正如宋献策所料，清兵果然直驱长安，不曾向南追赶，所以大顺军在十分狼狈之后，能够在商州城郊停下来休息数日。高皇后仍无一点音信，可是田见秀率领一万人马赶到了。
李自成将商州城内的州衙门作为行宫，将州衡的大堂作为正殿。三四天后，得到禀报，知道田见秀全师退出长安，正在向商州赶来，尚有一日路程。李自成心中大喜，命吴汝义和张鼐前去迎接。田见秀将部队留在后边，随吴汝义与张鼐快马赶来。李自成正在正殿中与群臣议事，立刻传见。田见秀向他行了叩头礼之后，他命回赶快坐下，问道：
“泽侯，你没有遇到满洲兵么？”田站起来回答；“启奏皇上，胡人于十八日下午进城，臣于上午从长安退出，约摸在巳时以前就全军过了灞桥，转向蓝田路上，所以不曾与胡人相遇。”“噢，你是一直到十八日早晨才从长安退出的。可听到皇后的音信么？”“一点儿没有听说。”“长安城中可有人在背后谈论皇后的行踪么？”“百姓中已有谣言，说皇后没有同陛下一道，是在十三日夜间单独往西去了。”李自成的心中一惊，不觉暗暗地说：“皇后险了！”随即他又问道：
“留在长安的军粮你都烧光了么？”“臣未烧光。”李自成又一惊，问道：“为何不统统烧掉？”田见秀分明在思想上早有准备，躬身回答：“为着长安城中的贫苦百姓，臣未遵旨烧粮，请治臣以该死之罪！”李自成瞪大眼睛，怒视泽侯，说道：“你疯了？你说的什么？在这样干系重大的事情上你如何敢擅作主张，违背我离开长安时一再对你叮嘱的话？你是朕的心腹旧臣，长安事完全交你处分，十分信任于你，为什么竟敢如此大胆抗旨，将众多军粮留给敌人？你说！快说！”田见秀赶快跪下，低头不语。自从李岩兄弟被杀之后，他已经从许多事情上看清楚大顺皇帝因为兵败国危，变得暴躁多疑。但是他并不为自己分辩，只等候对他从严治罪。李自成看见田既不做声，也不惶恐，更加恼火，大声说道：
“你是怎么了？难道你铁了心抗旨到底，以为你同我共过多年患难，立过汗马功劳，国法可以不管你么？”田见秀终于抬起头来。坐在左边的牛金星、宋献策、喻上猷、顾君恩，坐在右边的刘宗敏、袁宗第、刘芳亮、郝摇旗、刘体纯、张鼐和吴汝义等文臣武将，都看清楚田见秀的那久经风霜的、在武将群中显得特别善良和敦厚的面孔上仍然保持着镇静，只是花白的胡须有点儿颤抖。宋献策已经猜想到田见秀不肯烧粮食的原因，私下颇为同情。他决定一旦皇上要斩田见秀，他就赶快跪下求情，并使眼色要牛金星也替泽侯求情。他又悄悄地望了皇上一眼，看见皇上的脸色铁青，神情十分严峻，眼睛里充满忿怒，露出杀机。他的心凉了半截，轻轻用肘弯碰了牛金星一下。牛金星明白了他的意思，回给他一个同意的眼色。
全场人都看见皇上的忿怒，都意识到老将田见秀犯了大罪，马上会大祸临头，但是没有谁敢做声，都在屏息等候。作为行宫正殿的州衙大堂上好像密云不雨，显出可怕的肃静。
突然，李自成将“御案”一拍，厉声问道：“田见秀！你究竟为什么不肯遵旨行事，将军粮留给敌人？快说！我等你说清楚以后再将你斩首！”田见秀又伏地叩头，然后回奏道：“臣明知不遵旨烧去军粮，罪无可道，可是遵旨烧粮，臣心实在不忍。长安平民无力逃跑的尚有两三万人，另有一两万人只是逃出城外，无处可去，只在近郊躲避。当留在城中的百姓听说我军都将撤走，不能带走的粮食将要放火烧掉，便在天色黎明时成群结队地来到粮仓外边，将粮仓大院围得水泄不通，哀求将粮食分给百姓救命。臣得守护粮仓的游击将军田成禀报，赶快亲自骑马前往察看，劝谕百姓散去，说圣上有旨，这粮食必须烧掉，以免落入敌手。众百姓起初是跪在雪地上向臣哀求，继而向巨痛哭。臣见百姓们满面菜色，十分可怜，答应了百姓们的恳求。为怕众百姓在纷乱中踏伤老弱，又派了五百将士，维持秩序，按人按户发放粮食。到了前半晌，那躲避在近郊的百姓们听到消息，都回城了，请求发放粮食。直到满洲兵到了临潼，城中穷百姓仍在分粮。臣下令赶快放火，但老百姓拚死围着粮仓，不让放火。臣又一次骑马赶到，一面劝谕百姓，一面下令放火。可是老百姓有的堵住粮仓的院落大门，有的跪在地上，阻止臣和亲兵们不能向前，成百上千的老百姓，驱赶不散，求臣救命，哭声震天。百姓哭，臣也哭。可怜长安和关中父老……”
田见秀忽然说不下去，热泪奔流。李自成没有做声，他的面前仿佛出现了伏地哀求的百姓影子，又仿佛听见了成百上千的百姓的震天哭声。他向群臣扫了一眼，看见大家都很感动，有的噙着眼泪。
“陕西是我们桑梓之地，”田见秀接着说，“我朝定都长安，却没有使长安和关中百姓享一天太平之福，所以臣对着饥饿百姓，不能不哭。后来，有十来个父老被推举出，向臣担保：当胡人过了灞桥往西，由老百姓自己放火，烧了粮仓，决不使粮食落入敌人之手。臣无可奈何，便只好暂不烧粮，赶快将人马撤出长安。后来听说，胡人到了灞桥以后，派了一千精锐骑兵，疾驰人长安，杀了十几个正在放火的百姓，灭了火势。臣要奏明的事情原委，就是这样。臣违抗圣旨，未烧粮食，罪该万死。处此军心涣散、纪律懈怠时候，请皇上赶快杀臣，以振军律。臣来看皇上，明知罪重，纵然斩首，也将欢乐归阴，决不求皇上降恩宽恕。”说毕，他从腰间取出来用黄缎包着的泽侯金印，膝行向前，将金印奉置“御案”，伏地等候发落。
李自成对如何处分田见秀，一时没了主意。虽然他深恨田见秀违旨，贻误军国大事，但是他也理解田见秀当时面对着长安饥民的心情。他想借此机会，拿田见秀严厉治罪，作个榜样，整肃军纪，但是又觉得心中不忍，也看出来众文武都有救泽侯之意，只是他正在盛怒，没人敢马上为泽侯求情。他望望伏地待罪的老将和抛在桌上的金印，想了一下，厉声说道：
“田见秀竟敢以粮资敌……押下去，听候从严议罪！”李自成在商州驻军数日，便率领十几万大顺军和随军眷属退到邓州。襄阳府尹牛佺亲自率领两千人马来到邓州接驾。因为邓州的灾情很大，无法供养大军。李自成便决定固守荆、襄，对抗清兵，命刘宗敏率领大军退往襄阳，牛金星率领喻上猷和顾君恩一同前去，在襄阳代他处理朝政。他自己则留下两万人马，在邓州和内乡境内驻扎，既为防堵清兵进攻襄阳，也为着安定军心。宋献策因为是最得力的谋臣，留在李自成的身边。在加紧部署军事，加修城墙和堡寨，向南阳境内征粮的同时，李自成派出许多细作，探听皇后的消息和清兵进入长安以后的动静。
由于接连挫败，大顺军的士气愈来愈低落，几乎是遇敌即溃，有不少向敌人投降，这情形使李自成对前途感到暗淡。从前，在最艰难的日子里，他自己没有灰心过，他手下的将士也没有人对他离心，而今天的情况却恰恰相反！这使他非常思念那些在十几年中跟随他备尝艰苦、不幸死去的忠勇将士，特别是想起来那位舍身救他逃出虎口的王吉元。李自成派人在邓州寻找王吉元的母亲，希望赶快将这位老人找到，再一次给她点银子周济。可是，吴汝义很快向李自成禀报：王吉元的母亲已经饿死了。
李自成向吴汝义问道：“上次我们路过邓州，给王吉元的老娘留下二十两银子，她怎么会饿死了？”吴汝义躬身回答：“臣亲自到了王吉元的那个村庄，村里人死的死，逃的逃，已经空了。村中房舍，有的给烧毁了，有的墙倒屋塌，有的房子还在，门窗全无，总之是人烟绝了。后来在邻村里找到了一个中年人，饿得走了相，三分像人，七分像鬼。他告诉臣说，崇祯十六年春天，皇上在襄阳时候，下令邓州、南阳各地驻军和百姓垦荒，发给种子。老百姓一时有了太平之望。不料我军在秋天打败了孙传庭，全师进入陕西。河南明归大顺，实际无主。邓州一带更乱。王光恩又从均州来，攻破城池。兵荒、匪荒加天灾，乡下人不死即逃，田地荒了，村子空了。那二十两银子，说不定是被土匪抢去了。反正王吉元的老娘就在去年荒春上饿死了，连尸首也没人掩埋！”李自成听了吴汝义的禀报以后，低下头去，半天没有说话。之后，他挥手使吴汝义退出，猛地站起，绕屋彷徨，深深叹气。
刘宗敏和袁宗第等离开邓州往襄阳时候，曾劝说李自成赦免田见秀，宋献策和牛金星也替因见秀说情。田见秀一直被软禁在李自成的御营中，等候发落。由于田见秀平日待人宽厚，资格又老，在军中威望很高，所以虽然皇上说要从严治罪，御营的将士们却仍然待他很好。他自己分明将祸福置之度外，从不托人为自己求情，也不上表向皇上申辩。他连战争的消息也不肯打听，有时在帐中焚香诵经，有时自己洗衣服，补衣服，完全素食，生活简单朴素得如同老僧。
到了二月下旬，军情渐紧，李自成这才决定离开邓州。动身的头一天晚上，大约在二更时候，李自成传旨召见田见秀。田见秀正在闭目打坐，睁开眼睛，明白了果然是皇上召见，便将手中的念珠放下，跟随前来传旨的御前侍臣去了。