守仁在张忠、许泰兵马来到之前就已经擒获了宸濠，攻克了南昌。张忠、许泰用威武大将军的名义传令要守仁到广信去。守仁没有理睬，而从小路进驻玉山，上书请求亲自献上宁王，并劝阻武宗带兵南下。武宗不听他的建议。守仁到了钱塘，碰到太监张永。张永主管策划机密军务，在张忠、许泰官位之上。过去曾和杨一清友好，翦除刘瑾，天下人都称赞他。守仁夜间拜见张永，称颂他的贤德，并借此极力说起江西的破败，不能再承受皇帝及官兵的扰乱了。张永赞同他的意见，说：“我这次来，是为了调理、照顾皇上的身体，不是为了邀功。你的大功，我知道，但是事情不能办理得过于直露了。”守仁于是把宸濠交给张永，自己到京口，想要觐见皇帝。接到巡抚江西的任命，才又回到南昌。此时，张忠、许泰已经先来到南昌，他们都恨自己没能捉到宸濠，所以怂恿京军向守仁挑衅，甚歪直呼其名，肆意诋毁。守仁丝毫不为所动，相反对他们的犒劳愈见丰厚。病的给药，死的给棺材埋葬，路上碰见出丧，肯定停下车来，悼唁很长时间才会离去。京军说王都堂十分爱护他们，所以没有再来侵扰的了。张忠、许泰问：“宁王府的富有天下称首，其积蓄现在哪里去了？”守仁回答说：“宸濠当时都用来贿赂京城的要人约定作内应了，现有凭单可以查看。”张忠、许泰过去曾收受过宸濠的贿赂，所以态度收敛，不敢再提起此事。过后，他们瞧不起守仁是个读书人，逼着他到校场里去射箭。守仁从容地拉开弓弦，三射三中。京军都在大声欢呼，张忠、许泰越发沮丧。到了冬至时节，守仁传命城里居民在街头巷尾大行祭祀，然后到坟地去哀哭。当时刚剐经历宸濠叛乱，死伤的人多，所以悲号痛哭之声响彻四野。京军离家久了，听到这样的丧祭之声全都泪流满面，思念起家乡来，想要回去。张忠、许泰不得已之下，班师回朝去了。等见到武宗，和纪功给事中祝续、御史章纶一起，对守仁百般污蔑、中伤，只有张永从中斡旋，常常替守仁开脱罪名。张忠在武宗面前扬言道：“王守仁日后一定谋反，试着召他来觐见，一定不会来的。”张忠、许泰几次用假圣旨召唤守仁，守仁因为得到张永的秘密信件，都不前去。这次知道是武宗的意思，立刻骑马而来。张忠、许泰计谋无效，就不让他见到武宗。守仁于是上到九华山上，每日里出游或者独坐在和尚的寺庙里。武宗派人探到这些，说：“王守仁是个学道的人，听见召唤就来了，怎么说他要造反呢？”于是命令守仁回去镇守南昌，要他有机会再上捷报。守仁于是修改了以前的奏章，说是按威武大将军的方略平定了叛乱，并且把那帮小人的名字都放入功臣一列，江彬等至此才无话可说了。
当时谣言四起，奸臣当道，祸乱、变化无法预料，没有守仁，东南一带几乎陷于败乱。
世宗深深懂得这一点，所以才即位就催召守仁入朝接受奖赏。可是大学士杨廷和王琼互相猜忌。守仁前前后后平定了许多叛乱，大部分都归功于王琼，杨廷心中不高兴，其他大臣也很忌恨他的功勋，正好朝中有人说皇帝刚逝世，国哀没有结束，不适合举办宴会，讨论封赏，因而只任命守仁作南京兵部尚书。守仁没有去上任，上书要求回乡省亲。过后，授功晋升为特进光禄大夫、柱国、新建伯，允许世袭，每年俸禄一千石。但是没有颁发铁券，每年的岁禄也没有兑现。和他一起平乱立了大功的，只有吉安太守伍文定做了大官，受到上等的奖赏。其他人名义上都升了，而背地里都遭抑制，废除的废除，罢免的罢免，没有一个好的下场。守仁心中非常愤慨。当时他的父亲已经去世，他多次上书要求辞免爵位，登录其他人的功劳，但都没有得到答复。等到他守丧完毕，朝廷也不再召他为官。很久以后，他的友人席书及门人方献夫、黄绾因为议论礼制得到皇帝宠爱，他们对张璁、桂萼说起此事，而费宏一向忌恨守仁，又破坏了这件事。总之，屡次提出要让守仁充任兵部尚书、三边总督、提督团营，都没有实现。
嘉靖六年（公元1527年），思恩、田州的民族首领卢苏、王受造反。总督姚镆镇压不了，朝廷才发布诏书让守仁以原先的官职兼左都御史，总督两广并兼为巡抚。黄绾借此机会上书为守仁的功劳争辩，并请求赐给他铁券和岁禄，并评定以前讨伐宸潦的大臣们的功绩，世宗都说可以。守仁在行途中，上书陈说用兵的错误，并且讲道：思恩在还没有设立汉人充当的流官时，民族首领每年派出三千士兵供官府征用。设立流官以后，朝廷反而每年派数千士兵来这里驻守。设立流官没有用处是显然的了。况且，田州与交趾相接，深山绝谷。都被瑶人、僮人盘踞着，只有设土著人充任的土官，这样才能借他们的兵力作为屏障，如果改土官为流官，那么边境的兵患，只有朝廷自己负责了，以后一定会后悔的。”他的奏章被下放到兵部讨论，尚书王时中列举了其中五条不恰当的地方，世宗命令守仁再作商讨。十二月，守仁抵达浔州，正好巡按御史石金已经定计准备招抚土著人，就遗散了各路兵马，留下永顺、保靖的土著士兵数千人，解除战备，原地休息。卢苏、王受本来就想得到招安，听说守仁的部队来就更加恐慌了，到这时才特别高兴起来。守仁到南宁，他们二人派遣使节请求投降，守仁命令他们来帐前听候命令。二人私下里议论说：“这位王公一向诡计多端，可别给他哄骗了啊。”所以布置了军队后才进去相见。守仁列举了他们的罪名，各打了一顿大棍，然后放了他们。叉亲自进入他们的军营，安抚他们的七万士兵。
接着，写奏章上报给朝廷，陈说了用兵的十种害处和招安的十大好处。就此请求仍旧设立流官，酌情裁割田州的地盘，另外设立了一个新州，命令岑猛的第二个儿子岑邦相为代理长官，暂时管理州事，等以后立了功再正式提升为知州。在田州，设置了十九个巡检司，命令卢苏、王受等人统领其事，统一接受流官知府的管辖。他的意见被世宗全部采纳了。
断藤峡一带瑶族的乱民，往上接连着八寨，往下和仙台，花相等洞居的蛮人相通，势力绵延三百多里，郡邑受他们毒害已经儿十年。守仁想平定他们，所以留在南京。守仁下令解退湖广一带的部队，以显示不再用兵。同时等敌人不加戒备的时候，挺师而进，打下了牛肠、六寺等十多个营寨，断藤峡的乱民垒被平定了。于是沿着横石江向下，打败了仙台、花相、百竹、古陶、罗凤等地的乱民。命令布政使林富率领卢苏、王受的部队一直挺进八寨，攻克石门，副将沈希仪出兵斩杀败逃的乱民，这样就又荡平了八寨。
开始，世宗因为卢苏、王受的招安，派遣使臣持加盖玉玺的诏书前往奖赏。等到守仁报上断藤峡的捷报，世宗却用手诏问阁臣杨一清等人，认为守仁自我吹嘘，并且问到守仁生平的学术思想。一清等不知怎么回答才好。守仁这次得到启用，是由于张璁、桂萼的推荐，桂萼原本不喜欢守仁，他的推荐是张璁逼迫才作出的。后来桂萼领职吏部，张璁入主内阁，双方势力不相上下。桂萼仕途平坦，喜好功名，曾劝守仁占领交趾。守仁没有听从。杨一清很了解守仁，可是黄绾曾上书世宗想让守仁入宫作辅臣，诋毁一清，一一清因此也不可能没有怀恨之心。桂萼于是公开批评守仁征战、招安的失误。因此，对守仁例行的封赏被取消了。方献夫和霍韬感到不公正，上书世宗争论说“各路瑶民多年以来是国家的心腹大患，起初朝廷曾用步兵儿十万，才仅仅占领一个思州，不久又被乱民占据。守仁片言只语送过去，思恩、田州的乱民低头纳降。至于八寨、断藤峡的乱民，为深岩绝壁所阻隔，开国以来，没人敢轻易说到平定它，现在一举铲平，有如摧枯拉朽一般。可是议论的人都说是守仁接到命令出征思恩、田州，不曾命令他讨伐八寨。封疆大吏外出征战，有可以安定国家、造福百姓的机会，专断应该是允许的。况且守仁曾领到诏旨，允许灵活机动、见机行事，怎么就不可以这么办呢？守仁平定宁王叛乱，忌恨他的人说他当初和宁王同谋，又谎称他以车辆载运钱帛。当时大臣杨廷和用花言巧语取消守仁封赏的事，至今还不曾为守仁平反昭雪。作为大臣忠诚得像守仁那样，有大功勋像守仁那样，却一受委屈于江西，再受委屈于两广。我们真怕做事的大臣灰了心，部队里将士人心涣散，以后我明朝边疆有战事时，谁还肯为陛下分挑重担呢？”世宗对此也只是说知道而已，并没有什么改变。
守仁这时已经病得很厉害，上书请求告老回乡，推荐勋阳巡抚林富代替自己，不等朝廷的批复就回去了。走到南安就病死了，享年五十七岁。灵柩经过江西，当地军民无不身着白衣，哭泣着相送。
守仁天生与常人不同。十七岁时拜访上饶人娄谅，和他谈论朱子格物之学的大意。回家之后，每日里正襟危坐，研读《五经》，不轻易和人谈笑。从九华山游历归来，在阳明洞中建造居室，广泛阅读道、释两家的学说，几年下来没有什么大的收获。当初遭贬官到龙场时，因为那里是边远的地方，没有书可读，只好天天思索以前已获得的知识。一天，忽然体会到格物致知，应当自求于己心，而不能去向事物求索，慨然感叹说：“道就在这里呀。”从此深信不疑。他因遭施教，专门以发明良知为己任和主旨，认为自从宋代周敦颐、二程兄弟以后，只有象山陆九渊的学说简易直接，能够直接传承孟轲的学说。而朱熹的《集注》、《或问》等，是中年时还不成熟的学说。当世学者翕然而听从他的学说，所以社会上有“阳明学”的称法。
守仁死后，桂萼弹劾他擅离职守。世宗大为生气，下令朝臣议论。桂萼等人说：“守仁做事不取法先贤，讲学不称道前懦。一心想要标新立异标榜自己，才批评朱熹格物致知的学说，知道公论不赞成他，所以编造一本关于朱熹晚年定论的书，召引门徒，互相唱和。有才能的人喜欢他的随意，没出息的人借用他的虚名。师传弟习，途生错讹，越来越荒谬。但是守仁讨伐拳地的叛乱，活捉造反的宁王，功劳还是值得纪念的。应该免除他的伯爵，以显示皇朝的清誉。禁止传播他的邪说，以端正人民的思想。”世宗干是发布诏书，停止了守仁世袭的伯爵特权，后事处理的典礼也不予举行。
隆庆初年，朝廷大臣赞扬他的功绩，穆宗于是下诏追赠他为新建侯，谥号文成。第二年准予世袭伯爵。以后又有请求把守仁与薛碹、陈献章一齐放在文庙中从祀，穆宗允许大臣讨论，结果以薜碹从祀。到万历十二年（公元1584年），御史詹事讲又重申以前的请求。大学士申时行等人说：“守仁所讲致知出自《大学》，良知出自《孟子》。陈献章主静，继承宋朝大儒周敦颐、程颢。况且孝友之德，进退出处像献章，气节、文章、功业像王守仁，不能说是禅客。实在应予以尊崇、祭祀。”并且说明守仁思想正派，行为笃实，为社会舆论所肯定，也应当一道祭祀。神宗皇帝听从了他们的意见。一直到明代灭亡，孔庙中从祀的也只是王守仁等四个人而已。
评论：王守仁最初因为正直有节操而著名，等到负责疆场战事的时候，率领一支几乎无战斗力的部队，背后几个文弱书生，却也能平定多年不法的乱民，平定藩王的武装叛乱。
整个明朝，文官用兵也能这样克敌制胜的，从没有像守仁这样出色的。当面临危险重重并且被皇帝怀疑的时候，他能够做到精神专一，考虑精当。这虽然因为他天资聪颖，不也同样得益于他的精神世界空灵吗？可是他夸耀自己的学术思想，标新立异，不同于以前的大儒，最后受到了学者的批评。守仁生前曾批评胡世宁没有讲学，世宁说：“我倒是恨先生你多了讲学一事！”桂萼对于他的批评虽然源于妒嫉的私心，但守仁学说的弊端的确是那样的。这不能因为他功绩很大就替他隐瞒不说。