东晋大司马桓温，位极人臣，恃宠而骄，渐渐地不甘心只做一个臣子了。
一次，他闲来无事，抚摸着枕头，感叹道：“男子汉如果不能流芳百世，让人称颂，那遗臭万年，遭人唾骂，也未尝不可！”当时有一个叫杜炅的方士，能掐会算，可以预知人的未来。桓温请他预测自己的仕途如何，杜炅说：“当今之世，您的功勋无人能及，一定可以达到一人之下万人之上。”桓温听后并没有很高兴。
桓温本想先在河朔建立战功，赢得人心，扩大声望，以便回来后朝廷封给自己最高礼遇——加九锡。没想到兵败枋头，他的声望大减，失去很多的拥护者。后来攻克寿春，桓温洋洋得意，对参军郗超说：“这回总算能抵消枋头战败的耻辱了吧？”郗超说：“恐怕不能。”
某一天，郗超在桓温处留宿，等夜深人静时，对桓温说：“明公虽已位高权重，但没有别的打算吗？”桓温说：“你有什么话就直说吧。”郗超说：“明公肩负平定天下的重任，如今已是六十高龄，本应德高望重了，却在北伐中兵败枋头，以致威望大减，如果不建立非常的功勋，恐怕难以收回人心！”桓温说：“那我该怎么做？”郗超说：“明公不像商朝的伊尹放逐幼主太甲、西汉霍光废黜昌邑王那样，是难以建立大的威势与权力，震慑四海的。” 郗超所言，正合桓温心意。桓温当下就和他商量对策。当时的皇帝海西公谨小慎微，没有什么把柄可抓。桓温非常奸诈，便想出用后宫私密诋损他的办法。于是造谣：“皇上身患奇病，不能生子，宠臣相龙、计好、朱灵宝等，霍乱宫闱，与田氏、孟氏两位美人珠胎暗结，生下三子，还想将他们中的一个封为太子，使江山易主。”这些话很快在民间散开，当时的人们真假难辨。
十一月，初九，桓温已经开始积极准备，从广陵返回姑孰，驻扎在白石。
十三日，桓温抵达建康，觐见褚太后。桓温想委婉劝谏褚太后，请她废黜司马奕，立丞相会稽王司马昱为太子，连呈给褚太后的诏令他都准备好了。太后信奉佛教，当时，正在佛室烧香，内侍禀报说：“紧急奏章请您批阅。”褚太后从佛室出来，倚门而立，奏章看了几行字就说：“我也已经猜到会有这样的事情！”看了一半，看不下去了，吩咐内侍拿来笔，添上上了这样的话：“我遭遇这样的忧患，也很痛心，想到先帝和幼主，十分难过！”
十五日，百官在朝堂举行废立大礼。但是废立皇帝在本朝还是第一次，所以没有人知道该遵循什么典礼规则，百官们都惊慌恐惧，不知所措。桓温也没有准备，神色紧张。正在不知如何是好时，尚书左仆射王彪之还非常镇静，他看到事已至此，不能半途而废，建议桓温说：“废立皇帝，前代已有成规，您不妨效法前代。”于是命人取来《汉书·霍光传》，按照当时的礼节仪制决定了程序。王彪之身穿朝服，立于朝堂之上，宣布文武仪规典则，只见他从容镇定，毫无惧色，朝廷百官由此对他心生敬意。随后宣布了太后的诏令，废帝司马奕被贬为东海王，立丞相、录尚书事、会稽王司马昱为新一任君主。接着百官进入太极前殿，桓温命人收回了废帝的印玺绶带。司马奕头戴白色便帽，身穿朝臣盛装，从西堂走出，乘着牛车出了宫门，群臣伏地叩首拜别，都啜泣到不能言语。由侍御史、殿中监带领一百多名卫兵护卫着，司马奕移居东海王的宅第。
那边废帝出宫，这边桓温率领百官，准备好迎接新皇帝的车乘，风风光光的前往会稽王的官邸，去迎接会稽王司马昱了。会稽王头戴平顶头巾，穿着单衣，面向东方，流涕叩拜，接受了印玺绶带，在朝堂换上了天子的服装。就在这天，会稽王司马昱成了新一任皇帝，就是简文帝，将年号改为咸安。
桓温暂住在中堂，分派兵力保卫禁宫安全。桓温腿脚不方便，简文帝就特许他可以乘车觐见。见简文帝前，桓温已准备好奏章，陈述他为何要黜废司马奕。可是简文帝一见到他，就流下了眼泪，桓温惶恐不安，始终没能说话。
太宰武陵王司马晞，喜好习武练兵。桓温对他有所顾忌，担心他有一天会威胁到自己，于是想废黜他，桓温找王彪之商量此事。王彪之却说：“武陵王是王室中人，而且很有威望，并没有犯大的过错，因为猜忌而随便废黜，不会有人信服。您想要一位贤明的君主，应当像商朝的伊尹、周朝的周公那样尽心竭力辅佐王室。这件事关系重大，还是应该慎重考虑一下！”桓温此时非常坚决：“我意已决，你不必再劝我了！”
二十一日，桓温便采取了行动，上表章弹劾武陵王说：“司马晞收纳了一批轻浮好战之徒，他的儿子司马综也狂妄自大，生性残忍。袁真叛逆的事情牵连到他，近日，他疑心很重，担心朝廷会治他的罪，也许会因此发动叛乱。臣请罢黜司马晞在朝廷的官职，让他回到他的封地做他的藩王。”这封奏章获得批准，就连司马晞的世子司马综、梁王司马等人的官职也被免除了。桓温也把守卫皇宫安全的责任，交给了魏郡太守毛安之。
十六日，褚太后被尊奉为崇德太后。
起先，殷浩去世时，大司马桓温曾派人送信吊唁他。可是殷浩的儿子殷涓既没有回信致谢，后来也没有去拜访桓温，反而与武陵王司马晞游玩。庾希的弟弟广州刺史庚庾蕴，也一直和桓温不和。殷涓、庾蕴宗族势力强大，桓温觉得他们将来会成为他的祸害，想要除掉他们。
十七日，桓温派他的弟弟桓秘逼迫新蔡王司马晃到简文帝面前自首认罪，并污蔑司马晞及他的儿子司马综、著作郎殷涓、太宰长史庾倩、掾曹秀、舍人刘强、散骑常侍庾柔等密谋篡权。简文帝听后，泪流满面。桓温便下令把他们全都逮捕，送交廷尉。庾倩、庾柔，都是庾蕴的弟弟。
二十日，御史中丞谯王司马恬要求顺应桓温的意思，依据律法，惩办司马晞等人。简文帝下诏说：“他们都是王室贵族，听到要处决他们我都要悲痛惋惜，惊恐不安，何况是让我下令斩杀呢！这件事要从长计议！”
二十一日，桓温再一次上表，请求杀掉司马晞，言辞激烈，态度恳切。面对桓温的咄咄逼人，简文帝亲手写下诏令回复桓温说：“如果你觉得晋王朝还能千秋万代，就执行以前的诏令，不必再请示了；如果你觉得晋王朝气数已尽，我愿让位给更贤能的人。”桓温看后，诚惶诚恐，大惊失色，于是不敢再坚持杀掉司马晞，而是奏请黜废他及他的三个儿子，将其家人迁到新安郡。
二十二日，新蔡王司马晃被贬为庶人，迁到衡阳。殷涓、庾倩、曹秀、刘强、庾柔则被满门抄斩，庾蕴服毒自尽。庾蕴的侄媳妇，是桓温三弟桓豁的女儿，得以逃过此劫。庾希听闻殷、庾两个家族遭受灭顶之灾，带领弟弟会稽参军庾邈及儿子庾攸之逃到海陵的湖泽去了。
桓温消灭了殷、庾两大宗族，势力急剧膨胀。侍中谢安看见桓温，还在很远的地方呢，就开始行礼。桓温很吃惊，问道：“谢安，何以至此啊？”谢安说：“君主都叩拜了，臣下才拱手还礼，那不是很失礼。”
二十四日，东晋下诏大赦天下，文武官员都增加二等品位。
二十五日，桓温退出京师，停驻白石，并上书请求返回姑孰。
二十六日，简文帝下达诏令，将桓温升为丞相，并且继续兼任大司马，留任京师辅佐朝政。桓温坚持请辞，要求回到自己据守的姑孰。
二十七日，桓温从白石回到姑孰。
桓温废立皇帝的事情传到前秦，前秦王苻坚听说后，对群臣嘲笑说：“桓温接连战败，不能自我反省向百姓谢罪，反而废黜君主转移世人的视线，达到自我解脱的目的。都六十岁的人了，还做出这样的事情，在天下人面前要如何子处？民间谚语说：‘要向妻子发脾气，就给她的父亲难堪。’大概是在说桓温吧。”