李世民敕令李世祐等收兵，将李祐解押到长安，赐死在内侍省。在处理李韦占叛乱事件时，牵连到了纥干承基，原来他还跟齐王李祐做密探，被逮捕后，囚禁在大理寺狱中，依法当判处死刑。纥干承基死中求生，上书告发太子承乾谋反。李世民惊得天旋地转，立马召集大臣们前来商议，打算先听听他们的意见，再斟酌处理。尉迟敬德两只眼睛暴突出来，炸开喉咙吼道：
“谁敢动皇上一根毫毛，我跟他没完！”
“用不着多考虑，让俺程某去把他抓起来，不就得啦。”
程咬金一头说一头站了起来，准备往外走。长孙无忌把他拖住了，佯嗔道：
“就你性躁，皇上还没有开口，你就要行动。”“事久多变。真正闹起来了，可就麻烦了。”“现在无凭无据，凭什么抓人？”“纥干承基不是告发了么？”“真是个冒失鬼！”长孙无忌摇了摇头，“十个纥干承基说太子谋反，没有证据，也等于零。”“对。”李靖颔首道，“必须先行查实，才能进行处理。”“派谁去呢？”大臣们都把目光集中到了李世民的身上。李世民扬起下巴想了想，吩咐道：
“长孙无忌、房玄龄、杨师道、萧瑀、李世勣，由你们五人先行按察，查清楚以后，再就事论事处理。”
“臣遵旨。”长孙无忌等五人叩头后，刚刚站立起来，东宫传来太子承乾得了急症，命在旦夕，请皇上快去看看。李世民心里“咯噔”了一下：“太子身体有些小毛病，可是从来没有得过急症。他是不是听到了风声，狗急跳墙，想赚我落进他的陷阱？到底去不去呢？”他自问自答，“看来不去不行。不去，难免落下口实，说我不关心太子。去呢，相当危险。”他内心充满了矛盾，剧烈地斗争着，搓着手，在御案旁来回走了一通，然后眉头耸立起来，拿定了主意：“不管真病假病，不管危险不危险，不去不行，而且必须去。真病，得不惜一切代价跟他医治。想谋害我，正好将计就计，一网打尽。”他停止了走动，转过脸来，决断地说：
“不管是真是假，我都得去走一遭。”
“不。”房玄龄抬起前额，“皇上，你不能去。那是一处是非之地，凶多吉少。”
“房爱卿，你不必阻拦。朕自有安排，你就等候佳音吧。”
李世民连续下达了一道道密令。调度完毕，挨到半夜过后，才起驾出宫。
称病在东宫承恩殿等候父皇到来的承乾，从下午等到晚上，等了又等，仍不见父皇的影子，不禁感到失望。他焦急得心里像油煎，通身流汗，时而瘸着一条腿走到殿门口听听动静，或者望着深幽无比的天宇出一会儿神，时而走回来，跟厮守在殿堂的同谋咕哝几句。侯君集没有来，他带着家兵家将监视魏王府去了，只等李世民一落网，就立刻破门而入逮住魏王泰，当即处死，不留后患。
听到接驾的传呼，承乾和在场者不禁又疑惑又欣喜。他们疑的是子夜都过去了，李世民为什么才来？喜的是毕竟他来了，而且护驾的人不多，只有雷云吉和雷云兆两员保驾将军和几十名贴身侍卫——“百骑”。“太子，你的病好啦，得的什么病？”
李世民随口问着。他耸了耸眉毛，两道如剑锋般冷峭的目光从跪在甬道上接驾的人身上一一掠过去。承乾见了父皇，油然而生一种悚惧心理，两腿像弹棉花一样颤栗得几乎站不起来，上牙磕打着下牙，战战兢兢连话也对答不上来了。“窝囊废！”李元昌心里骂了一句。霍然挺立起来，牵动嘴角挤出一丝笑纹，皮笑肉不笑地说：
“外面风大，皇上，进里面来说吧。”殿内充满了煞气。李世民带兵打仗出身，一眼就判断出来了。“秘密调动的兵马是不是赶到了？”他想拖延一下时间，又想直接观察清楚：“到底有哪些人参与了叛逆？谁是幕后操纵者？主谋是谁？”他抽了抽鼻子，向上卷翘的唇髭咧了咧，装作退缩的样子，说：
“既然太子的病好啦，朕就不必久留啦。”“你来得了，告诉你，可就回不去了。”李元昌凶相毕露。
“你要干吗？”“请你禅位给太子，自己当太上皇。”“事情不难嘛，拟好了禅位诏没有？”“你走进殿里，一切都会明白的。”“朕不进去呢？”
“那就休怪无情！太子殿下，”李元昌厉声喊道，“下令先拿下他。”
心慌意乱的李承乾张大嘴直喘粗气。他惧怕父皇的威严，进而联想到了父子之情，又怕背上弑君的罪名，胸口乱跳，发不出声来。李元昌急了，把右手的两根指头伸进嘴里，打了个唿哨，埋伏在承恩殿夹壁中的武士乱哄哄地闯了出来，在李安俨、杜荷和赵节的带领下，成马蹄形向着李世民逼过去。雷云吉和雷云兆遮护着李世民，猛喝道：
“谁敢动手！快退回去！”“上！”李元昌伸出一只胳臂，好像长矛一样地开路，“跟我上，一齐上！”雷云吉和雷云兆见来势凶恶，便一齐抽出佩刀，直取李元昌。李元昌举剑相迎。斗了两个回合，李元昌感到体力不支，乱了剑法。李安俨挺枪接应上来，敌住雷云吉。枪竖刀横，绞着一团杀气。刀枪相碰，撒开点点寒星。武士和侍卫都好像中了魔似的，看傻了眼，他们吊刀在手，屏住呼吸，犹若钌在了地面上。李安俨、李元昌与雷氏兄弟杀到哪儿，他们的眼睛就跟到哪儿。星月交辉，加上从大殿透出来的亮光，照射着两拨界线不甚分明的人群。刮起一阵大风，天空仿佛黑了一下，斗打忽然停顿下来。然而就在令人胆寒的沉寂时刻，不知谁喊了一声：
“冲啊！活捉李世民者，重赏千金，封万户侯！”混战开始了，双方展开了激烈的厮杀。武士们都是花重金收买来的，是不惜以生命作为代价的亡命之徒。贴身侍卫即百骑团团护住李世民，在顽强的猛击下显得似乎力不从心，边战边退。地面扬起尘雾，在夜色暗淡的光照下，俨然云阵一般遮盖着拼杀的人影，如同皮影戏一样晃来晃去。斗打的嘶叫声、兵器铿锵的撞击声和战鼓号角的吹奏声，喧嚣地交织在一起，淹没了寒风的呼啸，淹没了粗重的喘息，淹没了被击倒在地滚爬的人的呼救和呻吟。空中血花四溅，鲜明的铠甲都给血汗和尘土玷污了，而且给刀枪劈刺得伤痕累累。李世民身处刀光剑影中，情态异常镇定，眼睛紧盯着像海水一样激荡的人潮。李安俨觑着一个空当，手起一镖投向李世民。说时迟，那时快，程咬金挥舞板斧从墙头飞身而下，挡掉了飞镖。秦叔宝、李道宗和尉迟敬德带领飞骑冲到当场，隔开了双方的搏斗。李靖和李世劫的人马包围了承恩殿。武士们缴械投降后，长孙无忌、房玄龄和杨师道把李世民请进承恩殿。李世民吩咐将太子承乾和李元昌等一一押了下去，听候发落。
长孙无忌、房玄龄、杨师道、萧瑀和李世勃等五人，会同大理寺、中书省、门下省一起审问，很快查明了太子承乾谋反的来龙去脉及其参与者。
满朝文武百官在太极殿举行大朝会，李世民端坐在御榻上，态度严肃地问道：“太子承乾谋反，众卿畅所欲言，该如何处置？”
群臣都低着头，浑如木雕泥塑一般僵僵地立在殿下，没有人开口对答。通事舍人来济在沉默中理顺了一下思路，越出班部丛中，拜罢起居，奏道：
“陛下已尽到了慈父应尽的责任，没有任何缺失。太子自作自受，让他享尽天年，就算不错啦。”
李世民额头上显出深深的皱纹，拧着眉头没有吭气。前不久才处死第五子李韦占，接着又将以叛乱罪处死长子承乾，他有些于心不忍，不禁十分赏识来济思路的清晰和表达的得体。来济从此在他的心目中留下了深刻的印象。李世民采纳了来济的奏请，下诏废黜太子李承乾，贬作平民，幽禁在右领军府。同时，承乾的长子象也被剥夺了皇太孙的地位。李世民又故作姿态地要免除汉王李元昌的死罪，群臣都竭力反对，于是赐他在家中自尽。侯君集被收入狱中后，因为名列凌烟阁二十四功臣肖像榜，又是原秦王府的僚属，知道的事太多了，李世民便传见了他，俯身向前问道：
“朕不要那些刀笔吏羞辱你，所以亲自审问。你说说，到底为什么要谋反？”
“我谋反？”侯君集佯装愕然的样子，“反谁？难道叫我反陛下不成？我一辈子永远跟定了陛下，除非陛下要臣死，捏造一个罪名，臣即使屈死，也死而无怨。”
他表白了自己的忠诚，又转变成乞求的口气，暗示道：“陛下留下臣，兴许还有用得着的地方。”
话说得隐晦，然而双方都非常明白。侯君集可算得够精灵的了，只可惜精灵反被精灵误。他想用情打动李世民的心，把他保下来。李世民却早就想唾弃他，有了机会，岂肯留下活口。不过，在侯君集死以前，必须设法封住他的嘴，防止他发怒，把不该说的事情捅出去。李世民眉头一皱，计上心来，和风细雨地安慰了几句，又让他回到了监狱。当晚，长孙无忌去了一趟大理寺。第二天，贺兰楚石来到宫门检举揭发了他岳父的阴谋，当即传讯侯君集。侯君集起初死也不肯承认，又传贺兰楚石当面说出他参与谋叛的始末原委，还拿出他跟承乾的往来信件摆给他看。侯君集无话可说了，只得服罪。李世民做出仁慈的姿态，向左右大臣求情说：
“君集有大功劳，给他一条生路，可不可以？”“侯君集死有余辜，陛下不可以法外施恩。”众大臣都激烈反对。李世民做出一副难过的样子，流着泪，伤感地对侯君集说：“朕无力回天，和你从此永诀。”“皇上，”侯君集扑倒在地，头磕得金砖地面“嗵嗵”响，哭得言语断断续续，“臣真是鬼蒙了头。唉，好似还在做梦。”
“你在凌烟阁上的功臣像不会撤换，朕将永远记住你的友情和功劳。”“谢皇上隆恩。”
李世民挥了挥手：“你安心去吧！”太监上前扯起侯君集，交给了在殿门外等着押送的狱卒。
侯君集被解押到集市斩首。临刑前，他对监刑官说：“我侯君集幸遇明主，可恨一时失足，走错了一步。当陛下尚是秦王的时候，我就侍奉左右，并且征服了两个国家。请求保全我一个儿子，继承侯家一脉香火。”李世民听了监刑官的奏报，便宽宥了侯君集的妻子儿女，贬逐岭南。在没收侯君集的家产时，发现了两名美女，细肉白净，身体纤弱，别有一番风韵。她们从小只喝人奶，不吃其他食物。李世民对两个畸形女子发生了兴趣，召进了内宫。