婚后不久，熊佛西聘请王云阶到四川省立戏剧音乐学校去任音乐教员。这样，他们一家就来到了学校所在地郫县。此时，冼星海的新作《黄河大合唱》油印初稿传到后方来，王云阶认为，这部作品是宣传抗日鼓舞民众的好教材，就教全校同学唱，并指挥部分师生到农村去演唱，效果非常好。
为了抗日音乐运动，王云阶常到重庆去协办音乐会。在这个时期，他通过缪天瑞介绍，认识了****地下党音乐运动的领导人李绿永（李凌）、赵风。同时，还有舞蹈家吴晓邦、戴爱莲。这些人都给了他很多帮助。王云阶在这一时期也创作了不少作品。
1940年6月13日，他们的第一个孩子出世了。他们叫他贝贝。这个孩子就是后来轰动了世界影坛的童星，不朽的电影形象“三毛”的扮演者。不过那时，他们夫妇还不知道自己会对电影艺术做了这么大的贡献，生活所迫，他们还差一点将他送给别人。
贝贝的祖父给他取名为王龙基，因为他出生的那年是龙年，按老王家的排行他是基字辈的。贝贝是那年端午节后三天的一个夜饭后出世的。那时他们住在郫县的一个小旅馆里。请了一个助产士她叫白玉洁来接生，后来她也是他们的朋友了。贝贝生下来以后，足足有十斤半。李青蕙从来未见过刚生的孩子，只觉得他太可爱了，大大的头，深深的圆圆的一双大眼睛。王云阶是单凤眼，而王龙基是大而圆的眼，前额很高，谁见谁爱。很多朋友说，他头型很像列宁的头，所以，也有人叫他宁宁。
王云阶和李青蕙都非常爱他。
天气太热，生孩子前，李青蕙又不懂得要给孩子做衣服，她也不会做。所以，孩子出生后，只能给他盖上一块小尿布。晚上，李青蕙目不转睛地看着儿子。他光着小身体，在无意识中做出很多奇怪又可爱的动作，有时还会梦中哭醒或笑醒，好玩极了。她的同学来看，见了贝贝真是又爱他，又可怜他没有衣服穿。同学们自告奋勇，回去做小衣服给孩子穿。李青蕙问，你们会做吗？她们都回答得很干脆：“会做！”结果，做好拿来的都是给玩具洋娃娃穿的套头衣服。孩子头太大，根本套不上去，最后，也只好让他光着身子。
李青蕙生产后身体很好，什么事都做，什么硬的软的热的冷的，她都能吃。第四天，她给孩子吃好奶后，就到学校去弹琴。她手一按到键盘上，就进入了音乐世界。一直到看见同学都去吃饭了，她才想到孩子。
李青蕙飞快地跑回家，打开房门，走到床边一打开帐子，哎呀！床上的孩子没有了。她急得要命，一怕有人来偷走了孩子，二怕是老鼠把孩子咬走了。当时，四川的老鼠特别厉害。她一面哭一面找，忽然感到脚下有个什么东西，伏身一看，是孩子伏在地上，幸好她的脚没踩上去。
当时，他们的经济条件很差，住的是没窗子的门面房子，里面很黑，是泥土地。夏天地上不但冷，还能渗出水来，很潮湿。孩子可能是哭久了，又没有用被子包着他，于是，他在床上滚来滚去，最后，从滚到了地下来。他伏在地下，幸而时间还不长，否则他的手支撑不住身体，头抬不了多久，就会在地上闷死的。李青蕙抱起了孩子，一面哭，一面说：“可怜的孩子，是妈妈不好，妈妈再也不离开你了。”
出了这件事后，李青蕙后怕了很久。朋友和同学们知道以后，都异口同声地说，青慧怎么能养孩子，她自己还是个孩子呢！她能自己管好自己就很不错了，让她养，这个孩子恐怕三天不到，就会被她养死呢。
听见他们都这么说，这个仅有16岁的小女孩更没信心更害怕了。好心的人劝李青蕙把孩子送给人，他们说把孩子送人，人家会养，你也省事。你自己养，肯定会养死。李青蕙想，自己爱孩子不会要他死。可是，她又想王云阶身体不好，他每年春秋都要吐血，（当时没钱看病都以为他是肺病，解放后经医生检查出来才知道是支气管扩张面出血）。他一个人要养家和王龙基，还要养妹妹秀岚。如果自己不出去工作，他的负担太重了。她一定要出去工作，否则王云阶会累死的。
实在没办法，李青蕙就想，送人就送人吧！大家都在抗战，绝大部分的人生活都不宽裕，送孩子需要找个生活富裕一点的人家，才能请得起奶妈或买得起牛奶。可又怕有钱的人家良心可能不好，将来他生了孩子，就不会爱这个孩子了。所以大家劝李青蕙把孩子送人，她一直下不了这个决心，也真得舍不得孩子。
孩子到四个月时，文学家孙怒潮介绍说，有一家人苦于没有子女，男主人表示要收养王龙基。李青蕙不放心，要亲自到成都去看看再说。于是，夫妇二人抱着孩子从郫县来到成都，暂时住在一个小学校里的教室里，睡在课桌上。李青蕙是走一步抱一步，不敢放孩子一个人在教室里。这一天看孩子睡得很好，他们不忍心把他搞醒，两人就在学校附近吃了一碗面。
可是，回到教室一看，孩子却没有了。李青蕙马上吓哭了。有一个工友来告诉他们，学校有老师住，听见孩子哭，他们抱去给孩子喂点糖开水，现在他们正和孩子玩呢。这时，王云阶说：“你不是不要孩子了吗？抱来就是送给别人的，不见了孩子为什么还哭呢？”李青蕙说：“我当然要孩子，这不是不得已吗？我是要看自己的孩子是送给哪一家，将来找工作就找到他家附近，每天都来看孩子。如果他们对孩子不好，马上抱孩子回家。”王云阶说：“恐怕不像你想得那么容易吧。”李青蕙又急了，那你说怎么办？“王云阶说：”孩子再大一点也好养了，容易带了，你工作学习问题不大。
正在犹豫不决时，孙怒潮来了。他进门就说：这家人正等着孩子呢。可他们知道孩子妈妈只有十六岁，担心和十六岁的孩子打交道靠不住，怕她一想孩子又来要孩子。他们不但不来见面，还要李青蕙写张保证，从此不见孩子，不认孩子。李青蕙一听，就不高兴了，她说：怪了，我的孩子是送给他们的，又不是卖给他们的，写什么字据？我不写。他们这个样子，再想要我的孩子，我也不送了。
一气之下，她抱着孩子回郫县的家了。这个孩子等于是失而复得，李青蕙更爱他了，更小心地养他，不让他生病，最怕他死。当时，李青蕙的年纪太小，王云阶生怕妻子睡觉不小心压死孩子。总是让孩子和他睡一边，孩子要吃奶哭闹时，李青蕙根本听不见，都是王云阶抱着孩子到她怀中吃奶。吃完了，再抱回自己身边睡。孩子总算一天一天地长大了。
王云阶除了上课之外，就是创作。在这个时期，他写出了《战地之春》（安娥词），《我们是世界的主人》（芷父远词）等作品，还介绍了苏联音乐的译文。这时，重庆刚成立“山东省实验歌剧院”，他们想请王云阶去任教，又怕他脾气坏，说走就走。王云阶也没有决定是不是要去。这时，他过去的一位友人又是同乡人叫朱枫林来信，告诉他，该校也聘请了郑志声去教学。这是一位在法国留学多年，专学作曲与指挥的学者。王云阶一听马上就心动了。他有这样一个信条，就是“活到老学到老”。多少年来，他一直是这样做的，不论是谁，只要他有学问，就拜他为老师，哪怕他过去是自己的学生。这样，王云阶就接受了“实验歌剧院”的聘书。他们一家要到重庆去了。可是，熊佛西不肯放他走，他说，把青慧扣下王云阶就没法一个人走了。后来，经过王云阶一再请求，熊佛西终于同意，放了他们到重庆去了。
王云阶到“实验歌剧院”任教务主任兼音乐老师，李青蕙也在院里任教务员。王云阶白天工作，晚上，向郑志声学习高级和声，还有指挥。学完了，他自己还要做练习。每天夜里，都要很晚才睡。他又忙碌又辛苦，但只要能学习，再苦再累他都十分开心。
这是一所新建的学校，有些科目的老师一时请不到。对此，有几个学生向院里提意见。学校却要开除他们。王云阶不同意。他说这几个学生很不错，这样做不是办学的办法。校方说，王先生你拿谁的钱，为什么怕学生，尽为学生说话，这对你有什么好处？王云阶说：“我拿学校的薪金，我不怕学生，我是老师，应该对学生负责，我这是实话实说。”
王云阶感到这样办学有问题，回家就和李青蕙商量，要她另找工作。好朋友李凌的爱人，在南岸弹子石裕小学教音乐，把这个工作让给她了。这样，李青蕙就辞去“实验歌剧院”的工作，带着王龙基到南岸裕华小学教音乐。有了孩子，生活的负担重了一些。她在学校放学后，又兼了一个特益中学图书馆的工作。王云阶还在实验歌剧院工作。后来，郑志声先生因病去世了。他除了自学外，就是尽心尽力地当老师。
王云阶对国统区非常失望，一直想到解放区去。就在这时，反动派发动了皖南事变，他以为他大妹王青牺牲了，他悲痛万分。他为妹妹写了一首长诗《想念妈妈》。在实验歌剧院一次朗诵会上，他无比比愤地朗诵了这首诗。这首诗的发表，遭到反动派新闻检查的干涉。这时白色恐怖十分猖狂。实验歌剧院的院长王泊生告诉他，“中统局来调查过你，你要小心一点。”
王云阶愤而辞去了实验歌剧院的工作。一家三口就住在裕华小学李青蕙教音乐的地方，校长太太是一个很势利的人。她见王云阶没工作，常常冷言冷语，夫妇俩都不理她。
这时，吴晓邦要开新舞蹈会，找王云阶去担任作曲和弹钢琴。这个新舞蹈会有吴晓邦、戴爱莲、盛捷。他们在重庆抗健堂演出“新舞蹈表演会”，演出的效果很好。******副主席也亲临观赏，使他们受到极大的鼓励。那天演出的时候，李青蕙抱着王龙龙基在台下观看。******看到王龙基可爱的样子，非常喜欢。顺手接过来抱在怀里，逗他玩儿。
日本鬼子的飞机疯狂地轰炸重庆市区，李青蕙人在南岸，心里总挂念着在市区的丈夫。王云阶忙于舞蹈工作，好久未给妻子消息。她实在放心不下。于是，有一天，请了假，带着王龙基到重庆市区去看望王云阶。一到重庆就遇到警报，王云阶带他们到大隧道去躲警报，一进了防空洞，王龙基就哭个不停。那是重庆最大的防空洞，洞内的人很多，王云阶怕影响别人，他们就抱着孩子离开了。但是，日本飞机来了不躲也不行，王云阶发现附近的中电电影厂里有一个小洞，防空设施差一点，盖得很不保险，只是个小土堆，于是，就到那里去躲了。这个洞里人很少，也没人管。李青蕙想，即使有紧急警报，这个洞也不会有人来管，她可以抱着孩子在洞边玩，孩子也不会因为闷在洞内而哭闹。这一次警报的时间很长，可敌机一直没有来，天都黑了，才解除警报。
他们一走出山洞，就听人说，大隧道里闷死很多人。原来，大隧道是在高山的石壁上打出来的一个很大的洞。洞上面有厚厚的石层很保险，一般的炸弹炸不通。可是，有好几道出口，都装有铁门，紧急警报一响，所有的铁门都要上锁，这样洞内保险空气就少了。如果有人站在铁门口，洞内空气更少。听说这一次时间长，洞内空气不够，有的人就挤到铁门边，把铁门内的一点空气也堵住，里面更缺少空气。这天敌机根本没有来，据说管铁门的人都不在那里，不知道去哪里了。洞里面的人，闷得向铁门前挤，里面的空气就越来越少了。这些人都是在大隧道附近住的居民，大都是做生意的人家。他们有的是全家来躲空袭的，据说还是带着贵重物品去躲的。这一次全家人都闷死在洞内。当晚，重庆市政府就找人来清理洞内闷死的人，据说抬了好几天的死人。有人居然把死者身上的金链条，手上的金戒指占为己有。他们听到后又痛心，又气愤。
国统区的无边黑暗，使他们夫妇更向往到解放区去。
王云阶向好友们表达了自己的强烈愿望，吴晓邦带他到曾家岩去见******副主席。大家研究化妆去延安的一切程序，但必须要等到半个月后，才能最后确定时间。谁知这时王云阶被特务盯上了。吴晓邦得知这一情况后，叫他暂时隐蔽起来，最好迅速离开重庆。
新湖北文艺委员曾聘王云阶去当音乐组长。那时，王云阶因为要去解放区，决定不去新湖北文艺委员会。现在，他只好接受了新湖北文艺委员会的聘书。
他们经朋友帮忙，找了条“黄鱼船”，所谓“黄鱼船”就低档的船，可以少花点钱。但坐这种船并不舒服。整个船上的工作人员也只有三个人，他们自己在船尾做饭，船上有个棚是他们自己睡的。他们夜里在船头打地铺，吃饭自备。他们上船时看见共有三支船，前两只是新的，因为没有钱，他们坐的这支是旧的。李青蕙很想坐新的船，王云阶不让她开口，她也就不再说话。前面两条船开走后，他们这一条才开。经过三峡时，惊心动魄。他们的船不大，三峡地势很险要，浪大水急，还有漩涡，船十分难行。日本鬼子的飞机还随时来投弹轰炸。他们亲眼看到，前面两条船被炸弹给炸沉了。幸好他们这条船的船老大很有经验，他左躲右闪，总算平安过了三峡，到达思施。
他们经历了千辛万苦到了思施。一时没有接上头，身边的钱也花完了。他们只能坐在一家小茶馆里，希望能出现奇迹。李青蕙的一双布鞋破得实在无法穿，她一生气索性把它脱下来丢了。光着一双脚，坐在茶馆里抱着王龙基。茶馆，一向都是男人去吃茶，那时没有女人去茶馆的。大家见李青蕙是个女人都感到怪，光着一双脚出现在大庭广众之下，就更怪了。终于，有个中年男子过来和他们攀谈，谈来谈去，谈到他的太太曾在武昌第一小学念过书。李青蕙眼睛一亮，马上说我也是在一小念的，并问他太太叫什么？他说叫杨燕，哈哈，她正是李青蕙小学的同班同学！李青蕙记得，她小时很老实，放了学，还要帮她娘带弟弟妹妹，做很多家务。
这位中年男子当即邀请他们到家里做客。这真是他乡见故人。老同学见面，心情十分激动，又是拥抱，又是哭泣。杨燕知道李青蕙没有住处，马上说她爸爸是个中医，有间小房看病，房后有一条小走廊没有用，空在那里，在小走廊里放一张床，他们可以住了。他们就这样安了一个家。
王云阶暂时在“新湖北文艺委员会”当音乐组长。他实际上白天工作不太多，在大学下课以后才有工作。他们刚到思施，虽然有了住处，可是钱很少，又不能开口向同学杨燕借钱，就算借了拿什么还？因此在吃饭方面，有些胡乱地吃，可能这样也不太干净。就这样，王龙基得了红痢疾。
李青蕙十分害怕，又不知道是什么病，请杨老先生给看。他一看就说吃坏了，这是红痢疾。马上拿了药给王龙基，还教李青蕙怎么煮药。王龙基服了半个月的药，病好了。
有天晚上，李青蕙发现自己也传上了，可能是在照顾王龙基是没搞干净。李青蕙真急了，因为每天的饭是她做的，她真怕一不小心再传给云阶。李青蕙想，第一、不能再麻烦杨老先生了。第二、我不赶快好起来，云阶也会有危险。趁他还没下课回来，她拿了一大堆生蒜头和几大碗醋，用小灯上先烤蒜头吃。灯太小，烤不熟，她就干脆不烤了，生的蒜头就和醋吃，蒜皮吃了一大堆。也真奇怪，她的病第二天真的就好了。
经过这次病后，他们吃东西也注意多了。