在赫鲁晓夫同意将苏联导弹撤出古巴后，莫斯科马上将他的让步当作胜利大加渲染。10月30日的《真理报》吹嘘说，苏联政府的“冷静与智慧”拯救了整个世界，消除了一场“核灾难”。在12月12日对最高苏维埃所作的一次热情洋溢的长篇讲话中，赫鲁晓夫对自己的胜利也进行了吹捧。事实证明，我们还是可以“阻止侵略”，并“处理威胁要进行全面热核战争这类危机”的。美国“在整个世界面前”保证将不对古巴发起攻击。苏联以及“热爱和平的社会主义的力量”“带来了和平”［长时间的鼓掌］。“道义赢得了胜利”，“和平与世界安全的事业赢得了胜利”［雷鸣般的掌声］。
菲奥多·布尔拉特斯基（Fyodor Burlatsky）帮助起草了赫鲁晓夫的发言稿，并现场聆听了他的发言。“他的脸上真的因为兴奋而放光。这不是一张正经受良心谴责、有着负罪感的人的脸。……不，这时他的脸上分明写着他拯救了整个世界。”布尔拉特斯基还回忆了赫鲁晓夫口述但后来又删除的一部分内容，这部分内容对中国的指责进行了批驳，中国指责苏联的古巴政策是伴随着“投降主义”而来的“冒险主义”。布尔拉特斯基说：“很显然，他们的指责触到了他的痛处。他感到愤怒，受到了侮辱。”
如果赫鲁晓夫在口述讲话稿时如此愤怒，那他发言时真的会如此兴奋吗？虽然英国大使弗兰克·罗伯茨爵士11月12日发现他看上去“心神疲惫，心事重重”，但赫鲁晓夫却像“充了电的电池”一样马上“又恢复了平常的饱满状态”。不过，在长时间热烈交谈的结尾，赫鲁晓夫咕哝说：“双方都还有一些白痴不能理解在古巴问题上所作的妥协。”在11月23日的中央委员会全体会议上，他为自己的辩护更加生动：“［在古巴问题上］我们没有必要像那位在聚会上放屁，然后开枪自杀的沙皇军官那样。”中国人为古巴所做的只是让他们在哈瓦那的外交人员流血牺牲——赫鲁晓夫宣称：“这是一种多么具有煽动性但廉价的援助啊！”——而苏联的“防空火炮两次开火，击落了一架美国U-2飞机。这是多么重要的一击！从而我们得到了美国人不会入侵古巴的保证。这太棒了！”后来在12月3日的主席团会议上，他指责卡斯特罗迫使他太早做出了让步：“菲德尔·卡斯特罗公开建议我们使用核武器，但是现在他却后退了，事后又对我们说三道四。”此外，负责计划“阿纳德尔”行动的伊万诺夫上将被解职，主席团下令对危机中军事情报部门的作用进行调查。
在多布里宁看来，苏联领导层认为古巴危机的结局是“对其威望给予的类似羞辱性的打击”。赫鲁晓夫也有这种看法，他的克里姆林宫同事德米契夫回忆说：“他想显示自己的勇敢，但是我们可以通过他的表现，特别是他的愤怒，看出他感觉到了这是一场失败。”
问题并不仅仅是赫鲁晓夫做出让步，而是其后所发生的事情。肯尼迪坚持保守土耳其导弹交换条件这一秘密，这意味着赫鲁晓夫不能从美国方面得到与他自己相称的让步。肯尼迪也从来没有正式将不入侵古巴的承诺落实到书面上，美国人的借口是卡斯特罗拒绝接受现场视察。[1]此外，美国人坚持要求将陈旧的伊尔-28轰炸机与苏联导弹一起撤出古巴。在赫鲁晓夫和卡斯特罗看来，这是美国人在最后时刻提高的赌注，事实也是如此，但这是赫鲁晓夫必须付出的代价，因为他拒绝将导弹称为导弹，在危机中称它们是“那些你们所认为的进攻性武器”。与此同时在哈瓦那，卡斯特罗大发雷霆：“畜生……婊子养的……卑鄙的家伙……没屁眼的东西。同性恋患者。”这就是卡斯特罗10月28日私下里对那位拯救了世界的苏联领导人的看法。[2]
赫鲁晓夫在10月28日发给卡斯特罗的简短电报中指责古巴人击落了美国的U-2飞机，不过，他的电报并没有使哈瓦那真正平息下来。两天后，苏联又发来了一封更长的信，但同样没有收到效果。古巴人指责赫鲁晓夫没有与他们进行协商，对此他反击说这不是事实，他在考虑卡斯特罗10月26-27日晚间发来的电报时曾与他们进行过磋商。[3]但是菲德尔对此并不买账。他否认苏联人曾与他进行过协商，他还建议首先发起核攻击。他还提出了解决问题的五个前提条件（包括美国人停止经济封锁、颠覆古巴政权以及所有的越界飞行与海军侵入领海的行动，还有美国人撤离关塔那摩湾），这远远超出了赫鲁晓夫所能同意的范围。[4]
让赫鲁晓夫感到特别痛苦的是中国与古巴一起对他加以抨击。虽然在意识形态与地缘政治上，中国更为重要，但赫鲁晓夫实际上却把它看成不可救药的对手，认为卡斯特罗是革命的守卫者，甚至在某种程度上是他的继子。然而，现在这个“儿子”却认为他是“叛徒”（谢尔盖·赫鲁晓夫的说法），由于赫鲁晓夫与他自己的父亲和长子的关系并不好，这种结果是他难以接受的。在谢尔盖看来，卡斯特罗的拒绝“使父亲伤透了心”。
赫鲁晓夫决定向哈瓦那派出一位特别使者。米高扬显然是最合适的人选，但是与他共同生活了40年的妻子正生命垂危。虽然接受的教育是将事业看得高于家庭，但米高扬还是很犹豫。赫鲁晓夫坚持认为米高扬的妻子已经无药可救，而哈瓦那则十分需要他。“阿纳斯塔斯，”赫鲁晓夫说：“如果出现最坏的情况，我们会负责料理一切的，你不用担心。”
古巴人对米高扬的到来反应很冷淡，在机场以及11月3日会谈开始时都是如此。在谈判还没有取得什么进展时，米高扬夫人就去世了。赫鲁晓夫发来电报，询问米高扬是否回去参加葬礼。他选择留下来，只是派陪同他一起来哈瓦那的儿子谢尔哥回国。[5]这一非同寻常的举动深深打动了卡斯特罗，因此在一段时间里会谈要比预期的进展顺利，但是这对赫鲁晓夫却产生了不同的影响。根据谢尔哥·米高扬的说法，赫鲁晓夫本来是答应参加葬礼的。当他没有在灵堂出现时，米高扬家人就过去问尼娜·彼得罗夫娜。她要求推迟向墓地送葬的时间，但她丈夫还是没有出现在墓地上。当赫鲁晓夫再次见到谢尔哥时，他说他不喜欢葬礼。“毕竟，”他冷冷地说：“这不同于参加婚礼，对吧？”
不管赫鲁晓夫出于什么原因，特罗亚诺夫斯基回忆说，这件事还是“让人觉得很不是滋味”。当阿纳斯塔斯·米高扬回到莫斯科时，赫鲁晓夫对他在古巴谈判中的表现予以了赞扬。“只有像他那样具有坚韧的意志的人才能取得成功，”赫鲁晓夫告诉谢尔哥说：“如果换成我，我肯定用不了多长时间就会（在卡斯特罗面前）摔上门，飞回国。”但是赫鲁晓夫后来告诉卡斯特罗说：“我最不信任［米高扬］。他是一只狡猾的狐狸，你不可能指望他。在1953年我们逮捕贝利亚的时候，还有1957年肃清‘反党集团’时，我最担心的就是米高扬的立场。”对于赫鲁晓夫没有去送别他的妻子，米高扬从来没有责怪过他，但他也从来没有原谅过他。
米高扬在古巴前后一共逗留了22天。在此期间，他忍受了菲德尔几次长篇大论的演讲，有几天他呆在哈瓦那无事可做，因为卡斯特罗声称有病在身，在布尔什维克革命纪念宴会上，苏联军人没有向卡斯特罗祝酒，而古巴军事情报机构的负责人却向斯大林祝酒。这使得赫鲁晓夫异常愤怒，他下令米高扬对所有出席宴会的苏联军官进行讯问，并考虑中止对古巴的所有援助。“要么他们采取合作的态度，”赫鲁晓夫在11月16日的主席团会议上说：“要么我们将召回我们的人员。”说服卡斯特罗同意撤出伊尔-28轰炸机用了16天的时间，但是他从来没有接受联合国的检查，因此美国飞机只好在装载着导弹的苏联舰船上空进行侦察。在所有的细节问题都与苏联谈妥前，华盛顿拒绝与哈瓦那进行直接的对话，这进一步加剧了卡斯特罗的愤怒。
美国人也没有什么可以感到幸灾乐祸的。肯尼迪小心地不在公开场合宣布取得了胜利，有不少人，特别是军方，认为未能根除古巴的共产主义是一种失败。但是媒体对美国总统的谨慎作了弥补（例如，在CBS长达两小时的特别新闻节目中，将古巴导弹危机的结局称为是“苏联政策令人蒙羞的失败”），肯尼迪和他的手下在“私下”交谈中则显得更为自信，由于白宫没有对此采取保密措施，他们的这种言论不可避免地泄露给了新闻界。在与朋友进行的类似的讨论中，肯尼迪提到了卡斯特罗10月28日得出的对赫鲁晓夫的分析。“我断了他的命根子。”美国总统说。[6]
赫鲁晓夫执政的最后两年并非都是处于这种绝望之中。在他的古巴冒险失败后，他试图解决他以前未能解决的其他国际问题，但是缺乏积极的动力，他原本指望在古巴的胜利可以为他提供这种动力。他的外交政策在1963年夏取得了一些成功，但是他的精力与想象力在很大程度上已经消失了。赫鲁晓夫终于意识到恫吓与讹诈是不会为他带来成功的，但这是他的主要武器。没有了这些武器，他也就迷失了自己。
国内问题也需要采取措施。将共产党组织一分为二是赫鲁晓夫为了刺激苏联农业发展所进行的最为激进的尝试，但是这一举措非但没有增加收成，反而激怒了党的官员。在农业方面的失败比其他任何问题都让赫鲁晓夫感到困惑、焦虑与愤怒，不过，他仍想寻找各种可能的解决办法，同时将责任推到其他人身上。
1962年10月，文化领域内一场反对斯大林的运动似乎正处于酝酿当中。面对这一形势，赫鲁晓夫再次采取了退让的态度，将他的怒火发泄到了自由主义作家与艺术家身上，在此过程中，他自己也受到了伤害。他与知识分子的公开会面从来都是十分紧张而尴尬的，现在这种会面更是变成了无休止的争吵。在1962年至1963年冬天与春天的三次见面中，赫鲁晓夫的情绪几乎都到了无法控制的地步。后来在恢复了平静后，他对特瓦尔多夫斯基和其他自由主义知识分子做出了新的姿态，但是他从来没有完全接纳他们。因此，自由主义知识分子开始对他的失败采取幸灾乐祸的态度。
赫鲁晓夫改革的冲动并没有消失。1961年在主席团成员尼古拉·谢夫尼克（Shvernik）的倡导下成立了又一个对斯大林的罪行进行调查的委员会，委员会于1963年2月向党的领导集体作了汇报，但是它所得出的严厉结论（其中包括30年代末期受到清洗的所有领导人都是无辜的）并没有导致采取进一步的行动。赫鲁晓夫对新的经济改革措施很是着迷，并准备对苏联的社会体制进行新的调整，这在某种程度上和后来戈尔巴乔夫作采取的改革相似，但是他的这些计划同样也不是很顺畅。由于几乎所有人都不同意他的计划，赫鲁晓夫在莫斯科呆的时间越来越少，不是跑到下面的各个省份，就是到国外去，因为在国外他还能体验到受人仰慕的美好感觉。然而，他的出访也没有取得什么结果，有时还增加了新的烦恼。例如，1964年他对埃及的访问。
到1962年，赫鲁晓夫最具影响力的同事都成了他自己的人，不是已经被他提拔至高位的长期在他身边工作的下属，就是1957年聚拢到他周围的门徒。然而，随着他的痛苦与日俱增，赫鲁晓夫越来越依赖于由亲密的助手与顾问组成的核心圈子，避免和他的同事们见面，在不通报他们的情况下采取行动，并在公开和私下场合对他们严加指责。
赫鲁晓夫试图通过古巴危机的解决实现与美国就广泛的问题进行会谈。他在10月27日、28日和30日给肯尼迪的信中提议双方就禁止核试验条约、取消军事基地，甚至“全面彻底的裁军”进行谈判。他突然向美国总统保证说，“德国问题”实际上已经解决。赫鲁晓夫敦促尽快举行首脑会晤。他在10月30日信件的附加说明中敦促肯尼迪“从我所列举的问题中挑选出时机已经成熟的”，双方“进行会谈，可以是在联合国，也可以在特别安排的会谈地点”。就在双方快要达成一致后的两天，古巴导弹危机得到完全解决前的几个星期，赫鲁晓夫终于做好了准备，准备接受肯尼迪在维也纳首脑会晤上提出的条件，而不是赫鲁晓夫自己提出的解决方案。在特罗亚诺夫斯基看来，赫鲁晓夫对于肯尼迪总统“意志与智慧”的疑惑此时已经“完全消失了”。赫鲁晓夫此时已经不想“威逼”他，而是想努力说服他。[7]