亲耕借田，免输天下各处田租。未几，又统免天下田租。命皇后亲蚕。命翰林为文，无事浮藻。禁四六文辞。诏天下郡县皆立学。群臣亲老者许归养。天下大定，惟伪夏主明升。尚据巴蜀。洪武四年正月，上命汤和为征西将军，同杨璟、廖永忠、周德兴、曹良臣等，率舟师自荆湘，由瞿塘趋重庆；傅友德为征虏将军，同顾时、陈德、汪兴祖等，率骑自陕西，由秦陇趋成都。太祖密渝友德曰：“蜀人闻吾西伐，必悉其精锐东守瞿塘，北阻金牛，若出其不意，直捣阶、文，门户既隳，腹心自溃。”友德顿首受命。傅友德进兵，扬言出金牛直捣阶、文。
连战克阶、文、绵、汉四州。廖永忠乃与汤和分道并进，约会重庆府。永忠师行，沿江州县望风奔附，乘胜抵重庆。明升君臣大惧。其臣刘仁劝升奔成都。母彭氏曰：“事势如此，纵往成都，不过延命旦夕，何益？不如降也。”升遂面缚衔璧奉表降。蜀地悉平。明升至京师，上封为归义侯。遣使祭历代帝王陵寝。置通政使，禁奏事，不许关白中书。纵苑中禽兽，惟以虎缚送光禄寺。禁僧道闲游，无度牒者，不许越境。每县只许存寺观一所，月具结，男女非年过四十者，不许为僧尼。定大明律法。
上欲相胡惟庸，刘基力言其不可，勿听，竟相惟庸。惟庸谗刘基，上夺刘基禄，基遂留京师。胡惟庸欲谋乱，忌基，鸩杀之。十三年丞相胡惟庸谋逆，诳言所居井涌沣泉，邀上往观。
乘舆将出，内侍云奇知其谋，勒马言状，气方勃舌，不能达意，上怒其不敬，左右挝捶乱下，奇垂毙，尚手指贼臣第，弗为痛缩。上方悟，登城眺察，见惟庸第内兵甲伏屏帷间数匝。上亟返。遣兵围其第，罪人一一就缚，悉诛之。上召云奇，死矣，深悼之，追封右少监，赐葬钟山。胡惟庸辞连李善长，上赦之。
宋濂、孙宋慎，坐党逆被刑，籍其家，械濂至京师。上怒，欲诛之。皇后谏曰：“宋濂亲教太子、诸王书，岂若是恝？况濂致仕家居，必不知。”上乃使宋慎茂州安置，至夔州卒。胡惟庸死，上乃思刘基，以基孙封为诚意伯。
时天下已定，惟元梁王把匝刺瓦尔密据云南，杀信使。十四年九月，上命颖川侯傅友德为征南将军，永昌侯兰玉、西平侯沐英为副将军，帅师三十万，以征云南，上饯于龙江，授以成算，旌旗蔽江而上。友德至湖广，分遣都督郭英等帅兵五万，由四川趋乌撒。友德等帅大兵，由辰沅趋贵州。友德等师至普安，元梁王把匝刺瓦尔密，遣平章达里麻，将精兵十余万，屯曲靖，以拒明师。而兵方到，友德倍道疾趋，出其不意，径至曲靖，忽大雾四塞，冲雾而行，阻水已临白石江矣。顷之雾霁，达里麻望见大惊。友德欲济，沐英曰“不可。”乃整军临流欲济，潜遣数十百人从下流渡，出其后，于山谷间鸣金鼓树旗帜，为疑军，达里麻急撒众御之，沐英乃拔剑督师济江。元阵动，明师奋击，大破之，生擒达里麻，遂平曲靖。友德分遣兰玉、沐英帅师趋云南，而自以众数万向乌撒，为郭英等声援。把匝刺瓦尔密闻达里麻败，弃城走，驱妻子俱赴滇池而死。兰玉、沐英等师至云南，元右丞观音保出降，云南平。自出师至平云南，仅百余日。云南平后，上召傅友德班师，沐英留镇云南。
沐英，定远人，上初起兵时，养以为子，故命之留守。
命天下朝觐官，各举所知一人。遣使求经明行修之士。江夏秀士曾泰，有学行，上以为户部尚书。皇后马氏崩。后性恭俭宽仁，每劝上积德，不可枉杀人，上甚贤之。及崩，上终身不立后。诏选高僧，分侍诸王。有僧道衍者，姓姚，名广孝，苏州人。幼出家，改名道衍，字斯道，好读书，工诗文，遇异人傅信。能预知人休咎。文皇在燕邸，广孝自请于燕王曰：“殿下若能用臣，臣当奉白帽子与大王戴。”至是燕王自求广孝于上，许之。遣御史录囚于诸省。颁行科举成式。定生员巾服之制，上亲视，必求典雅，凡三易其制，始定斓衫。诏公侯各还乡，赐赉有差。时帝大杀京民之怨逆者，李善长请免其戚数人，上大怒，遂赐死。上命大将军兰玉征沙漠，兰玉深入，至捕鱼儿海，侦知元主营在海东八十里，遂乘风沙，直薄其营。元主惊遁，玉追千余里，不及而还。获元主次子地保奴及后妃公主一百三十余人。又获吴王朵儿只等将相官校三十人，男女七万，马驼五万。上大悦，下玺书褒之。玉****元主妃，秋七月师还，上闻其事，切责之。
二十五年，皇太子标崩，谥曰懿文太子，甚有贤行。及崩，以嫡孙允枚为皇太孙。凉国公兰玉恃功横暴，以上数裁抑之，乃聚甲士家奴，伏甲将为变。事觉，磔玉于市，夷其族。一时公侯大吏以至偏裨将卒，坐党论死者二万余人，并前胡惟庸党，前后所诛共四万余人。又帝因元宵灯谜画一妇人，手怀西瓜，乘马，而马后脚甚大。上曰：“彼以皇后为戏谑，盖言淮西妇，马后脚大也。乃大杀京民之不守本分者。又尝微行，遇一老妪，呼帝为老头儿，乃大杀京民之怨逆者。二次所杀，又数万人。
此外以疑似诛杀者甚众。呜呼！亦惨矣哉！
帝聪明睿知，神武性成，收揽英雄，平定四海，纳谏如流，求贤若渴。重农桑，兴礼乐，褒节义，崇教化，制度咸宜，近古以来，未之有也。然性严明，果于诛杀，一时开国元勋鲜克令终，此则其所短也。在位三十一年，戊寅闰五月，帝崩，寿七十一岁。太孙允枚即位，是为建文皇帝。以遗诏，遣使诸王入临。上皇祖考谥曰钦明启运峻德成功统天大孝高皇帝，庙号太祖。尊母吕氏为皇太后，追尊父懿文太子为兴宗孝康皇帝。诏行三年之丧，而不废政事。卓敬密秦裁抑宗藩，疏入不报。
于是燕、周、齐、湘、代、岷诸王，颇相煽动。齐泰黄了澄首建削夺之义，齐泰欲先削燕，黄子澄请先削其党。乃命李景隆至河南，执周王橚及其世子妃嫔送京师，削爵为庶人，迁之云南。燕王见周王被执，遂简壮士为护卫，以钩逃军为名，致招异人术士。浙江鄞人袁珙，善相术，道衍尝游嵩山佛寺，遇珙，珙相之曰：“宁磐胖和尚乃尔耶？目三角彯白，形如病虎，性必嗜杀，他日刘秉忠之流也。”衍大喜，至是荐珙于燕王。王使召之至燕，使人与饮于酒肆，王易服杂卫士中，亦入肆饮。
珙一见即趋拜王前曰：“殿下何自轻若是，殿下异日太平天子也。”王大喜，馆珙于道衍僧舍，荧惑守性。四川岳池教谕程济，通术数，上书言北方兵起，其在明年。朝议以济妄言，召入，将杀之。济曰：“陛下幸囚臣，至期无兵，杀臣未晚也。”
乃囚济于狱。
燕王入朝，行皇道而入，登陛不拜。监察御史曾凤韶，劾王不敬。帝曰：“至亲勿问。”户部侍郎旧敬密奏曰：“燕王智虑绝人，酷类先帝，夫北平者，强干之地，金、元所由兴也，宜徙封南昌，以绝祸本。”上亦不听。燕王归即称疾，久之，遂称疾笃。太祖小祥，燕王遣世子高炽及其弟高煦、高燧至京师，齐泰、****祖请留之，徐增寿力保其无他。上遣高炽等还，燕王大喜曰：“天赞我也。”上遣使执湘王柏，王怒，焚其宫室美人，己亦乘马执弓，跃入火中而死。又废岷王梗、齐王榑、代王桂为庶人。燕护卫百户倪谅，上告燕官于谅周铎等阴事，言欲为变，逮系至京，皆戮之。有诏责燕王，王乃佯狂称疾，走呼市中，夺酒食，语多妄乱。或卧土壤，弥月不苏。张昺谢贵入问疾，王盛夏围炉摇颤，曰：“寒甚。”宫中亦杖而行，朝廷稍不以为意。燕府长史葛诚密告昺，贵日：“殿下本无恙。公等勿懈防；恐一旦事不可测。”贵等谋益急。齐泰奏遣内官逮燕府官属，又密敕北平都指挥使张信，使手执燕王。信惊告其母，母曰：“不可，若父尝言王气在燕分，王者不死，非汝所能执也。”信乃往燕邸请见，召人，拜于床下。燕王佯为风疾，不能言。信曰：“殿下无尔也，有事当以告臣。”王称疾益坚。信曰：“王果无意乎？臣奉密敕在此，当就执。”王始以诚告之。疾召僧道衍与谋。适檐瓦堕地而碎，王不怿。道衍曰：“天欲殿下易黄瓦耳！”王乃喜，遂与定谋。
时谢贵等集兵布阵围王城，又以木栅断端礼门。燕王急呼护卫指挥张玉、朱能等将八百人入卫。燕王曰：“彼军满城，而吾兵甚少，奈何！”朱能曰：“先擒谢贵、张昺，余无能为矣。”燕王曰：“是当以计取之。今奸臣遣内官来逮官属，依所坐名收之。”就令内官召贵、昺付之，将必入，入则缚之。明日，燕王称疾愈，御东殿，伏兵左右。贵、昺不深虑，果入，为壮士所缚。于是两庑伏兵尽出，捽葛诚下殿，燕王掷杖起曰：“我何病，为汝辈奸臣所逼耳。”遂曳贵、昺、诚，皆斩之。
围者惊相告，贵、昺兵皆溃散，遂据北平。以太祖祖训有云：“内有奸臣，许藩王起兵，以清君侧之恶。”因以诛齐泰、黄子澄为名，去建文年号，仍称洪武三十二年。号所起兵曰靖难，署官属，以张玉、朱能、邱福为都指挥佥事。燕王棣上书，请诛奸臣齐泰、黄子澄，诏削燕王属籍。燕王遣张玉降通州，破蓟州，燕兵陷怀来，而开平、龙门、上谷、云中守将，往往降附。
时帝方锐意文治，日与方孝孺等讨论周官法度，以北兵为不足畏。黄子澄谓北兵素强，不早御之，恐河北遂失。乃以耿炳文佩大将军印，以李坚、宁忠为左右副将，帅师三十六万北伐。又命安陆侯吴杰、江阴侯吴高等，帅师并进。擢程济为军师，护诸将北行。众号百万，数道并进，直捣北平。檄山东、河南、山西三省合给军饷。帝诫诸将士曰：“一门之内，自极兵威，乃不仁之极。尔将士务体此意，无使朕负杀叔父之名。”
耿炳文至真定，率所部兵分营滹沱河南北。徐凯率兵十万驻河间，潘忠驻莫州，杨松帅先锋九千人据雄县。燕王乘其中秋不备，亲率兵破雄县，杨松与麾下九千人皆战死。王度潘忠在莫州，引兵来救，乃伏兵桥侧，匿水中。既而忠等果至，王进兵迎击，伏兵起，忠腹背受敌，趋桥不得，遂生擒忠。王率师直趋真定，耿炳文部将张保迎降。言耿炳文兵三十万，先至者十三万，分营滹沱河南北。燕王以为率兵薄北岸，则南岸之众渡河，击之恐难取胜，乃厚抚张保遣归，使言雄、莫败状。令炳文并其军。保归，诈言兵败被执，窃马逃归。因言燕兵旦夕且至，若河南兵移并北营，庶可并力御敌。炳文遽用保言，移其营。燕王遣张玉、谭渊、马云、朱能等率兵奋击。王以奇兵出其背，循城夹击，横贯南阵，炳文大败，奔入真定，斩杀几五万，溺死无算。炳文素称老将知兵，至是败，帝有忧色，召群臣问计。黄子澄曰：“胜负兵家常事。区区一隅，岂足以当天下之力。愿调兵五十万，四面攻之。众寡不敌，必成擒矣。”
曰：“孰堪将者？”子澄曰：“李景隆文武全才也。”帝然之。
亲饯景隆于江浒，召耿炳文还京师。李景隆乘传至德州，收集耿炳文败亡将卒，并调各路军马五十万，进营于河间。燕王闻之。呼景隆小字曰：“李九江膏梁竖子耳，寡谋而骄，未尝习兵，付以五十万众，是自坑之也。”乃谋出外以诱之。
初，太祖诸子，燕王善战，宁王善谋。帝恐宁王与燕合，诏削宁王三护卫，燕王闻之喜曰：“取大宁必矣。”乃遣宁王书，告以穷蹙求解，而阴帅师趋大宁，驻师城外。燕王单骑入城会宁王，执手大恸，言北平旦夕且破，非吾弟表奏，吾死矣。宁王为草表谢，请赦其罪。居数日，情好甚洽，燕王辞去。宁王出饯郊外，伏兵起，遂拥宁王及妃妾、世子、宝货还北平。