生严重的水土流失，一般平均每年流失土壤厚度约0．5厘米～1厘米，有的地方竟高达2厘米～5厘米。如石山岩山地占73％的贵州省，在全省33个水土流失严重的县中，有98％为岩溶面积广布的县；另外，长江上游的九条支流土壤侵蚀异常严重，仅四川境内金沙江上游攀枝花至宜宾段，就有泥石流沟258条，占沟谷总数的70％。森林毁坏、林线后退又加速了侵蚀的过程。
川西北牧区属于高原性大陆季风气候，因受地理位置、地形地貌和海拔高度影响，气候较为复杂，且寒冷、灾害性气候天气较频繁。植被的演替受水热条件的影响。以草地为主，丘陵区基本上为草地，山原区为草地+林地，高山峡谷区为草地+林地+耕地。其自然地理特征表明，该地区是连结中西部的纽带，其自然生态环境的恶化与危机，严重影响着中西部地区，以及长江、黄河中下游的生态平衡。
目前，西南地区的自然生态环境面临着多方面的恶化与危机，以川西北牧区为例：
（1）草地生产力下降。据红原草原工作站对1980年～1989年和1990年～1996年两个阶段亚高山平坝、亚高山丘原、半沼泽草地进行调查比较，牧草产量分别下降27．3％、24．2％、16．8％。石渠县70年代牲畜曾达到110万头（只），80年代由于鼠害、草地退化，牲畜数量逐年下降，1992年因遭受百年罕见的雪灾损失近30％，以后就再也没有突破过80万头（只）。
（2）水土流失严重。由于草地退化，地表裸露，水蚀、风蚀频繁，水土流失十分严重。据近20年环保部门测定，阿坝州水土流失面积达49915平方公里，年泥沙流失1795万吨，相当于带走和刮走了6000公顷地表土壤。
（3）草地沙化干旱化日趋明显，草地沙化快速推进。若尔盖县1966年沙地面积1248公顷，沙化草地7768公顷。1997年沙地5689公顷，沙化草地17655公顷。1985年～1997年年均350公顷草地被沙吞没。20年间，阿坝州还有8万公顷的沼泽、湖泊干枯，草地缺水面达40％。
（4）优良牧草减少，毒害植物增加。牲畜的过度采食，抑制了优良牧草发育，刺激了毒害植物的生长。据1989年～1997年川西北草地有毒有害植物调查表明，草地毒害植物从1985年草地资源调查时的3％～5％增加到1997年的12％～25％，相应也减少了牧草产量。
同时，西南地区城市污染不断加重，污染面不断扩大，对自然生态环境产生了十分严重的影响。特别是西南地区的四川盆地，具有典型性和代表性：
（1）二氧化硫污染。1995年四川盆地的19个城市二氧化硫年日均值为0．02毫克／立方米～0．39毫克／立方米，全盆地原年日均值为0．136毫克／立方米，超过国家环境空气质量二级标准超标。污染最重的是涪陵和重庆，分别超标1．6倍和1．3倍，显然与这些城市天然气普及率低、火电厂集中有密切关系。
（2）氮氧化合物污染。1995年全盆地的年日平均值为0．044毫克／立方米，符合国家环境空气质量二级标准（0．10毫克／立方米）。1998年1季度，四川省氮氧化物日平均值为0．05毫克／立方米，18个城市中仅攀枝花市超标，其余17个城市均达国家环境空气质量二级标准。显然这与盆地的汽车拥有量尚少，汽车尾气污染，即石油消费水平尚低相关。
（3）总悬浮颗粒物污染。1995年19个城市监测年日均值为0．14毫克～0．76毫克，全四川盆地的年日均值为0．297毫克／立方米，接近国家环境空气质量二级标准最高允许值（0．03毫克／立方米），其中有8个城市的年日均值超标，占42．1％。达川和攀枝花两市多年来一直是超标严重的城市。