昆阳一战，使刘和刘秀名扬天下。有人劝更始帝把刘除掉。更始帝便找了个借口，杀了刘。
刘秀听说他哥哥被杀，知道自己的力量打不过更始帝，就立刻赶到宛城（今河南南阳市），向更始帝赔礼。
更始帝见刘秀不记他的仇，很有点过意不去，就封刘秀为破虏大将军，但没有重用他。后来，攻下了长安，杀了王莽，更始帝才给刘秀少数兵马，让他到河北去招抚各郡县。
这时候，各地的豪强大族有自称将军的，有自称为王的，还有的自称皇帝，各据一方。更始帝派刘秀到河北去招抚，正好让刘秀得到一个扩大势力的好机会。他到了河北，废除王莽时期的一些严酷的法令，释放了一些囚犯。同时，不断消灭割据势力，镇压河北各路农民起义军。整个河北几乎全被刘秀占领了。
公元25年，刘秀和他身边的官员、将领认为时机成熟，在鄙自立为皇帝，这就是汉光武帝。
更始帝先建都洛阳，后来又迁到长安。他到了长安以后，认为自己的江山已经坐稳，便开始腐化起来。原来的一些绿林军将领，看到更始帝整天花天酒地，不问政事，都十分不满。
赤眉军的首领樊崇眼看更始帝腐败无能，就立15岁的放牛娃刘盆子为皇帝，率领20万大军进攻长安。不久就攻占了函谷关。
更始帝眼看赤眉军就要攻到长安了，便领文武百官逃到城外。樊崇进入长安后，派使者限令更始帝在20天内投降。更始帝没办法，只好带着玉玺向赤眉军投降。
赤眉军声势浩大地进了长安，可是几十万将士的口粮发生了困难，长安天天有人饿死。这样一来，长安的混乱局面就无法收拾了。
无奈之下，樊崇带着军队离开长安，向西流亡。但是别的地方粮食也一样困难；到了天水（郡名，在今甘肃）一带，又遭到那里的地主豪强的拦击。樊崇没辙，又带着大军往东走。
汉光武帝这时已占领了洛阳，他一听到赤眉军向东转移，就带领20万大军分两路设下了埋伏。
汉光武帝派大将冯异到华阴，把赤眉兵往东边引。冯异用计把一队赤眉军包围在崤山下。冯异让伏兵打扮得和赤眉军一模一样，双方混战在一起，分不出谁是赤眉兵，谁是汉兵。赤眉军正在为难的时候，打扮成成赤眉军模样的汉兵高声叫嚷“投降”“投降”，赤眉军兵士一看有那么多人喊投降，没了主意。赤眉军一乱就被缴了武器。
公元27年1月，樊崇带着赤眉军向宜阳（今河南宜阳县）方向转移。汉光武帝得到消息，亲自率领预先布置好的两路人马截击，把赤眉军围困起来。赤眉军无路可走，樊崇只好派人向汉光武帝请降。
汉光武帝把刘盆子、樊崇等人带回洛阳，给他们房屋田地，让他们在洛阳住下来。但是不到几个月，就加上谋反的罪名，把樊崇杀了。