近代医学一个重要的里程碑，就是对微生物与疾病之间关系的了解。知道微生物是许多疾病的元凶后，科学家们便着手研究各种杀菌和抗菌的方法，以避免或治疗微生物感染的问题。其实，每一个人的身上都有千千万万个微生物，但你不必担心害怕，因为许多微生物对人是很友好的，一旦离开它们，人还会有生命危险呢！
人自出生、发育、成熟，直到生命的最后一刻，无不与微生物休戚相关。从我们出生的那一刻，各种微生物就借着食物和空气不断地进入人体任何一个与外界相通的管道。不少微生物因而成了人体的常住“居民”，它们分布在人体的各个部位。比如，人体的肠道内至少有100～500种微生物，每克大便中大约有1000亿个微生物。
人体微生物中的大多数不但对人体无害而且还是人体的好朋友。有的微生物能在皮肤或粘膜表面形成一层菌膜屏障，防止外来致病菌的入侵，并能产生一些抗菌物质，抑制甚至杀死入侵的致病菌；有的微生物能产生一些人类需要的营养物质；有的能帮助蛋白质、脂类和胆固醇的代谢；有的还能防止体内致癌物质的产生，起到防癌作用，还有重要的是正常微生物能够增强人体免疫力。
人的皮肤是多种微生物的栖息地。链球菌、大肠杆菌和霉菌等，经常在那里活动。万一皮肤受到损伤，致病菌会侵入伤口，引起化脓感染。打针时之所以要用酒精消毒皮肤，就是为了防止皮肤上的微生物随着注射器的针眼进入人体。人的疱疹病毒可以长期生活在口唇周围的皮肤上，不过在一般情况下它们不会致病，只有当人的抵抗力下降时才引起疱疹病。
龋齿是少年儿童中最常见的一种牙病。现在科学家已经在龋齿病人的口腔中找到了罪魁祸首——一种叫变形链球菌的微生物。医生在给龋齿病人治病时，总是试图将这种链球菌清除掉。其实，变形链球菌本来就是人体口腔内的常住“居民”，是很难彻底清除的。我们只要养成饭后漱口、睡前刷牙的卫生习惯，减少口腔中变形链球菌的数量，使它们恢复正常数量，这种链球菌便能和人体相安无事了。
呼吸道是人体内部直接与外界相通的地方，那里也是微生物活动的舞台。在这些微生物中，有些是常住“居民”，有些是匆匆来去的“过路客”。其中，有些成员会引起肺炎、肺结核、白喉和流行性感冒等疾病，但绝大多数微生物有阻止外来微生物侵入的作用。人体已成为许多微生物安居乐业的场所，这些微生物也成了人体的终生伴侣。但是，微生物和人体并不总是友好相处的，特别是一些致病菌遇到适宜的时机，如人体服用的抗菌素过多、皮肤破裂、人体过度疲劳等，就会兴风作浪，使人得病。至今，大部分的人体微生物对我们仍然是一个谜。这是因为人体中的微生物很难研究，大约只有1％的细菌可以在实验环境中存活。