水稻在本田生长过程中，有3个需肥的重要时期：返青期、分蘖期和幼穗分化期。因此，本田施肥应该注重施基肥、面肥、蘖肥和穗肥。
对于早稻和中稻，由于生长期短，气温由低变高，前期有机肥分解缓慢，为了促使秧苗移栽后早生快发，基肥比重应适当加大，一般占总施肥量的70％～80％，而追肥的比重占20％～30％。
双季连作晚稻，在本田生长约80～90天，生长季节气温由高到低。在长江流域一些省份，为了获得晚稻高产，必须在9月下旬寒流侵袭之前保证齐穗扬花，根据这些特点，要抢季节插秧，并促进早返青。为此施肥上应施足基肥，并注意早追肥。在广东、福建、湖南等省南部，连作晚稻生长后期，气温较高，应适当增加追肥的次数和数量。
北方一季稻田，本田生育期130～140天左右，气温特点从低到高，然后逐渐降温，并在低温条件下成熟收获。营养生长期间，吸氮量占总吸氮量的44.5％，生殖生长期间，吸氮量占总吸氮量的51％～56％。根据这些特点，一季水稻的施肥，应在施足基肥的基础上，特别着重追肥，其中以穗肥为重点。
水稻本田基肥以绿肥和其他农家肥料为主，并配合施用化肥。在农家肥不足的瘦田、红壤新垦田、冷浸田、盐碱地等，都比较缺乏速效磷，水稻易出现缺磷引起的一系列生理病害，根据土壤缺磷程度，每公顷施用375～600千克过磷酸钙或钙镁磷肥，与5～10倍农家肥混合后施入耕层。近年来南方一些稻区，缺钾现象普遍出现，在基肥中适量加入钾肥，对减少病害，增强抗逆能力，提高稻谷产量有利。