半路上，她突然接到李鸿章病死的消息，十分悲痛。李鸿章死前又向她推荐了袁世凯为直隶总督兼北洋大臣。光绪二十七年（1901）十一月，慈禧一行回到北京，结束了西逃生活。
慈禧西逃回到北京后，仍将光绪皇帝囚禁在瀛台，大权独揽。参照“西法”，整顿一切政事。更加顺从帝国主义的驱使和控制，使清朝政府进一步买办化。帝国主义加紧了对中国的经济掠夺，中国的民族危机进一步加重。反帝反封建的革命斗争也进入了一个新高潮，孙中山先生领导的资本阶级民主革命开始兴起。为抵制日益民展的革命运动，挽救自己的统治地位，慈禧光绪三十二年（1906），开始玩弄“预备立宪”的骗局，实行了一些不伦不类、欺世盗名的改良政策。但是，一场大的革命运动势不可挡。
在她生命将近终结之时，没忘记利用权力及时行乐。光绪二十九年（1903），慈禧心血来潮，提出乘火车去谒祭东西祖陵，当时没有从北京城通往东西陵的铁路，为了满足慈禧的要求，只得立即抢修，结果单是铁路铺修到东陵，就花了153万多两白银。她过73岁生日时，仅袁世凯就送她两套玄狐裘袍褂，一枝旗妆大梁头横簪，两枝伽楠香木中镶宝石珠风，还有一枝一人高的大珊瑚。盛宣怀则送了一批宋、元、明三朝1000两黄金，打造了9柄金光闪闪的大如意。
她请美国女画家卡尔进宫为她画像，还经常赌博、玩狗……她的脾气喜怒无常。有一次，一个太监陪她下棋，说了句“奴才杀老祖宗这匹马。”她立刻大怒道：“我杀你一家子！”叫人把这个太监拉出去，活活打死。
慈禧直到生命的最后一刻，也没有放弃权力。光绪皇帝死后，她立即醇亲王载丰的儿子溥仪为皇帝，定年号方“宣统”。当时溥仪年仅3岁，自然什么事也不懂，因此慈禧又一次发布懿旨：“小皇帝年纪还小，应当专心学习；所有军国政事，都按我的：训令施行。”第二天，74岁的叶赫那拉氏慈禧光绪三十四年（1908）十月三十三日，便死在了中海仪鸾殿。
慈禧的死，与傀儡皇帝光绪之死只一天之隔，两人之死便成为历史上一大公案。一个时期以来，认为慈禧毒死了光绪皇帝的说法颇为流行，演义小说也多敷衍此说。不过是猜测。据记载，光绪早在死前五六天就卧床不起，进入弥留状态。慈禧没再采取措施。慈禧的病是慢性的，只是腹泻和胃燥，并无必死之兆，她不会担心会死在光绪皇帝之前。从当时御医的诊断用药记录上可看得清楚。
慈禧死后，清政府对她实行厚葬。慈禧的棺材，木料取自云南深山老林，运费耗银数10万两。棺材用100匹高丽布缠裹衬垫，油漆达49次之多，抬棺的扛夫分十几班，每班128人。出殡那天，送葬队伍十几里，所过之处、凡有碍的建筑物，无论大小，一律拆除。从北京城到东陵，走了7天。从慈禧死时，到埋入地宫，折腾了近一年时间，耗白银达120多万两。
丰富珍贵，是世界是任何帝王都难以比拟的。叶赫那拉氏（慈禧）由微号加谥号统称“孝钦慈禧端佑康颐照豫庄城寿恭钦献崇熙配天光圣皇后。”
1928年，国民革命军第十二军（孙殿英部）借搞军事演习和清剿土匪之名，把队伍拉进东陵，炸开慈禧的地宫，毁坏了慈禧的尸体，盗走了珍宝。坟墓被破坏。
阿鲁特氏——穆载重宗淳皇后
阿鲁特氏，生于咸丰四年（1854），是户部尚崇绮之女。清朝的历代皇帝为了笼络汉族知识分子，凡状元、榜眼、探花这3个光宗耀祖的头衔，一向为汉人所得。这是顺治皇帝传下来的惯例，各朝皇帝心领神会，满朝文武也都心照不宣。
同治四年（1865）的殿试，打破了这个惯例，这就是旗人崇绮破天荒地夺了一甲一名的状元。阿鲁特—崇绮，原为蒙古正蓝旗人，少年时家道中落。关起门来读圣贤书。同治四年四月二十一日，小皇帝载淳在保和殿亲试会及第的一榜新贡生265人，崇绮也在其中。殿试考官共有8人／崇绮很快就完成了试卷。当时考试，试卷都是密封的。殿试结束，读卷大臣看到满意的文章，就在上面画一个圈。8个人都认为好的卷子上就有八个圈。录取分数线以得圈多少为序排定名次。第四天皇帝在养心殿“亲览”。同治皇帝那时才10岁，免不了是两宫皇太后做主，好在每本卷子上都画着圈，两宫拭于太后忽然发现，第一本竟是旗人崇绮，感到事情不好办，于是让以协办大学士瑞常为首的读卷大臣和军机大臣们把卷拿下去商量。这些人商议的结果是：“只论文字，何分旗汉”。两宫皇太后也就钤印钦定了。崇绮金榜题名，踌躇满志。崇绮家又真的中兴起来。
阿鲁特氏作为状元的女儿，自幼就受到了良好的家庭教育。这位名门闺秀饱读诗书，知书达理，温柔贤惠。未来的皇后，在成千上万个青少年“秀女”中筛选。其中有“秀女”们一轮又一轮的激烈竞争。经过多次慎重、认真的选择，到同治十一年（1872）初，合格的“秀女”只剩10个，其中有阿鲁特氏。两宫皇太后事先已决定，这年二月初二选出皇后。朝野内外议论纷纷，大部分认为户部侍郎崇绮的长女气度高华，德才俱胜，皇后非她莫属。
关于皇后的人选，两宫太后一直在私下酝酿着，决定在崇绮的女儿与凤秀的女儿之间选出一人。慈禧心中有鬼。原来她生在道光十五年，是乙未年，肖羊：而阿鲁特氏生于咸丰四年，是甲寅年，肖虎。如果属虎的人入选正位中宫，慈禧太后就变成了“羊落虎口”，这冲克非同小可。迷信意识浓厚的慈禧太后虽嘴上不便说出，但实际自然是要极力避免这种结局的出现。于是她极力推举凤秀的女儿，凤秀14岁的女儿富察氏美丽端庄，是皇后最合适的人选；而宗绮的长妇阿鲁特氏已19岁，比同治皇帝还大两岁，又不是满族人，因此不宜立为皇后。慈安太后的意思刚好与慈禧太后相反，她认为阿鲁特氏虽然比相貌不如富察氏，但“娶妻娶德，娶妾娶色”，立皇后以德行为最要紧，阿鲁特氏完全符合条件。虽说比皇帝大两岁，可懂的事就多，更能够照顾好皇帝，帮助皇帝读书。另外，选后虽讲命官八字，但只要跟皇帝相合就行。慈禧太后担心的“羊落虎口”，慈安太后本就没想到。此事议而未决，只有等选立皇后大典由皇帝定了。
到了二月二这一天，选立皇后大典的地点定在御花园的、钦安殿。内务府的官员早就把大殿布置得喜气洋洋、富丽堂皇了。两宫皇太后、皇帝在宝座上就坐，御案上放着一柄镶玉如意和几对红缎彩荷包。内务府大臣将入选的10名秀女带进殿来。行过大礼后，她们分成两排，依照父兄官职的大小分先后站立着。第一次算是复选，两宫皇太后商量，先从10人中选出4个。这4人将是一后、一妃、两嫔。结果第一轮挑出了副都统赛尚阿的小女儿阿鲁特氏、知府崇龄的女儿赫舍里氏、刑部员外郎凤秀的女儿富察氏和当时身为翰林院日讲志注宫侍官讲的崇绮的女儿阿鲁特氏。在第二轮开始前，关于皇后人选，两宫太后征求皇帝意见，他嗫嚅半晌，终于决定立阿鲁特氏为皇后。对此慈禧太后虽然很不满意，但毕竟已无法挽回。当时慈禧还受慈安制约，皇帝载淳又是自己的亲生儿子，由此埋下了很深的隐患。
按照清延祖传的方式，载淳亲自把镶着羊脂玉的如意递给阿鲁特氏。阿鲁特氏先蹲下身去请安，然后一手扶地，双膝跪下，她不慌不忙，娴熟地做完了这个礼节——接过玉如意，垂首谢恩。慈安太后把红缎绣花荷包赐与富察氏。
来到养心殿，即拟旨诏告天下皇后已选立。慈禧太后又定富察氏为慧妃，赛尚阿女儿阿鲁特氏及赫舍里氏均为嫔位。皇后身份尊贵，理应出在上三旗。为解决这样的难道，清代定下一种制度，可以将后族分改隶，原来是下五旗的，升到上三旗。崇绮家原是蒙古正蓝旗，照京城八旗驻防的区域来说，应该抬到上三旗的镶黄旗。崇绮一家沾女儿的光被抬为满州镶黄旗。崇绮本人蒙恩被封为三等承恩公，从五晶官连升三级，一下子成了二品高官。
八月十八日是“大征”之日。“大征”就是六礼中的“纳征”，即到皇后家下聘礼。慈禧太后亲定礼部尚书灵桂、侍郎徐桐为“大征礼”的正副使。聘礼由内务府负责准备，按康熙年间的规矩，是200两黄金，1万两白银；若干金银茶筒、银杯；1000匹贡级；另外是20匹配备了鞍辔的骏马。而那1万两银子，是户部银库的炉房中特铸的，20两一个的大宝，凸出龙凤花纹，精致别致。20匹骏马也要一色纯白，个头大小一样，配上蔟新的皮鞍，雪变的“铜活”，黄弦缰衬着马脖子下面一朵极大的红缨，色彩极其鲜明。为这20匹马驷院就报销了七八万两银子，还不算专门花了几个月的工夫调教的费用。
还有赐皇后祖父、父母、兄弟的金银衣物，也要随聘礼一起送去。送彩礼的队伍一路吹打到皇后私邸崇绮一家早已在门外恭迎。“大征”的礼节是隆重热烈。大征的仪物聘礼安排停当之后，皇后在宫女的随侍下方才出临大厅受诏。等仪物聘礼受完毕，崇绮又率领全家亲丁谢恩向禁宫所在的西北方向，行三跪九叩的大礼。接着匆匆赶到门外，跪送使臣。“大征”礼到此告成。
大征礼一过，就得准备大婚庆典了。大婚吉日定在同治十一年九月十五日。照满州的婚俗，发嫁妆须在进期的前一天。阿鲁特氏的妆奁多达360台，需连发4天，从九月九日重阳节这天起，皇后就开始向宫中送嫁妆。妆奁中真是应有应有，仅两广总督瑞麟与粤海关临督崇礼办来的紫檀木器，就有几十台。但有趣的是在这诸多桌案木器中，却独缺一张床。
床自然是有的，它早已被安置在坤宁宫东暖阁。这张床非同一般，是一个阁间。床东西柱房下置一张紫檀茶几，几上一对油灯，油中竟加蜂蜜，期望皇帝和皇后，好得“蜜里调油”似的。床上的帐子本来是黄缎的，为表示喜庆则换成红色的。
吉期虽选定九月十五日，仪典却从十三日半夜便已开始，太和殿前，陈设全部卤簿，丹陛大乐，先册封，后奉迎；十四日寅初时分（凌晨三点多钟），同治皇帝御驾太和殿，亲阅册宝。册封皇后的制敕，一篇精致堂皇的四六文，铸成金宝；缀于玉版，同内阁撰写、工部承制，仅此就花销了黄金1000多两。
“皇后之宝”（大印）亦用赤金所寿，四寸四分高，一寸二分见方，交龙纽、满汉文，由礼部承制，花销了银子100旧多两。册封的使臣仍是灵桂和徐桐，他们受命下殿后，跟在供奉“玉册金宝”的龙亭后面——龙亭自然是被人抬着，直趋后邸。
阿鲁特氏大门口由崇绮率领全家亲丁跪接，二门中由崇绮夫人率子妇女儿跪接。等在大厅上安放好了册宝，皇后方始出堂，先正中向北跪下，听徐桐宣读册文，灵桂把玉册递给左面的女官，她跪着接过来再转奉皇后。金宝也是这样一套授受的手续。册立大典，到此完成。册封的二位使臣即回宫复命。
大婚的仪礼，原是满汉参合，而“六礼”中最后一个环节，也是最重要的一步，就是“亲迎”。皇帝大婚不亲迎皇后，于礼有悖。但果真亲迎，当奉迎专使承旨奉迎皇后时，她们跪进朱笔，同皇帝在如意正中，朱笔大书一个“龙”字，然后将这柄如意放在凤舆中压轿，这便是“如朕亲临”之意，以此代替皇帝亲迎。
奉迎的仪节，当然以满洲的风俗为主。奉迎专使既使都是女眷，也要全部骑马。威风而又喜庆的马队仍由龙亭作为前导，一块来到后邸，崇绮带领全家仍有一番跪接仪式。等把凤舆在大堂安置好，十位神速晋命妇便到正屋谒见皇后，然后侍候皇后统妆，按照宫廷礼仪皇后头必须梳成双凤髻。皇后收拾停当，由众人服侍坐上风舆，凤舆在子初一刻（晚上十一点多钟）出后邸上路，皇后由大清门被抬入宫，到宫里时，当是十五日凌晨了。
一吃过午饭，文武百官，纷纷进宫，在太和殿前，按着品级排班；申初时分（下午三点多钟），同治皇帝临殿，先受百官朝贺，然后降旨遣发陈设在端门以内、午门以外的凤舆，奉迎皇后。奉迎的专使是两福晋、八命妇，两福晋是载淳皇帝的婶母，悼亲王奕综和恭亲王奕沂的福晋，八命妇原则上应是既结发、又有子孙的一品夫人。
皇宫中的礼仪是非常繁缛复杂的。皇后新娘子要跨过极旺的炭火盆，以示“红红火火”；跨过苹果马鞍，以示“平平安安”，这才能和皇帝拜堂。要拜天地、寿星，皇后还要单拜寿星。
然后皇帝皇后在东暖阁行坐帐礼，吃名为“子孙饽饽”的饺子。这馋子一下锅就得捞出来，呈给皇帝皇后，完全是生的，但不能说生，咬一口吐出来，藏在床褥下面，说是这样可以早生贵子，接着皇帝暂时到前殿休息，等候作为奉迎专使的福晋命妇为皇后头上。在满洲人说来，叫做“开脸”，用棉线绞尽脸上的汗毛，然后用煮熟的鸡蛋剥了壳，在脸上推过，立刻便现出了容光焕发的妇人颜色。等打扮好了，再吃宫里称做“团圆膳”的合卺宴。
到这里，帝后大婚盛典的全部仪礼始告完成。
不论大小官员以及吏役，凡跟“大婚”沾上边的，甚至不沾边的，都受到了封赏、得到了好处。在皇帝“大婚”的这一年，不管是刑部秋审，还是各省奏报的死刑重犯，一律停止勾决。这样一来，连被判死刑的罪犯，都沾上了皇恩。