二是减少了对个体私营经济的贷款。受国家信贷政策影响，私营企业面临资金不足的实际困难。在改革开放初期，大部分个体工商户和私营企业是靠银行贷款和向个人筹借资金搞起来的，因而在开办之初就缺乏足够的资金。由于许多私营企业自有流动资金少，在生产过程中经常需要靠国家贷款以解燃眉之急。在治理以前，党和政府大力扶持和保护个体私营经济，采取了许多优惠政策，个体户和私营企业很容易取得银行贷款，且利率较低。随着国家紧缩银根和对私营企业贷款的减少，私营企业的发展遇到了资金不足、原材料紧张、“三角债”等一系列问题。与国营体企业相比，私营企业贷款难度加大，而且贷款利率也明显高于个体企业。1988年集体商业企业三个月以上的贷款利率为7.92％，而私营企业贷款利率为8.7％，并规定必须提供贷款保证。即使提供了贷款保证，也很难获准贷款，因为银行首先要保证国有或集体企业对资金的需求，私营企业只能排在最后。另外，这一时期企业之间普遍存在的相互拖欠货款的所谓“三角债”现象，私营企业的资金周转和正常的生产受到影响，加剧了私营企业的资金困难。除此之外，有些政府部门不顾企业的经营状况及私有企业主的意愿，以行政命令的方式对私营企业乱摊派、乱收费，也增加了企业的经济负担，造成生产资金更加紧缺，严重影响了他们的生产积极性，直接导致了个体私营经济的大幅度滑坡。由此可见，国家政策的变动对个体私营经济影响之大。
三是随着对个体私营经济规范化管理的加强，客观上导致个体私营经济在数量上的减少。在治理整顿过程中，党和政府还加强了对个体私营经济的整顿和监管。由于个体经营者的生产经营不受国家计划约束，而是主观地选择经营项目，这就必然在客观上造成经营方向和经营品种的盲目性和随机性。与此同时，由于个体私营经济发展过快，缺乏必要的法律规范，也暴露出不少问题。
一些商户和企业采取非法手段牟取暴利，偷税漏税，违法经营，引起了群众的不满。另外，在私营经济发展的初期，一些地方政府的确存在着对私营企业重鼓励、轻引导；重扶持、轻调控；重发展、轻限制的问题。在贷款、资源、税收、场地等方面敞开口子，大开绿灯，从而导致私营企业重复建设、盲目上马的现象十分普遍，积累的问题越来越多，也越来越严重。针对这些情况，党和政府加强了对个体私营经济的规范化管理。江****在新中国成立四十周年的讲话中明确提出：对个体私营经济的方针，“一是要鼓励他们在国家允许的范围内积极发展；二是要运用经济的、行政的、法律的手段，加强管理和引导，做到既发挥他们的积极作用，又限制其不利于社会主义经济发展的消极作用”。
可以说，对个体私营经济的整顿和规范化管理是非常必要的，有利于其健康发展，因此，这一举措有其积极的一面，但也不可避免地导致个体工商户和私营企业在数量上的萎缩。
总之，由于受到治理整顿和社会经济环境的影响，我国的非公有制经济从1988年下半年开始逐渐放慢了快速增长的步伐，加之此后国内政治因素的影响，个体私营经济出现了前所未有的大滑坡。
3.政治气候的剧变与“左”倾思潮的抬头
1989年政治风波对非公有制经济的冲击表现为：对个体私营阶层政治参与的限制——不准私营企业主入党。1989年春夏之交，发生了一场波及全国的政治风波。由于国内政治气候的剧变以及此后国际形势的剧烈动荡，党内“左”的思想一度有所抬头，非公有制经济生存的政治环境发生了较大的变化。受其影响，我国对非公有制经济的政策开始失衡。在一个时期内，中央和各地报刊上陆续发表了一些批判“私有化”的文章。在舆论导向上，讲个体私营经济“弊”的多了，讲“利”的少了，在一段时间内造成党的政策似乎要变的紧张气氛。受国内政治形势急剧变动的影响，个体私营经济举步维艰。
1989年8月28日，****中央下发了《关于加强党的建设的通知》（即中央9号文件）。明确指出：我国的私营经济中存在剥削，私营企业主不能入党。
《通知》强调：中国共产党是工人阶级的先锋队，不是全民党。在党的性质问题上，不能有任何含糊。在政治方向上决不能“不问姓社姓资”。“私营企业主同工人之间实际上存在着剥削与被剥削的关系，不能吸收私营企业主入党。
已经是党员的私营企业主，除应模范地遵守国家政策法令、依法经营、照章纳税外，还必须坚持党的理想和宗旨，严格履行党员义务，自觉接受党组织的监督；在企业的收入分配方面，领取作为经营管理者应得的收入，而把企业税后利润的绝大部分用作生产发展基金，增加社会财富，发展公共事业；要平等对待工人，尊重工人的合法权益。做不到这些的，不能再当党员”。可以说，这一规定的出台，既有其深刻的社会政治背景，也有深层次的认识原因。尽管这一时期党和政府仍然强调，个体私营经济是社会主义公有制经济的补充，个体工商户和私营企业主的正当经营和合法权益，应当受到保护。但是，正如当时一位党的重要领导人所指出的那样，发展非公有制经济绝不能削弱或取消公有制经济的主体地位，更不能实行经济私有化。至于“非公有制经济在我国国民经济中所占比重和发展领域，要根据我国现实的生产力水平和客观需要来确定，不能简单地把它所占比重的大小作为衡量改革成绩的标志”。当时，党内不少人担心，“如果允许私营企业主入党，让他们在党内形成一种政治力量发展下去，党的工人阶级先锋队性质就势必发生变化”。他们看到，私营企业主同工人之间存在剥削与被剥削的关系，害怕这些人一旦入了党，就要当官、要掌权，要影响党和政权机关的决策。甚至使党的基层政权组织受其操纵，代表他们的利益。长期以来，由于“左”的思想观念潜移默化的影响，在一些人头脑中形成了以阶级斗争为纲的思维定式。正是这些旧的思想观念不时作祟，加之对经典作家某些论断的教条式理解，最终导致思想上的严重僵化。在他们看来，如果允许这些新兴社会群体的代表入党，就势必会在党内形成新的利益集团，届时共产党内部将发生严重分化，党的性质也将随之发生蜕变。一旦资产阶级的代言人控制了党的领导权，党内便会产生“修正主义”，我们党的无产阶级先锋队性质将不复存在。这显然是受“**********”时期思维方式的左右，仍然以“左”的眼光看待改革开放实践中出现的新问题。由于不少人对社会转型时期社会阶层、群体的分化与整合缺乏应有的了解。只能以旧有的模式和框架作为衡量党的先进性的标准，并据此得出脱离实际的推测和臆断。由于中央9号文件中明确指出私营经济中存在剥削、私营企业主不能入党这两大问题，在社会上引起了很大震动。这一举措，无疑加大了对私营企业主这一社会群体的政治压力，严重弱化了前一时期保护和发展非公有制经济的正确政策。
尤其在治理整顿期间本来就步履维艰的私营企业，此时更是如履薄冰。人们对党和政府的个体私营经济政策充满了疑虑，担心党的政策迟早会变。
从1989年下半年开始，******、国家工商行政管理局、国家税务总局、劳动部等部门相继发出通知或颁布有关规定，加大了对个体户和私营企业的规范化管理，尤其是税收征管的力度，并制定了严厉的处罚措施。从这次整顿的效果来看，它主要体现在以下几个方面：
首先，强化了对个体私营经济的规范化、制度化管理，促进了守法经营并且收到了较好的效果。例如对私营企业实行年度检验制度，以便使管理机关准确了解私营企业每年的生产经营情况、雇工人数、纳税情况以及是否有违法违章行为等等。这显然有利于对私营企业实行有效的监督管理。而《个体工商户档案管理暂行办法》的制定，也为工商行政管理机关加强对个体工商户的监督管理提供了重要依据，便于将个体工商户的登记资料、日常监督管理记录及有关资料建档、归档，并进行有效的管理和利用。此外，有关部门还要求私营企业和达到一定经营规模的个体工商户，都必须建账，以便于税务机关查账征税。在生产经营活动中，必须按照国家有关规定如实开具和取得票证等。这次对个体工商户的清理整顿，从1989年下半年开始，到1990年上半年初步告一段落。据14个省市的不完全统计，这次整顿****查处违法违章行为46.6万多起，查处非法经营重要生产资料和紧俏耐用消费品的有17000多户，强买强卖、欺行霸市、哄抬物价的1300户，责令停业整顿的8600户，吊销营业执照的4500户。此外，还取缔了一批无照经营户。与此同时，工商管理部门在清理整顿中还加强了对个体工商户的法制教育和职业道德教育，促进了守法经营。这些都有助于加强对个体户的规范化管理。
其次，加强了对非公有制经济从业人员的劳动管理和劳动保护。1989年9月，劳动部发布了《私营企业劳动管理暂行规定》，要求私营企业必须建立健全劳动管理制度，保障职工的合法权益。例如，要完善私营企业用工制度，“私营企业用工必须按照平等自愿、协商一致的原则，以书面形式签订劳动合同，确定双方的权利、义务”。“私营企业经营者不得打骂、虐待和侮辱职工”。不得拖欠工人工资，不得随意解除劳动合同。同时，采取劳动保护措施，保证安全生产和职工健康。1991年初，******发布了《禁止使用童工规定》，要求从事经营活动的企业及个体工商户不得使用未满16岁的少年，违者将给予从重处罚。“对童工伤、残、死亡负有责任的单位和个人，由县级以上劳动行政部门给予行政处罚；构成犯罪的，由司法机关依法追究刑事责任。”同年9月公布的《中华人民共和国未成年人保护法》也明确规定：“企事业组织、个体工商户非法招用未满十六岁的未成年人的，由劳动部门责令改正，处以罚款；情节严重的，由工商行政管理部门吊销营业执照”。
再次，由于受当时政治形势的影响，过分强调个体私营经济的消极作用以及这次整顿的政治意义，直接造成了对非公有制经济的严重冲击。在全国范围内开展的税收大检查中，出现了对一些个体工商业、私营企业惩罚过重的现象，有的地区还错抓了一些人。更有甚者，把私有企业主当作“革命对象”，打入“另册”。群众称“上半年戴花，下半年戴枷”。由于当时不少私营企业尚处于原始积累阶段，偷税漏税现象比较普遍，对其加以整治是非常必要的。
然而，在税收大检查中，对偷漏税收现象所采取的方针是“依法处理，严厉制裁”。再加上受政治因素的影响，这样就难免会扩大打击面。此外，这次税收大检查和对个体私营经济的整顿还在客观上助长了“三乱”现象，乱收费、乱摊派、乱罚款直接造成个体私营工商业者负担过重。以个体户为例，当时，个体工商户除按规定交纳税金外，一般还要交检疫费、卫生费、治安费、绿化费等数十种管理费。此外，还有各种名目繁多的摊派。不少个体户因为承受不起这类负担而被迫歇业。事实上，个体私营经济在其发展初期，客观上需要一个相对宽松的经济和政策环境，因此，在强调必要的规范化管理的同时，也应该为其提供一定的发展空间。任何过严、过急的举措，其结果都只能是适得其反。在这种情况下，一些私营企业主担心党的政策会变，怕自己成为资本家，作为被改造的对象，更怕连累子女。一些私营企业不愿意再登记注册，有的干脆停业或暂时歇业，有的变卖设备，减少雇工，缩小规模。还有一些改变企业性质，成为个体或集体企业，也有的寻找靠山，挂靠在公有制企业名下，名为公有，实为私有。
1989年下半年，“左”的思想开始抬头。在批判资产阶级自由化思潮过程中，围绕改革开放的方向和模式问题，思想理论界发生了一场激烈的争论。这场被称之为“姓‘社’还是姓‘资’”的论争，始于1989年下半年，在1991年前后达到高潮，最终以******发表南方谈话和党的十四大的召开而告终止。
这场论争分为两大阵营，一个阵营固守传统的社会主义观念，坚持以马克思主义经典作家对社会主义的论述作为衡量改革姓“社”姓“资”的标准。他们认为，凡是经典作家所认定的东西都必须坚持，否则就是否定社会主义，就是走资本主义道路，就是私有化，这样的改革只能是资本主义的改革。另一个阵营则认为，改革固然要坚持社会主义方向，但首先要搞清楚什么是社会主义。衡量改革的成败得失只能以是否有利于发展生产力为标准。如果凡事都要问一个姓“社”姓“资”，就会“把许多并非社会主义，不利于生产力发展的东西当作社会主义加以固守；把许多并非资本主义，有利于生产力发展的东西一棍子打死；从而制造和扩散‘恐资病’；使一切有利于生产力发展的新举措、新事物、新形态，在旧框框、旧模式中被扼杀而无法成长”。在这场论争中，如何认识个体私营等非公有制经济成分的地位和作用，一度成为一些人关注的热点。有人将其视为资产阶级自由化的经济根源。1990年2月22日，《人民日报》发表一篇颇具权威性的长文《关于反对资产阶级自由化》。文中提出这样一个耸人听闻的问题：“搞资产阶级自由化的人有没有经济上的根源？有没有一种经济上的力量支持他们？”文章引用了一些逃亡海外的人呼唤和赞扬中国中产阶级和私营企业的话，得出这样一个结论：中产阶级、私营企业和个体户就是资产阶级自由化的经济根源。从1988年下半年开始，非公有制经济生存的政治环境、经济环境和社会环境发生了较大的变化。在个体、私营经济发展过程中，遇到了“左”的干扰，其突出表现为：第一，政治上歧视。有人把发展个体、私营经济视为“改变社会主义性质，搞私有化”；把个体工商户视为“三等公民”；舆论宣传上不公正，把许多坏事都扣到个体工商户头上，等等。