10月4日，美国政府又声明暂不承认中华人民共和国，但仍未给蒋介石政府亟需的军事援助。美国发表“不介入台湾的政策” ，显现出美国对国民党政权的一种失望，不愿浪费有限资源，并预测中苏之间必将发生其利益冲突。从“已解密的美方档案显示：美方曾谋划更换国府领导人，以建立亲美政府，唯因韩战爆发而停止进行。” 在这种大背景下，国民党政府为营造一个民主改革的形象，争取美国的好感，并以此获得军援而作出了相应的姿态。之前，蒋介石任命在台养病的陈诚代替文人魏道明 出任台湾省主席；1949年12月5日，台湾省政府改组，由前上海市长、美国普林斯顿大学博士吴国桢出任省主席兼保安司令官。顾维钧 在回忆录中透露，当时美方主动提出，任用吴国桢并授其充分权力，并全力与美国顾问进行合作，这是美国恢复其军援的先决条件之一。“蒋介石对吴国桢任命案，曾考虑良久始同意。同时国民党也预备进行改造，进行土地革命、地方自治，以加深美方改革与民主印象。在蒋介石于1950年复行视事后，孙立人升为陆军总司令，国民党自由派的王世杰、雷震亦分获任命为总统府秘书长、国策顾问。”
1950年6月，朝鲜战争爆发，杜鲁门总统下令美国第七舰队进入台湾海峡，台湾安全与国民党政权由此得以暂时的维持。雷震在6月28日日记中称“大家闻之非常兴奋”，此时美国与台湾的合作进入一个新阶段。但这并不意味着国民党在“阶段性开明”之后，自由派人士便拥有了更大的政治空间，更不表明此时台湾的政治体制开始朝着民主制度的方向发展。国民党为了在台湾站稳脚跟，巩固统治地位，从1950年起至1952年止，对党政军组织进行了大规模的改造。主持其改造计划的不是别人，正是在斯大林时期留苏十二年、曾为苏共预备党员的蒋经国。他把整套苏联的组织方式引入台湾，采用纯粹的军事手段管理社会，以孙中山的“三民主义”奉为拯救国民党和社会的宗教信条，蒋介石不仅作为政治领袖，同时也被加以高度的个人崇拜。
蒋经国之所以这样做，就是企图以这种方法肃清内部，凝聚人心，重建国民党的组织力量。对于国民党如何重整旗鼓，从一开始就存在着两种截然不同的路线和选择：“其一是以胡适、雷震为首，认为国民党在大陆的失利就是因为没有贯彻民主政治，导致政府腐化，人心尽失，因此国民党必须彻底反省，在台湾实施充分的民主宪政，如此才能对大陆百姓产生号召力；其二则是以蒋经国、陈诚为首，他们认为国民党在大陆的失败正在于提供了过多的民主自由，给予共产党渗进内部和煽风点火的机会，国民党本身却绑手绑脚，无法施予有效的反击。为了记取教训，国民党在台湾应将内部不稳定因素彻底清除，广设政工制度，巩固领导中心，以确保政策的顺利推动。” 1950年1月13日上午，雷震在国民党改造方案讨论会议上，以政治改革为考量，出语惊人，坚决主张“军队必须国家化”。他指出：
再也不能在军队有党部，军人不必入党，过去已入党者，应暂准其为党员，既讲民主，既认今后要行多党政治，国民党可参加军队，其它党派渗入军队又将如何，必须使军队脱离党部。今后军队政治教育应以政治机构主持，惟政工工作必须改善。过去方法既失败，尤其所派人选，必须彻底刷新，应请有资格、有能力、对国忠贞之文人担任政工工作，方可使军事首长不怀疑，而可合作，一矫今日之弊。
当时赞成“军队国家化”的还有张其昀 、萧自诚等人。这次会议开了好几天，以雷震的政治敏锐度，他感到“有两种思想与见解在流露着，一者是自由与民主之思想，一者就是统制思想，前者为英美式，后者为苏俄式”。雷震选择的是前者，他主张采取英美式的民生政党型态，就是说：党只管组织和宣传，平日不过问政府决策；有关党的名称问题，雷震同意维持其原名，但“六届中委”必须全体辞职，以示对大陆失败负全责；有关政策政纲等问题，雷震提出制订一个最低限度的政策，不要专喊“三民主义”，要做到政治民主与经济平等 ……雷震的这些主张，均与最高当局的想法背道而驰，成为日后与蒋介石及国民党关系破裂的一个前兆。
在国民党准备公布改造委员会名单前夕，1950年7月23日，雷震打电话给谷正纲，“建议总裁注意人选”，其理由是这次内部改造有关国民党未来的前途，“不能以CC为基础，亦不可以青年团为基础，大部分要超越派系，而有号召新分子之能力者充任”。可后来公布的中央改造委员会委员名单让雷震大失所望。单从这十六人的背景加以分析，其中固然包括了各派系人马，但这十六人大都与蒋介石有师生或部属关系 ，仍未摆脱一种亲疏，雷震以一种复杂的心情这样写道：
国民党改造名单发表后，大家泄了气。像这样一批名单要人来重视，则是很困难的；即个别分析，亦不发现有苦干之人。用新人之难，难在于此。总裁何尝不想找好人，但进言之干部则仍凭个人之所好，真误了改造工作……而“不入于杨，则入于墨”的办法，不能解决派系问题，而促进本党团结。昨夜思想浮沉，竟一夜不能入眠……
尽管如此，雷震仍担任改造委员会所属的设计委员会委员，支持这次内部改造。这时国民党与台湾正处于一个存亡绝续的关键时刻，“两者前途为一体两面，雷震存有改革之念，因此选择来台，投入改造，参与机务，与当局维系良好关系，是为台湾与国民党存续而尽力……在反思时局变化后，他主张国民党实行民主化路线。投入改造，除以上因素外，亦因雷震为资深党员，对党有感情；复因个人的使命感，期望经由其投入而挽救国民党……” 这次“改造”的最终结果，仅仅是陈果夫、陈立夫等原先控制中央党部的CC派人物被排除在改造委员会之外，其强硬派人物蒋经国则被任命为改造委员会干部训练委员会主任委员。
因此，在这种权力重新分配之下，改造运动的目的，不过是以党的组织来取代旧式派系的运作而已，不仅加强了蒋介石本人对国民党的控制，也巩固了其个人至高无上的地位。蒋介石这时已越过了向其效忠的各派系势力，直接掌管党的组织，结束了长期以来“蒋天下陈家党 ”的局面（雷震在日记中特别提及此事，称1950年8月4日陈立夫以所谓出席世界道德重整会议名义赴瑞士，实际上为放逐；而陈立果则在其弟离开台湾一年后即病逝，临死前嘱其陈家子弟千万不要加入国民党）。在这种政治变局中，蒋介石的强权政治思维与雷震的民主宪政理念产生了不可避免的价值冲突，他原本所期待的“改造运动”未能够朝着民主自由的方向发展，最终演变成“强人威权体制”。雷震在政治上面临的这一种痛苦的抉择，无疑将直接影响到《自由中国》半月刊最终的办刊方向。
国民党公布改造名单的第二天，在台民主党领导人蒋匀田前来询问“此次改造委员会产生经过及政治倾向”，其今后的重心何在。雷震直言相告：今后的重心在蒋经国……当晚，汤恩伯也来到雷震家，对改造委员会人选也感到莫名其妙，“好似杂凑班子”。就在这时，雷震在杭立武等人的建议下，意欲加大《自由中国》半月刊的言论力度。8月13日，雷震与杭立武同往罗家伦 处，商谈《自由中国》拟改为周刊的计划。三人又同往王世杰处，讨论甚久。雷震在当天的日记中说：“决定筹到一万元后改为周刊，设立一社论委员会，决定言论政策，由适之任主委。……设主编三人，有志希（即罗家伦，作者注）、实秋，由予主持其事。另设常务编纂十余人，为胡适之、蒋廷黻、傅斯年、罗志希、王云五、凌鸿勋、毛子水、梁实秋、杭立武、陈纪滢及予。
”雷震等人之所以想改半月刊为周刊，他们在给胡适的一封信中已有说明：“《自由中国》自发行以来，为时虽仅九月，因有先生之领导，以及时贤之赞助，为国内外人士所重视。目前内外基础已臻巩固，社内同人莫不兴奋。此间诸友认为次列两事如能办到，其力量当更大……” 所谓两事，即改周刊和成立社论委员会。此信由《自由中国》社同仁草拟，经雷震修改后于8月14日交王世杰阅，次日寄出。王时为“总统府”秘书长，他本人也另有一函由顾维钧带到美国面交胡适。从目前的史料看，远在美国的胡适对此没有直接回应，或是默认此事亦未可知。《自由中国》半月刊最终未能改成周刊。从雷震这一时期的日记来看，他曾四处奔走向各界朋友筹款，最后还找到了杜月笙 ，但所募集的款额仍不够理想，这大概也是《自由中国》半月刊未能改成周刊的主要原因之一。
1950年12月16日上午，雷震参加设计委员会会议，讨论蒋介石交议的所谓“三民主义理论体系”一事。这不禁让雷震想起1939年5月7日，蒋介石在重庆中央训练团党政班上也有过这样一次讲话，题目即为《三民主义之体系及其实行程序》。雷震从内心不赞成孙中山的三民主义，蒋介石的这篇东西“完全是一篇如过去党八股式的文章”，其论调“不偏于极权，亦不偏于民主，批评现在社会，有不左倾即右倾，不腐化即恶化，还是过去的滥调，令人阅之作呕” 。雷震明确表示反对以“三民主义理论体系”来统一党内思想，并说“凡不合于现代思潮之理论则应弃而不用”。只有少数人支持雷震，大多数人则以为还是应当有一套“这样的”理论体系。下午再议时，雷震仍坚持己见，明知会得罪蒋介石，也不为所动。
可见他在对待蒋介石的态度上此时已发生了微妙变化，否则也不至于对这一议题特别反感；另一方面，雷震也十分清楚地意识到，当国民党在台湾的权力基础逐渐趋于稳固之后，党内自由派与党的关系再也不如先前那般融洽了，当局也不再需要以改革的象征来团结各方力量向美国示好。尤其是随后吴国桢、王世杰、孙立人等人相继与蒋介石、蒋经国发生矛盾与冲突，雷震本人与蒋的关系也在不断恶化，他所主持的《自由中国》半月刊对国民党的批评更加激烈了。1954年年12月，雷震被注销其党籍，迫使他不得不远离权力中心，走上了一条反对国民党威权政治的不归之路。应当说，这是雷震在政治上的一种必然抉择，国民党推行的政治路线与他的民主宪政观存在相当的一段距离，他对蒋介石不再抱什么幻想，这也意味着当时一批在台自由主义知识分子与国民党当局在其理念上的冲突，已到了一种不可调和的程度，《自由中国》半月刊也就成了他们与威权政治相抗争的一个舆论重镇。