（一）基本程序：包括受案、立案、侦查、破案、侦查终结
1、受案。海关缉私部门受理群众举报的走私犯罪案件、海关其他部门和地方公安、工商行政管理、烟草专卖等行政执法机关查获移交的走私犯罪案件。
海关缉私部门对受理的案件，应当在受案后立即对案件材料进行审查。对不属于自己管辖的案件，应当在二十四小时内移送有管辖权的机关处理。
2、立案。经过审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任，且属于自已管辖的，应当予以立案；认为没有犯罪事实，或者犯罪情节显著轻微，不需要追究刑事责任的，不予立案。
（二）侦查手段
1、传唤和讯问犯罪嫌疑人。海关缉私部门对不需要拘留逮捕的犯罪嫌疑人可以传唤到其所在市县的指定地点或其住处进行询问。讯问犯罪嫌疑人必须由侦查人员进行。讯问时，侦查人员不得少于2人。
讯问同案的犯罪嫌疑人，应当个别进行。
讯问犯罪嫌疑人时，侦查人员应当告知犯罪嫌疑人其所享有的权利，认真听取犯罪嫌疑人陈述有罪的情节和无罪的辩解。严禁刑讯逼供或者使用威胁、引诱、欺骗以及其他非法的方法获取供述。
对犯罪嫌疑人供述的犯罪事实、申辩和反证，海关缉私部门都应当认真核查，依法处理。
2、询问证人。海关缉私部门可以依法询问证人。询问证人时，侦查人员不得少于2人，并应向证人出示海关缉私部门的证明文件或侦查人员的工作证件。
询问证人时，应当个别进行，并告知证人其依法享有的权利和应尽的义务。询问不满18岁的证人时，可以通知其法定代理人到场。
3、勘验、检查。海关缉私部门对于与犯罪有关的场所、物品、人身可以依法利用各种技术手段进行勘验或检查。
犯罪嫌疑人如果拒绝检查，侦查人员认为必要时，可以强制检查。
检查妇女的身体，应当由女侦查人员或医师进行。
为查明案情，海关缉私部门可以依法进行侦查实验。但禁止一切足以造成危险、侮辱人格或者有伤风化的行为。
4、搜查。海关缉私部门可以依法对犯罪嫌疑人及可能隐藏罪犯或者犯罪证据的人的身体、物品、住处和其他有关的地方进行搜查。
进行搜查时，必须向被搜查人出示《搜查证》，执行搜查的侦查人员不得少于2人，同时应当有被搜查人或者其家属、邻居或者其他见证人在场。搜查的情况应当制作《搜查笔录》，并由有关人员签名或盖章。
搜查妇女的身体，应当由女侦查人员进行。
执行拘留、逮捕时遇有特殊紧急情况，不用《搜查证》也可以进行搜查。
5、扣押物证、书证。海关缉私部门对侦查发现的可用以证明犯罪嫌疑人有罪或无罪的物品和文件（包括邮件、电子邮件、电报）应当依法扣押；但与案件无关的物品、文件，不得扣押。
持有人拒绝交出应当扣押的物品、文件的，海关缉私部门可以强行扣押。
执行扣押物品、文件的侦查人员不得少于2人，并持有有关法律文书或者侦查人员工作证件。
对于扣押的物品和文件，海关缉私部门应当会同在场证人和被扣押物品和文件的持有人查点清楚，当场开列统一印制的《扣押物品、文件清单》一式三份，写明物品或文件的名称、编号、规格、数量、重量、质量、特征及其来源，按规定由有关人员签名或盖章后，其中一份须交给持有人。
对扣押的物品、文件，任何单位和个人不得使用、调换、损毁或者自行处理，经查明确实与案件无关的，应当在3日以内解除扣押，退还原主。
对于扣押的危险品或者鲜活、易腐、易失效、易贬值等不宜长期保存的货物、物品，可以根据具体情况，依法委托有关部门变卖、拍卖，变卖、拍卖的价款暂予保存，待诉讼终结后一并依法处理。
6、查询、冻结存款、汇款。海关缉私部门可以依照规定查询、冻结犯罪嫌疑人、犯罪嫌疑单位在金融机构或邮电部门与犯罪有关的存款、汇款。
冻结存款的期限为6个月，有特殊原因需要延长的，每次延长期限最长不超过6个月。
对于冻结的存款、汇款，经查明确实与案件无关的，应当在3日以内解除冻结，并通知被冻结存款、汇款的所有人。
7、鉴定。为了查明案情，解决案件中某些专门性问题，海关缉私部门应当依法指派或者聘请具有鉴定资格的人进行鉴定。
海关缉私部门应当将用作证据的鉴定结论告知犯罪嫌疑人。如果犯罪嫌疑人对鉴定结论有异议并提出申请，经海关缉私部门负责人批准后，可以补充鉴定或重新鉴定。
8、辩认。为了查明案情，海关缉私部门在必要时可以依法让犯罪嫌疑人、证人对与犯罪有关的物品、文件、场所或者犯罪嫌疑人进行辩认。
辩认应当在侦查人员的主持下进行。主持辩认的侦查人员不得少于2人。辩认经过和结果应当制作《辩认笔录》。
对犯罪嫌疑人的辨认，辨认人不愿意公开进行时，可以在不暴露辨认人的情况下进行，侦查人员应当为其保守秘密。
9、通缉。海关缉私部门可以对应当逮捕在逃犯罪嫌疑人发布通缉令，将其追捕归案。也可以发布悬赏通告。
抓获被通缉者的海关缉私部门可以凭通缉令将其羁押。
为防止犯罪嫌疑人逃往境外，海关缉私部门可以依法在边境口岸采取边控措施。
（三）强制措施
根据法律规定，海关缉私部门有权对犯罪嫌疑人采取下列强制措施。
1、拘传。海关缉私部门根据案件情况，对需要拘传的犯罪嫌疑人，或者经过传唤没有正当理由不到案的犯罪嫌疑人，可以依法拘传到其所在市、县内的指定地点进行讯问。拘传犯罪嫌疑人时应当出示《拘传证》。拘传过程中，可以依法使用约束性警械。
拘传持续时间不得超过12小时，不得以连续拘传的形式变相拘禁犯罪嫌疑人。
2、取保候审。海关缉私部门可以依照法律规定对犯罪嫌疑人取保候审。保证方式包括保证人保证和保证金保证。对同一犯罪嫌疑人，不得同时责令其提出保证人和交纳保证金。
采取保证人保证的，保证人必须严格履行法律规定的保证义务。保证人违反规定的，海关缉私部门可以对保证人处以罚款；构成犯罪的，应依法追究其刑事责任。对罚款决定不服的，保证人可以在收到《对保证人罚款决定书》之日起5日以内向上一级海关缉私部门申请复核一次。
采取保证金保证的，犯罪嫌疑人在取保候审期间违反有关规定，海关缉私部门可以依法决定没收部分或全部保证金。没收保证金的决定，海关缉私部门应当在7日以内向犯罪嫌疑人宣读。对没收决定不服的，犯罪嫌疑人可以在收到《没收保证金决定书》之日起5日以内向上一级海关缉私部门申请复核一次。犯罪嫌疑人在取保候审期间，没有违反有关规定，或者依法不需要追究刑事责任的，在解除取保候审的同时，海关缉私部门应当将保证金如数退还给犯罪嫌疑人。
取保候审最长不得超过12个月。
3、监视居住。海关缉私部门依照法律规定可以对犯罪嫌疑人监视居住。
监视居住的场所是指犯罪嫌疑人在海关缉私部门所在的市、县的合法住处，如果没有合法住处的，由海关缉私部门根据案件情况，在其所在市、县为犯罪嫌疑人指定的生活居所实施。海关缉私部门不得建立专门的监视居住场所，对犯罪嫌疑人变相羁押。不得在看守所、行政拘留所或者海关缉私部门其他工作场所执行监视居住。
在监视居住期间，海关缉私部门可以暂扣犯罪嫌疑人的身份证件、机动车（船）驾驶证件。犯罪嫌疑人在监视居住期间违反有关规定的，海关缉私部门应当依法提请批准逮捕。
监视居住最长不得超过6个月。
4、拘留。海关缉私部门可以依照法律规定拘留犯罪嫌疑人，拘留时必须出示拘留证。
对于被拘留人，海关缉私部门应当在拘留后的24小时内进行讯问。发现不应当拘留的，应当立即释放。
拘留后，除按规定可以不予通知的情形外，海关缉私部门应当在24小时内制作拘留通知书，送达被拘留人家属或者单位。
对于被拘留的犯罪嫌疑人需要逮捕的，海关缉私部门最迟在30日内提请人民检察院审查批准。犯罪嫌疑人不讲真实姓名、住址、身份不明，在30日内不能查清提请批准逮捕的，经海关缉私部门负责人批准，拘留期限自查清身份之日起计算。
5、逮捕。根据法律规定，经人民检察院批准后，海关缉私部门可以依法逮捕犯罪嫌疑人。
执行逮捕时，必须向被逮捕人出示《逮捕证》。执行逮捕的侦查人员不得少于2人。
对于被逮捕的人，必须在逮捕后的24四小时内进行讯问，发现不应当逮捕的，经海关缉私部门负责人批准后，应立即释放。
对犯罪嫌疑人执行逮捕后，除按规定可以不予通知的情形外，海关缉私部门应当在24小时内制作逮捕通知书，送达被逮捕人家属或者单位。
对犯罪嫌疑人逮捕后的侦查羁押期限不得超过2个月。因案情复杂等期限届满不能侦查终结的案件，可以依法提请人民检察院批准延长羁押期限。
（四）继续盘问
海关缉私部门可以依照法律规定对有违法犯罪嫌疑的人员进行当场盘问、检查以及继续盘问。确有必要对有违法犯罪嫌疑的人员继续盘问的，可将其带至缉私局、缉私分局就近的公安机关派出所继续盘问。继续盘问的时限自被盘问人被带至公安机关派出所之时起，一般不得超过12小时，特殊情况下可延长至48小时。对有违法犯罪嫌疑的人员批准继续盘问的，应填写《继续盘问通知书》，并立即通知其家属或者单位。
（五）犯罪嫌疑人在侦查阶段依法享有的权利
1、就自己涉嫌的罪名，有权辩护，辩解自己无罪和罪轻的权利；
2、拒绝回答与本案无关的问题的权利；
3、使用本民族语言文字进行诉讼的权利；
4、对侦查人员侵犯其诉讼权利和人身权利的行为提出控告的权利；
5、亲笔书写供词和对笔录进行核对的权利；
6、被告知用作证据的鉴定结论和申请补充鉴定或者重新鉴定的权利；
7、要求侦查人员、鉴定人员、翻译人员回避的权利；
8、未成年犯罪嫌疑人被讯问时，除有碍侦查或无法通知的情形外，应当通知其法定代理人或监护人到场；
9、接受第一次讯问后或者被采取强制措施后有权聘请律师为其提供法律咨询、代理申诉、控告；
10、被羁押的犯罪嫌疑人有权提出取保候审的书面申请。
（六）犯罪嫌疑人应承担的义务
1、接受海关缉私部门采取的强制措施和侦查措施，对侦查人员的提问，应当如实回答；
2、如实提供与案件有关的证据材料等；
3、对笔录和送达的法律文书在确认无误后签名或盖章。
（七）被聘请的律师在侦查阶段参与刑事诉讼的权利
1、向海关缉私部门了解犯罪嫌疑人涉嫌的罪名；
2、会见犯罪嫌疑人，向其了解有关案件的情况；
3、为犯罪嫌疑人提供法律咨询、代理申诉、控告；
4、为被逮捕的犯罪嫌疑人申请取保候审。
（八）被聘请的律师在侦查阶段应遵守的规定
律师在侦查阶段的主要职责是为犯罪嫌疑人提供法律帮助，对海关缉私部门的违法行为提出纠正意见，维护犯罪嫌疑人的合法权益。律师在行使其职权时，必须遵守下列规定：
1、按规定提交有关证件和证明；
2、律师应当在海关缉私部门安排的时间、地点会见犯罪嫌疑人，并应当遵守会见场所的有关规定。对违反规定的，在场民警有权予以制止；
3、律师会见在押犯罪嫌疑人需要聘请翻译人员，应经海关缉私部门准许；
4、律师会见涉及国家秘密案件的犯罪嫌疑人，应当经海关缉私部门批准；
5、律师不得受聘于同案的2名或2名以上犯罪嫌疑人；
6、律师在侦查阶段不得查阅案卷材料；
7、律师在侦查阶段不得泄露与案件有关的情况，不得教唆犯罪嫌疑人、证人作虚假陈述，不得帮助犯罪嫌疑人隐匿、毁灭、伪造、转移证据或者进行其他干扰缉私部门执法的行为。
（九）证人在侦查阶段依法享有的权利
1、亲笔书写证词和对笔录进行阅读、听读提出补充、修改意见的权利；
2、有权拒绝作伪证的要求；
3、有权要求为其姓名和隐私保密；
4、未成年的证人在接受询问时有权通知其法定代理人到场。
（十）证人在侦查阶段应当承担的义务
1、凡是知道案件情况的人，都有作证的义务；
2、不得作伪证或者隐匿罪证；
3、对涉及国家秘密的，有保密的义务。