第二种说法更具官方解决问题方式的色彩。
1953年6月26日下午4时左右，苏联共产党主席团在克里姆林宫举行重要会议。它由马林科夫主持。莫洛托夫坐在他的右边，贝利亚坐在左边，以下依次坐着赫鲁晓夫、伏罗希洛夫、布尔加宁、卡冈诺维奇、米高扬等等。马林科夫的神色看来异常严峻。他在斯大林逝世后担任苏联部长会议主席，在很大程度上要归功于贝利亚的支持。但是今天的会议是专门处理贝利亚问题，确实有点出人意料之外。
马林科夫在这次会上建议讨论两个重要问题。
第一个问题是关于最近澄清的“犹太人医生阴谋”案件。马林科夫说，这个在六个月以前震惊全世界的医生案件，现在成了在苏联存在着极端强烈反亲犹太人主义的证据。它损害了人人享有平等权利的苏联国家的名誉。可是，在事隔半年，全世界几乎已忘记了它的时候，贝利亚最近却公开宣布被告人无罪，决定释放全部在押人员，认为他们是严刑逼供、屈打成招的受害者。贝利亚当时不是国家安全部长，他为什么要在4月4日在苏联报刊上发表这样一种平反通告呢？这就不能不引起人们的深思。贝利亚用这个通告公开谴责了前国家安全部的活动，是为了使苏联法院和苏联共产党的法律制度名誉扫地。
马林科夫说，第二个问题甚至更加严重。它涉及到东柏林事件。在这次会议的前十天，即1953年6月17日，东柏林爆发了一次骚动，持续了好几天才平息下去。贝利亚作为国家安全部长，必须对这个事件承担责任。由于贝利亚玩忽职守，结果使苏联在全世界面前丢丑，名誉扫地。
马林科夫继续说：这是不是仅仅由于不称职而产生的麻烦呢？这是一个非常值得怀疑的问题。像贝利亚这样一个经验丰富和精明过人的国务活动家，几乎很难用不称职来解释他的过错。大家知道，在东柏林发生骚动期间，东德警察局总监察长是泽塞尔，他是贝利亚的下级。在骚动平息以后，贝利亚不但没有将他逮捕，反而让他继续留在那里工作……最后，马林科夫用一种低沉的语气，斩钉截铁地说，所有这一切都证明：贝利亚没有真心为国家服务。刚好相反，他的活动自觉地损害祖国利益，而为苏联敌人的利益服务，特别是为实现美国的目标服务。毫无疑问，他同美国建立了联系，贝利亚是一个为美元而进行颠覆活动的代理人。严格地说，贝利亚是一个叛徒。他应当作为苏联人民的敌人而受到控告，并且作为犯有叛国罪的外国间谍而受审判。
赫鲁晓夫趁马林科夫讲话稍停时刻插话说：“贝利亚，你不是共产党员，你甚至从来就没有参加过党组织。”
贝利亚在答话时，打开了公文皮包，像是伸手进去取出为自己辩白的文件。但是，他拿出来的不是文件，而是一支乌黑的手枪。坐在他身旁的赫鲁晓夫非常机警，立即用左手竭力将贝利亚的手按在桌上，同时用一只手将枪管扳向天花板。就在这一瞬间，马林科夫急按桌下电铃，门扉大开，莫斯卡连科将军手持冲锋枪，领着几名高级军官冲了进来。当他看准开枪不会伤害别人时，就对着贝利亚来了一个齐射，结束了贝利亚的生命。
第三种说法听起来更像一个充满戏谑和神秘感的故事。
1953年6月的一个傍晚，贝利亚和莫洛托夫、布尔加宁、伏罗希洛夫、朱可夫以及其他许多高级官员正在波兰驻苏使馆参加宴会。应邀前来的还有各人民民主国家使馆的许多代表。宴会结束后举行舞会。贝利亚这晚多喝了一点波兰名酒，微带醉意，舞兴颇浓。他请大使夫人陪着跳了几次舞。
布尔加宁和伏罗希洛夫见时间不早，便建议贝利亚及时告退。他们两人来时是乘贝利亚的防弹轿车，现在当然仍是同车返家。贝利亚的车子驶离使馆以后，其他苏联官员也分乘两辆轿车紧跟在后，尾随而去。当车到红场附近时，贝利亚的司机不向左拐车，先送布尔加宁元帅回高尔基大街的官邸，而是急忙直奔捷尔任斯基广场附近的鲁比卡大监狱。那里设有贝利亚专用的办公室。他平时常在那里工作到深夜。贝利亚有个习惯，每当参加晚会或宴会使工作受到干扰后，晚上便回鲁比卡监狱办公室继续进行工作。但是，这天晚上，他喝酒较多，有点醉意，不想再到那里去了。他本来已经主动告诉过司机：先送布尔加宁元帅回去，再送伏罗希洛夫元帅，然后他本人也回家休息。可是，他发现司机没有照他所说的路线行车。他感到纳闷，暗自猜想：也许是司机听错了话而送他到办公室来了；也许是他的亲密战友和同事对他开玩笑，是他们要司机开车来鲁比卡监狱。这显然是恶作剧。当车子开到监狱围墙跟前，他在探照灯的亮光照射下，看见其他两辆载着苏联官员的车子也跟上来了的时候，他更加肯定了自己的判断：一定是开玩笑。
司机将轿车开到监狱大院当中停了下来。贝利亚幽默地问他为什么开玩笑。司机为了答话，便将黑皮大衣领子放下，再转过身来。贝利亚朝他脸上一看，这才知道开车的不是常用的贴身警卫员，而是换了一个不大熟悉的高级军官。贝利亚仍然认为这证实了自己的猜测：周密安排的恶作剧。
伏罗希洛夫拉着贝利亚的手先下车，布尔加宁紧抓住他的另一只手跟出来，另外两辆车上的军官们早已下来等着他们，但无一人发笑。贝利亚同这两位元帅手挽着手，安然自得地向监狱后门走去。这是去贝利亚办公室的必由之路，他想领两位元帅进去看看或休息一会儿。但是，门口站着监狱长和两名军官，不让入内，却领他们走向监狱大院正厅，那里是经常由三名陪审员对罪犯宣布即席判决的地方。
贝利亚这时才突然感到不妙，脸色顿变，不知所措，他被强行拉到在那里设立的临时法庭面前受审。这个法庭同往常的陪审团不一样，它不包括三名法官，而是由以苏军总监察长伊万·斯戈涅夫为首的八名高级将领组成。他们今晚奉命在鲁比卡监狱将贝利亚作为叛国犯进行审判。法庭宣布他的罪名是：（1）阴谋夺取国家全部政权。（2）充当外国间谍。（3）图谋在苏联复辟资本主义。没有辩护律师，只准被告为自己做最后的陈述。八位法官没有再回会议室讨论判决词。他们互相交换了一下意见，立即做出了一致的判决，由法庭主席斯戈涅夫总监察长宣读判决，处以极刑。
行刑队由一名上尉、一名中士和两名卫兵组成。他们立即将贝利亚押出去执行枪决。
另外，赫鲁晓夫还曾说过：“是我开枪打死了他。”又说：“是米高扬从后面开抢打死他的。”但他又在自己的回忆录中说：“贝利亚是在1953年12月受审后，被处决的。”
有关贝利亚的死，半个多世纪以来一直众说纷纭，真伪难辨，就连赫鲁晓夫本人的说法也自相矛盾，前后不一。贝利亚神秘死亡的真相究竟如何，至今仍是一个谜。
“007”原型失踪之谜50年难解，英国政府讳莫如深
一批解密的英国国家档案显示，苏联领导人赫鲁晓夫1956年乘军舰访英期间，英国军情六处（MI6）曾派王牌特工、电影人物“007”原型莱昂内尔·巴斯特·克莱伯中校秘密潜近“敌舰”侦察。不想，克莱伯入水之后便神秘失踪。半个世纪以来，克莱伯之死被誉为“冷战最大悬疑”。
苏舰称发现不明潜水者
英国国家档案馆根据《信息自由法案》最新解密的档案显示，1956年4月，苏联领导人赫鲁晓夫在尼古拉·布尔加宁元帅的陪同下，对英国进行了罕见的友好访问。当时赫鲁晓夫一行乘坐的军舰停靠在英格兰南部朴茨茅斯港，为了摸清“敌舰”吃水线下的机械构造，英国军情六处派遣时年47岁的王牌特工、皇家海军中校克莱伯，秘密潜近苏联到访舰队刺探情报。
4月19日清晨，克莱伯在同伴的协助下悄悄潜入海中，不想竟从此如石沉大海般杳无音信。英国皇家海军将领事后宣称，克莱伯中校系在执行“水底装备测试任务”时未能返回，据推测已经死亡。然而当时访英的苏联海军人员却报告称，在他们一艘军舰附近发现不明潜水者，苏联政府就此向英国政府提出正式抗议。由于克莱伯执行的是绝密任务，英国皇家海军当时放弃了在苏联军舰的眼皮底下展开搜救行动的计划，以免“让本次行动的真正性质彻底曝光”。
英国首相指令所有细节保密
1957年6月，距离克莱伯失踪14个月后，有报告称一具身穿潜水服的无头尸体被冲上了英格兰南部奇切斯特港海岸。验尸结果证实，无头尸体正是克莱伯，但是死亡原因不明。然而让人不解的是，无论是克莱伯前妻玛格丽特还是他的生前女友，在认尸时都认为那具无头尸与克莱伯本人“对不上号”，因为后者拥有特征明显的“大脚趾头”。可是，英国当局依旧将无头尸当作克莱伯本人匆匆掩埋。此后，英国当局不仅千方百计掩饰克莱伯之死的真相，甚至拒绝向其前妻玛格丽特提供抚恤金补助。
最新解密档案显示，当时协助克莱伯下水的一名同伴（档案中姓名隐去）回忆称：“那天天气晴好，克莱伯携带的氧气瓶足够他呼吸2个小时。他在下水前的身体状况和装备一切完好。可是自从他下了水之后，我便再也没有见到他。”该同伴曾经猜测，可能是潜水装置出了故障，他原本打算报警，可是被上司命令立即返回船上。由于当时正值冷战激烈阶段，时任英国首相的安东尼·伊登当即下令对本次行动的所有细节严加保密。
失踪说法版本有四个
克莱伯神秘失踪之后，各种版本的阴谋论层出不穷。
版本一：中弹俘虏说。克莱伯靠近苏军战舰时，苏军用麻醉枪将其击昏，押回苏联。英国作家提姆·拜丁去年新书《被劫上船的人》中称，克莱伯随后被改名为“科拉布洛夫”，在苏联海军秘密服役。
版本二：中弹身亡说。苏军误认为克莱伯系“阴谋破坏者”，将其击毙。
版本三：叛逃苏联说。在英国艺术评论家安东尼·布朗特举行的一个同性恋晚会上，克莱伯便被这名隐藏的前苏联克格勃“招降”，成了苏联间谍。这一近乎诽谤的说法出自克莱伯的潜水伙伴西德尼·诺利斯。另有人认为，克莱伯失踪前由于长期酗酒债务缠身，因而为苏联情报机构效力，并伺机叛逃至苏联。
版本四：“自己人”灭口说。克莱伯行动时遇上故障，军情六处为避免曝光而将其杀人灭口。
特工家属期盼真相
作为一名英军王牌特工，克莱伯曾于第二次世界大战期间先后在直布罗陀海峡和意大利等地执行排爆、潜水及侦察任务，因此荣获过大英帝国勋章和乔治勋章。除了拥有一身过硬的水下功夫，陆地上的克莱伯同样光彩照人。他经常以一副十足绅士派头示人，一身名牌西服、一副单片眼镜和一根文明棍，就是他的典型装束。1958年，克莱伯的反法西斯英雄经历被拍成经典电影《无声的敌人》。同时，他还被公认为007特工詹姆斯·邦特的原型人物之一。
克莱伯现年60岁的外甥女洛蒙德·汉德雷表示：“我们全家人都相信克莱伯当年没有被杀死，只是被从英国海域劫持到了苏联。因为他掌握丰富的爆破和潜水知识……我们期盼真相。”英国国家档案机构案卷保管人霍华德·戴维斯表示，官方的掩饰行为表明克莱伯一案还有更多细节即将逐渐浮出水面。戴维斯说：“大多数民众都会得出这样的结论，那就是克莱伯的任务的确与情报活动有关，而目前当局还不想透露更多。”