南明最后一个政权灭亡的同年，顺治帝病死，他的儿子玄烨即位，这就是清圣祖。历史上称为康熙帝。
康熙帝即位时，年仅8岁。顺治帝遗诏，由四个满族大臣帮助他处理国事，叫做辅政大臣。四个辅政大臣中，掌握兵权的叫鳌拜，他欺负康熙帝年幼，独断专行。
康熙帝满14岁的时候，亲自执政。这个时候，另一个辅政大臣苏克萨哈和鳌拜发生了争执。鳖拜便勾结同党诬告苏克萨哈犯了大罪，奏请康熙帝处死苏克萨哈，康熙帝不肯批准。鳌拜在朝堂上揎起袖子，拔出拳头，跟康熙帝争了起来。康熙帝想到鳌拜势力太大，只好忍耐，由他把苏克萨哈杀了。
从那以后，康熙帝决心除掉鳌拜。他派人物色一批健壮有力的十几岁的贵族子弟担任侍卫。康熙帝把他们留在身边，天天练摔跤。
鳌拜进宫时，常常看到这些少年吵吵嚷嚷地在御花园里摔跤，只当是孩子们闹着玩，并不在意。
有一天，鳌拜接到康熙帝召见的命令，要他单独进宫商量国事。螯拜像平常一样大模大样地进宫去。刚跨进内宫的门槛，忽然一群少年拥了上来，将他围住，有的拧胳膊，有的拉大腿，一下子就把他打翻在地。任凭他大喊大叫，也没有人搭救他。
把鳌拜抓进大牢后，康熙帝马上让大臣调查鳖拜的罪行。大臣们认为，鳌拜独断专横，擅杀无辜，罪恶累累，应该处死。康熙帝从宽发落，革了鳌拜的官爵。
康熙帝除掉鳌拜，朝廷里一些骄横的大臣知道了这个年轻皇帝的厉害，就不敢在他面前放肆了。
康熙帝亲自执政后，大力整顿朝政，使新建立的清王朝渐渐强盛起来。但是，南方的三个藩王却成了康熙帝的一块心病。
这三个藩王是投降清朝的明军将领，一个是引清兵入关的吴三桂，一个是尚可喜，一个是耿仲明。因为他们帮助清朝消灭南明，镇压农民军有功，清廷便封吴三桂为平西王，驻防云南、贵州；尚可喜为平南王，驻防广东，耿仲明为靖南王，驻防福建，合起来叫做“三藩”。三藩之中，数吴三桂势力最大。
康熙帝知道要统一政令，三藩是很大的障碍，一定要找机会削弱他们的势力。他找来大臣们商议撤藩，可大臣们怕撤藩会引起反叛，都有顾虑。
康熙帝果断地说：“吴三桂早有野心。撤藩，他要反；不撤，他迟早也要反。不如先发制人。”接着，就下诏撤藩。诏令一下，吴三桂果然暴跳如雷。他自以为是清朝开国老臣，现在年纪轻轻的皇帝居然撤他的权，便决定造反。
吴三桂在西南一带势力强大，一开始，叛军打得很顺利，一直打到湖南。他又派人跟广东的尚之信（尚可喜的儿子）和福建的耿精忠联系，约他们一起反叛。这两个藩王有吴三桂撑腰，也反了。历史上把这件事称做“三藩之乱”。
康熙帝并没有被他们吓倒，一面调兵遣将，集中兵力讨伐吴三桂；一面稳住尚之信、耿精忠，停止撤销他们的藩王称号。尚之信、耿精忠一看形势对吴三桂不利，又投降了。
吴三桂开始打了一阵子后，力量渐渐削弱，处境十分孤立。经过8年战争之后，他自己知道无力回天，连悔带恨，生了一场大病死了。
清军平定了叛乱势力，统一了南方。正当朝廷庆贺平定叛乱告捷的时候，在我国东北边境又传来沙皇俄国侵犯边境的消息。