顺治十八年（1661年）正月初八，顺治帝去世，时年八岁的玄烨继位，即康熙帝。遗诏索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四人为辅政大臣。四人之中，索尼年老多病，遏必隆性格庸懦，苏克萨哈出身正白旗，与两黄旗不睦，备受排挤，故而，鳌拜虽位居四辅政之末，但却得以擅权。经过十数年的宦海浮沉，一朝登上权力的顶峰，鳌拜开始变得骄横跋扈。他与内大臣费扬古素有间隙，费扬古之子倭赫不礼敬鳌拜。康熙三年（1664年）四月，鳌拜以擅骑御马，又用御弓射鹿之罪将倭赫论斩，牵连费扬古，并其子尼侃、萨哈连皆被处绞。费扬古家产被没收，给了鳌拜的弟弟穆里玛。
鳌拜辅政期间，停止了多尔衰时期对各地的加派，奖励垦荒，使经济得到恢复和发展。同时，对残存的反清分子如张煌言、李宝国、李来亨等都予以征剿，使除台湾以外的全国大部地区归于一统。他还竭力保留满族的旧制度、旧传统。这些措施有得有失，然此时鳌拜专权自恣，擅作威福，终于酿成清初的几件大案。康熙三年（1664年），精于历法的德国人汤若望在徐光启编制的《崇祯历书》的基础上编制了新法。新安卫官生杨光先，依附鳌拜，不讲求科学，捏词陷人，反对汤若望的西方科学和历法。在鳌拜的偏袒操纵下，以汤若望历法荒谬、中国蒙羞的罪名进行判决，准备处死汤若望。结果，除汤若望在孝庄文皇后的庇护下幸免一死外，其余有关参与编修历法的一批熟知天象、通晓历法的有识之士皆被处死，新法停止使用。新法废除后，杨光先出任钦天监监正，负责天文历法工作，因不符合当时天体的运行情况，康熙亲政后又改用比利时人南怀仁为钦天监监副，复用汤若望新历。
清初沿袭明制而设言官，以监察百官，议论政事。康熙四年（1665年），鳌拜多次责难言官为国家利益直言的少，营私为己的多。为了使自己的官位不受影响，鳌拜、索尼利用辅政之际，通过撤销内阁、翰林院恢复内三院等措施来削弱汉大臣在清政府的地位。康熙七年（1668年），言官熊赐履不满鳌拜的所作所为，屡次上书康熙皇帝：朝中内臣是外臣的表率，朝廷是国家之本原；国家的章程法度不待研究就加以变动，国家的体制就会受到损伤；一些急于立功和喜欢生事的人，从自己的利益出发，任意变更国家的章程和法度，这是只知争取眼前小利的自私行为。他建议康熙皇帝选用天下有才的汉宫在身边，接受汉官提出的意见。熊赐履所言激怒了鳌拜，认为是在弹劾他，因此，鳌拜以妄言之罪加害于熊赐履。由于康熙的极力阻止，熊赐履才得以幸免。
早在顺治初年，拥势的多尔衮为了自己的利益，将应圈给镶黄旗的保定等处的好地圈入正白旗下，而将贫瘠之地换给了镶黄旗。康熙五年（1666年），鳌拜为了进一步打击正白旗的势力，巩固自己的既得利益，故意更换土地，挑起事端。他以按原“八旗自有定序”的旧制为由，重新按次序把土地调换：将多尔衮所属的正白旗丰润的土地与鳌拜所属镶黄旗贫瘠的部分加以交换，互换土地不足可将民间土地圈给。旗地圈换事件打破了二十多年旗民相安已久的状况，使得原来肥沃的耕地长满野草，被圈占地区的百姓背井离乡。当时年轻的康熙皇帝虽不同意土地圈换一事，但也阻拦不住鳌拜的一意孤行。专差负责圈换土地的户部尚书苏纳海，提出反对意见，汉军镶白旗大臣、直隶山东河南总督朱昌祚、王登联看到旗、民交困的情况，超越自己的职责接连上奏，请求停止圈换旗地，但却被执掌大权的鳌拜、索尼等交刑部议罪。鳌拜假传圣旨，将三人处死，籍没家产，其他凡在调换土地中持反对态度的大臣，或降职，或罚俸，或交刑部议罪。
康熙六年（1667年）正月，康熙玄烨十四岁，辅政大臣索尼上书，奏请亲政。六月，索尼病故，位居辅政四大臣之末的鳌拜地位跃升，班行章奏皆首列。七月，康熙亲政，辅政大臣“仍行住理”。此时，另一位辅助大臣苏克萨哈虽与鳌拜有姻亲关系，但两人感情不和，矛盾日增。为免受鳌拜的控制，在康熙亲政后，苏克萨哈奏请解除辅臣之任，“往守先帝陵寝，如线余息，得以生全，则臣仰报皇上豢育之微忱，亦可以稍尽矣”。为保辅政之职，鳌拜串通大学士班布尔善、吏部尚书阿思哈等一群党羽，诬陷苏克萨哈“不仰体遗诏，以尽忠诚，怀抱奸诈，存蓄异心，欺藐主上”等二十四条罪名，提出将苏克萨哈及其子孙处死。康熙未允。鳌拜为铲除政敌，竟然在康熙面前攘臂强争数日，终遂己愿。
康熙七年（1668年），康熙帝又加升鳌拜、遏必隆太师，使鳌拜的权势达到顶峰。在这期间，鳌拜利用职权，任人唯亲，广植党羽，排除异己，贪污受贿。其弟穆里玛，大学士班布尔善，吏部尚书阿思哈，侍郎泰必图，兵部尚书噶褚哈，工部尚书济世等，遍布朝廷各要害部门，皆是鳌拜的心腹。朝廷大事都在家里讨论决定，然后施行。
三
鳌拜专擅朝政，嚣张跋扈，与时虽年轻，但却极欲励精图治，一展自己雄才大略的亲政皇帝康熙产生了尖锐的矛盾。鳌拜常在皇帝面前对部院大臣大喊大叫，甚至“攘臂上前，强奏累日”，且“凡用人行政，鳌拜欺朕无权，恣意妄为”，种种行径，使得康熙深感鳌拜的恣妄与威胁，决意除之。他深知鳌拜党羽遍布朝廷内外，因此不露声色，欲擒故纵，常以下棋为名，召索尼的儿子吏部右侍郎索额图及近臣内务府总管、刑部尚书明珠，谋划擒拿鳌拜之计。同时，康熙皇帝还从侍卫中选取一批身强力壮的少年侍卫，以练习布库（即摔跤）的名义侍卫在身边。康熙常与他们练习，鳌拜上朝也不回避，使鳌拜误认为皇帝弱而好弄，不以为然，故进出宫禁也不加戒备。康熙八年（1669年），鳌拜常托病在家。一日，康熙亲往鳌拜家探视。骄横成性的鳌拜，态度傲慢。康熙镇定自若，在其床前坐下。这时，御前侍卫从鳌拜的床席下发现了一把寒光闪闪的刀子。鳌拜怕得弑君之罪，非常慌张。而康熙为不打草惊蛇，神色不变，笑着说：“刀不离身乃满洲故俗，不足异也。”不久，康熙召鳌拜入宫，鳌拜同往日一样无所戒备，而康熙帝却早已严密布置，将善于布库的侍卫埋伏起来。鳌拜入宫后，康熙一声令下，数十少年布库者突起，将鳌拜擒下，关入大牢。康熙八年五月，康熙命文武大臣进行勘问，列举鳌拜三十条大罪：“鳌拜等倚仗凶恶，弃毁国典……贪聚贿赂，奸党日甚。上违君父重托，下则残害生民，种种恶迹，难以枚举。”这三十款罪状经康熙亲自鞠讯，逐一落实。朝廷大臣议决：将鳌拜革职立斩，其亲子兄弟亦应斩；妻并孙为奴，家产籍没；其族人有官职及在护军者，均应革退，各鞭一百，披甲当差。康熙念其是顾命辅臣，多年来为太宗、世祖效力，战功颇著，不忍加诛，最后将其革职籍没，同其子纳穆福终身拘禁。而鳌拜的主要死党一律处死刑。不久，鳌拜在狱中死去，其于获得释放。
康熙五十二年（1713年），康熙皇帝念起鳌拜过去的战功，追赠一等男的世袭爵位，子孙世袭。雍正时期恢复一等公世袭，加封“超武”。
鳌拜出身将门，青年时就驰骋疆场，在太宗、世祖两朝立下无数战功，对完成全国统一，巩固清朝统治贡献巨大，在顺治即位斗争中起了重要作用。辅政初期亦有所建树，但后期擅权自恣，滥施威福，贪污结党，终至晚节不保，遭世人唾弃。