恐龙研究专家运用先进的CT技术，对马门溪龙化石的头骨进行了分析，在对马门溪龙脑腔大小、形态、结构分区等详细数据进行研究的基础上，得出了结论：马门溪龙的颈部并不像学术界原来认为的那样能伸得像长颈鹿那样长。这些信息为学术界提供了宝贵的素材，尤其是对恐龙古神经学及牙齿替换规律的研究极具参考价值。
蜥脚类恐龙以其体躯庞大成为恐龙中引人注目的类群，马门溪龙是目前出土的蜥脚类恐龙化石中保存较好的标本。
从上世纪70年代开始，学术界普遍认为，蜥脚类在现实动物中最好的类比对象是长颈鹿——长长的颈子可以扬起来，伸向高处，去啮食高大乔木的细枝嫩叶。这一观点通过各种恐龙的复原图画广为流传。不少博物馆受其影响也纷纷改换姿态，把长颈恐龙的颈部竖得很长，马门溪龙、峨嵋龙等具有细长颈肋的恐龙标本在装架时往往被设计为“昂首阔步”。
在对马门溪龙的头骨进行CT分析后，其头骨反映出的骨骼特征清晰地表明，马门溪龙长长的颈肋像石膏夹板一样将几节颈椎“捆”在了一起。一旦把长颈扬起来，并呈“S”状弯曲，那么在弯曲幅度较大的地方，尤其是在颈的后部，颈部肋骨就会刺穿颈部皮肤等软组织，对身体造成重度伤害。因此，科学家们认为，马门溪龙的长颈不可能举得很高，比较可能是以低缓角度斜伸出去，头在空中的适宜高度不会超过其肩高两米。
在对恐龙齿腔做CT扫描时还发现，马门溪龙的牙齿替换具有连续性，新牙的生长与老牙的齿根吸收是同时进行的；齿根吸收越多的老齿，其齿冠的磨蚀痕迹也越明显。其牙齿的磨蚀痕迹还显示，这种植食性恐龙的食料可能较为粗糙。
CT技术即为计算机辅助断层扫描技术，最早用于医学对人体病变的检测分析，近20年来被运用到古生物化石的研究上，但将这一技术运用于蜥脚类恐龙化石的头骨分析在中国国内尚属首次。
保存最完整的蜥脚类恐龙化石——马门溪龙是恐龙中最引人注目的类群，以其体躯庞大、头小、颈长、尾长、四足行走为识别特征。马门溪龙是目前出土的蜥脚类恐龙化石中保存最为完整的标本，主要生活在中侏罗纪至晚侏罗纪，在晚侏罗纪尤其繁盛，化石丰富，进入白垩纪则走向衰亡。因长期缺乏可靠的头骨及全面的描述，学术界对马门溪龙的分类位置一直众说纷纭。
从马门溪龙头骨的内部构造看，其脑腔非常小，经测量仅有78毫升，如此小的脑子与其庞大的体躯相比，差异极其悬殊，智力不可能发达。但马门溪龙的眼眶内具有巩膜环，可以调节光线，估计视力良好，可以了解大范围内的食物和敌害等情况，从而提高了对外界的感知能力，对其生存是有利的。在恐龙中，马门溪龙是颈椎数目最多的一类。以头骨轻巧、头骨孔发达、鼻孔侧位、牙齿勺状、下颌瘦长为主要特征。中国的马门溪龙化石相当丰富，广泛分布于四川、云南、甘肃和新疆等地，在四川盆地至少有30个市、县发现过这类化石。