接着便在“太史公曰”中感慨道：“召公奭可谓仁矣！甘棠且思之，况其人乎！”在这里，司马迁既对召公的爱人举动大加颂扬，道出了只有爱人者才能受到人民的敬爱的真理，说明他深得孔子“仁者爱人”之旨趣。又如《宋微子世家》云：“孔子称微子去之，箕子为之奴，比干谏而死，殷有三仁焉。”《集解》引何晏语：“仁者爱人。三者行异而同称仁者，何也？以其俱在忧乱宁民也。”“宁民”即“爱人”，所以便成为司马迁歌颂的对象。他在《孝文本纪》中说：
孔子言“必世然后仁，善人之治国百年，亦可以胜残去杀”，诚哉是言！
借用孔子所说的“仁”来歌颂汉文帝的政绩，正表明他自己的政治思想是以“爱人”为其根本的。他歌颂游侠，主要是因为游侠能脱人于厄；他为倡优立传，主要是因为倡优能以诙谐的谈吐感悟暴君以舒民之困；他为医者立传，主要是因为医者能为民祛除疾病。其着眼点都在于爱人。儒家的“仁者爱人”的观点在他的政治思想中占据着多么重要的位置！由爱人而导致德政，这是合乎逻辑的发展。汉初的思想家陆贾在《新语》中一再强调德政，他说：“德布则功兴，百姓以德附。”司马迁批判地继承了儒家和汉初思想家的进步思想，认真总结古今的经验教训，形成了自己的德政思想。
司马迁《史记》的字里行间，反映出他对严刑峻法的痛恶。他在《高祖本纪》中说：
周秦之间，可谓文敝矣，秦政不改，反酷刑法，岂不缪乎？故汉兴，承敝易变，使人不倦，得天统矣。
他在《酷吏列传》中指出：“自张汤死后，网密，多低严。官事寝以耗废。”他痛切地说：
法令者治之具，而非制治清浊之源也。昔天下之网尝密矣，然奸伪萌起，其权也，上下相遁，至于不振。
这与老子所说的“法令滋彰，盗贼多有”的思想是一脉相承的。司马迁的法制思想与道家的并不完全一致，他反对严刑酷法，不反对依法而治。他在《史记》中歌颂了法贵责上的思想，对先秦法家的“不别亲疏，不殊贵贱，一断于法”的法治原则十分赞赏，如《史记·秦本纪》载：
（商）鞅之初为秦施法，法不行，太子犯禁。鞅曰：“法之不行，自于贵戚。君必欲行法，先于太子。太子不可黥，黥其傅师。”于是法大用，秦人治。
司马迁是赞成守法的。他在《张释之冯唐列传》中，叙述：
法者天子所与天下公共也。今法如此而更重之，是法不信于民也。且方其时，上使立诛之则已。今既下廷尉，廷尉，天下之平也，一倾而天下用法皆为轻重，民安措其手足？
法如是足矣。且罪等，然以道顺为差，今盗宗庙器而族之，有如万分之一，假令愚民取长陵一杯土，陛下何以加其法乎？
法令，所以导民也。刑罚，所以禁奸也，文武不备，良民惧然身修者，官未曾乱也。奉旨循理，亦可以为治，何必威严哉？
此话反映了司马迁既反对严刑峻法，又主张依法而治的法制观，是其政治思想的主要内容之一。
司马迁既然提倡德政和依法而治，必然主张贤人政治。司马迁继承和发扬了先秦这一尚贤思想，对于贤人十分注意，他（《匈奴列传》）说：
尧虽贤，兴事业不成，得禹而九州守，且欲兴圣统，唯在择任将相哉！唯在择任将相哉！
贤人乎！贤人乎！非质有其内，恶能用之哉！甚矣！“安危在出令，存亡在所任”，诚哉是言也！（《楚元王世家》）司马迁对贤人的迫切呼唤。他在“究天人之际”的过程中，对人的价值和作用的认识逐步加深；在“通古今之变”的思考中，他把贤人和国家的强弱盛衰联系在一起。通过古今许多重用和排斥贤人的经验和教训，司马迁得出了结论：
国之将兴，必有祯祥，君子用而小人退。国之将亡，贤人隐，乱臣贵。（《楚元王世家》）司马迁对贤人政治的重视，对历史上的贤人特别推崇，他在《越王勾践世家》的“太史公曰”中说：
苗裔勾践，苦身焦思，终天强吴，北观兵中国，以尊周室，号称霸王。勾践可不谓贤哉！盖有禹之遗烈焉。
范蠡三迁皆有荣名，名重后世。臣主若此，欲毋显得乎？
战争是流血的政治。对战争的态度是司马迁政治思想中的一项主要内容有着较为深刻的认识。他（《律书》）说：
兵者，圣人所以讨强暴，平乱世，夷险阻，救危殆。
自含血戴角之喜见犯则校，而况于人怀好恶喜怒之气？
喜则爱心生，怒则毒螫加，惰性之理也。
从生物学角度出发，把战争说成是“情性之理”，这种认识虽然不尽科学，但却道出了战争不可避免这一客观事实。所以他认为到必要时，就该用兵，而不赞成“世儒”的侈谈“德化”，他在《律书》说：
岂与世儒音于大较，不权轻重，猥云德化，不当用兵，大王君辱失守，小乃侵犯削弱，遂执不移等哉？故教答不可度于家，刑罚不可捐于国，诛伐不可偃于天下，用之有巧拙，行之有逆顺耳。
司马迁所说的“用之有巧”，“行之有顺”的战争，系指正义战争，即他在《律书》中所举之例：
昔黄帝有涿鹿之战，以定火灾；颛项有共工之陈，以平水害；成汤有南巢之伐，以珍夏乱。递兴递废，胜者用事，所受于天也。
这些战争因符合天理，是圣人诛暴、平乱、救危之举，是正义战争，司马迁他在《律书》中说：
夏桀、殷纣手搏豺狼，足追四马，勇非微也；百战克胜，诸侯慑服，权非轻也。秦二世宿军无用之地，连兵于边陲，力非弱也；结怨匈奴，絓祸于越，势非寡也。
及其威尽势极，闾巷之人为敌国。咎生穷武之不知足，甘得之心不息也。
司马迁认为这些穷兵黩武、贪得无厌的战争都是非正义的战争，他是反对的。
歌颂黄老的“无为而治”，提倡儒家的德政，反对严刑峻法，赞赏依法而治，主张贤人政治，支持正义战争，反对非正义战争，都是一脉相承的，是构成司马迁政治思想的主要内容。
司马迁的哲学思想
司马迁哲学思想的朴素的辩证法思想，即“变”的观点。司马迁把物质生产和交换看成是不以人的意志为转移的必然发展趋势，他在《货殖列传》中说：
故待农而食之，虞而出之，工而成之，商而通之。
此宁有政教发徵期会哉？人各任其能，竭其力，以得所欲。故物贱之徵贵，贵之徵贱，各劝其业，乐其事，若水之趋下，日夜无休时，不召而自来，不求而民出之。
岂非道之所符，而自然之验邪？
“欲望动力说”有如此深刻的认识，确属不易。
《史记》中反映了反天道、反鬼神的朴素的唯物思想。
这种朴素的唯物思想，表现为对阴阳五行及神仙方士等种种邪说的批判。司马迁在《封禅书》里通篇记述了李少君、神君、文成、五利、公孙卿等一群骗子的无耻表演，对于汉武帝迷信神仙方士的种种愚蠢行为，进行了辛辣的讽刺。如，李少君自称通晓不死之术，但“居久之，李少君病死”。被汉武帝封为文成将军的少翁，“居岁余，其方益衰，神不至。乃为帛书以饭牛，详（佯）不知，言曰此牛腹中有奇，杀视得书，书言甚怪。天子识其手书，问其人，果是伪书，于是诛文成将军，隐之”。
这简直就是一篇方土现形记。司马迁“太史公曰”中说：
余从巡祭天地诸神名山刀而封禅焉。入寿宫侍祠神语，究观方士祠官之意，于是退而论次自古以来用事于鬼神者，具见其表里。后有君子，得以览焉。
《封禅书》是司马迁集中向鬼神迷信及方术之士宣战的一篇檄文。司马迁在《刺客列传》中说：“世言荆轲，其称太子丹之命，‘天雨粟，马生角’也，太过。”他不相信那些迷信的谣传。司马迁在《扁鹊仓公列传》中说：
“病有六不治……信巫不信医，六不治也。有此一者，则重难治也。”指出了巫术的害人。这些观点，在当时的历史条件下，都是十分宝贵的。司马迁朴素的唯物思想，表现在他对天道的怀疑和对天人感应论的批判。他在《伯夷列传》中说：
或曰：“天道无亲，常与善人。”若伯夷、叔齐，可谓善人者非邪？积仁洁行如此而饿死！且七十子之徒，什尼独荐颜渊为好学。然回也屡空，糟糠不厌，而卒蚤夭。天之报施善人，其何如哉？盗跖日杀不辜，肝人之内，暴戾恣睢，聚党数千人横行天下，竞以寿终。是遵何德哉？此其尤大彰明较著者也。若至近世，操行不轨，专犯忌讳，而终身逸乐富厚，累世不绝；或择地而蹈之，时然后出言，行不由往，非公正不发愤，而遇祸灾者，不可胜数也。余甚惑焉，傥所谓天道，是邪？非邪？
司马迁由伯夷、叔齐的遭遇联想到当时的社会现实，对“天道无亲，常与善人”的传统敬天观念提出了怀疑。
用生动的事实说明，历代用以麻醉慰藉人心的所谓“天道”，是靠不住的。司马迁在《伯夷列传》里只是怀疑天命的话，在其他篇里则是直接公开地表明了他反对天命的态度。司马迁在《蒙恬列传》里记述蒙恬临死前的一段话：
蒙恬喟然太息曰：“我何罪于天，无过而死乎？”
良久，徐曰：“恬罪固当死矣。起临洮属之辽东，城堑万余里，此其中不能无绝地脉哉？此乃恬之罪也。”乃吞药自杀。
蒙恬把自己的罪责归于“绝地脉”，因而有罪于天。
可见天命论对他的影响之深。司马迁却不同意蒙恬的看法，在传后的“太史公曰”说：
吾造北边，自直道归，行观蒙恬所为秦筑长城亭障，堑山堙谷，通直道，固轻百姓为矣。夫秦之初灭诸侯，天下之心未定，痍伤者未瘳，而恬为名将，不以此时强谏，振百姓之急，养老存孤，务修众庶之和，而阿意兴功，此其兄弟遇诛，不亦宜乎！何乃罪地脉哉？
在司马迁看来，蒙恬之罪根本不是“绝地脉”，与天命无关，而是因为他不考虑百姓的疾苦，一味地邀大兴土木之功。司马迁反对天命论的思想。司马迁在《天官书》中也提出了对天人感应的怀疑。他说：“幽厉以往，尚矣。所见天变，皆国殊窟穴，家占怪物，以合时应，其文图籍吉祥不法。”
司马迁和他的父亲像我国古代许多朴素的唯物主义哲学家一样，都认为天地万物的根源不是某种精神实体，也不是由上帝创造的，而是由于物质世界本身的原因。
司马迁在《乐书》中还这样写道：“凡音之起，由人心生也，人心之动，物使之然也。感于物而动，故形于声……乐者，音之所由生也，其本在人心感于物也。”这完全符合唯物论的反映论。看出司马迁的哲学思想是具有强烈的唯物主义倾向。
在《史记》中所反映十分丰富，是我国第一位在历史著作中写入经济问题的学者。司马迁在经济思想方面颇多建树。
一，强调人类对物质利益的依赖。司马迁在《货殖列传》中说：
夫神农以前，吾不知已。至若《诗》《书》所述虞夏以来，耳目欲极声色之好，口欲穷刍豢之味，身安逸乐，而心夸矜埶能之荣。使俗之渐民久矣，虽户说以眇论，终不能化。
司马迁对道德和物质利益的关系阐述得已十分清楚，在道德观念和物质财富之中，物质则是起决定作用的，它是道德观念产生的物质基础，而道德观念则是受物质利益制约的。
二，肯定人们追逐物质利益的进取精神。司马迁把追求物质利益看作是由人的天性所致。司马迁在《货殖列传》说：
壮士在军，攻城先登，陷阵却敌，斩将搴旗，前蒙矢石，不避汤火之难者，为重赏使也。其在闾巷少年，攻剽椎埋，劫人作奸，掘冢铸币，任侠并兼，借交报仇，篡逐幽隐，不避法禁，走死地如骛者，其实皆为财用耳。
今夫赵女郑姬，设形容，楔鸣琴，榆长袂，蹑利履，目挑心招，出不远千里，不择老少者，奔富厚也。游闲公子，饰冠剑，连车骑，亦为富贵客也。弋射渔猎，犯晨夜，冒霜雪，驰阝亢谷，不避猛兽之害，为得味也……医方诸食技术之人，焦神极能，为重糈也。吏士舞文弄法，刻章伪书，不避刀锯之铢者，没于赂遗也。农工商贾畜长，固求富益货也。此有知尽能索耳，终不余力而让财矣。
司马迁在《货殖列传》中，把人们追逐物质利益的遮羞布彻底撕开，肯定了人们奋发有为的进取精神。司马迁敢说实话，揭示了人们追求物质利益的实质与动因。
但他把剥削阶级惟利是图的本性说成是普遍的人性，显然是形而上学，并不足取。
三，赞同国家对经济活动采取不干涉政策。司马迁赞同汉初的“开关梁，弛山泽之禁”的开放政策。认为汉初之所以出现了“富商大贾周流天下，交易之物莫不通，得其所欲”的繁荣局面，是因为实行了开放政策。
司马迁在（《货殖列传》）中还把国家对经济活动的对策归纳为：
善者因之，其次利道之，其次教诲之，其次整齐之，最下者与之争。
“因之”是上策，“利道之”、“教诲之”、“整齐之”
是中策，“与之争”是下策。所谓“因之”，即依据经济发展的趋势，听其自然，采取不干涉的政策。他在《平准书》中叙述了“因之”政策：“民则人给家足，都鄙廪庾皆满，而府库余货财。”“与之争”的政策被司马迁视为“最下者”，这是针对汉武帝所实行的盐铁、平准等抑商政策而发的议论。至于“利道之”、“教诲之”、“整齐之”，都是指对经济活动给予一定的制约和干预。