不确定性似乎是世界的一种本性。它是自己从具体科学理论的土壤中生长起来而不是哲学家为了把握发展硬塞到逻辑中去的。它和逻辑结构融为一体。在逻辑结构十分严密的具体科学理论中，我们处处看到不确定性概念和逻辑推理相洽，它不会如悖论那样损害逻辑思维。但是，归纳不等于证明，原因有二：第一，至今为止，不确定性在科学理论中是以各种不同的具体形态出现的，在量子力学中它是指空间位置、动量、能量等物理量的不确定性。在熵、信息等领域中是指系统的混乱度。而在逻辑思维结构中是否也必然有相应的特殊的不确定性呢？如果有，它又会不会破坏逻辑推理呢？第二，并不是每一个具有普遍性的科学概念都能上升为哲学概念的，哲学概念还必须具有认识论意义。
1931年，奥地利数学家哥德尔证明了一个震撼数学界的定理。这就是哥德尔不完备性定理。这个定理的大致内容是：如果一个复杂的逻辑体系中任何一个命题非真即假，都可以用逻辑推理加以判定，或者用数学语言讲，这个理论体系是完备的，那么这个理论体系就不可能是无矛盾的。如果我们要求这个理论体系是无矛盾的（数学上称为一致性），那么它就不可能是完备的，其中必定存在着非真非假的不可判定的问题。
哥德尔定理犹如一个晴天霹雳，它证明，对于那些整体复杂的逻辑体系的无矛盾性和绝对确定性（完备性）是不能同时成立的！这一定理的出发点正是这样一种思想：逻辑体系自身的构架中存在着证明过程和证明结果互为前提互为因果的循环圈。正如理发师不能断言一切人都可以遵循他提出的原则来刮脸一样，只要我们排除了悖论，我们必定要限制逻辑体系的完备性，不可判定问题一定会出现。任何一个无矛盾的逻辑体系内部总有一些部分不能被逻辑推理之光所照射，这就是互为因果结构自身阴影所笼罩的部分！
光明来自照射，而阴影同样也来自照射！哥德尔定理证明过程十分严格，无懈可击。数学家痛苦地接受了它。为了保证理论纠错机制，逻辑体系中的悖论必须禁止。于是人们不得不承认逻辑体系自身的不完备性。哥德尔定理的发现是20世纪数学划时代的进步，它不仅是数学思想的一次深刻的革命，而且还是哲学思想的一次革命。那么，哥德尔定理向哲学家究竟展示了什么？
金观涛先生认为，首先它证明了不确定性不仅不会破坏逻辑思维，而且是任何一个逻辑体系必定包含的。也就是说，逻辑体系本身也带着不确定性！不确定性犹如一个不可捉摸的幽灵，它不仅在自然界无处不在，也最终出现在人们认识世界的科学工具——逻辑之中了！无论认识者怎样提纯和锻炼认识的工具，它都不可能是绝对确定的。如果说存在是一个整体、一个系统，那么逻辑思维也是一个系统，子系统互为因果互相否定的模式也不可避免。哥德尔定理似乎宣告了把逻辑体系和现实世界分割开来的二元论哲学理论的幻灭。它证明逻辑思维和存在之间有着更高水平上深刻的同一性。
人们把思维看做存在的反映，它是一个在哈哈镜中的世界。逻辑确定性和清晰性的要求就好像一个不倦的磨镜工人，不断地把镜中的形象和现实形象进行比较，根据差异来磨平理论之镜，使主观世界不断向现实世界逼近。长期以来这种纠错过程被认为是科学理论发展的惟一动力。
金观涛先生认为，哥德尔定理揭示了科学哲学忽略的另外一种过程：逻辑体系的发展还有一种内在的动力。这就是它内部的不确定性，这使它作为一个整体很像系统演化。理论体系和现实世界一样，永远不可能停止自己的演化！这是哥德尔定理再一次使科学家和哲学家面临辩证法大师早就提出了的命题：无论对于思维，还是对于世界本身，我们都需要一个基本概念来表达事物内在发展的精神。现在对于我们来说，这种内在发展的精神就是不确定性。
马克思说过，理性永远存在，但不一定存在于理性的形式之中。这一论断精彩得一塌糊涂！今天我们看到的现实世界，有多少非理性的事物，打的却是理性的旗帜。而金观涛先生则进一步认为，辩证法也是如此，表达运动的矛盾永远存在，但不一定存在于矛盾的形式之中。从矛盾到不确定性这是一条曲折而崎岖的道路。一开始辩证法大师凭着天才的直觉感到必须创造一个概念来把握内在的发展，但他们不懂悖论对逻辑思维的损害，使主观错误和客观矛盾混淆在一起而不能自拔。科学哲学看到了这一点，发现了理论清晰性和确定性原则，强调了理论无矛盾性是克服主观认识错误的纠错机制的保证。他们找到了一种有效的方法来排除认识过程中创造概念的主观任意性。
但是他们在抛弃主观矛盾时，把脏水和孩子一起泼了出去。逻辑作为整体也是一种存在，认识的工具和认识的对象必须是同构的，世界作为一个整体，是互为因果的系统，逻辑思维也是如此。因此，表达系统内在动荡的“不确定”性，无论对外部世界还是人类内心世界都同样重要。只有排除了悖论，消除塑造概念世界时带来的主观任意性之后，才能看清这一点，这正是哥德尔定理至今不为人所认识的哲学意义。
在对不确定性的内涵做进一步考察时，金观涛先生以氢分子结构的“能洼曲线”和水的“自由能曲线”为例指出，只有处于自由能曲线洼之中的物相才能稳定地存在。它们遵循着两个共同的原则：A.这两个系统或客体都处于某种不可排除的干扰之中。可称为干扰机制；B.这两个系统或客体所具有的确定的性质（或结构），是在微小干扰下能够保持不变的性质。这意味着存在一种抗干扰的机制，我们称之为稳定机制。
这两种机制虽然表示不同的物理规律，但在行为上都意味着这样一种变换：当干扰消失后，这种机制能自动使系统回到某个确定状态。这个状态就对应着事物表现出的确定性质。我们发现，A、B这两个原则有着极为深刻的广泛性。自然科学家在生态、生物、化学、物理甚至基本粒子的各个层次及形形色色的学科中都发现了类似的方法论原则。
金观涛认为，事物内部不可消除的干扰正是不确定性。原则A实际上就是说“不确定性”存在于任何事物之中。辩证法常说，万物是矛盾的，对立面的斗争无处不在。而我们却发现，在考察任何一种规定性时，一定要把它放在不确定干扰的海洋之中。
让我们再一次回忆辩证法的发展观：事物内部矛盾的双方既斗争，又同一。当同一占主导地位时，事物呈量变或静止状态，表现出某种确定的质的规定性。但斗争是绝对的，对立面的均衡破灭，同一性消失，确定的质的规定性从内部瓦解，我们看到旧事物的灭亡，系统处于发展演化之中。这一众所周知的学说是用悖论型语言来表达的。科学哲学认为它不符合科学理论清晰性和无矛盾性的规范。但是我们只要把其核心概念——矛盾翻译成“不确定性”，一个深刻、清晰而且具有广泛意义的新理论就呈现在我们面前，这就是系统演化理论，或称为“整体演化理论”。（金观涛《系统的哲学》，新星出版社，2005年8月第一版，第88页）
金观涛先生认为，那些互为目的的互相调节的子系统互相作用方式，可以被调节自身造成的后果破坏，这就是功能异化的过程。他在整体哲学中提出的功能异化理论，也可以成为整体演化的内在动力。
至于系统演化的方式，金观涛先生认为，系统既可以看做一个组织来分析，也可以从其宏观的质的规定性来把握。我们知道，系统总体上表现出确定不变的宏观的质的规定性就是其稳态结构具备的质。于是我们可以从质变的角度来研究系统演化。系统结构演化必然带着量变和质变。当系统从一种结构变到另一种结构的过程中，所经历的一系列中间状态如果也是稳定结构，那么这种质变必定是连续的。如果中间状态是不稳定结构，那么变化是非连续的突变，是飞跃。这样，我们就可以从稳态结构变化方式来判别质变的方式。我们可以发展辩证法有关质变和量变的规律。由于稳定机制可以表示为势能演变曲线，稳定曲线对应着曲线的洼。这样人们可以从稳定机制的拓扑结构来刻画量变和质变的细节，解决辩证法中关于“关节点”问题。从而把系统演化理论和1970年以来发展的突变理论这一新数学分支联系起来了。
金观涛先生的“发展的哲学”，最终的立足点是：
不确定性一旦升华为对立统一规律的精确表达，就确实成为一个核心环节，而把当代科学方法论极为重要的各个方面有机地统一起来。这一新的综合的图景，也许在向世人表明，今后人类又可以回到它从童年时代就抱有的美好理想：哲学是把握万物基本规律的框架，各门具体学科进一步把握着细节。最初，哲学家想用理性的思辨来达到这一点，然而那些先验体系一个接着一个地破产。哲学家在失望和被抛弃的凄凉中懂得，他们必须向科学学习，从不得不承认科学到立足于科学。科学会把一个哲学的新时代带到人间。毕竟，我们在一个分裂的世界中生活得太久了。人们期待着理性和哲学的重建。（金观涛《系统的哲学》，新星出版社，2005年8月第一版，第88页）
4.3.4认知，永远面对“无知”
整体的哲学
在《整体的哲学——我们的方法论》一书中，金观涛先生从组织内部演化动力的研究出发，将组织生长、容量、功能异化和无组织力量等等一些新概念进行综合运用，从整体上全面考虑，并编织、融合到统一的方法论结构中去，以建立组织理论的大厦。在这个过程中，他也在表达着自己内心的一种理想：自然科学和社会科学是统一的，科学和理性仍应是我们时代思潮的主流。
他提出，如果把今天人类的思想和19世纪或更早的时期相比，我们会发现一种奇怪的矛盾现象。从几个世纪以前开始，科学的理性和科学精神从地平线向上升起，首先在物理、化学等领域获得成功，而且表现为一种强大的精神力量。人们对他们的未来充满信心。在深刻的思想界，虽然科学的光芒尚未照耀到社会科学和人文科学等更为广大的地区，但人们相信真理的统一，相信科学理性的力量。科学家不但认为自然科学和社会科学是统一的，而且认为人类活动的感性领域也应受到科学理性的指导。人们相信科学方法总有一天可以扩大到这些领域。不少思想家一开始就身兼两者，毕生致力于两者的结合。众所周知，斯宾诺莎是借用几何公理的方法来推演他的伦理学体系的。哲学家往往高瞻远瞩，认为真善美可以服从于统一的理性。洛克这样写道：“为真理而爱真理，乃是人类在这个世界上达于极致的主要部分，也是其他德行的温床。”
奇怪的是，当今天科学取得了史无前例的辉煌胜利而迅速蔓延到人类活动一切领域的时候，人们对科学理性的信心却动摇了。在强大的科学面前，人们反而不知道科学是什么了。近年来科学哲学的发展，反映了人们对科学本质的焦虑和寻找，但就在这种关于科学自身基础的研究中，非理性主义的倾向也蔓延开来。然而这只是发现了问题，而没有解决问题。正如库恩的同事在评价库恩哲学时所说：“他造就了魔鬼，又不知道怎样对付魔鬼。”
多年来，我苦苦沉浸于新闻哲学的建构，同样也反映了我对新闻本质的焦虑和寻找。在新闻无处不在，在各种新闻理论突飞猛进的今天，对新闻理论和新闻思想的反思却明显跟不上时代的节奏。我们苦苦追问和求索有关新闻的一切，却顾不上去追问我们的追问本身。于是，“新闻到底是什么”同样成为了一个令人焦虑的问题。
金观涛指出，确实，世界本身和人的内心都是复杂的。几个世纪以来，人类只是依靠着理性来克服非理性，依靠科学来战胜非科学，但对于理性和科学方法本身却缺乏更高层次的认识。也就是说，人们只不过用理性掩盖了非理性！随着科学技术迅速膨胀，非理性、非科学方法必然一天天又暴露出来。
二十世纪初，心理学家詹姆斯就发现了这一点，他指出：“我们把正常的、清醒的意识称为理性意识……这只是一种特殊的意识，除此之外，还有一种截然不同的潜在形式的意识，它是朦胧隐蔽的。”
金观涛先生对系统论、控制论等这些横断科学的兴起抱以很高的期望。因为这些横断科学本身是从自然科学、社会科学、人文科学内部和之间生长出来的，从研究对象到内容，他们都具有强烈的边缘性。这些学科的兴起特别是其哲学基础的探讨则更有意义。他们和思辨哲学不一样，思辨哲学用纯思辨来包容自然科学和社会科学，而这些横断科学则本身充满了科学和理性精神。它们正在孕育着自然科学和社会科学更高层次统一的方法论。因此，他认为我们应为这些学科的兴起而欢欣鼓舞，并期待着它们有一天成熟起来，产生一种包容今天人类精神成就的更为强大的科学方法和理性思维。也许这正是今天哲学家的使命。