明清时期，对水生动物的研究利用达到了高峰。著作数目较多，记述较详，有许多新的发现，其中不少种名为现代所沿用，分类方法亦有所进步，有些关于鱼类生理习性的记载颇有价值。这一时期关于水产动物的著作中以记载鱼最多，反映了鱼类在水生动物中所占地位；记福建水产最多，反映了当时福建在沿海开发以及商业贸易中的地位。明代末期，时任福建盐运司同知的屠本畯将各种鱼类分门别类，最终形成《闽中海错疏》这一水产类专著。
张翰是西晋文学家，祖籍吴郡吴县，就是现在的江苏苏州。他为人纵放不拘，而有才名，都说他有阮籍的风度。
有一次，张翰听到一阵悠扬的琴声从一艘船上飘来，便登船拜访。张翰与那人虽素不相识，却一见如故，便问其去处，方知是要去洛阳，于是说：“正好我也有事儿要去洛阳。”便和那人同船而去，连家人也没有告知。
一天，张翰见秋风起，突然想到故乡吴郡的莼羹、鲈鱼脍，心想怎么能够舍弃朵颐之快跑到千里之外呢？于是立刻还乡。
西晋张翰“莼鲈之思”，成为南方人士爱好食鱼的佳话。
南方人很大部分的蛋白质是从统谓之渔业的水产品中获取的。司马迁《史记·货殖列传》中就说，南方楚、越之地的人们“饭稻羹鱼”，诚如斯言。
至明清时期，由于长江中下游地区水产业的高度发展，以鱼为主的饮食更加流行。其中以鱼为蚱的技艺，有鳇鱼蚱、鲟鱼蚱、荷包蚱、银鱼鲊、蟹蚱等10余种，鱼蚱制作工艺较以前更趋精致。
比如太湖地区荷包蚱的制作，多用溪池中莲叶包裹，数日即可取食，与装在瓶中鱼蚱相比气味特妙。
荷包蚱并不是直接在荷塘边制作的，而是先将鲟鱼切成片，用米屑、荷叶分层包裹，当地人管它叫做荷包。
制作鱼蚱所用原料多采用鲟鳇鱼。这主要是因为鲟鳇鱼骨质松脆、肉质细嫩，最适于制鲊。
清代康熙年间文人沈朝初在《忆江南》记载：“苏州好，密蜡拖油鲟骨蚱”，盛赞鱼蚱美食。
明清时期，江南鱼类美食的盛行，说明这一时期水产的利用达到了一定水平。尤其是许多相关著作的问世，将水产动物的开发利用推向了一个新的历史性高度。
明清时期水产类著作，主要有专业的鱼类著作和综合性著作两大类。鱼类方面有《种鱼经》、《异鱼图赞》、《异鱼图赞补》、《鱼品》和《江南鱼鲜品》等。兼及其他水生动物的综合性著作有《闽中海错疏》、《记海错》、《海错百一录》等。
明清时期鱼类专书中，以明代学者黄省曾的《种鱼经》较早，其中对《陶朱公养鱼经》的鱼池设计做了进一步补充和改进：在鱼池中做岛，环岛植树，颇有人工生态系统意味。书中分列18种淡水鱼类如鲟鳇、鳓鱼、石首、银鱼、鲫鱼等加以记述。
稍后，有明代文学家杨慎撰、明末清初官员胡世安补的《异鱼图赞》、《异鱼图赞补》和《异鱼图赞闰集》，特点是以韵文形式写作，语言十分简练。
比如记有“乌贼”：“鱼有乌贼，状如算囊，骨间有髻，两带极长，含水噀墨，欲盖反章。”既记形态，又记生理，还对乌贼吐墨行为作了描述。
全书记鱼类110余种，其他水生动物如龟、鳖、蚶和哺乳动物鲸、海牛等近30种。对鲸的自杀行为也有记载。《补》和《闰》集引用典故较多，种类也有所补充。
明代官员、金石家、书法家顾起元写有《鱼品》，所记都是江东地区水产数十种，文字简明。
另外福建发现1743年抄本《官井洋讨鱼秘诀》，记录了当地渔民的捕鱼经验，对官井洋的暗礁位置和鱼群早晚随潮汐进退方向以及寻找鱼群的方法都有详细记录，很有实用价值。
清代官员陈鉴写有《江南鱼鲜品》一书，记鲤、鳞、鲈、鳜、鳢、鲔等淡水鱼类18种，均有形态描述，但侧重食用价值。另外《渔书》和《鱼谱》两书，虽有著录，但都已佚失。
明清时水生动物综合性著作中比较突出的是《闽中海错疏》。此书作者是屠本畯，他在入闽任职后，应当时在京任太常少卿的余寅的要求，写成此书。
屠本畯是一位学识渊博的学者，还写有《闽中荔枝谱》和《野菜笺》等书。
屠本畯熟悉海物，有实际知识和爱好。他当时任福建盐运司同知，他认为，海产动物种类繁多，与人民生活息息相关，自己身为盐务官员，并熟悉海物，因此也将写这部著作，作为自己分内的事。
《闽中海错疏》成书于1596年。是明代记述我国福建沿海各种水产动物形态、生活环境、生活习性和分布的著作。对近代生物学研究和海洋水产资源的开发有一定参考价值。
全书分上、中、下三卷。上、中卷为鳞部，下卷为介部。共记载福建海产动物200多种，包括少数淡水种类。
以海产经济鱼类为主，计有80多种，其中包括著名的海产品大黄鱼、小黄鱼、带鱼、乌贼、对虾和蟹等，分属于20目40科。此外，还有腔肠动物、软体动物、节肢动物、两栖动物及哺乳动物。
这部著作根据动物生物学特性，将它们分成许多群，在大群中还有小群，从而体现了彼此的亲缘关系，发展了自然分类体系。
《四库提要》评论这本书说：“辨别各类，一览了然，有益于多识，考地产者所不废。”是非常有见地的。
屠本畯另著《海味索引》列16品为：蚶子颂、江瑶柱赞、子蟹解、砺房赞、淡菜铭、土铁歌、颂、蛤有多种、黄蛤赞、鲎笺、团鱼说、醉蟹赞、蝗鱼鲞鱼铭、青鲫歌、蛏赞、鱼颂。
作者以颂、赞、歌、说、笺等多种文学形式，表述了水产动物的名称、形态、种类、性味、产地和用途多方面的知识，也很有特色。
屠本畯做学问重视调查研究，不以辑录古籍资料为主。因而他描述的动植物，多数都能够说明其形态、生活习性等，使读者能辨认其种类。
《四库全书提要》说它“辨别名类，一目了然，颇有益于多识”，这一评价是公允的。他以亲自观察、调查为重点，取得直接的实物资料，故能辨别前人对动植物认识的谬误，不以讹传讹。
此外，他对前人的经验和知识颇为尊重，在《闽中海错疏》等著作中，引用了许多前人有关动植物知识的文献，但他在吸取前人科学知识时是审慎的。总之，屠本畯在生物学史上占有重要的地位。
继《闽中海错疏》问世之后，清代经学兼博物学家郝懿行著有《记海错》一卷，追记所见海产动物40余种，包括海带一种。特点是注意考证，文笔精炼。
比如记“望潮”：“海蠕间泥孔漏穿，平望弥目，穴边有一小蟹，跂脚昂头，侧身遥睇，见人欻入。”于海天泥沙生境中记海蟹形态活动历历如绘，生意盎然，令人神往。再如记“海盘缠”：
大者如扇，中央圆平，旁作五齿歧出，每齿腹下皆作深沟；齿旁有髯，小虫误入其沟，便做五齿反张，合界其髯，夹取吞之。既乏肠胃，纯骨无肉。背深蓝色，杂赪以点……
在郝懿行稍后，清代水利学家郭柏苍根据自己数十年在海滨的亲见，加上采询老渔民的经验，还证之古籍，于1886年写有《海错百一录》5卷。
此书卷1、卷2记渔，写捕鱼工具及捕鱼方法，两卷共记鱼174种。
卷3记介、壳石121种。卷4记虫30种，另附记海洋植物24种，补充和丰富清代以前诸书的内容，所记多为实际观察记录，采用民间资料也较多。
卷5记海鸟、海兽、海草。堪称一部海洋生物全志。比如记鲨，首先列举“其皮如沙，背上有鬣，腹下有翅，胎生”的特点，然后根据身体大小、头部尾部特点、体纹体色等加以区分。
记有海鲨、胡鲨、鲛鲨、剑鲨、虎鲨、黄鲨、时鲨、帽纱鲨、吹鲨、秦王鲨、乌翅鲨、双髻鲨、圆头鲨、犁头鲨、鼠鯃鲨、蛤婆鲨、泥鳅鲨、龙文鲨、扁鲨、乌鲨、黄鲨、白鲨、淡鲨、乞食鲨等。
综上可见，我国海域宽广、河湖众多，水生动物产量和饲养量均位世界前列，尤其是鱼文化源远流长。一些淡水鱼类饲养和海洋鱼类捕捞的生物学原理和方法，在世界文化史上呈奇光异彩。