此外，也有媒体针对民营企业的原罪问题陆续展开讨论。2004年1月31日、2月1日《北京青年报》连续发表两篇文章讨论民营资本的“原罪”，称“原罪”是指一些民营企业家或者“第一桶金”来路尴尬，或者利用国家资源在短期内积累起令人咋舌的巨额财富。
除了对原罪的定义，对原罪的处理同样成为焦点，主要分为三派：
一派为大赦派，以经济学家张维迎为代表。张维迎表示，“政府是不是可以考虑实行一个税收特免政策，也就是说从现在开始，过去的事既往不咎，因为过去的事很多是由历史条件造成的，如果我们想要所有的企业都按照单纯的税率交税的话，没有几个企业可以生存下来，所以能不能从现在开始，再有任何人敢偷税漏税就更加严厉地惩罚，这样企业家就能够放下思想包袱，从现在开始，大胆地为国家做贡献，为国家纳税。中国的企业家是愿意交税的，我们应该找到一个双赢的办法。”
一派为清算派。认为民营企业家的确有原罪，而且要彻底清算，没收他们的财产。
一派为折中派。折中派既不赞成大赦，也不认同清算，认为应以证据为标准，如果证据确凿就追究。
到底什么是民营企业的原罪，以及如何处理原罪，民间与学术界争得面红耳赤，官方倒表现得干脆利落。2004年1月，河北省委、省政府批转了省委政法委《关于政法机关为完善社会主义市场经济体制创造良好环境的决定》（以下简称《决定》），称为民营企业经营者营造宽松的发展空间。对民营企业经营者创业初期的犯罪行为，已超过追诉时效的，司法部门不得启动刑事追诉程序。该文件提出民营企业经营者创业初期的犯罪行为，超过追诉时效的，司法机关不得启动刑事追诉程序。在追诉期内的，要综合考虑犯罪性质、情节、后果、悔罪表现和所在企业当前的经营状况及发展趋势，依法减轻、免除处罚或判处缓刑。
然而，随着宏观调控的开始，媒体很快扭转风向，把焦点指向宏观调控政策以及产权改革，明星经济学家□□再次成为争论的关键人物。
直到2006年年末，又一批重量级富豪落马：福禧投资控股有限公司董事长张荣坤被捕，广东顺德金冠涂料集团董事局主席周伟彬被刑拘，创维集团前董事局主席黄宏生受审，天发集团董事长龚家龙因“涉嫌经济犯罪”被刑拘，新华人寿董事长关国亮因遭调查而辞职，原科龙电器董事长顾雏军等9名高管刑事诉讼案再次开庭审理……富豪落马，再次引发对民营企业原罪的热论，这次热论也被媒体评价为“规模更大，规格更高。”
《中国经济周刊》对此的评论是，“与2004年的那场大讨论相比，这一次的讨论主题更明确、层次也更高，如有专家专门著作论原罪的起因与分类以及对构建和谐社会的影响等，政府官员也高调表态等。”