二、行政体系末端的组织架构
古语云：欲流之远，必先浚其源；欲树之高，必先固其根。乡镇政府处于我国行政体系末端，正如一棵参天大树，其根系发达与否，是“树之为树”的关键因素。地方政府的治理，离不开乡镇政府对农村的治理。创新地方政府模式，必须构建高效运行的乡镇政府组织。
当前乡镇政府在运行中面临的一个突出矛盾，是财权与事权不匹配。
1994年的分税制改革，中央政府通过控制高“含金量”的税种与倾斜性的税收分享比例，中央财政状况显著改观，这种利益上收的做法也被地方政府所效仿。法定制度留给乡镇政府的都是零散、小额、难缴的收入。在“权力支配财富”的格局中，乡镇政府事实上是利益的受损者。与此同时，乡镇政府维持机构运转的费用急剧上升，相当一部分因入不敷出，只能靠负债过日子、搞建设。“由于生存困境和体制缺陷的交互作用，乡村基层组织作为公共权力部门，自利性目标在一定程度上取代了公共目标，为公共目标工作演变成了为自己工作。”可见，财政危机不仅削弱了乡镇政府供给农村公共物品的能力，而且导致对公共服务职责的淡漠。
要彻底扭转这一局面，必须合理界定乡镇政府事权，并切实以相应的财权作保障。乡镇政府作为直接与农民打交道的基层政权，首先必须明确它该管什么，不该管什么；哪些应该重点管，哪些只要一般管。不仅乡镇政府的官员要搞清这一点，而且要让广大农民也都了解乡镇政府到底能帮什么忙、不能帮什么忙。明确了乡镇政府的“事”，就必须给乡镇政府相应的“权”。凡乡镇政府应该管的事，需要确保其职权的完整性。现在的一个普遍问题是，“条条”权力陆续上收，乡镇政府“看得见，管不着”，缺乏行政执法权，却要承担行政管理责任——这是制度设计的不负责任。
对于中国这样一个地域辽阔、人口众多、发展不平衡的国家，需要构建扁平化的地方政府组织，但偏偏不能削弱乡镇政府这一层次。因为农村的问题太复杂，农村积压的问题太多，而政府对农村的问题容易“眼不见为净”。当这些问题不能为自治所包容和疏解的时候，往往已“冰冻三尺”，成为更大、更棘手的问题。因此，地方政府的重心应下移，按照“能放则放”的原则，将农村层面发生频繁、直接面对基层群众的事务，尽可能地下放给乡镇；部分设在乡镇的垂直机构也可转为属地管理，使乡镇政府更好地成为一级独立的治理主体，真正实现权、责、能的相对均衡。
有人可能担忧，乡镇政府权力太大，是否会“扰民”？这涉及乡镇政府的定位问题。乡镇政府首先是服务者，是农村公共物品的提供者。服务型政府的权力影响着提供服务的效能，而只要权力与责任紧密对应，权力被滥用的概率就会大大降低。当然，还不能认为目前的乡镇政府是服务型政府，但不能因此使一级政府成为“跛脚”政府。事实上，一个不以服务为宗旨的乡镇政府，即使没有充分授权，同样会“扰民”——“扰民”从来无需授权。而对乡镇政府的过分收权，潜意识中是对基层政府的不信任，甚至将乡镇干部摆在农民群众的对立面上。反过来讲，假如一个层级的人民政府都缺乏公信力，很难保证收权的上一级政府部门就能确保公平公正。政府的科学行政、依法行政，有赖于自身建设，也有赖于执政党的领导和外部监督机制的完善。既然设置一级政府，就应当是能够承担属地管理和公共服务职责的政府。这对实现地方善治具有重要意义。
乡镇政府的事权还应当与财权相统一。因为设立地方政府，在技术层面上就带有“分而治之”的本意。“分治”需要“分财”。在现阶段，要适度调整县级政府与乡镇政府之间的财政分配关系。按照分税制条件下每级政府应有其主体税种的精神，可将与农村经济密切相关的某些税种作为乡镇的财政收入，通过完善乡镇财政体制，使农村公共物品供给具有必要的可持续的财力保证。对主要利益外溢的公共物品供给，则不再由乡镇政府出资。对属于上级政府的事权却下派给乡镇的，也应遵循“谁派任务谁花钱”的原则，由上级政府给予专项转移支付。
建立了事权与财权相统一的组织构架，乡镇政府就应承担起有限范围的全部责任。而要履行好提供农村公共物品的职责，还必须积极降低行政成本。当前，机构庞杂、冗员充斥是乡镇行政成本高的突出表现。设在乡镇的党委、人大、政府等序列机构虽分工明确，实际运作却频繁出现职能交叉的状况。除了“条条”管理的部门派出机构之外，乡镇政府有一套“块块”管理的机构，以及被喻为“七站八所”的事业单位。从全国范围看，乡镇一级的行政和事业机构一般在20个以上，每个乡镇吃“财政饭”和“事业饭”的人员平均超过230人，乡镇机构平均超编2至3倍。如何看待这一现象？对于乡镇机构的设置，基本原则是“小而强”。“小”的标准是没有冗员，“强”的标准是充分履职。更为重要的，“小”是形式，“强”是实质。行政编制虽少，却有许多“退居二线”的人员，这种“小”只求表面，却以牺牲基层政府的效能为代价；行政编制即使未压缩，乡镇干部各司其职，没有人吃“闲饭”，仍然是一个“小政府”。相对于农民群众日益增长的公共服务需求，许多乡镇政府的职能实际上严重不到位。一些乡镇吃“财政饭”和“事业饭”的人员虽多，但真正干“行政”、干“事业”的人却不见得多。因此，尤其在东部沿海地区，只要当地财政能负担，只要不将“养人”的压力转嫁给农民，乡镇机构改革的第一要务还不是减人，而是切实转职能、增服务，使之成为充分提供农村公共物品的“强政府”。
三、村民自治的制度保证
治理农村需要基层政府，更离不开农民自己。村民自治是实现地方善治、农村善治的重要力量。顾名思义，自治即自我治理。根据《布莱克维尔政治学百科全书》的解释，“自治是指某个人或集体管理其自身事务，并且单独对其行为和命运负责的一种状态”。与自治一词相对应的是“他治”——“意味着自我或者我们的生活处于受他人的控制而不自主”。群体自治的正当性，主要取决于两个要素：一是共同意志能力的有效性；二是公共事务和公共利益的现实性。前者首先是要确定共同体成员的资格，其次是如何将这些成员的意志在制度上组合在一起；后者主要是解决共同体个体成员之间有无公共性的事务存在。由此可见，农村和城市社区自治是建立在具有共同意志能力的居民对公共利益的追求上。《中华人民共和国宪法》规定：“城市和农村按居民居住地区设立的居民委员会或者村民委员会是基层群众性自治组织。”1998年11月通过的《村民委员会组织法》第二条规定：“村民委员会是自我管理、自我教育、自我服务的基层性群众自治组织，实行民主选举、民主决策、民主管理、民主监督。”可以说，村民委员会的自治性质主要体现在两方面：一是指它是由广大村民组成的自治共同体；二是指它是由村民选举产生的自治共同体的常设机关，是村民自治的具体组织者与执行者。村民自治使村民更加关心公共事务，尤其是在修路、建学校等方面筹资筹劳，有效促进了农村公共物品的供给。
改革开放以来，我国村民自治取得了长足的发展，乡镇政府与村民自治组织的关系也得到法律上的确定。《村民委员会组织法》规定：“乡、民族乡、镇的人民政府对村民委员会的工作给予指导、支持和帮助，但是不得干预依法属于村民自治范围内的事项。村民委员会协助乡、民族乡、镇的人民政府展开工作。”然而在现实中，村民自治组织与乡镇政府的关系并没有真正理顺。有的乡镇政府干扰村民主选举，甚至强行指选或任免村干部；一些乡镇机关把许多不应当由村承担的任务直接交给村里，使村委会完全成为乡镇政府的“腿儿”；更多的乡镇政府向村委会分配工作指标，让村委会强行向农民乱集资、乱摊派、乱收费。这表明乡镇政府仍然凌驾于村民自治组织之上，尚未形成一种合作治理的伙伴关系。
应该看到，村民自治反映了社会转型时期国家与农村社会关系的调整。这一调整扩大了农民自主权，也符合解放和发展农村社会生产力的需要。完善村民自治符合多元治理、和谐治理的理念。在一个特定区域内，把更多的治理空间让给社会，有利于降低宏观管理成本，也有利于提高公民整体效用。鞋适合否，唯脚知晓，这可以引申到村民自治。但是，村民利益、村民意志与政府利益、政府意志毕竟不能等同，即使从长远和全局看是一致的，在短期和局部上也会有摩擦与分歧。如果说我国层级政府之间长期以来比较习惯于命令与服从关系，村民委员会却不能被视作“准机关”。作为自治组织，它具有相对于基层政权组织的独立性，不是隶属于乡镇政府的下级行政组织；乡镇政府无权对其采取直接的行政命令。虽然乡镇政府有责任对村民委员会的工作给予指导，这种指导却不具有法律上的行政强制性。乡镇政府应该适应这一格局。