当时神宗还是不满十岁的孩子，张居正对于神宗就像一位尊严的小学教师，利用一切的机会，要让自己的学生达到理想的境界。神宗对于居正也是十分的亲近和尊崇。居正还亲自为年幼的皇帝编写《历代帝鉴图说》，分上下两册，编写了自尧舜以来，有为的君主的八十一件事，引以为戒的事情三十六件。每件事情各绘一图，图后写本事。对于不满十岁的皇帝，见到这种绘图立说的故事书，自然十分高兴，而且，张居正所编写的内容真是富有教育意义。当神宗在文华殿看到张居正捧着这两册故事书，立刻童心大发，叫左右把图说揭开，让张居正在旁边给自己指点讲解。
有一次，提到了书中一则汉文帝****细柳营的故事。居正说：“皇上应当留意我大明的武备边防。自太祖以武功平定天下，如今承平日久，而武备日弛，应早做防备。”神宗听到，一连称是。居正便把自己整饬武备，抵御外侮的主张，和盘托出。
一次，万历皇帝在习字的时候用进讲官写好的大宝箴作为影格。居正正好看见，他说：“皇上，这一篇文章是先祖的手笔，关乎君德治道。希望皇上不仅仅摹写，还要背诵它，甚至能够讲解。”过了几天，神宗在文华殿召张居正到御座前，站起来，高高地举起大宝箴交给居正。居正遂把大宝箴注解给万历看。随后，神宗把文章中所引的故事全部明了。讲到文章的最后“纵心乎湛然之域”，神宗说：“这是提醒人做事应当虚心。”居正拱手称贺：“皇上所言极是。虚心二字可以解释这句话的含义。人心不虚乃是因为私意的混杂。水是最清白的，混了泥沙之后，水便不清；镜是最明了，蒙上灰尘后，镜便不明了。皇上只要涵养此心，除去私欲，如明镜止水一般，好恶刑赏自然无不公平，万事都办好了。”
神宗渐渐长大了，他的心理已经悄悄发生了变化，不只是一个一味恭顺的“小学生”了，对于居正，也不只像小时候那样充满了崇敬。他已经成长为一个个性倔强的人了，像他这种个性的孩子有时会感到很烦闷，尤其是受到父母和师长的压迫之后，表面上虽不动声色，委曲迁就，可是骨子里却流淌着倨傲、任性和伺机斗逞的血液！万历十年之后，神宗痛恨居正大概有这段时期留下的隐患。但他仍然对居正保持尊敬，连慈圣太后都对张居正很尊敬。神宗的“大伴”冯保更是常常耳提面命跟神宗说：“先生是先帝托孤的忠臣，先生说的话皇上您可要仔细听啊！”于是张居正在神宗面前更蒙上了一层特有的庄严了。
一天，神宗在给居正朗读诏书的时候，粗心地把“色勃如也”读成“色背如也”，在旁边站着的张居正立刻厉声说到“应当读作‘勃’字。”这一下神宗有些受不了了，脸上肌肉突突动了几下，但张居正没有感觉到这些，他仍然把他看作是一个听话的驯服的学生。
春华秋实，转眼之间，已经过去几个年头了。万历皇帝已成青年，他的大部分的时间消磨在文华殿中，一天，他看着外面的景物，不觉心驰神往。想出去玩玩，又想着慈圣太后与自己同住乾清官，旦夕照看，管束甚严。心里不禁嘀咕：“管束如此之深，做皇帝有什么乐趣！”一会儿又想起母后的叮嘱“玩物不可丧志，国事才是第一”。一会儿又想着张居正平时的教诲，内心十分压抑。索性支开整日不离左右的“大伴”冯保，叫了几个平素惯熟的小太监游览西苑，西苑的美景让他顿觉天地宽阔，尤其是晚上，仿佛置身于蓬莱仙境。太液池上，画舫云集，灯火明明灭灭，宛如银河。万历皇帝在贴身太监孙海等人的陪同下，一边欣赏这良辰美景，一边喝酒谈论。酒过三巡之后，万历已是有些醉意。孙海在旁边提议到：“皇爷，想听曲儿助助兴么？”得到万历的首肯之后，一会儿张罗了两个会唱曲的太监，抱着响板，坐在下首，一阵轻敲过后，放喉咏唱，谁知万历听了半截，把酒杯一推，说到：“老调重弹！换个新的！”
那两个太监赶紧拜伏道：“启奏皇上，奴才尚未学会……”
万历一听，不干了，强睁醉眼，想起了曹操当年马踏青苗，割发代首的典故，不觉非常兴奋，借着几分醉意，他说：
“你们几个，欺君罔上，本应死罪，现在头可恕，发不可恕！”遂令他二人脱下头巾，然后亲自取下佩剑，踉踉跄跄走上前，抓住其中一个太监的头发，齐刷刷从根上削掉，接着又照例把另一个的也削了，然后歪着头欣赏了一下他的“杰作”，把剑一扔仰天大笑起来。
当晚，冯保就知道了万历在西苑的作为，第二天就向慈圣太后作了全面汇报，太后听后异常震怒，当即命冯保传话张居正，一面又派人到乾清宫宣万历即刻来见。
此时万历刚醒，昨晚荒唐的情形，依稀记起，他情不自禁地揉了揉太阳穴，仿佛隐隐生疼，也不知道喝了多少酒……正想着，听到母后的急召，心中顿觉不妙。“昨晚之事定被太后知晓，这可如何是好？”瞬间急出一身冷汗。没有办法，他只好硬着头皮，一步一步来到慈宁宫。
却见母后已换上青色布袍，头上簪珥全部撤除，显然是用当年姜后脱簪待罪的故事，以示自责教子无方。
万历急忙紧走两步，跪地求饶。慈圣道：“好你个不肖之子！先皇付你江山，是教你如此荒废游荡吗？”
万历头也不敢抬，口中只是喃喃道：“儿知罪，儿知罪，望母后息怒！望母后息怒！”
这时，冯保捧着急急送来的居正的谏疏，递给慈圣太后，太后约略看过，便丢给万历：“你且看来！”万历忙捡起张先生的谏疏细看，上面力陈游乐亵玩的种种害处，要他厉行改过，语气既简又直，万历看得羞愧难当。
又听得母后说道：“先帝弥留之际，内嘱两母教育，外嘱张先生等悉心辅导，真是煞费苦心。不料你这个逆子，胆大妄为，竟然纵酒使气，若再不改过，也管不得私恩情份。”说罢，吩咐站立一旁的冯保道：“你去阁中取《霍光传》来！”说起慈圣太后，她对于神宗，还正是一位最能干、最负责任的母亲。穆宗去世后，皇上所住的乾清宫由万历帝居住，慈圣太后因其年幼，仍陪着儿子住在乾清宫，直到神宗大婚为止，平时她督责儿子读书，在书没有读熟的时候，便罚在地下长跪。讲官门讲书以后，神宗回到宫中，慈圣太后又下令复讲。
三六九的这几天是早朝的日期，天还没有亮，太后自己便起来了，把十几岁的皇帝从睡梦朦胧中喊起，宫娥给洗过脸以后，便得赶紧坐上肩舆上朝。
冯保听得吩咐，赶忙跑去。万历听着不禁打了一个冷战。汉代霍光辅助幼主期间废幼主的故事他也早就读过。现在母后命取《霍光传》，这不明明是为废掉自己而找依据么？他越想越怕。不一会儿，见冯保回来了，他告诉慈圣太后：“启禀太后，张先生央奴才代奏：皇上英明，但教自知改过，张居正拜伏在地，向万历行了君臣之礼。万历开口了，清亮的童音：『先皇在世多次提及先生，称忠良之臣。自先生辅朕以来，亦亲见先生为国操劳，多有辛苦。朕赐你蟒衣两件，锦缎四匹，略表慰劳之意。』将来必能迁善。霍光之事，未敢上闻，今，不如草诏罪己书！”
慈圣说：“张先生既如此说，就照此办理，你去叫他速速拟诏！”
未几，冯保又捧着居正拟就的一封“罪己御札”呈上，慈圣太后这才令万历起来，取纸笔自己誊写一遍。可怜万历皇帝已跪得膝盖酸疼，歪歪倒倒站起来，到一边去誊写这份自己骂自己的诏书。
随后，慈圣太后又命冯保立刻将孙海等人逐出宫门，永不叙用，并命令他对万历周围的内侍一一审核一番，凡行为不端者，一律换走。这边张居正又在慈圣太后的督促下，加紧了万历的功课，嘱翰林院编纂历朝宗训实录，分四十章，次第进呈，万历又被拖进了经山文海之中。其实，张居正内心也很明白，万历还是一个青年，年少气盛，正是好谀恶直的时候，慈圣太后动辄以“霍光”之事对万历，不仅万历受不了，就是自己也觉得难堪。
平心而论，他还没有把自己比作霍光的意思。但为江山社稷着想，也只能是继续尽心尽责，不停地向万历灌输大道理，力劝他亲贤臣，远小人，慎起居，戒游侠；又劝他，罢节浮费，量入为出，裁汰冗员，严核财赋，并趁机把自己的“考成法”以及清丈全国田土、改进赋税、继续推行“一条鞭”法的种种计划向皇帝细细备叙，经过“西苑事件”的万历，凡事也再不敢造次，对张居正的计划自然一一允许，颁诏不迭。
推行“考成法”
万历元年六月，内阁上疏请求推行“考成法”。在张居正的一生中，这是一件重要的政治事业。张居正在疏中提到推行考成法的必要性：“……盖天下之事，不难于立法，而难于言之必效。若事而不考其终，与事而不加屡省，上无综核之明，人怀苟且之念，虽使尧舜为君，成皋为佐，亦恐难以底绩而有成也……”当时的明帝国，下达的政令、法令、章程经过“办公”人手之后，从衙门里发送到各个地方衙门，这些文件经过长短不等的公文旅行之后，最后到另一衙门归档，最终成为一纸空文，从此销声匿迹，不见天日。张居正是一个现实的政治家，他知道政务之所以行不通，不在于机构的缺乏，不在于法令的提出与否，所以他不主张增加新的机构，也不主张提出新的法令，他只要一个明确的答复。他曾经说：“法之不行也，人不力也，不议人而议法何益？”现在他创造了考成法。办法很简单，他把各衙门分置三本账簿。
一本记载一切发文收文章程计划，这是底册。在许多项目中，把例行公事无须查考的，概行剔除，再同样造两本账簿，一本送各科备注，实行一件注销一件；如有积存时间长久尚未实行的，即由该科具奏候旨；一本送内阁查考。这三本账簿在综核名实方面发挥了最得力的作用。
张居正以六科控制六部，是明朝的祖制，但是以内阁控制六科，便是张居正的创新了。内阁本是皇帝的秘书处，事实上不负行政责任，更谈不上监察责任，实施考成法后，内阁的实权显然扩大了。
整理赋税
考成法的实施，影响最大的是在整理赋税方面。张居正当国之后，他的主张就是要富国强兵，要强兵得先富国。富国不外是开源节流，这两个方面，张居正都做了最大的努力。考成法主要是开源，考成法之外，当然还有节流。
按照前几年的国家预算已是大大的入不敷出了。每年国家收入二百五十余万两，支出四百余万两，这真是岌岌可危。所以节流必须从大处人手，皇帝和国防。居正在隆庆六年当国后，在节流方面更是锱铢必较。神宗开馆撰修穆宗实录，居正上疏请求免了旧例的赐宴，他说：“臣等夙夜皇皇，方切兢惕，岂敢为此饮食宴乐之事，非唯于礼有不可，于心亦实有不安也。且一宴之费，动辄数百金，省此一事，亦未必非节财之道。”
一年的冬天，居正在日讲的时候，请求皇上次年正月早开日讲，不必肴宴，并且免去元夕灯火。神宗虽然年少，但已经知道国事艰危的责任，他说：“早吩咐停止了。伺候圣母用膳的时候，都很简单，每逢节日，只有果宴。”
于是筵席停止了，又为明朝省去百余金。万历元年十月，居正进讲，提到了宋仁宗不爱珠饰，神宗立刻接到：
“贤臣才是宝贝，珠玉有什么用处！”
“是啊，”居正说，“皇上英明！明君贵五谷而贱珠玉；五谷养人，珠玉饥不可食，寒不可衣。”
“正是”，神宗说：“宫人们喜欢珠玉，可是朕在岁赐上，没有一次不减省。”
居正听完神宗说的一席话，切实感到欣慰，感到少年皇帝的圣明：“皇上所言极是。真是社稷苍生的福泽！”
他知道这样又可省去一些不必要的开支。不久，内务一位太监上疏请买金珠，奏疏发到内阁，居正看到后，立即封还，明确给了他一个否定的回答。
国防方面，居正也随时考量到国家的财政问题。宣大边外，俺答的问题解决了，这五六年来，明朝与鞑靼的扶赏所费不过万余，而所省已有百万余。现在应当节省的都节省了。
但节流只是一个方面，主要的方面还是开源。考成法是一根鞭子，督促一切政务的进行，在财政方面，考成法的成绩最显著。居正曾说：“考成一身，行之数年，自可不加赋而上用足。”