不久，明朝皇帝朱诩钧为了充实国家书库，下令全国各地向朝廷献书，李时珍的儿子李建元将《本草纲目》献给朝廷。朝廷批了“书留览、礼部知道”七个字，就把《本草纲目》搁置一边。1596年，南京的私人刻书家胡承龙的刻印了《本草纲目》，圆了李时珍的心愿，而此时已距李时珍去世三年。公元1603年，《本草纲目》在江西再次翻刻。从此，在国内得到广泛的传播，成为医生们的必备书籍。据不完全统计，《本草纲目》在国内至今有30多种刻本。从17世纪起，《本草纲目》陆续被译成日、德、英、法、俄等国文字。1953年出版的《中华人民共和国药典》，共收集531种现代药物和制剂，其中取自《本草纲目》中的药物和制剂就有100种以上。
《本草纲目》的成就，首先在药物分类上改变了原有上、中、下三品分类法，采取了“析族区类，振纲分目”的科学分类。从无机到有机，从简单到复杂，从低级到高级，这种分类法在当时是十分先进的。尤其对植物的科学分类，要比瑞典的分类学家林奈早200年。
《本草纲目》不仅在药物学方面有巨大成就，在化学、地质、天文等方面都有突出贡献。在化学方面，它较早地记载了纯金属、金属、金属氯化物、硫化物等一系列化学反应，同时又记载了蒸馏、结晶、升华、沉淀、干燥等现代化学中应用的一些操作方法。李时珍还指出，月球和地球一样，都是具有山河的天体，“窃谓月乃阴魂，其中婆娑者，山河之影尔”。
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《本草纲目》是几千年来祖国药物学的总结。这本药典，不论从它严密的科学分类，还是从它包含药物的数目之多和流畅生动的文笔来看，都远远超过古代任何一部本草著作，是我国药物学的宝贵遗产，对后世药物学的发展作出了重大贡献。
《本草纲目》不仅是我国的一部药物学巨著，也不愧是我国古代的百科全书。正如李建元《进本草纲目疏》中指出：“上自坟典、下至传奇，凡有相关，靡不收采，虽命医书，实该物理。”达尔文称赞它是“中国古代的百科全书”。
《脾胃论》：倡导培补脾土的著作
《脾胃论》，“金元四大家”之一李东垣撰，3卷，1249年成书，为其晚年之作，也是集中反映他医学理论的代表著作。
全书由医论38篇、方论63篇组成，分上、中、下三卷。上卷分别阐述了脾胃生理特性、病理变化及在发病学上的认识意义，宗《内经》、《难经》之旨而发挥之，并附升阳益胃汤等诸方，论述各症治疗之法；中卷就气运衰旺等专题作进一步阐发，并译述补中益气汤、调中益气汤等补脾胃诸方的主治应用、加减配伍；下卷着重论述脾胃虚损与其他脏腑、九窍的关系，以治疗饮食伤脾等证诸方、有关治验。
全书尊崇《内经》“人以水谷为本”的宗旨，以“人以胃气为本”的思想为基础，着力阐发“内伤脾胃，百病由生”的病机理论，倡导培补脾土、潜降阴火的治则思想，形成较为系统的脾胃内伤病的辨证论治理论体系。书中用方虽多延用《内外伤辨惑论》，但又作了进一步的理论阐发，总以培土补中、甘温除热、甘寒泻火为原则。
李东垣著《脾胃论》，始终贯彻着“发明脾胃之病，不可一例而推之，不可一途而取之，欲人知百病皆由脾胃衰而生也”（《脾胃论？脾胃盛衰论》）的原则。因此，其说以脾胃在人体中的重要作用为起点，徐徐展开，在《内经》的基础上全面而细致地论述了脾胃衰而五脏病、他脏病必累脾胃的过程。
可以说，李东垣十分重视脾胃气机的动态平衡，以动制静，辛甘温药也好，甘苦大寒之剂也好，即便是不擅升降流动的药物，也要用火制或者酒制的方法，让它既能上行至顶，又能下达肝肾。他使用“升阳”之法，而非补阳，利用辛甘温药与升散药物相结合的方法，使阳气得以生发之后，又能够借升药之力发散于阳分，如此精妙的用药法度，体现了其深厚的理论基础和炉火纯青的临床技巧。
由此可见，理法上，李东垣提出了“脾胃元气”说，而方药上，他重视解决“动态”中的阴阳平衡。我们可以将“元气充足”视为鸟影不移，那是气机通达，阴阳调和，一种动态的平衡，升降浮沉，连续不断，未尝移也，未尝停也。而由各种原因导致脾胃之气受伤，元气受损，气机的升降浮沉受制，原本未尝间断的流动状态出现了停滞，一停人体就会生病。
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本书是作者创导脾胃论学说的代表作。李氏根据《内经》“人以水谷为本”的观点，强调补益脾胃的重要性。全书围绕一中心议题，结合内科杂病的辨证论治予以阐析。书中对于饮食劳倦等引起的脾胃病，提出“甘温除大热”的学术理论，创用补中益气汤、升阳益胃汤等治疗方剂，具有较好的疗效，对后世有较大的影响。
《温病条辨》：温病学派代表作
《温病条辨》是温病学派的代表作之一，其作者是我国清代著名的温病学家吴鞠通。
吴塘（1758～1863年），字鞠通，江苏淮阴人，清代著名医家。他19岁时父亲因病去世，他心中悲愤，以为“父病不知医，尚复何颜立天地间”，感到为人子而不懂得医学，就无法尽孝，于是立志学医。4年后，他的侄儿患了喉疾，请了大夫以后，使用冰硼散吹喉，可病情反而加重了，又请来几位大夫治了一番，竟然全身泛发黄疸而死。吴鞠通当时学医未成，深感痛心疾首，他的境遇竟与汉代张仲景感于宗族数百人死于伤寒而奋力钻研的情形极其相似。吴鞠通发奋读书，精究医术，终成温病大家，是温病学派的最高成就。
《温病条辨》是我国中医四大经典之一，对传统医学的贡献非常大。
首先，书中创立了“三焦辨证”的学说，这是继叶天士发展了张仲景的六经辨证、创立卫气营血辨证方法之后，在中医理论和辨证方法上的又一创举。
“三焦辨证”法就是将人体“横向”地分为上、中、下三焦。上焦以心肺为主，中焦以脾胃为主，下焦包括肝、肾、大小肠及膀胱。由此创立了一种新的人体脏腑归类方法，此法十分适用于温热病体系的辨证和治疗，诊断明确，便于施治。
第二，《温病条辨》对各个季节的温病，如冬温、风温、春温、湿温、暑温等的特点、变化规律和治疗方法进行了清晰详尽的论述，使辨证与辨病有机地联系起来。此外，《条辨》在温病治法上的承前启后作用，也不可磨灭。如对安宫牛黄丸、紫雪、至宝作用的阐述，为后人应用提供了宝贵的经验，直到今天，我们在治疗温病高热时，往往还依靠“三宝”使患者安渡难关，这是中医不用物理降温之法，而又绝少留下后遗症的关键所在。又如雪梨浆与五汁饮等，解决了高热患者的补液问题。
第三，该书的另一显著特点是强调注意保护阴液。“温为阳邪，最善发泄，阳胜必伤阴”，强调根据温病不同时期采用不同的保阴护液方法，如初期主用辛凉，以透邪于外；中期主用甘寒、咸寒，以清热保阴；后期主用甘咸重浊，以滋阴潜镇。还强调不可滥用苦寒之药，不可见小便不通，即用淡渗通利之品，所有这些都是他出于顾护津液的考虑，是对温病学内容的完善。
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《温病条辨》使得中医的基本治法在外感病和热性病方面得到了进一步的完善。在划分中医“四大经典”的时候，有一种划法，就是将吴氏的《温病条辨》与汉代的《黄帝内经》、《伤寒论》和《神农本草经》并列为中医的“四大经典”。可见，该书在中医理论发展史上的重大意义。
同仁堂：同修仁德，济世养生
北京同仁堂是中药行业著名的老字号，创建于清康熙八年（1669年），其产品以配方独特、选料上乘、工艺精湛、疗效显著”而享誉海内外。同仁堂的创办人姓乐，是浙江宁波人，祖上早在明永乐年间就来到北京，几代人都是以行医卖药为业。到了清初，乐家的后代乐尊育进入太医院，当过吏目。他立志提高中药的质量，于是就在前门外打磨厂开办了一家制药作坊，后来又将“乐家老铺”改名“同仁堂”。
乐尊育的儿子乐梧岗在康熙十四年（1675年）乡试落第，于是继承父业在大栅栏开办同仁堂药店。同仁堂前边是店，后边是作坊，自制自卖。由于同仁堂一向注重药材的质量，信守“炮制虽繁，必不敢省人工；品味虽贵，必不敢减物力”的承诺，同仁堂的中成药在市面上一向声誉很高，像治疗乙型脑炎的安宫牛黄丸，治疗半身不遂的再造丸，治疗筋骨麻木的大活络丹，治疗关节炎的虎骨酒，治疗中风不语、口眼歪斜的苏合香丸，治疗高烧不退的紫雪散，治疗痰火内发的牛黄清心丸，治疗妇女不孕症的女金丹，治疗神志不清的局方至宝丹，治疗神经衰弱的参茸卫生丸，被称为同仁堂的十大王牌。
同仁堂生产的中成药有400多种，大部分都经过反复实验，配方合理，剂量合适，有明显的疗效。同仁堂对药材的质量要求很严，早年间所有的药材都从河北安国县的药材市场上购买，后来也由北京的四大药行供货。药材商们总是把最好的药材卖给同仁堂。在安国的全国最大的药材市场上，药材商们都要等同仁堂来人后才开市，因为同仁堂的收购量大，出价高。对一些珍贵药材例如人参、麝香，同仁堂还派出专人去产地采购。
从清雍正元年（1723年）开始，同仁堂就开始专门为清宫御药房提供中药了，连皇帝、后妃吃的药也是同仁堂制作的，这样同仁堂就从经费上获得了朝廷的大力支持，有时清宫一次拨给同仁堂的经费就够用上几年的。同仁堂多次为宫内办药，都要先由太医院奏明皇帝，再下圣旨到全国各地，命令各地将上好的药材上贡送到北京。
每年冬天，同仁堂都要开办粥厂，使那些饥寒交迫的贫民勉强能够糊口。此外，同仁堂还要施舍棉衣给那些衣不蔽体的穷人。每年夏天，同仁堂则向穷人发放一些治疗预防中暑的药。同仁堂举办的这些慈善事业，是从药店经营的利润中提取的，据说能占到利润的三分之一。尽管这些举措并不能从根本上改变穷人的生活状况，但是这种疏财济贫的义举毕竟是值得称道的。
1900年八国联军入侵北京期间，大栅栏地区的一场大火将同仁堂铺面的前庭烧毁，家具和珍贵的医书也被烧毁，一些侵略军官兵常到店中骚扰勒索，使同仁堂的损失很大，后来经乐印川妻子许氏的努力，同仁堂逐渐得到恢复。
北京沦陷期间，日本商人也想染指同仁堂。他们派人向乐家提出入股的要求，乐家人花了很多钱找权贵疏通，总算躲过了一场灾祸。抗战胜利后，元气尚未恢复，同仁堂又在金圆券急剧贬值的风波中损失惨重。库存的珍贵药材亏损殆尽，无力支付职工工资。
直到新中国成立后，同仁堂才获得新生，药店翻修一新，拥有三家药厂，成为北京最大的中药店，全国四大药店之一。
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安宫牛黄丸、牛黄清心丸和大活络丹都是同仁堂的王牌药。安宫牛黄丸对热病，温邪入里引起的中风痰壅、高热不退、惊风抽搐等病症有显著疗效；牛黄清心丸主要用于清心化痰，镇惊祛风；大活络丹主要用于风寒湿痹引起的肢体疼痛、手足麻木等。
胡庆余堂：北有同仁堂，南有庆余堂
在杭州秀丽的吴山北麓，坐落着器宇轩昂、金碧辉煌的古建筑群，这就是闻名遐迩的“江南药王”——胡庆余堂国药号。
杭州胡庆余堂，是中国中药界最富历史风貌、最具人文特征的企业之一。它是国内保存最完好的晚清工商型古建筑群，是徽派建筑风格之典范。古建筑占地8亩，面积4000平方米，分隔为“三进”，呈“前店后厂”布局。建筑四周，筑以高达12米的“神农式”封火墙，墙上书有“胡庆余堂国药号”七个大字，20平方米见方一个字，将那幢晚清建筑凸显得大气、沉稳而又不失神秘和灵动。整个建筑形制宛如一只仙鹤，栖居于吴山脚下，寓示“长寿”。“北有同仁堂，南有庆余堂”胡庆余堂是清末著名红顶商人胡雪岩集巨匠，摹江南庭院风格，耗白银30万两于1874年创立，整座建筑犹如仙鹤停驻在吴山脚下。胡庆余堂承南宋太平惠民和剂局方，广纳名医传统良方，精心调制庆余丸、散、膏等，药效显著。
胡庆余堂旨在传承我国第一部南宋钦定的《太平惠民和剂局方》制药规范，并在此基础上逐渐形成了自身独特的中药体系。1934年，编辑成册的《胡庆余堂简明丸散全集》，共收录了482个成药处方，其中冠以“胡氏”处方的就有数十个，如胡氏秘制益欢散、胡氏秘制镇坎散、胡氏痧气夺命丹、胡氏神效如意保和丸等。胡庆余堂在制药技艺方面也颇具特色，如斋戒沐浴做辟瘟丹、金铲银锅制紫雪丹、密室诵诀碾龙虎丸、吊腊壳等，这些传统技能，经过一代代技艺精湛的药工之手，在胡庆余堂传承下来。
百舸争流，大浪淘沙。创业伊始，胡雪岩即在营业大厅门楣上镌刻上“是乃仁术”四个大字，大厅内高悬“真不二价”金字匾额。尤能使庆余人鉴心明意的是至今仍挂在店堂内侧，高3米、宽0.9米的“戒欺”篇，其云：“凡百贸易均着不得欺字，药业关系性命尤为万不可欺……采办务真，修制务精……”寓托了胡庆人的职业道德和对药材质量的执著追求。当年胡雪岩特制的金铲银锅现保存完好，成为佐证医药行业的珍奇瑰宝。