在他而言，自由主义主要是制度和权力的问题。” 这个时候，雷震在曾经以党内身份对高层进行诤言的方式宣告失败之后，越来越清楚地意识到，台湾社会如果想走上民主政治的道路，“必须有一个强有力的反对党”。1957年8月2日，雷震赴东海大学看望患胃病的前《自由中国》编委张佛泉时，将这个想法告诉了他。雷震说，反对党“……为今之计，最好在国民党以外，联合在野人士（无党派人士、民青两党人士）及国民党一部分开明分子组成，目前绝对不能执政，只要有监督力量，批评政治，使其实行民主政治，实行法治。” 当时《自由中国》社内部对如何组建一个反对党，存有相当大的分歧。尤其是当雷震与民、青这两个当时的在野党走得比较接近时，编委中有人认为雷震这样做于《自由中国》社不利，“如果组成反对党，也不能以两党为基础，因两党声誉太坏，过去参加政府，只想分一杯羹” 。雷震极力向他们说明“不会为他们所利用”。在《自由中国》对台湾社会所存在的各种问题进行反思之后，雷震对成立反对党的一事显得越来越积极了。尽管不久即发生了“陈怀琪事件”，分散了他的不少精力。
陈怀琪事件
由于限制言论自由、违反新闻自由原则的《出版法》修正案在立法院秘密会议通过后，台湾当局对言论的控制更加严密。虽然人们对此噤若寒蝉，有时也会有人冷不丁地跳出来慷慨陈词一番。1959年1月16日《自由中国》半月刊第二十卷第二期刊登由陈怀琪具名的读者来信《革命军人为何要以“狗”自居？》，内容是作者叙述自己在“三民主义讲习班”受训时的课堂亲历记实：
编辑先生：我是一名干了二十几年“革命”的军人，但是，我自承愚昧，一直到现在还不大了解“革命”的意义以及革命军人的身份究竟是什么！今年十一月初，我以优秀干部的资格奉令参加国军三民主义讲习班第××分班受训。这个每年照例都要在军国“劳民伤财”的国民党军队党部举办的讲习班，究竟能否收到他们预期的效果，这里且不管它；现在，我且把我这次在班上受训所发生的几个问题写出，以就教于先生及所有的亲爱的读者……
今年国军三民主义讲习班的主要宗旨是：“坚定反攻复国信念，巩固革命领导中心”。一个是反攻大陆问题，一个是革命领导问题，要弄清这两个问题，于是贵刊去年八月一日所发“反攻无望”（这当然是他们给贵刊戴的帽子）的论调以及贵刊“破坏领袖”的“荒谬言论”就一一痛加驳斥，好像今年三民主义讲习班就是专门为了要驳斥《自由中国》的“毒素思想”而才开办的。第一位教官不管上什么课程，总要先把《自由中国》痛骂一顿，才好像尽了责任，而且腔调一致，骂来骂去都脱不了上级原来给他们写好了的那些根本自相矛盾、无法自圆其说的口号和教条，使我们这些受训的同学下课后，都摇头叹息这些教官们的可怜和幼稚。
贵刊那篇《反攻大陆问题》的社论，我曾拜读过，在我的记忆中，那篇社论的内容与现在政府“对反攻大陆不以武力为主要途径”的政策没有什么不同的地方，然而不料此论一出，各方大加攻击；尤其是政府机关报竟将“反攻无望论”的帽子加在你们的头上，并且断章取义的乱加解释，有意地想使一般人民由于他们所造成的错觉而对贵刊发生不好的印象，其用意之可恶，其手段之狡诈，真为识者所不齿。更可怪者，现在政府竟又实行与所谓“反攻无望论”者同一的政策，那它不也成了“反攻无望论”者了吗？
……更使我莫名其妙的，有一天我们班里训导主任给我们讲话，他说以前有人骂戴笠是领袖的走狗，戴笠不但不怒，反而很荣幸的以狗自居；现在我们革命军人也要以领袖的“走狗”自居。如果有人攻击我们的领袖，我们就毫不客气的咬他一口。天呀！“革命的圣人”居然变成了咬人的“狗”！无怪乎当贵刊前年“祝寿专号”出来以后，各方面向你们乱咬一气，原来他们自认是“狗”啊！
大凡读过这篇“诸者来信”的人，无不“觉得很有一种真实感，非亲自参与者，写不出这种‘报导翔实’的好文章。但没想到竟因刊登这篇‘投书’的短文，而招来一场大灾祸” 。1959年1月30日，《自由中国》社突然收到陈怀琪的一封来信，称“读者来信”并非由他所写，是有人假冒他的名义所为，因此要求《自由中国》半月刊予以更正，并附上一份“更正函”要求在下期发表。“更正函”六七百字，充满了火药味，根本不像是一封“更正函”。雷震等人仔细“对过笔迹”，发现两者完全一样，雷震因此判断，“可能他受迫害”而出于无奈，于是约陈怀琪一二日内到社里谈一次。十多天过去，陈怀琪始终未来。2月16日，《自由中国》第二十卷第四期上刊发一则《自由中国》社的“更正声明”，没有刊用陈怀琪的“更正函”。“更正声明”原文为：“现职陆军工兵基地勤务处制造厂中校行政课长陈怀琪来函，以本刊第二十卷第二期所刊《革命军人为何要以“狗”自居？》之陈怀琪，虽与同姓同名，但并非一人，特此声明”。
当日，陈怀琪来到《自由中国》社，表示对“更正声明”不满，要求继续刊发他自己的那份“更正函”，编辑傅正对他解释，说《自由中国》只能做到这种程度了，并将其理由告诉了他。据傅正回忆：当时陈怀琪听了之后颇有点失望，但彼此间的态度都比较客气，送他出门时，还问他府上在哪里，陈怀琪说是“义乌”，我们还说义乌过去属于金华府。
分别时，陈怀琪并没有表示想“警告”我们 ……两天之后，陈怀琪在《中央日报》、《台湾新生报》、《联合报》及《青年战士报》上大登广告，其题目为《陈怀琪警告自由中国杂志启事》；2月19日，又同样在以上各报第一版复登一次，其费用算起来大概在三千元新台币以上。这一天，成舍我来雷震处，劝其发表一声明，恐其背后有人在支持。雷震怀疑这是警备总司令部（保安司令部之前身）所为，因“陈君于十八日、十九日两日登了《中央》等四个大报，十九日又有长篇记载，以一个中校之收入可以做到么？这显然有人背后操纵” 。3月2日上午，雷震接到了法院传票，要他第二天下午一时半到台北地方法院检察处应讯。陈怀琪控雷震一案，成为当时台湾新闻媒体的热门报道，社会各方人士十分关切此事，有些人甚至以为这“可能是抓住‘整垮雷震’的机会”。检察法庭秘密进行，不准任何人旁听，有许多人主动聚集在法院门口，等待消息。雷震自述道：
三月三日下午一时二十五分，我到台北地方法院检察庭应讯，殊不料有一百多位学生已在法院检察庭门口等候。因为检察庭不能旁听，他们等我出来后始散去。还有一位青年人，一定在送我一百元台币，帮助讼费，青年人之有正义感，由此可见一斑。此外，除《自由中国》社的职员外，还有《自立晚报》社长李玉阶和青年党领袖夏涛声，诗人周弃子诸先生；李、夏两人还携带机关图章来，必要时给我作保之用，但检察庭未要交保……胡适先生很焦急，曾打几个电话来。是日下午六时模样，我去南港中央研究院，胡适倒杯酒给我，说给我压惊。他盛称我之出席法庭受讯，是最文明的。
尽管如此，胡适、王世杰、成舍我、胡秋原等人认为这场官司打下去实在没有什么意义，这显然是背后有人在操纵，并说国民党或当局无论如何“都要适可而止，尽管雷震可以败诉，甚至坐牢，都不重要，但政府一定因此而名声扫地，为世界民主国家所不耻” 。他们透过私人管道，意欲谋求其解决办法。谁知蒋介石对胡适等人化解此事，满腹不悦。他在一次宣传会议上说：王世杰与胡适叫人家不要干涉司法，他们也不要干涉司法才好。雷震对此的反应是：果真都不干涉司法的话，陈怀琪事件当然不会发生了。2月27日，日本《读卖新闻》驻台北特派记者若莱正义采访了陈怀琪，他发现“陈怀琪一切讲话，完全依照写好的稿子照念，不敢多讲一字，由于要控告《自由中国》半月刊，故暂迁来台北居住”等 。3月5日，胡适突然给雷震等人写了一封 “致自由中国编辑委员会”的信，认为《自由中国》不应发表未具真实姓名和真实地址的“读者来信”，并说“这是我们的大错误”，并对今后的编辑方针提出了几点意见：“一，本刊以后最好能不发表不署真姓名的文字；二，以后最好能不用不记名的‘社论’……三，以后停止‘短评’。
因为‘短评’最容易作俏皮的讽刺语，又不署名，最容易使人看作尖刻或轻薄……” 胡适这封信经《自由中国》社编委会讨论决定暂不发表，对于信中的某些建议，雷震也不能完全接受。后来“短评”固然取消，雷震仍坚持“社论”代表编委会的意见，以不署具体作者名字为好。后来雷震才知道，胡适之所以这样是想用政治的方法来加以解决，但“结果并未发生什么作用” 。胡适担心《自由中国》不愿将自己的这封信公开发表，特意把雷震、夏道平请到南港中研院自己家中，反复说明自己的真实想法。胡适这封信最终发表在《自由中国》半月刊第二十卷第七期上，时间为1959年4月1日。就这样“……胡适为了替雷震解决诉讼问题，一方面设计写信批评《自由中国》的编辑，刊登‘陈怀琪投书’之不当；一方面又请他早年‘安徽公学’的老师王云五向蒋介石求情，这虽然等于俯首认罪，但也不失为惟一解决问题之方法，而且很有效，从此法院即不传讯雷震了” 。稍后，雷震也掌握到了一些证据，这封“读者来信”确系陈怀琪本人所写，只是在军中政治部的压力之下，出于无奈才出面否认此事并控告雷震的。
1959年3月14日，雷震在“陈怀琪案”之刑事辩诉状中说：“告诉人于伪造文书外提出诽谤，于法已有不合。乃又提叛乱条例第七条为有利于叛徒之宣传一点，其以根据台湾省戒严时期军法机关自行审判及交法院审判案件划分办法惩治叛乱条例所定之罪得由军法机关审判，图假法院之手，置辩诉人于军法机关控制之下，而后以不公开之审判罗致之于罪乎？果如是，用心不可谓不深。但惩治叛乱条例第七条之义理明显，司法机关当不会容人曲解。” 由于胡适、王云五等人私下的这般努力，或许也是在最高当局的旨意下，军方此后再也没有什么新的动作。
马之骕在总结此事时认为：“所谓‘陈怀琪事件’，本来很单纯。也许是陈怀琪本人，在受训期间听到教官讲，把革命军人比作‘狗’的故事，觉得很有刺激性，也很有趣味性，于是就写了这篇文章，投到《自由中国》，后来发现事态严重，就不敢承认了。也许是和陈怀琪一块儿受训的人，故意冒用陈怀琪之名写的。总之，这件事是陈怀琪周围的人做的，绝对没有错，但如《自由中国》的编辑，对此类文稿，事前、事后处理得当，就不会发生问题了。” 不过，雷震的态度与胡适等人仍有距离，他说：“我心中尽管有若干不痛快，但一切听天由命，绝不找人说话，因我们这几年的工作问心无愧。”