1.水污染的治理。我国的水污染状况十分严重，高浓度有机物废水的处理是我国水污染治理的重点难题。构建有效降解各种有机物的“工程菌”必定为解决水污染问题的发展方向。目前，我国的江湖，诸如淮河、辽河、松花江、巢湖、太湖、滇池的水污染已直接影响到人们的生活，“富营养化”十分严重。每年国家都要投入大量资金进行治理。而利用废水有控制地生产藻类，变费为宝可能就是一个较好的解决办法。一些小球藻具有很好的潜在价值，用处广，易于培养和扩大生产，可能成为人类未来所必需的食物、能源、医药产品的来源。
2.微生物法脱硫。微生物法为治理大气污染提供了重要手段。气态污染物的生物净化方法具有设备简单、运行费用低、较少形成二次污染等优点。我国是目前世界上第一产煤大国，每年释放二氧化硫约2000万吨，已成为世界上最严重的“酸雨”国之一，损失巨大。中国燃煤脱硫技术已经过15年的攻关研究，取得了一定的成效。但是，利用遗传工程技术获得高效的“脱硫工程菌”，发展微生物脱硫技术是根本解决问题的必由之路。据报道，我国已选育出了具有较高脱硫效率的氧化亚铁硫杆菌。这将为进一步改造及其应用奠定了良好基础。
3.应用于造纸业。造纸业是我国的排污大户，占工业废水排放量的1/6，引起了政府的高度重视。从纤维素中分离木质素或漂白在造纸中是一个费用很高的过程。漂白过程中产生的氯化有机物是严重的污染物。一方面可以通过遗传工程选培树木来减少木质素与纤维素间的结合力，另一方面发展生物漂白剂，减少必需的氯气用量，减少污染物和成本。另外，生物法处理造纸废水具有效率高、成本低等优点，应用将越来越广泛。
我们还应该加快生物杀虫剂、抗病虫害、抗除草剂转基因植物的研究，减少化学农药使用造成的巨大危害，发展利用微生物法生产生物可降解塑料等其他重要环境生物技术。生物技术将在绿色科技中大有作为。