“三井家同族会”作为最高统帅部的成立，强化了大资本的家族属性。值得注意的是，无论是“三井家同族会”还是“三井元方”，都只是委员会性质的机构，并不具备法人性质，对外也不公开。外界所能看到的，只是三井银行、三井物产等一个个具有法人地位的公司。庞大的三井帝国之主人是隐身的，家族化的财阀因而披上了一层神秘的外衣。这与天皇的存在很有些类似，而中上川这样的主帅就类似首相。在三井帝国中，并不直接出面的三井家族的利益才是至高的利益。
这样的家族属性，直到二战之后才被完全斩断。时至今日，“三井家同族会”依然存在，但它与三井企业集团的各大事业之间已经没有直接联系了。关于三井事业的“去三井化”，后面的章节再讲。
1894年，中上川在“三井元方”之下设立工业部，统辖除三井矿山之外的全部制造业公司。至此，一个庞大的三井帝国搭建起了它最初的组织架构三井家同族会三井元方。
工业部
与此同时，一个实物形式的三井统帅部也在紧锣密鼓的筹划中。原先三井银行所在的日本桥骏河町大厦显然已经容不下身躯日益庞大的三井帝国，需要重建一栋标志性建筑。
为了造一座史无前例的伟大建筑，设计者甚至出国考察，最后设计出了一座地上四层、地下一层的钢筋混凝土建筑。这是日本第一栋钢筋构造的建筑，不仅造价从预算的83万日元一路突破到100万日元，就连工期也是一拖再拖。
这座“骏河町三井本馆”于1896年开始建造，耗时6年才完工。等到竣工落成的时候，中上川已经病逝。或许是冥冥中的暗合，这座史上最强大的建筑在1923年的关东大地震中毁于火灾，寿命仅有21年。作为三井帝国实力的象征，这座“凹”字形欧式豪华建筑面朝骏河町大道，里面安装了空调、电灯、电话等那个时代最先进的设备。在“凹”字形中央部位的是三井银行，东侧是三井物产，西侧是三井矿山，“三井元方”和“三井家同族会”的办公室也设在其中。
也正是在这一时期，通过中日甲午战争，三井物产的实力迅速膨胀，在中国的支店如雨后春笋般开了出来，三井的足迹几乎遍布中国主要的商业口岸。对于三井向海外，尤其是中国的扩张，将在下一个章节中详述。
总之，在中上川的时代，一个庞大的三井帝国出现了。尽管这个架构并不稳定，尤其是“三井元方”中的工业部仅存在了4年就被撤掉，但是三井的帝国版图，正是在中上川大刀阔斧的改革下初步确立起来的。
中上川在三井的时间只有短短10年，但这10年是三井走向垄断财阀道路上最为关键的10年。在三井家族还没有充分考虑好未来的行进方向的时候，这位空降而来的“司令官”不由分说，一把将三井推上了工业化的道路。
有一个简单的道理，推进的力量越大，反弹的劲道也越足。果然，强势的中上川很快就遭到了清算。
益田孝的反击
在中上川到三井赴任之前，他的舅舅福泽谕吉曾给过他一个忠告：处理好与益田孝的关系。中上川踌躇满志，非但没有领会福泽谕吉的意思，一上来还把益田孝给降了职。
益田孝比中上川更早进入三井，他所领导的三井物产是当时三井最赚钱的一块业务，在他的智慧和果敢下，三井才得以在同三菱的竞标中胜出，从政府手里买到了三池煤矿。益田孝对三井的功劳很大，三野村利左卫门死后，谁都认为三井大掌柜的位子会是他的，不料却中途空降来一个中上川彦次郎。
益田孝自号“钝翁”，不与人争在一时，对待强势的中上川，他采取了忍让避退的态度。
在中上川春风得意之际，益田孝开始了半退休式的生活。他沉溺于书法、茶道、古董收藏这些雅兴之中，以一种远离尘嚣的态度来回应中上川的咄咄逼人。益田孝搜罗的书画藏品不计其数，在茶器收藏方面更是一掷千金。通过这些“宝物”，益田孝拉近了跟三井家族和长州藩阀头面人物之间的私人关系。举例来说，三井家的第十代总领家三井高栋就对茶器和古董收藏很有心得，1908年他买下了织田信长的幺弟织田有乐齐的茶室“如庵”，这是日本现在国宝级的文化遗产。
可见，益田孝虽然在职场上被中上川盖过了风头，但在私下场合，他却和三井族人以及上层政治人物私交甚笃，很有共同语言。而他隐忍自重的表现，更是赢得了众人的一致赞赏。所以降职两年之后，益田孝很快又回到了三井物产专务理事的位子上。
益田孝从内心里非常反感中上川的工业化路线，从贸易起家的他坚信商业化的路线更适合三井。在那个近代化产业革命刚刚起步的年代，益田孝的判断很容易获得事实上的支持。明治政府把官办的工业企业以白菜价格大甩卖，就是一个最有力的证明。
中上川强力推进的工业化路线果然给三井背上了包袱。“三井元方”工业部中，除了钟渊纺织和新町丝绸纺织厂外，其余的经营业绩都很差。特别是芝浦制造所，简直就是个只进不出的亏损大户。王子制纸也是事端不断，几次工潮让三井的社会形象大跌，被赶走的CTO大川平三郎还拉走了一批人自立门户，跟王子制纸搞起了恶性竞争。在三井族人看来，王子制纸简直就是个惹麻烦的祸害。
在无可辩驳的事实面前，中上川无法说服“三井家同族会”用长远眼光看问题。改革的阵痛让中上川面临着越来越大的压力，“三井元方”中的工业部仅仅存在了4年多就被迫解散。
工业主义和商业主义之争，一直是三井发展史上的对立命题，益田孝甚至把这两者视同水火。益田孝为何如此反对工业主义？一方面与工业制造业投入大，盈利周期长，不能快速产生收益有关，另一方面恐怕与他同中上川个人之间的恩怨也不无关系，凡是中上川支持的他都要反对。益田孝唯独对三井矿山情有独钟，这恐怕主要还是与三井矿山优质资产的地位，以及其煤炭是三井物产的拳头出口产品有关。
当益田孝当上三井大掌柜之后，他便不断地对中上川的路线进行大幅修正，强行对工业企业做减法，芝浦制作所就是在他的要求下被独立了出去。后来，三井造船和石川岛播磨重工的合并提议，也是在益田孝的强烈反对下无疾而终。三井帝国虽然庞大，但麾下却缺少强有力的近现代化重工业企业，这也是在战后日本经济快速增长时期，三井被三菱反超的最大原因。要说到源头，恐怕还在益田孝这里。
跟益田孝的擅长人际关系不同，中上川是个不太会做人情的人。这倒也罢了，他非但人情不做，还到处得罪人。追债得罪了长州藩阀势力，抢王子制纸又跟涩泽荣一结下了梁子，涨工资得了民心却让三井家族的人不悦，收了一堆亏损的企业更是让三井家族的人觉得中上川是在败家。所以越到后来，中上川就越孤立。
靠山没了，暴风雨就来了。
从1900年4月29日开始，当时发行量靠前的《二六新报》突然开始连续刊登三井的负面报道，以《三井一家一门的滥行》、《三井的失败》等为系列标题进行连载，直到5月19日才算告一段落。报纸踢爆的内容包括中上川跟益田孝之间的矛盾、中上川如何强取豪夺他人财产、中上川的作为如何让元老井上馨大为光火等等。文章的标题是冲着三井，但火力点都是朝向中上川。报道内容虽有夸大，但基本八九不离十。如果没有内部人放出消息，记者不可能知道得如此详细。这些报道，不啻于是对中上川的当头一棒。
三井族人对报道大为光火，三井的社会形象大跌，三井银行甚至出现了挤兑现象，三井家持有的炭矿股票也一路暴跌，直接经济损失就达百余万日元。三井族人把一切都迁怒到了中上川身上。
这一事件背后无疑是有人操纵的，否则，报人出身的中上川不可能遭到前同行如此突然的攻击。中上川得罪的人实在太多，谁都有可能成为那个幕后的黑手。还没来得及去查清原委，中上川就病倒了。这个强壮的男人一病就不轻。他得了肾炎，而且病情很快恶化。回想当初三野村病重的时候，所有高级管理人员集体探望，并且带去了由三井十一家的户主集体签名的感谢信和财产赠与文件。如今，继任三井大掌柜位子的中上川却没能得到这番厚待。他眼看着对手益田孝得到重用，眼看着自己的政策被矫枉过正。在孤独和悲愤之中，中上川与病魔仅仅斗争了一年。死的时候，他才47岁。
在三井，中上川赢得了百米赛跑，益田孝则在马拉松中笑到了最后。可是，不论中上川的路线被如何修正，三井帝国启动的脚步不可能收住。在中上川留下的事业底子上，三井很快迎来了最辉煌的阶段。