在南路，侯君集和李道宗部队遭遇了比北路更大的困难。因为南面都是高海拔地区，平均海拔起码要比青海湖沿岸高出1000米以上。将士们不但要克服严重的高原反应，而且所经之地荒无人烟，粮草和补给都供应不上，甚至连“以战养战”都不太可能。
南线部队面临的第一道障碍，名叫“汉哭山”（今青海鄂拉山）。
这座山为什么叫这个奇怪的名字，史书无载。但是依常理判断，这个相当不吉利的名字不可能是汉人自己取的，很可能是从前的汉人经过这座山时，经常会出现剧烈的高原反应，所以吐谷浑人才会以此命名，说这是一座让汉人哭泣的大山。
但是跟后面要遭遇的困难比起来，汉哭山根本算不上什么。
当唐军翻过此山，穿越破逻真谷（鄂拉山口）后，更为严峻的考验就来了。
南线部队此次远征的目标是分布在黄河源头的吐谷浑各部落，而从鄂拉山口到目的地之间，是绵延数千里的不毛之地和雪域冰川。唐军经过这里的时候，已经是阴历五月，在汉地早已是骄阳似火、热浪逼人，可这里却依然是一片白茫茫的冰雪世界。侯君集和李道宗部队整整跋涉了两千里，不但一头牛羊都找不到，而且连人马的饮用水也无从寻觅。将士们只好“人吃冰、马啖雪”（《资治通鉴》卷一九四），克服了种种常人难以想象的困难。
不过，令人欣慰的是，辛苦总是有回报的。
南线部队进抵乌海（今苦海，位于鄂拉山口西南）时，终于发现了一支吐谷浑的大股部队，其首领是吐谷浑的亲王梁屈葱。
好些日子没打过仗的唐军将士顿时大为兴奋，于是人人奋勇争先。经过一番激烈厮杀，吐谷浑军大败，梁屈葱被唐军俘虏。
不言而喻，南线部队同时也缴获了大量牲畜。
获得充分的补给之后，唐军开始长驱直入，从星宿川（今黄河源头的星宿海）一路打到柏海（今青海鄂陵湖和扎陵湖），连战连捷，彻底摧毁了吐谷浑在黄河源头一带的军事力量。
最后，南线部队胜利班师，与李靖部队会师于大非川。
此次远征，两路大军历尽千难万险，奔袭数千里，大小几十战，终于将吐谷浑军队的有生力量歼灭殆尽，完全实现了李靖预期的战略目标。
就算放在几千年的中国战争史上，这战都堪称难得一见的大手笔。
然而，慕容伏允仍然在逃。
没有把他彻底摆平，这场战争就谈不上完美。
此时，慕容伏允已经穿过柴达木盆地的戈壁荒漠，越过阿尔金山脉，一口气逃到了塔克拉玛干沙漠东南部的且末城（今新疆且末县）。
这里是吐谷浑国境的最西端。经过一个多月连续作战的唐军将士，还有没有勇气和力量进行数千里的追击？
有。稍事休整之后，李靖就发出了一道新的命令——追！
慕容伏允万万没有料到：唐军说来就来了。
怎么办？
还能怎么办，撒丫子跑吧！
于是伏允就跑，埋着脑袋继续跑，沿着突伦川（又称图伦碛，今新疆塔克拉玛干沙漠）南缘一直向西跑。
只是在跑路的过程中慕容伏允百思不得其解——唐军难道是铁打的？为什么如此辽阔的高原冰川非但拖不死他们，反倒被他们轻而易举地征服了？
慕容伏允逃进突伦川后，想想自己的国家好像也没有哪个地方是安全的了，要保住老命只有一条路可以走——投奔于阗。
留得这把老骨头在，或许还有东山再起的机会，就像当年从隋帝国手中夺回失去的江山一样，慕容伏允想。
遗憾的是，这一次，伏允他老人家再也没机会了。
唐军前锋将领契毖何力一听说慕容伏允逃进了突伦川，马上要领兵再追。薛万均担心像上次那样遭遇伏击，坚决不同意。契毖何力瞪着眼说：“那老家伙现在没有城郭了，只能随水草迁徙，如果不趁他们聚居在此地时发兵袭取，一旦四散逃去，就没机会端他们的老巢了。”
话一说完，契毖何力也不管薛万均同不同意，自己挑了一千精锐骑兵，鞭子一甩就直奔突伦川而去。薛万均无奈，只好随后跟进。
时值盛夏，沙漠地带又严重缺水，被热辣辣的太阳暴晒几个时辰后，唐军将士个个嘴唇干裂，头晕目眩。最后没办法，只能杀了心爱的战马，生饮其血。
就是靠着这种坚毅顽强的精神，这群不怕死的硬汉终于进入了突伦川。
唐军再一次从天而降，慕容伏允的残余部众简直不敢相信自己的眼睛。他们也没心思打仗了，个个抱头鼠窜，争相逃命。唐军轻而易举地砍下了数千颗首级，同时俘获牲畜二十余万头，并生擒了伏允的妻子和儿子。
慕容伏允跑得快，没被唐军逮着。可是在沙漠里跑了十来天，最后的一千多名骑兵几乎都跑光了。剩下的几个亲兵蓦然发现，再跟着这个国破家亡的老头混下去实在是没前途，索性一刀把他砍了，提着脑袋投降了唐军。
吐谷浑之战至此取得圆满胜利。
贞观九年五月十八日，李靖向朝廷呈上了捷报。
慕容伏允败亡后，唐朝面临的问题是如何处置吐谷浑这个国家。
选择有两个：第一，把它从这个世界上抹掉，在其地建立羁縻州府；第二，扶植一个亲唐政权，让它在唐帝国的西大门站岗，防范并制约西域诸国。
很显然，后者比前者更节约成本，更高明，并且在道义上显得更为堂皇。
好在吐谷浑国内也不全是鹰派，有一个重要人物就是比较典型的亲唐派。
他就是慕容伏允的长子慕容顺。
此人久居汉地，对中原王朝有亲近之感；而且由于从小就出国当人质，太子之位被弟弟夺去，所以“意常怏怏”（《资治通鉴》卷一九四），回国后自然就成了一个“持不同政见者”。而自古以来，这种前朝政坛的“非主流”往往最适合充当新政权的领导人。
就在吐谷浑军队连连败北之际，慕容顺就意识到自己咸鱼翻身的机会来了，于是“顺因众心”，把一直独揽朝政的宰相天柱王斩了，顺势夺回了政权。慕容伏允一死，慕容顺便自然而然地“举国请降”，归附了唐朝。
贞观九年五月二十一日，李世民下诏，特准吐谷浑复国，册封慕容顺为吐谷浑第十八任可汗，兼大唐的平西郡王。此外，李世民还命凉州都督李大亮率部留驻吐谷浑，以防慕容顺镇不住人心。
吐谷浑平定后，丝绸之路上的驼铃声又像往常一样热闹起来了。
然而，表面的繁荣之下却隐藏着新的危机和隐患。
在吐谷浑西边，有一块地方始终令李世民放心不下。
那就是西域。
日月照霜雪：征服高昌
西域是一个统称，泛指今天的青海、新疆以及中亚的东部地区，涵盖的范围十分广阔。在西域之内，分布着大大小小数十个国家和部族，诸如西突厥、吐谷浑、党项、高昌、焉耆、龟兹、疏勒、于阗、罽宾、康国等，其中势力最为强大，唯一能与唐帝国抗衡的国家，无疑就是西突厥。
突厥是南北朝晚叶继匈奴和柔然之后崛起的一个游牧民族，隋文帝开皇三年（公元583年），突厥分裂为东、西两部。此后东突厥日益强盛，而西突厥则日渐衰弱。到了隋大业年间，也就是射匮可汗执政时代，西突厥的国力逐渐恢复，开始攻城略地，开疆拓土。唐武德初年，射匮可汗卒，其弟统叶护可汗继位。
统叶护是一代雄主，史称其“勇而有谋，善攻战”。他上台之后，进一步加大了对外扩张的力度，“北并铁勒，西拒波斯，南接罽宾，悉归之。控弦数十万，霸有西域！”（《旧唐书·突厥传》）
到唐太宗李世民即位的时候，整个西域的控制权已经牢牢掌握在西突厥手中。
贞观二年（公元628年）年底，西突厥突然爆发政变，统叶护可汗被其伯父莫贺咄所杀，莫贺咄随后自立为可汗。统叶护可汗的旧部不服从莫贺咄，遂拥立统叶护之子为可汗，称为肆叶护可汗。于是双方开打，西突厥陷入内战，对西域的控制开始削弱。
贞观四年（公元630年），唐帝国一举平定了曾经如日中天的东突厥，这对西域诸国无疑是一个极大的震撼。同年九月，伊吾（今新疆哈密市）国王率先摆脱西突厥的控制，亲自入朝，以其国七城归附唐朝，李世民在其地置西伊州。十二月，西域的一个重要国家高昌也向唐朝伸出了橄榄枝，国王麹文泰亲自到长安朝见。李世民隆重接待了他，不仅赏赐甚厚，而且赐其妻宇文氏姓李，封为常乐公主。
伊吾的归附和高昌的入朝让李世民大喜过望。
因为唐朝如果要经营西域，要从西突厥手中夺取对西域的控制权，就必须首先控制伊吾和高昌。
尤其是高昌——它的地理位置实在是太重要了。
从河西走廊出玉门关后，第一站是伊吾，第二站就是高昌。而伊吾面积狭小，与高昌不可同日而语，所以高昌的战略地位就显得十分突出。
高昌（今新疆吐鲁番市东）在汉代称为车师国，自古就是兵家必争之地。两汉时期，汉朝与匈奴就曾经为了争夺此地而爆发多次战争。
要从西域诸国进入河西走廊，本来有两条通道：一条是南道，也就是穿过白龙堆沙漠，途经楼兰国，抵达玉门关；另一条是北道，就是穿过高昌国境，经伊吾到玉门关。
但是自从楼兰古国神秘消失后，南道就被废弃了，于是高昌自然就成为丝绸之路上独一无二的黄金通道，其重要性没有第二个国家可以取代。当初玄奘西行求法时就曾经在此滞留数月，差一点被麹文泰挽留而无法成行。
由于其地理位置的特殊性，高昌因此几乎垄断了西域与中原之间所有的过境贸易，从中获取了源源不断的巨额利润。
高昌的得天独厚令人羡慕，自然也就令人垂涎。
位于高昌西南面的焉耆就对此垂涎不已。
但是光垂涎是没有用的，心动不如行动。
焉耆人很快就行动了，他们卷起袖子喊出了一句令高昌人振聋发聩的口号——要想富，先修路！
是的，焉耆要修路，要把当初废弃不用的那条碛路——楼兰古道重新修起来。
贞观六年（公元632年），焉耆国王龙突骑支遣使到长安朝贡，“顺便”向唐太宗提出了请求——“开大碛路，以便行李”（《旧唐书·焉耆传》）。
李世民觉得这是个不错的主意。
反正多修一条路，对唐朝只有好处没有坏处；更何况是地方政府自筹资金，又不要中央政府拨款，何乐而不为呢。于是李世民当即表示同意，并对焉耆善于搞活经济的思路和做法给予了高度肯定。
听到焉耆喊出修路的口号后，麹文泰本来就憋了一肚子气，如今听说他们居然还跑步进京，把唐朝政府的“红头文件”都搞到手了，顿时暴跳如雷。
这还了得！奶奶的，这不明摆着跟老子抢饭吃吗？
还有，这李世民也忒不靠谱了，对于这种抢人饭碗、恶性竞争的卑鄙行径不但不进行批评教育，反而还公开支持，鼓励纵容，这当的是哪门子天可汗！
麹文泰当即决定出兵，给龙突骑支一点厉害尝尝。
你小子想虎口夺食，老子就打得你满地找牙！
随后麹文泰便纵兵攻打焉耆国，并尽情地洗劫了一番，然后满载而归。
高昌估计是把焉耆打算修路的资金都抢走了，要不就是把他们搞活经济的勇气给吓没了，所以修路之事后来就莫名其妙地没了下文。
修路事件虽然不了了之，但高昌与焉耆却因此结下了梁子，而唐朝与高昌的关系也从此蒙上了一层阴影。
随后的几年里，高昌对唐朝越来越不客气，不但自己不来朝贡，而且屡屡拦截西域各国的入朝使者和过往商旅，摆出了“一夫当关，万夫莫开”的蛮横架势。
这已经不叫垄断经营了，而是活脱脱一个车匪路霸。
麹文泰之所以敢如此嚣张，背后的原因跟西突厥有关。
西突厥在贞观初年爆发内战，后来肆叶护可汗击败莫贺咄，重新统一了西突厥。但是到了贞观十二年（公元638年），西突厥就再度分裂为东、西二部，以伊犁水为界，西部由乙毗咄陆可汗统辖，东部由咥利失可汗统辖。两个可汗一方面大打内战，一方面又积极寻找外部盟友。东部的咥利失与唐朝通好，成了亲唐政权；西部的乙毗咄陆则与高昌结盟，成了麹文泰的后台老板。
正是有了这支西突厥势力的撑腰，麹文泰才会有恃无恐，屡屡与唐朝作对。
为了加强自己的垄断地位，麹文泰又于贞观十三年（公元639年）与西突厥联兵进攻伊吾（西伊州），大有将其吞并并彻底封锁河西走廊之势。
李世民勃然大怒。
这一次要是再不出面干预，不但天可汗的脸面无存，大唐帝国的安全和利益也要受到赤裸裸的威胁和侵犯。李世民下诏怒斥麹文泰，点名要高昌的执政大臣阿史那矩入朝，当面做出解释。
可是，麹文泰却拒绝派遣阿史那矩，只派了长史麹雍来到长安，装模作样地向唐太宗谢罪。
李世民叫麹雍回去告诉麹文泰：要谢罪可以，但是要拿出点诚意和实际行动来。当初东突厥败亡时，很多流亡当地的汉人转而投奔了高昌，你们马上把这些汉人都送回来。
麹雍带着李世民的诏命回去后，麹文泰依旧装聋作哑，毫无行动。
非但如此，他还变本加厉，又联合西突厥大举进攻他的死对头焉耆，连破焉耆三座城池，大掠其男女而去。满腹冤屈的焉耆国王龙突骑支连忙遣使向天可汗告状。
李世民再次遣使诘问高昌。麹文泰却冷笑着说：“苍鹰在高天上飞翔，野鸡在荒草中躲藏，猫在堂间悠游嬉戏，鼠在洞里偷吃东西；各得其所，难道就不能各有各的活法、各有各的天地么？”（《资治通鉴》卷一九五：“鹰飞于天，雉伏于蒿，猫游于堂，鼠噍于穴；各得其所，岂不能自生邪？”）
明摆着，麹文泰根本就没把天可汗放在眼里。他甚至还遣使对薛延陀的真珠可汗进行挑拨，说：“既为可汗，则与天子匹敌，何必对唐朝卑躬屈膝，顶礼膜拜呢？”
李世民随即遣使对麹文泰发出了严厉警告：“为恶不诛，善何以劝！明年当发兵击汝！”